幼馴染のユーファとロアンは、旅の途中王都プロンテラにあるユーファの兄キーオの墓前に立ち寄る。そこで２人は魔法使いタキウスと出会うが、彼女と共に不良冒険者達との争いに巻き込まれてしまうのであった。

王都の水道設備の異常を調べるため、ロアンは不安がるユーファを連れプロンテラ水道を探索する。そこで出会った 商人の少女マーヤと同行することになるが、そこには魔族の陰謀により凶暴化したモンスターが控えていた。

マーヤを仲間に加えたロアンたちは魔法使いの都ゲフェンへと向かう。そこでは冒険者達が地下に眠る遺跡”ゲフェニア” より現れるモンスター達との戦いに苦戦していた。偶然再会したタキウスと共に、戦いに挑むロアンたちであったが．．．

再びゲフェニアに挑むロアンたち。タキウスにはゲフェニアの奥地に託された目的が存在していた。突如現れた強力な敵の前に苦しむロアンは、厳しくも懐かしく感じる声を耳にする。

懐かしい友に出会ってはしゃぐユーファ。そんなユーファを見てロアンは嬉しさと寂しさに複雑な気持ちになる。 しかし、気楽な旅を続ける一行の前には強大な敵”バフォメット”が立ちふさがるのだった。

「兄さんは生きているかもしれない！」兄への思いがあふれ出して止まらないユーファは１人でも兄を探しに行くと、 ロアンを困らせる。そんなロアンの心配をよそにユーファは本当に１人で兄を探しに飛び出してしまうのだが．．．

商人の町アルベルタの異変に一行はアルベルタへと向かうが、マーヤは１人乗り気ではない。 アルベルタはマーヤの生まれ故郷であるが、悲しい思い出の残された地でもあったのだ。

迷いの森で文字通り迷ってしまったロアン達。疲れた仲間たちにジュディアは昔話を語り始める。 イルガとジュディアはこの迷いの森で運命的な出会いをしたのであった。

モロクへの旅の途中、何かに導かれるようにタキウスは巨大蟻の巣へと仲間達を導く。そこには安らかな営みが 繰り返されている蟻達の国が存在していた。ロアン達はその神秘的な光景に安らぎを覚えるが．．．

シーフの娘ティスと出会った一行はシーフギルドに起こっている危機を知る。ティスの仲間達を助けるためピラミッドに向かうとそこもまた魔族の陰謀により凶暴化したモンスターの巣窟と化していた。

復活した砂漠の亡者”オシリス”とヘイズの戦いに苦戦するロアン達。恐怖が支配をし始める中、次第に攻め込まれて いくモロクの街を救うべく各地より冒険者達が集い、モンスター達との一大防衛線が繰り広げられる！

モロクでの戦いの後、身も心も傷ついた一行はアサシンギルドに身を寄せる。ロアンはユーファを支えられない自分に 苛立ちを感じていた。そんな仲間達を励まそうとマーヤとジュディアは、ある催しを思いつく。

自暴自棄となったロアンはその憤りをただがむしゃらに戦うことだけにぶつけ、剣を痛めてしまう。王都に剣の修繕に立ち寄った ロアンだったが名（迷？）鍛冶師ホルグレンにたしなめられる。それでもロアンの剣の道は未だ迷走するのであった。

国境の都市アルデバランに向かったユーファ達だったが、そこにももまた魔族達の陰謀がうごめいて いた。戦いの中で少しづつ互いの信頼を強める仲間達．．．。しかし、そこには未だロアンの姿はない。

新たな力を得たロアンはユーファ達のピンチを救う。しかしキーオと共に現れたジルタスは圧倒的なモンスター達を 率いて再び仲間達を苦しめる。希望の光は再びタキウスの決断にゆだねられるのであった。

力に酔いしれ、つい横柄な態度を取ってしまうロアン。そんなロアンにユーファは距離を感じ始めてしまう。 古き都フェイヨンでの出来事は、ユーファに追い討ちをかけるかのように厳しい現実を突きつけるのであった。

フェイヨンに残ったロアンとタキウスは度重なるモンスターの襲撃に苦戦を強いられていた。 一方ユーファは一人、新たな力を得るための試練に立ち向かっていく。だが、その試練とは．．．

師であるゼフェルと再会するタキウス。しかしそれは決してタキウスの望んでいた再会ではなかった．．． ゼフェルの語る真理とは．．． そしてタキウスは真理を前になにを思うのか．．．

魔の手はロアン達に束の間の安息すら許しはしない。そして小さな幸せすら彼らから奪っていく．．． ジルタスが仕掛けた罠が実るとき、小さな小さな幸せが砕け散る。音もなく．．．残酷に．．．

コモドに求めるべき何かがある…ロアンの気持ちは急いていた。しかし仲間たちの気持ちはひとつにまとまらない。 ジルタスにより、執拗に追い詰められるマーヤ。彼女の時間はあの瞬間から止まったままであった･･･。

コモドの洞窟を進む一行の前にモンスターを伴ったキーオが現れる。キーオによりバラバラにされてしまいながらもモンスターに向かっていく一同。そんなキーオに「お前が必要なんだ」と告げられたユーファは、精神的に追いつめられていく…。

互いの心に葛藤を持ったままコモドへとやってくるロアンたち。コモドの人たちは、かつてこの町を支配していた魔女をいまだに恐れていた。そんな中、ジルタスが町に現れマーヤは再び彼女と対峙する。

イルガに目を背け、ロアンでさえも煩わしく思うユーファ。 「もう闘いはいや！」と叫ぶユーファは、優しく手を差し出したキーオがその前に現れた時、手を取って受け入れてしまう。

ロアンはユーファを救い出すため、イルガはキーオとの決着を付けるため、グラストヘイムでの最終決戦に望む意を決する。タキウスは、マリアからゼフェルが真理の探究という不穏な波動に取り込まれた時の話を聞き、自らも決着を付ける場所がグラストヘイムであることを感じるのだった。

グラストヘイム城内でキーオと直接対決するイルガ。ロアンはジュディア、マーヤたちとともにユーファを探す。時を同じくして、城の外庭ではかつての師匠と弟子であるゼフェルとタキウスが闘うのであった。

未だ闘いに決着のつかないイルガとキーオの刃が激突する。一方ユーファを探し出したロアンは、彼女の持つ短剣に刺されながらも耳元で愛している気持ちを告白する。意識を取り戻したユーファは自らが操られていたことを知る。そしてロアンとユーファは、ジュディアとマーヤとともにダークロードを封印させるべく対峙するのであった。