聖星高校に通う三色紅・翠・葵の三姉妹は、朝から養父である岸田家でどたばた大騒ぎ。しかし、そんな彼女たちの正体は、世界を流星の危機から救うスーパーヒロイン『ムスメット』だったのだ。そんな日々の中、ふとしたきっかけで知り合った水道屋の西さんに恋心を抱く紅。しかし、そんな西の手には恐るべきブラックの流星が握られていて……。紅の恋はどうなる？

レーダーに探知されたイエローの流星を探すムスメット。しかし、その小さな石はなかなか見つからない。ごねる葵と紅をよそにひとり探索を続けていた翠は、聖星高校の裏にある森の中でひとりの男性の姿を見つける。自然を愛する彼のやさしさと一生懸命な姿に恋心を抱く翠。しかし、そのころ学校では裏の森をつぶして、スパリゾートを作る案が浮上していて……。

夏の海へやってきた三色三姉妹。もちろん目当ては素敵な男性に出会うこと。葵は長女らしいところを見せようと奮闘するが、早乙女三姉妹の前にその努力は肩透かしとなるばかり。そんな葵が目をつけたのは、軟弱な漁師の青年ヒロキ。海の男を目指すヒロキは巨大ザメ退治にでかける。それに付き合う葵。しかし、巨大ザメにはある秘密が眠っていたのだった。

子供の頃からテレビで放送されていたヒーローにあこがれていた紅。デパートの屋上で復活したそのヒーローショーを見に出かけた紅とモドキは、ショーの主役がテレビと同じ本郷であることに気づく。本郷はかつて自分が主演したヒーロー番組をリメイクするために大はりきり。そんな本郷の姿が今は亡き父親の姿と重なって見える紅。 しかし、その舞台には恐るべき流星が潜んでいたのだった……。

岸田家ではすべての流星を回収したお祝いのパーティが開かれていた。流星を研究して、今まで以上の有効活用を図る……という声の中、紅が流星を持ち出して家を飛び出してしまう。流星によって引き起こされた数々の事件が、紅の心に流星に対する嫌悪感を培ってしまったのだ。必死の捜索でやっと見つかった紅は、翠、葵の説得もむなしく流星を川へと投げ込んでしまう……。

モドキが死んだ……。自分がレッドに変身しなかったからだと責任を感じ、深く落ち込む紅。葵も翠も岸田も紅を立ち直らせることができず、途方にくれるばかり。そんな中、MET基地で紫と奈子が新型メットの開発を進めている間に、白井の身に危険が迫る。そして、ムスメットに対抗意識を燃やしてMET基地へと潜入した早乙女三姉妹にもまた、何者かの魔の手が伸びるのだった……。

突如現れたオトメット。その正体は早乙女三姉妹だった。オトメットの圧倒的な力の前に、ムスメットはなす術もない。葵、翠、紫は辛くもその場を逃れることに成功するが、オトメットとの性能差の前に言葉もなく、紅も落ち込んで変身を拒否するばかり。 そんな中、突然、岸田家に玄関ベルの音が鳴り響く。不審に思いながらもドアを開ける翠。扉の向こうにいたのは……。

オトメットとの力の差を前に、メットを奪われそうになったムスメブルーとムスメグリーンを救ったのは、絶望の淵から蘇ったムスメレッドだった！ やっとそろったムスメットとオトメットの一騎打ちが始まるが、やはり性能の違いはどうすることもできず、ムスメットは徐々に劣勢へと追い込まれる。そして……ついに、ムスメブルーのメットがオトメシアンによって奪われてしまい……。

ムスメットを破り、ついに主役となったオトメットは正義の味方として大忙し。助けた人たちからお礼を言われて悦に入るオトメット。そんな中、ひとり礼も言わずにむすっとしている少年の姿が。聞くと家族が離れ離れになっているのだという。誕生日プレゼントとして、両親に会わせようとするオトメットたちだったが……。

早乙女三姉妹に甲斐甲斐しくお世話する執事ジョルジュ。しかし、最近、大人になった早乙女三姉妹から邪険に扱われることもしばしば。お嬢様の成長を喜ぶ気持ちとさびしさの間で、ジョルジュの心は揺れ動く。一方、奈子が開発する秘密兵器の完成を待つ三色三姉妹。焦る気持ちを抑えながら見ていたテレビに映ったのは、オトメットの特別番組だった。

いつものようにオトメットが地球の危機を救う中、ついにムスメ・ファイナライザ－が完成する。これさえあればオトメットに勝てる！　と意気込む三色三姉妹にパーツを渡すのを拒む岸田。娘たちを危険な戦いに向かわせたくないのだ。一方、ブラックの流星に飲み込まれ始めた白井が下す『街を破壊せよ』という命令に、早乙女三姉妹は疑念を抱き始める。

オトメットの敗北を目にしたブラックの流星は、ついに自ら動き始める。奇跡的に助かったムスメットとオトメット。モドキが語ったブラックの流星を倒す方法、それは、ムスメットとオトメットが力を合わせること。しかし、シオンの、白井を独占したいという恋心が邪魔をして、シオンはひとりブラックの流星が待つ月へと飛び出してしまう。

ブラックの流星を倒し、やっと平和が戻ってきた世界。しかし、早乙女邸では、三色三姉妹と早乙女三姉妹の白井をめぐる戦いが起ころうとしていた。一方、ブラックの流星の影響から抜け出した白井は、奈子に何事かを告白する。白井と奈子の関係を疑う三色三姉妹と早乙女三姉妹。そんな中、遊園地で事件が勃発する……。