厳しい選抜テストを乗り越え、晴れて救助機関マシンロボレスキューに入隊した大空太陽、他、10歳から12歳の少年少女たちが、レスキュー養成機関に集結していた。 だが、入隊式初日から遅刻してしまった大空太陽に、これから仲間になる訓練生たちも呆れ顔、ルールを守れないヤツが真のロボマスターになれるわけがないという愛川誠に、ルールで救助ができるわけではないと言い返す太陽、早速ライバルを予感させる火花が散る。その喧嘩腰にも近い態度に、４体のマシンロボたちが顔を見合わせる中、ビル火災現場からのニュースが入った。 全員避難完了の情報に反して、太陽には、助けを求めている少年の映像が脳裏に浮かぶ。太陽は幼い頃からサバイバル・ナチュラルという特殊な才能があったのだ。ジェットロボに出場を願い出る太陽だったが、出場命令が出ていないという理由で断られてしまう…。しかし、単なる機械とは違い、命令がなくとも自分の意志で動くことができるからマシンロボなんだろうという太陽の言葉にジェットロボは出場を決意。太陽を乗せ火災現場へと急行した。そこには確かに逃げ遅れた要救助者がいたが、同時にマシンロボを狙う怪ロボットも存在していた。救助を妨害する怪ロボット・ガラゴロに対して、太陽はジェットロボとスカイロボたちに、ハイパージェットロボへの合体を命令する。一度は合体に失敗するものの、見事に合体に成功したハイパージェットロボはガラゴロを撃退。要救助者の救助にも成功した。こうして正式ではないもののマシンロボレスキューの初出場は無事に完了したのだった。

ＭＲＲに入った少年たちは、各自の特性を考慮され、レッドウイングス、ブルーサイレンズ、イエローギアーズの三つの小隊に分かれて、団体行動をすることになる。同じレッドウイングスとなった太陽とエースは、ライバル心から反目し合い、他のメンバーを呆れさせる。 そんな最中、大規模な山火事が発生。レッドウイングスに出場指令が下った。ジェットロボ、ファイヤーロボと現場に到着した太陽とエースたちがそこで見たものは、炎の壁から現れる、謎の組織デザスターのロボ、ガラゴロの姿だった。その背後には……それを指揮する謎の少年、ジェイの不気味な姿があった。 ゾーンを展開しガラゴロと闘うファイヤーロボ。エースは要救助者の救助のために火災現場に飛び込んでゆく。しかし要救助者のうちの１人は足を怪我しているため動けない。エースは要救助者に酸素ボンベを譲り、火と煙に耐えているが長くは保ちそうにない。エースのピンチに思わず太陽は飛び出していった。一方、ガラゴロを相手にファイヤーロボも苦戦。エースを助けにきた太陽は、エースのＫボーイから合体指令が出ていることに気がついた！　その勇気にファイヤーロボがエースをロボマスターと認めたのだ。レスキュー合体したハイパーファイヤーロボはガラゴロを撃退。要救助者の救出に成功したエースと太陽は事件の解決を喜び合うのだった。

マシンロボレスキューでは、ロボマスターを目指した子供たちの訓練・演習が、いよいよ本格的に始まった。人一倍正義感が強く真っ直な性格の愛川誠には、太陽の、状況を臨機応変に判断して物事をこなしていく性格が行き当たりばったりのいい加減なものにしか見えない。誠の言うルールや決まり事で救助ができるわけじゃないという太陽と、演習中に揉めてしまった誠は、太陽を思いっきり投げ飛ばしてしまう。誠はファイトナチュラルで格闘技の天才なのだ。誠はポリスロボから、ロボマスターに必要なのは冷静な判断力と勇気だ、と鋭い指摘を受け愕然とする。 そこへ、首都高速道路上で逃走した銀行強盗が次々と車の衝突事故を起こして、緊急出場指令が発動される。そして現場にはジェイが率いるガラゴロの姿が不気味に迫る…… 孤立してしまった高速道路上の救助にポリスロボと共に飛び込んでゆく誠。アリスの避難誘導で救助も着々と進んでいく。しかし救助活動にお構いなしにガラゴロが戦闘を開始する。誠はポリスロボに合体指令を出した。レスキュー合体したハイパーポリスロボはガラゴロを撃退。事件の解決を喜ぶ太陽と誠は一時休戦の仲直りをするのだった。

速水大地は、自身のＭＲＲ隊員としての素質に疑問を感じ始めていた。活発な太陽やエースとは対称的に、緊張するとすぐに気分が悪くなり、お腹を痛くしてしまうナイーブな性格なのだ。 大地は、自分のチーム、イエローギアーズのドリルロボからも「そんなヤツに自分の身体は預けられない」ときっぱり言われ、激しいショックを受ける。 ＭＲＲの遠足の日。稽古で残っていた小百合と、遠足どころの気分ではなく、ＭＲＲを辞めようとまで考えていた大地の元に、非常事態の知らせが入る。ＭＲＲの隊員たちの乗った地下鉄がジェイ率いるガラゴロに襲われ、他の乗客と共に生埋めになったというのだ。そしてそれを救えるのは、類い稀なる空間認識能力の才能を持つ、大地しかいないのであった。 ドリルロボと共に出場した大地は、勇気を振り絞りみんなの救助に向かう。一方地下鉄にも地下水が流れ込み絶対のピンチを迎えていた。あと一歩のところでガラゴロの妨害にあい救助活動に専念できないドリルロボと大地、オマケにお腹まで痛くなってくる。しかしガラゴロの攻撃を巧妙にかわせるのは大地の空間認識能力あったればこそであった。お腹の痛みも仲間のことを思う勇気で克服した大地は救助に成功。みんなの救出に成功した大地はＭＲＲで頑張っていくことを決意する。

完全自動航行を可能にした無人新型輸送機『スカイドルフィン』。この実験航行を無事に成功させれば、無人旅客機の実用化も夢ではない。みんなの期待を乗せて穏やかな空へと飛び立ったスカイドルフィンだったが、突如発生した巨大な積乱雲に呑まれ、コントロールを失ってしまう。 Ｋボーイで情報を検索して、このままスカイドルフィンが墜落する可能性が高いことを知った鈴と太陽は、出場指令が無いことにかまわずに、ジェットロボと共に雷雲の中へ飛び込んでいく。そこには、今までのガラゴロとは全く違うデザスターのステルスロボとジェイが、待ち構えていた。 凄まじい攻撃力でジェットロボを圧倒するステルスロボ。猛攻のなか、鈴と太陽はスカイドルフィンに乗り込みコントロールを取り戻そうとするが、なかなか上手くいかない。やがて鈴はＫボーイを使ってプログラムを完全に上書きすることを思い付く。しかし手動操縦になってしまったスカイドルフィンを操縦するのはり鈴と太陽しかいないのだ。プログラムの知識がある鈴と、度胸で操縦桿を握った太陽の活躍でスカイドルフィンは無事に帰還することができた。一方、ハイパージェットロボも辛くもステルスロボを撃退。捨てゼリフをのこしてステルスロボは大空に消えていった。

茶道の稽古の帰り、小百合は子猫のローラを探す少年ヒデキと出会った。小百合の落とした荷物からKボーイを発見したヒデキは、彼女がMRRの隊員であることを感じとりローラ探しを依頼する。自分も共働きの両親のために寂しい思いをしていた小百合は快く引き受けると、彼女の頼みに一肌脱ぐことにした誠やMRRの一同と共にローラ探しを開始した。 しかし一同が必死になって探しても、なかなかローラは見つからない。そこでMRRは宮島に内緒でマシンロボたちの出場を決断する。たとえネコ探しでも救助には違いないという信念からだ。だが呼び出されたマシンロボたちは管轄外の任務に困惑気味。それでも子供たちの熱意に押されて、写真片手に草の根作戦を開始した。 突然のマシンロボ出場に市民も大混乱。そんな中、ポリスロボはトラックの荷台に隠れているローラを発見する。荷台にローラがいることを知らない運転手は、追ってくるマシンロボたちに積載オーバーしていたことをとがめられるのではと逃亡してしまった。トラックを追いかけるMRRの一同たち。そこへ現れたガラゴロに対してポリ スロボはゾーンを展開し戦闘が始まった。 ポリスロボがガラゴロを倒した頃、ローラを探して公園に立ち寄った太陽は、そこでローラを抱き上げたジェイと出会う。敵味方の初の接近遭遇だが、相手が敵対する存在だと気付かない両者はそのまま別れてしまう。 結局、偶然からにしろ事件を未然に防いだ功績を認められるのだった。

全国防災週間のパレードで、MRRがお披露目されることになった。それに合わせてマシンロボのロボマスターも決定することもあり、MRRの子供たちも緊張する。そこへ大規模な山野火災発生の報告が入った。約一万人の住民避難が必要であり、一同は緊張しつつも張り切って出場する。 現場に到着するなりMRRに通信が入った。それは山頂付近で地震観測を行っていた大学教授、近衛徹による協力の申し出だった。近衛の的確な状況報告でMRRの救助活動がスムーズに進行する中、太陽も近衛のいる測候所に到着した。負傷した助手の守山を先に避難させようと、近衛はその場で守山に辛く当たる。 一度は近衛の気持ちを汲み取り下山を開始した太陽だが、再び火山が噴火したため、自分たちを途中で降ろさせてジェットロボを救出に向かわせた。しかし近衛を無事収容した矢先、火山弾が降り始める。そこでジェットロボはハイパージェットロボに合体し強行突破を慣行。無事に太陽の所に駆けつけた。 一方、火山のふもとにある街には溶岩流が押し寄せていた。MRRは住民避難の時間を稼ぐためにビル群を倒し堤防とする作戦を開始する。各マシンロボたちはハイパー合体し、空間認識能力に優れる大地の指示に従いビルで堤防を築き上げる。作戦は成功し溶岩流を食い止めることに成功した。 そして測候所に向かった太陽との連絡が断たれ、心配していたMRRの仲間たちの所へ太陽の無事とレスキュー完了の連絡が入り、喜び合う一同。 後日、パレードでロボマスターが発表された。ドリルチームのロボマスターには大地が指名され、ポリスチームのロボマスターには誠、ファイヤーチームのロボマスターにはエースが抜擢される。そしてジェットチームには晴れて太陽が選ばれたのだった。

ロボマスターになった太陽は有頂天。ロボマスター就任を祝うシークレットパーティーを準備する女の子たちにも気付かず大騒ぎだ。そこへ、ヒマール山脈・チョモレストの山頂付近で遭難事故発生の知らせが入った。太陽は仲間たちの先頭に立ち、勇んで出場する。 ボンやエースたちが太陽の暴走ぶりを危ぶむ中、太陽は気にせず張り切って救出活動に取り組んでいた。そしてジェットロボに遭難者を任せ、自分は危機察知の感覚に従い、別の遭難者の捜索に向かってしまう。 雪崩が起こったのはその時だった。いつ次の雪崩が発生してもおかしくない状況下、太陽は足を滑らせた崖下で１名の遭難者を発見、すぐに手当てを始める。そこへジェイが現れ、いきなり攻撃を仕掛けてくる。 その頃、太陽との合流を急いでいたジェットロボにもステルスロボが挑戦してきた。戦闘を察知した宮島たちがゾーンを張ろうとするが、ステルスロボの攻撃が激しくそれもできない。激しい戦闘の余波でついに雪崩が起きてしまった。ジェイとステルスロボが撤退し、太陽も横穴に飛び込んで助かるものの、激しすぎた戦闘でジェットロボは大ダメージを受けてしまう。責任を感じた太陽は帰還後、Kボーイを置いて寮を出てしまうのだった。

太陽の失踪を寮で知ったレッドウイングスの面々が彼を探そうとする一方、修理が完了したジェットロボは、ステルスロボに負けたことより太陽の救出に向かえなかったことを悔やんでいた。 中湧谷ロープウェイ駅で火災が発生し、ロープウェイが宙吊りになっているとの連絡が入ったのはその時だった。 本来はロボマスターである太陽がいないためジェットロボの出場は認められないのだが、誠たちが太陽を探すと申し出たこともあり、事情を理解した宮島が臨時のロボマスターに鈴を指名し現場へと向かわせる。 その頃、みんなの出場の様子を公園で見送っていた太陽は、危機察知能力でベランダから転落しそうにある赤ん坊を発見していた。太陽の捜索に出ていた誠たちは、ショウたちからの報告で太陽と合流すると、宙吊りになっていた赤ん坊を間一髪で助ける。 宮島が太陽の説得に努める一方、ジェットロボは再び現れたステルスロボと交戦状態に入っていた。救出活動が難航する中、ジェットロボは合体して一気に勝負をかけようとするが、修理中だったスカイロボでは戦闘に持ちこたえられず苦戦を強いられる。そこへ、宮島の説得にようやく決心した太陽が駆け付けた。そして戦闘中のジェットロボと、救出に難航するファイヤーロボの、互いの能力の不足を補うためにエイダーロボをジェットロボに、スカイロボをファイヤーロボに合体させることを思いつく。それが「エクス合体」誕生の瞬間だった。 エクス合体により救助は成功、ステルスロボも撤退する。そして改めて寮に戻った太陽は、仲間たちと共に女の子たちの計画したシークレットパーティーを楽しむのだった。

MRRの紹介番組が放送されることになった。レポーターは若干12歳のチャーミー佐藤。MRRのメンバーと同様に、特殊才能育成法でチャーミーは花形レポーターとして活躍していたのだった。 太陽たちレッドウイングスの防災指導任務につきそって、海上コンビナートにやって来たチャーミーは、あくまでマイペースに取材を続け、視聴率稼ぎのために台本さえ書き換える始末。 「自動消火装置が故障した」というヤラセを指示された太陽たちは、安全問題上、大いに戸惑う。しかしそれでも物足らなさを感じたチャーミーは、今度は皆に黙って自動消火装置をオフにしてしまう。 そこへガラゴロが襲撃して来る。海上コンビナートは瞬く間に炎に包まれ、ガラゴロによって固定鎖が切断されてしまい、隣り合う海上コンビナートに激突しそうな状況に陥ってしまう。太陽たちは手分けして消火作業とガラゴロとのバトルに取り掛かる。 一方、本当の“スクープ”を目の前にしたチャーミーは、腕時計型のカメラを使い、こっそり現場の様子を収録。太陽たちの必死の活動にもかかわらず、海上コンビナート同士の激突という危機が迫る。しかし、その危機はトランスポーター形態からロボ形態へと変形したウイングライナーの活躍によって食い止められる。一部始終をカメラに収めたチャーミーだったが、カメラが海水につかってしまい、大スクープを逃してしまうのだった。

日本のMRRが発足する以前、アメリカにはテストケースとして一体のマシンロボが配備されていた。そのマシンロボ、ジャイロロボは事件解決のために勝手な行動をとることが多く、扱いずらさから日本に送り返されてしまう。しかし、インターネットの情報でしか彼の活躍を知らない太陽たちは、アメリカで活躍するジャイロロボに憧れを抱く。 そんな時、ダムの発電施設がガラゴロの襲撃に遭い、ブルーサイレンズに出動命令が下った。現場に急行した誠たちはガラゴロと戦闘を開始、しかし繰り出される攻撃で合体を邪魔されてしまい、一同はピンチに陥ってしまう。それを救ったのは日本へと送り返されてきたジャイロロボだった！ 飛び入りのジャイロロボはガラゴロに反撃を開始。進の合体指令でハイパー合体して、必殺技のジャイロシューターでガラゴロを撃破する。改めてジャイロロボが仲間に加わったことを知らされるMRRの子供たち。MRRに頼もしい仲間が加わった。

エジプトで遺跡発掘作業をしていた村吉教授とその娘、サキは遺跡内部に仕掛けられたトラップに襲われ、サキだけが閉じ込められてしまった。救助に向かったイエローギアーズは吉村教授と合流し、遺跡内部が迷路と化したことを聞かされる。 サキを救うべく遺跡内に足を踏み入れたショウ、ケン、大地。彼らは崩れる地面、剣山が突き出す落とし穴に、流砂……、次々と怖ろしいトラップに襲われるものの、得意のダジャレを連発してプレッシャーを跳ね除けながら先へと進んでいった。 そんな中、一人はぐれてしまったショウが、壁一枚向こうにサキの気配を察知した。Ｋボーイのパンチで壁にギリギリ通れる穴を開けたまでは良かったが、Ｋボーイは電池切れ、おまけにショウはくぐろうとした穴にはまりこんでしまい、逆にサキを不安にさせてしまう。 一方遺跡の入り口では、出現したガラゴロと待機していたドリルロボが戦闘を開始していた。だが戦闘の余波で遺跡は崩壊寸前。一刻の猶予もならない事態に見舞われたケンと大地は、どうにか不安でいっぱいのサキに笑顔を取り戻させることに成功したショウと合流する。 遺跡からの脱出に成功し、ガラゴロとの戦闘にも勝利したイエローギアーズ。彼らは改めて笑顔が一番であることをかみ締めながら、遺跡を復旧をするのであった。

歌田進と歌田強の歌田兄弟は、プロレス興行を営む実家に帰省した。アリスと、正式にブルーサイレンズ入りが決定したジャイロロボもいっしょだ。 もともと歌田兄弟の父親は、兄弟にレスラーとして自分の跡を継いでもらいたいと考えていたのだが、一流のレスキュー隊員を目指している歌田兄弟は父親が勧めるトレーニングに見向きもしない。そんな時、歌田兄弟は些細なことからケンカをしてしまう。 翌日、プロレス興行の準備をしていた現場で父が事故に遭ってしまった。その知らせを聞いて駆け付けた歌田兄弟、アリス、ジャイロロボは、倒れたクレーンの支柱に足を挟まれた歌田兄弟の父親を発見する。だが救助活動に取り掛かろうとした矢先、ガラゴロが出現して事態は急変してしまった。歌田兄弟とアリスは、ジャイロロボにガラゴロを任せて、支柱の撤去に取り掛かる。 救助作業を通じ、いつの間にかケンカをしていたことさえ忘れ協力する歌田兄弟。彼らは父の救助が完了すると、苦戦していたジャイロロボにハイパー合体を指示する。そして誠が駆け付けた頃には、歌田兄弟とジャイロロボは“トリプルトルネード”なる名トリオぶりを発揮してガラゴロを撃退していた。それをモニターしていたMRR本部では歌田兄弟２人をジャイロロボのロボマスターに決定する。そして息子たちの働きぶりを目の当たりにした父親は改めて２人の夢を理解するのだった。

今日はMRR創立以来、初の公開訓練となる「マシンロボフェスティバル」の日。スタンドいっぱいの観客、向けられる多くのカメラ・・・その注目度は高く、全隊員が気持ちを引き締め出席していた。・・・とは言っても、子供たちにとっては家族が見学に来る“参観日”のようなもの。訓練開始直前までワイワイとはしゃぐ。しかし一同が両親にいいところを見せようとにわかに緊張する中、太陽と大地だけは沈んだ表情を見せていた。大地は両親が来られないことに、太陽は航空事故で両親を失っていたため、寂しさを感じていたのだ。 隊員の紹介と各隊のマシンロボのお披露目が済むと、子供たちは家族と共に食事をとり始めた。だがひとりぼっちの大地は食事会を抜け出し、会場の外で孤独に弁当を食べる太陽を発見する。大地に自分の事情を語る太陽。そこへ大地の両親が到着し、太陽は本当のひとりぼっちになってしまった。 午後の訓練では模擬戦が行われた。大地のドリルロボと対戦した太陽は、両親にいいところを見せたいだろう大地に気を遣い、ジェットロボにロクな指示を出そうとしない。しかし太陽の思惑を見抜いていた大地のひと言と、MRRの仲間たちの声援、そして太陽の寂しさを汲んで応援してくれた大井川夫妻の気持ちに気付いた太陽は、MRRのすべてのスタッフが自分の家族であることに気付くのだった。

ステルスロボは、やはりジェットロボたちと同じマシンロボなのか。その謎について調査するＭＲＲの子供たち。マシンロボのデータを保管しているマシンAI研究所にステルスロボの手がかりがあると思いついた鈴は、翌日、休みの太陽を連れて研究所を訪れる。 ジェイは、ステルスロボの新しい力を手に入れるべく、研究所へ侵入を開始。目的のものが保管してある資料室へ向かう途中、出会ってしまった鈴と戦うことになるが、火災を引き起こして、その隙にオートロックを解除して資料室へ向かった。部屋の奥に隠された黒色のKボーイ、ブラックＫボーイにジェイが命令すると、世界各地に封印されていた4機のタンクロボが一斉に研究所へ集結。ステルスロボとタンクロボが合体して、ハイパーステルスロボになってしまった！ 圧倒的な力の差を見せつけられ、叩きのめされるジェットロボ。応援にかけつけたファイヤーロボ、ポリスロボもダメージを受けてしまう。しかし、ハイパーステルスロボは、マシンロボたちに止めは刺さず、空の彼方へ消えていってしまった。 そして太陽たちは、長官からジェットロボたちが開発される前にレスキューの目的以外で作られたマシンロボ、それがステルスロボだということを聞かされる。

レスキューの一環として骨髄バンクに登録しているMRR隊員。ある日、美波ケンを骨髄提供者とする患者が見つかる。予防接種の注射でさえ仮病を使ってまぬがれようとしたのに、ましてやもっと痛い骨髄の注射を受けるなんて無理だと考えたケンは、ＭＲＲを出て行こうとする。 そこへ、マシンロボレスキューに緊急出場命令が下る。山の診療所から手術のため白血病患者を町の病院へ輸送して欲しいというのだ。しかし、予防接種を受けた子供たちは数時間の休息が必要。結局、注射を受けなかったエースとケンが出場することになった。 手術を嫌がってなかなか部屋から出ようとしない少年・ひさしを説得するケンとエースだったが、ひさしは窓から病室を飛び出し、山のリフト小屋へ逃げてしまった。そこへステルスロボが現れて、ファイヤーロボと戦闘になる。しかし攻撃を仕掛けても、雷をエネルギーにしているステルスロボにはダメージを与えられない。一方、落雷で小屋が燃える中、ケンはリフトにベルトをくくりつけ、ひさしをふもとまで逃した。燃えさかる炎の中、疲れ切って脱出を諦めかけたケンだったが、自分をドナーとする患者がひさしくんだったことに気付き、気持ちを奮い立たせる。そしてドリルのロボマスターを大地と交換し、ドリルチームにレスキュー合体を指令。ステルスロボを退き、間一髪火事から逃れたケンの行動に感動したひさしは、ようやく手術を受ける決心をする。ケンも痛みと恐怖を我慢して、骨髄注射に臨むのだった。

真面目な誠と嘘泣きでトレーニングから逃れようとするアリスの間でケンカが絶えない。そんなぎこちない空気が流れるブルーサイレンズに出場命令が入る。今回の出場目的は、超電導素材SC-αを使って時速700キロで走る夢の超特急リニアモーターカー“タキオン”の開通式の警護にあたること。全員で警護にあたらなければならないのに誠とアリスの溝はますます深まってしまい、アリスは警護にあたらずタキオン乗客として参加する。 開通式を無事に済ませ、順調に出発したタキオンだったが、走り出してまもなく黒服の男たちに列車をジャックされてしまった。犯人たちは、車内のどこかに爆弾が仕掛けてあり、時速200キロ以下になる爆破するという。乗客の安全を確保するため、アリスは犯人たちを持ち前の演技力でだまして捕らえようとするが、リーダーの女には通用しない。そんな絶体絶命のピンチのアリスを助けたのは、駆けつけた誠だった。誠とアリスは、捕らえた黒服の男たちから爆弾を仕掛けたのはジェイだと知らされる。 一方、強はサイレンギャリーで援護、進はジャイロロボで爆弾除去作業に入っていた。しかし、200キロに落としても駅に着くまではわずか15分。爆弾の解除法を知るジャイロロボでも30分はかかってしまう。太陽は、到着駅周辺にある実験用の環状線に線路を持ち上げてくっつけてしまうことを提案。先に避難していたアリスと強は、サイレンギャリーをロボへと変形させ、線路をつなげることに成功した。しかし、その環状線の一部がステルスロボに攻撃されて壊れてしまう。爆弾除去作業をしていた進は、たくさんある線のどれを切ればいいか迷うが、太陽の直感で赤色の線を切断。時限爆弾は止まり、タキオンも脱線をまぬがれたのだった。

浄水システムの実験を兼ねている水族館としてオープンした海のテーマパーク・マリンパーク。そのシンボルのタワーで続いている振動の原因調査依頼がMRRに入る。出場命令が発令されて現場へ向かうイエローギアーズ。 通報者の飼育係が落ち着かない動物たちの様子を心配してＭＲＲに通報したのだが、マリンパークの社長はMRRに非協力的。大地がタワーの傾きを指摘してタワーの立ち入り禁止を要請するが聞く耳さえももたない。仕方なく入場券を買って内部調査を続行しようとするが、お金が足りず２人分しかチケットを買うことができない。公平にじゃんけんで、勝った大地と小百合が調査にあたるが、目立っておかしい場所は見当たらなかった。 しかし突然、ガラゴロがタワーの脚部に攻撃して海中の柱を壊してしまい、タワーは大きく傾いてしまう。傾くタワーを支えるドリルロボ。当直明けで出場命令が発令されていないレッドウイングスは、ジェットチームとファイヤーチームと引きつれて現場へ向かってしまう。 現場を確認するため海中へ潜ったショウは、柱の脚部を攻撃するガラゴロを発見。大地は、水門を開けて水位を下げてガラゴロの姿を捉える。ガラゴロの非道に怒った大地は、ジェットロボにマリンパークの人々を避難させ、ファイヤーロボにはドリルロボの代わりにタワーを任せて、パイパー合体を指令。一方、小百合とケンはギアダンプをロボモードに変形させて、タワーの脚部を保持する。ハイパードリルロボはゾーンを展開させてガラゴロと戦闘。ガラゴロは分身の術でハイパードリルロボを攪乱させようとするが、大地は分身したガラゴロを全て倒して術を破ることを指示。あらためて本気になった大地の怖さを知ってしまったＭＲＲの子供たち。大地の判断とギアダンプの根性と活躍で、二次災害を未然に防げたのであった。

様々な場所に対応したレスキューのために、日々マシンロボの研究と開発を重ねる天才少年・水道橋通博士。彼は新たなマシンロボ“サブマリンチーム”の耐圧実験のために、ブラッド長官、マリーと共に深海艇キューブ01に乗り込んでいた。そこへ突発的な海流の異常が発生し、深海艇キューブ01のケーブルが引きちぎれ、深海に孤立してしまった。　その頃MRRのメンバーたちは、水中での訓練に励んでいた。子供たちの中でも海辺育ちのショウは、注意力に少々難があるものの、抜群の成績を挙げる。そこへ長官たちが搭乗していた深海艇が事故にあっているという知らせが入る。ショウは長官たちを救助するため、みずから出場を志願。予備の深海艇キューブ02に乗り込む。ショウが海のレスキューを志願したことには理由があった。彼には、幼いころ海の事故で姉を失うという痛々しい過去があったのだ。大切な人を守れなかったという心の傷を負うショウは、今度こそ笑顔を守ると決意し海底へと向かった。 深海艇キューブ01に近づいたショウは、緊張でふるえながらも、替えの酸素カートリッジを接続させることに成功。そして実験途中だったサブマリンロボを起動するためにディスクをロードする。その作業中に突然、水中仕様のガラゴロが襲いかかってきたが、ディスクの読み込みが間一髪で完了したサブマリンロボが動き始める。ハイパー合体の後、ガラゴロを「バブルスマッシュ」で撃退。危険な状態だったキューブ01も無事に助け出すことができた。緊急の起動にもかかわらず、見事な活躍を見せたサブマリンロボは、性能実験も問題なくクリアし、晴れてMRRへ配属されることになった。そして、ショウも訓練の成果とみずからの勇気によって心の傷を乗り越え、さらなる成長を遂げたのだった。

正式入隊が決まり、イエローギアーズの新しいメンバーとなったサブマリンロボ。海を愛する爽やかな性格のサブマリンロボは、同時にマイペースなタイプでもあり、窮屈な格納庫での待機をなかなか納得してくれない。そんな状況に困り果てた教官たちから、ひとつのアイディアが出される。それは、MRR隊員たちの中でサブマリンロボを説得させた者をロボマスターとして認めるというものだった。 ショウは早速、名乗りをあげ、何度も挑戦するがことごとく失敗。そんな姿を見かねてドリルロボも説得に当たるが、サブマリンロボは説得に応じてくれなかった。 そんな中、北海道のオホーツク海沖で、巨大な流氷に鯨が挟まれて苦しんでいるというニュースが入る。ショウは出場命令が出ていないにも関らず、サブマリンロボと共に鯨の救出に向かった。その先にはフリーザー仕様のガラゴロが流氷を作り出していた。その威力によって海は凍ってしまい、サブマリンロボは氷で動きを封じられてしまう。自分の身勝手な行動で、ショウを危険に巻き込んでしまったことを反省するサブマリンロボに、容赦のない攻撃が押し寄せる。万事窮すと思われた瞬間、ドリルロボたちが応援に駆けつけた！　ドリルロボは、サブマリンロボを封じる氷を体当たりで破壊し、サブマリンロボは強力な“バブルスマッシュ”でガラゴロを撃破。流氷に挟まれていた鯨も無事に海へ帰すことができた。仲間のおかげでレスキューを完了できたサブマリンロボは、チームワークの重要さを実感し、格納庫で待機することを承諾する。そしてサブマリンロボと心を通い合わせたショウは、念願のロボマスターとして認められるのだった。

MRRの隊員たちにテストの答案が返却される。太陽の得点はなんと100点。しかし、それは4教科の合計得点だった。一方、エースは全科目で満点。成績が思わしくないレッドウイングスはエースを先生として補習授業を受けることになる。エースはレスキューに必要な知識として、火災旋風について講義をする。憮然とした態度の太陽は彼の優秀さを疑っていた。エースは皆に隠れて何か仕掛けがあるに違いないと思い込んだ太陽は、エースの行動を覗き見する。そこで目にした彼は、ずる賢いことをしたり、ごまかしているわけではなく、また高らかに吹聴しているような天才でもなかったのだ。毎日遊ぶことを我慢し、ファイヤーロボの点検と掃除を欠かさない努力家だったのだ。 その翌日、製油所火災のレスキュー出場命令が下る。太陽はマリーから、実はエースは太陽のことを誉め、認めているということを聞かされる。天才的なレスキューの才能を持つ太陽に及ばない、エースはそれを自覚しているからこそ努力し続けていたのだ。 製油所の火災はエースの的確な指示で鎮静化へ向かっていた。そんな中、工場見学中に巻き込まれた子供の救出に向かうエースと太陽。逃げ遅れた子供を救助する途中、太陽は避難路に危険を感じる。その直感に従おうとする太陽を制し確かめに行くエースは、豊富な知識から火災旋風が起きると確信。彼らが避難路を変更した途端、火災旋風が発生する。一時は危機的な状況かと思われたが、ファイヤーロボたちの協力で無事に生還することができた。自分の直感でレスキュー完了したと自慢する太陽に、エースの判断力によって火災旋風に巻き込まれずに済んだことも忘れてはならないと、ファイヤーロボとジェットロボが諭す。その言葉にエースの努力を心から認める太陽だった。

MRRに国際宇宙ステーションから応援要請が入り、レッドウイングスは宇宙での実地訓練も兼ねて、出場することになった。宇宙へ出るためには、成層圏スペースポート、イカロス・ワンを経由しなければならない。地球と宇宙を結ぶ中継点として、高度３万メートルを飛ぶイカロスは、連絡機・スペースライナーを駐機した史上最大の飛行物体で、内部は空港のようになっているのだ。そこで偶然にも宮島は、かつてレスキューチームの同僚だった本田に出会う。本田はマシンロボレスキューの子供の中に太陽の姿を見つけ興味を示すが、宮島はあえて話をそらして、本田を待合室へ連れて行った。ふたりは飛行機事故に巻き込まれ、奇跡の生還を果たした幼い太陽を救助した過去を持つ。幼かった太陽が飛行機事故で両親を失ったという辛い記憶の一部を失っていたため、宮島は彼を刺激しないように気遣っていたのだ。 その時突如、イカロス・ワンはステルスロボから攻撃を受ける。レッドウイングスは直ちにレスキュー活動を開始。被弾し大爆発の危機にあるイカロス・ワンから民間人の避難誘導を鈴たちに任せ、太陽はジェットロボと共にステルスロボと直接対決に出る。ジェイとステルスロボは、ジェットロボの活動区域外の高々度へ誘い込み、戦いを優位に持ち込もうという目論みがあった。気圧が地上の100分の1しかない遙か上空ではジェットロボの出力は上がらず苦戦を強いられる。合体したハイパーステルスロボの猛攻に、ジェットロボはハイパー合体したが、両手両足のスカイロボが破壊され、墜落してしまった。その落下の勢いによって太陽は失われていた飛行機事故の記憶を呼び覚ましてしまう。そんな中、ステルスロボの前に未確認の新型ロボが現れる。それは宇宙空間でのレスキューのために開発されたスペースロボだった！

ハイパーステルスロボの猛攻撃を受けて、南飛島に不時着したジェットロボ。大気圏から落下する瞬間、太陽は４年前に起きた飛行機事故の記憶を取り戻してしまう。その恐怖のあまり、気を失ってしまう太陽。ＭＲＲの子供たちは、長官から太陽とジェットロボ救出の出場命令を受けて、ジャイロロボ、ドリルロボ、ポリスロボ、サブマリンロボとともに現場へ急行した。 現場に着いた子供たち。誠はコッピットのハッチを開けて太陽の様子をうかがう。どうやら命には別状ないようで、ホッと胸をなで下ろす子供たち。早速、太陽を手当する子供たちの前にハイパーステルスロボが現れ、ジェットロボに止めを刺そうとする。しかし駆けつけてきたマシンロボたちが、その攻撃を阻止する。ポリスロボはゾーンを展開させるが、ステルスロボも同じようにゾーンを展開させて、ポリスロボのゾーンを壊してしまった。マシンロボしか使えないはずのゾーンをステルスロボも使えるという事実に驚愕する子供たち。 基地に戻った太陽は、今までベッドで眠っていたことが嘘のように、もりもりとゴハンを平らげ、持ち場に戻ろうとする。太陽の記憶が戻ったことに感づいていた宮島は、太陽を試すために飛行訓練に誘う。はじめはなんともない様子の太陽だったが、降下を繰り返していくうちに、表情はみるみるうちに変わっていき、恐怖のあまり泣き出してしまう。こんな状態ではジェットロボのロボマスターは務まらないと感じた宮島は、太陽にロボマスターを降りるように告げる。 そのころ、誠はほかの隊員たちとともに長官の部屋を訪れていた。それは、ステルスロボの正体をあきらかにするためだ。そこで子供たちは長官の口から驚きべき真実を聞く。ステルスロボは長官や水道橋博士の祖父が、もともと軍事用に開発した殺戮マシンだったのだ。その強大な力を恐れた長官たちは、災害や人命救助に適した新しいマシンロボを作り出したのだ。

刻一刻とステーションライナー１２便の酸素残量は減り続けていた。このままでは２４時間後には酸素残量はゼロになってしまう。エンジンは動かないものの、辛うじて繋がっている回線で、鈴と海はＭＲＲ本部と通信を行っていた。救助の手配を進めていることを知り、ふたりは少し安心する。 その間、ＭＲＲでは壊れたジェットロボの修理と改造を進めていた。事故の記憶と恐怖が甦ってしまった太陽はジェットロボに乗ることができず、ひとり部屋に籠もってしまう。そんな彼を見て、宮島はステーションライナー１２便の回収と人命救助の任務をエースに任せることにした。明朝の作戦のため、一度解散するＭＲＲ。鈴と海、太陽の様子を心配する隊員たちは食欲もなく、夕飯に手をつけない者もいた。誠は「こういうときこそ、食べなきゃだめなんだ」とみんなを諭し勇気づける。 一方、太陽はジェットロボとエースが打ち合わせをしている格納庫を訪れていた。マシンロボは使い方を誤れば兵器にもなるほどの力をもっている、それを正しい方向に向けさせ、迷わず力を奮うことができるのは、ロボマスターたちなんだとジェットロボは太陽を励ます。その言葉に勇気づけられた太陽。勇気を奮ってジェットロボに乗ってみる。その空の美しさに恐さは感じられなかった。そして太陽はジェットロボを信じ、心の傷を乗り越えることを誓うのだった。様子を見ていた子供たちは、命令違反を犯しても、太陽を宇宙へ向かわせることを誓う。 翌日、エースを装った太陽は、宇宙へ向かって旅立つ。宇宙で待ちかまえていたステルスロボと戦うシャトルロボ。圧倒的な力の差に押されるステルスロボは撤退を余儀なくされる。しかし最後に打ったミサイルがステーションライナー１２便に当たってしまい、地球へ降下を開始してしまった。太陽は恐怖から一度はステーションライナー１２便を追うことを戸惑うが、恐怖を克服して救出に成功した。そしてシャトルロボとステーションライナー１２便は目的地の宇宙ステーションへ向けて出発するのだった。

シャトルロボが救出した１２便の乗客と子供たちと共に国際宇宙ステーションに到着した太陽たち。しかし、そこは実験用として培養していた植物たちが異常なほど育ってしまい、まるでジャングルになっていた。しかし、被害はそれでだけに止まらず、成長しつづける植物たちは外壁をえぐってコードを絶ちきり、宇宙ステーションを破壊し続けていたのだ。 そのころ、地上のＭＲＲ基地に残っていた子供たちに緊急の命令が出される。それは宇宙ステーションに除草剤を運ぶというものだった。アリス、誠、エース、大地、ケンの５人は、水道橋博士が完成させた新型の輸送機マシンコマンダーで宇宙ステーションへ向かうことになった。子供たちは早速、山のように積まれた説明書を頭に叩き込むのだった。 一方、太陽たちは要救助者の有無を確認しながらステーション内部へ進んでいく。途中、巨大な化け物のような植物が人間を捕まえていた。太陽はその化け物植物を排除するため、エアロックの扉をあけるが、蔦が太陽に腕に絡まってしまい、植物と一緒に宇宙空間へ投げ出されてしまう。そのころマシンコマンダーが到着。子供たちは除草作業を始める。そこへガラゴロが現れてシャトルロボと戦闘になってしまった。鈴と海は宇宙へと投げ出された太陽を救おうとするが、なかなか手が届かない。流されてしまい、宇宙空間を彷徨う太陽のＫボーイの充電が切れ、本部で彼の居場所を特定することができなくなってしまう。しかし生きる執念を燃やす太陽は宇宙空間を漂っている船の中で電源を探してＫボーイを復活させる。そしてシャトルロボに合体を指令。ハイパーシャトルロボはフィンガーフラッシュを放ちガラゴロを撃退。太陽も無事に救出された。ＭＲＲの子供たちは救出した人々を月面基地まで運ぶという新しい指令を受けて旅立つ。

無事に月面基地に到着したＭＲＲの子供たち。ムーンベースへの救助者の搬送が完了し子供たちはＭＲＲとしての任務を完了させていた。長官は子供たちに任務を無事終了させたご褒美として自由時間を与えて、月基地の見学を許可する。 喜ぶ子供たちは長官から月の歴史を知るために博物館へ行くようにと言われていたが、アリスがもっと楽しいことをしたいと提案し、子供たちは彼女に賛同する。まんまとアリスの罠にはまった子供たちは、かぐや姫のお芝居をやることになってしまう。月で最初のかぐや姫を演じた女優は自分だと喜ぶアリス。 そのころジェイとステルスロボもまた、月面基地を訪れていた。内部に侵入したジェイは街にある博物館に引き込まれるかのように入ってしまい、馬の首星雲を写した一枚の大きなパネルを見つける。ジェイの傍に寄ってきた老人は、そのパネルを撮った宇宙船の話を語り始める。打ち上げに初めて成功した火星探査船マルス。その調査船が地球と火星を行き来する中で、ひとりの赤ん坊が誕生していたという。その子供は、まさしく宇宙ではじめて誕生した人類なのだ。老人の話を聞いていたジェイの脳裏に突然、幼すぎて忘れていた記憶が甦る。「この子だけは助けてください」と叫ぶ母親の声。そして赤ん坊は救命ポッドで宇宙へ投げ出されたのだ。そしてその赤ん坊こそジェイ自身だったのだ。 そんな中、月面基地に起きるはずがない地震が発生する。その地震はどうやら月面採掘場で起きているらしい。太陽たちは、採掘場で作業をする人たちを保護するため、現場へ向かう。しかし、そこにはステルスロボが待ちかまえていた！

月から無事に帰還し、再会を喜び合う太陽たち。シャトルロボは再びジェットロボとなり、ＭＲＲ本部もかつての日常を取り戻しつつあった。そんな中、なんと人気レポーター・チャーミー佐藤がカメラを持って登場！　特番撮影のため、ＭＲＲに体験入隊するというのだ。 出場要請を受けたレッドウイングスに密着し、山火事の現場へと付いていくチャーミーだが、ファイヤーロボの放水をまともに食らい、あえなくリタイヤしてしまう。 あちこちに擦り傷を負い、ＭＲＲ本部に担ぎ込まれたチャーミーだが、彼はまったく懲りていない。今度はブルーサイレンズによる、防犯防災ＰＲ活動を取材だ。これなら安全だろう……そうタカをくくったブルーサイレンズの面々だったが、チャーミーが捨てたバナナの皮で隊員たちが転倒！　坂道を転げる彼らに巻き込まれ、チャーミーはまたしてもケガを負ってしまう。 それでも挫けないチャーミー、次はイエローギアーズの救助演習に同行だ。いまいちハデさに欠ける……そう落胆するチャーミーに、小百合が「楽しい訓練メニュー」を提案する。降下訓練や重装備でのマラソン、水上スキーに地底探索訓練……どれもチャーミーが苦手とするものばかりだ。へたりこむチャーミーに、かわいらしい笑顔を向ける小百合。「楽しかったよ」という彼の皮肉は、小百合には通用しなかった……。 身勝手な行動で隊員たちを振り回し、自らも散々な目に遭ったチャーミー。今度は格納庫内にセットを組み、全隊員を迎えて「第一回・マシンロボＭＶＰ」を決めることになった。「珍プレー編」にノミネートされたのは、ポリスロボ、サブマリンロボ、ドリルロボの３体だ。それぞれの面白おかしいエピソードが披露され、子供たちは笑ったり呆れたりと忙しい。隊員たちの好き勝手なコメントに、さすがのチャーミーも少々困り顔だ。 さて、次の「ダイナミック編」では、ウイングライナー、サイレンギャリー、ギアダンプが登場。迫力満点の変型・救助シーンに、ロボ、隊員とも得意気だ。そして最後は「好プレー編」。スクリーンに映し出されるジェットロボとファイヤーロボの活躍に、太陽とエースが「どっちが一番だ!?」と言い争いを始めた。他の隊員たちも「自分のマシンロボが一番だ」と、ふたりの間に割り込む始末。さあ、最も強く、最も活躍したロボは……!?　大地から決定権をゆだねられた太陽は、今度はシャトルロボが一番だと言い放つ。思わずズッコケる隊員たち。その耳に、緊急出場のアナウンスが響く。隊員たちが出払った格納庫に、ぽつねんと残されたチャーミー。結局、ＭＶＰは誰だったのか……ヤケクソ気味に、彼はボンを指さす。そう、一番なんて決める決める必要などない。それぞれの長所を活かし、互いに助け合っていけばいい。だって、みんなが一番なんだから――去りゆくチャーミーの後ろ姿を眺めながら、ボンはそう呟くのだった。

ジェイとステルスロボの度重なる失敗に業を煮やしたガイザーGは、新たな部下・ハザード大佐を招き入れる。彼はガラゴロやステルスロボが集めたマシンロボの戦闘データを元にBLマシンロボを造り上げたのだ。ジェイとステルスロボはハザード大佐の配下となり、マシンロボ破壊の失敗は許されない状況に置かれてしまう。このままではジェイが処分されてしまうと考えたステルスロボは憎きジェットロボ撃退の作戦を単独で行う。 いつも通り厳しい訓練メニューをこなすMRRの隊員たちに、突如災害現場への出場要請が入る。現場へ急行するファイヤーチームとジャイロチーム。また、災害は1カ所だけではなく、出場要請は各地からひっきりなしだ。しかも、現場の位置はバラバラ。隊員たちは何か心にひっかかるものを感じていた。 その頃太陽は、ひとりで墓地を訪れていた。今日は太陽の両親の命日なのだ。記憶を取り戻し、飛行機事故の恐怖を乗り越えた太陽はレスキューにかける夢の実現を両親の墓前で誓う。そこへ突如ステルスロボが出現！ステルスロボは太陽を人質にただ1体基地に残っていたジェットロボを呼び出し、死を覚悟の一騎打ちに挑む。ステルスロボの身を案じ、その場に現れたジェイとの深い絆を感じた太陽は、同じマシンロボでありながらなぜ戦うのかと疑問を投げかける。しかしその訴えは届くことなく、捨て身の攻撃に出たステルスロボは必殺技を至近距離で発射！　その威力で自ら傷つくステルスロボ。そこへハザード大佐が現れる。彼らは身構える太陽とジェットロボを尻目に、黙ってステルスロボを回収していくのだった。

MRRでは社会科見学の小学生たちを前に放水訓練が行われていた。彼らにいい格好を見せようと意気込む隊員たち。しかし、ジェイとステルスのことで集中できない太陽のミスがキッカケでエースと誠、大地のホースが絡まってしまい大混乱！　結局カッコイイところを見せるどころか、失敗した上に4人での格納庫の掃除を言いつけられてしまう。そこへひとりの小学生が迷い込んでくる。彼はかつて太陽が救助した少年・純だった。純にマシンロボのカッコ良さを自慢するエースだが、極秘である情報を漏らしそうになり、誠と口論になってしまう。そこに大地も加わってしまい大騒ぎに。その場に割って入ったファイヤーロボやドリルロボから「かっこいいとか悪いとかは関係ない、人々の命を救うことが大事なんだ」と諭される3人。その時、レッドウイングスにコンビナート火災出場要請が入る。ファイヤーチームが先陣を切って出場、太陽たちもその後を追った。 あまりの火の勢いからファイヤーロボに現場を離れるよう言われたエースは、迷子になっていた純を発見する。格納庫で迷った純はウイングライナーに乗ってしまったのだ。エースは自分の不注意で民間人を巻き込んでしまったことを深く反省する。エースは純を安全に避難させるため、そのルートをK-BOYに探索させる。 そのころコンビナート火災の犯人BLファイヤーロボと対峙していたファイヤーロボは、ゾーンを展開。エースにハイパー合体の指示を仰ぐが、K-BOYを探索に飛ばしていたため、その声に気が付かない。その隙にハザード大佐はエイダーロボを操って、ＢＬハイパーファイヤーロボに合体させるのだった！　その圧倒的な力の差の前に、ファイヤーロボはあえなく倒されてしまう。そしてBLファイヤーロボは合体したままエイダーロボをそのまま連れ去ってしまった！

エイダーロボをBLファイヤーロボに奪われてからエースは元気がなく、食事も手につかない状態だ。誠はそんなエースを励ますが逆効果となって言い争いに発展してしまった。大地が止めに入るが結局3人で喧嘩になってしまい長官のお叱りを受けてしまう。そんな彼らに太陽がビッグニュースをもってきた。彼はマシンコマンダーのテスト飛行を完了させ、それが現場投入されることになったのだ。マシンコマンダーロボは、どんなトランスポーターよりも速く、陸海空ばかりか宇宙空間でも活動できるといった超高機能の機体なのだ。急遽エース、誠、大地の3人はマシンコマンダーの現場運営に入ることをブレッドから言いつけられる。3人は渋々マシンコマンダーに乗り込むのだった。 そんな中、司令部に出場要請が入る。場所はMRR基地からほぼ地球の正反対に位置する南アメリカで、大規模な地震が発生したため救助活動が追いつかないというのだ。しかし、本来なら地盤が安定しており地震はほとんど起きない地域ということと、震源地が地表という点に隊員たちは強い疑問を感じる。 マシンコマンダーで現場へ駆けつけると、そこにはやはりハザード大佐の姿があった。マシンコマンダーは3体に分離し救助にあたることにする。崩れた鉄筋に挟まれた状態の要救助者を発見したファイヤーロボは、エースと協力して救助しようとするが、下手に動かせば鉄筋は倒壊し、二次災害も引き起こしかねない。大地は的確に鉄筋を取り除くため、自ら危険な現場へ降り立ち、ファイヤーロボに指示を出す。一方、ポリスロボはBLファイヤーロボとの戦いに苦戦を強いられていた。圧倒的な力の差に押されるポリスロボ。ここはマシンコマンダーにはまだ隠された真の力があると司令室から連絡が入る。だが、ロボモードに変形するためには、3体のリーダーロボと3人の指示コマンドが一つにならなければならないのだ。ついさっきまで喧嘩をしていた3人にできるのだろうか？　しかし、自分と仲間を信じる3人はその作戦を決行。見事マシンコマンダーはロボモードへ変形合体し、エースが指揮所に入った。形勢逆転!!　エースとマシンコマンダーロボは、BLファイヤーロボを追い詰め、正気に戻ったエイダーロボを奪還する。不利が歴然となったBLファイヤーロボは、捨てセリフを残して去っていった。隊員たちは心強い新たな仲間とともに、強く結束することを再認識するのであった。

小百合の別荘へ遊びに行くこととなった子供たち。その別荘は綺麗な海に囲まれた島にあり、子供たちは海水浴ができると大盛り上がり。しかし、全員が基地を空けることはできないので、仕方なくアリスを除いたブルーサイレンズのメンバーと佐々木が残ることになる。佐々木たちは雰囲気だけでも楽しもうと水着に着替えたり、花火をやったりするがそれもむなしいばかり……。 サブマリンロボとともに別荘についたメンバーは、何十畳もある部屋を寝室として与えられた。さっさと眠ってしまった宮島をよそに、マリーと子供たちはお決まりの怪談話を始める。ところが、みんなが恐がっている中でケンだけはそれを冷静に聞いていた。彼は、「望んで幽霊になる人はいないはず。恐がったらかわいそうだ」と考えていたのだ。 翌日、サブマリンロボも加わって海水浴を楽しむ子供たち。その時、ケンは岬の方に人影を見つけた。その夜も、みんなが花火で盛り上がる中、ケンは岬に人影を目撃する。気になったケンは、小百合が“幽霊が出る場所”と言う岬へ向かう。そこにいたのは海賊のような服装をした少女・ニーナだった。自分の姿が見えることに驚きつつもニーナはケンを父親の元に連れて行き、仲間たちに紹介する。みんなに気に入られたケンは、ニーナの父から昔海に沈んだ船を引き上げて欲しいと頼まれる。ケンは快く引き受けるのだった。 翌日の早朝、こっそりとサブマリンロボに協力してもらい船を引き上げる作業にとりかかるケン。しかしその作業途中、2体のガラゴロが彼らに襲いかかってきた。ピンチを迎えたサブマリンロボはハイパー合体し交戦状態に。一方、島の方でも地震が起きていた。災害の可能性を考えた隊員たちは島民を避難させ、ドリルチームに援助を要請する。ドリルロボの協力により、ガラゴロを退けたハイパーサブマリンロボ。しかし、ボロボロの海賊船はバランスを崩し、今にも海底深く落ちようとしていた。このまま落ちてしまえば二度と引き上げることはできない。ケンは大地にエクス合体の指示を頼み、両手をアクアロボからドーザーロボに変え、船を引き上げることに成功した。願いが叶ったニーナたちは、引き上げられた海賊船とともに消えていく。その存在を知るケンだけが静かに彼らを見送るのだった……。

ブルーサイレンズのメンバーは、佐々木教官と共にMRRを代表して最新鋭の飛行船ウラノス2の見学に訪れていた。コンピュータによって制御されているウラノス２は、主に地球観測や災害の監視に使用されているが、通信や放送などの中継ステーションとしても利用されている。もしウラノス２に何か事故が発生すれば、全世界はたちまち混乱に陥ってしまうだろう。 見学中、急にトイレに行きたくなった進をよそに、他の隊員たちはウラノス2の操縦室を訪れていた。初めて見る操縦室に、強とアリスは大はしゃぎ。船長から自由見学の許可が下り、アリスと強は早速、探索に出掛ける。 その頃、ウラノス2の機能に目をつけたハザード大佐は、クルーに扮して侵入。操縦室に入り込み、佐々木や誠、クルーたちを催眠ガスで眠らせてしまう。その間に全世界の放送、通信をジャックし、世界中を混乱に陥れるつもりなのだ。作戦内容をトイレの中で聞いてしまった強は、アリスと連絡を取ろうとするがハザード大佐にはばまれ、また、お得意の演技でハザード大佐をうまく巻いていたアリスも追い詰められてしまう。しかし、その隙に操縦室から脱出した誠たちの活躍で、形勢は逆転。今度はハザード大佐が追われるがドアを突き破って逃亡、ガラゴロとBLポリスロボを呼び寄せ攻撃を仕掛けてきた。 一方、電波妨害の発信元を突き止めたMRRだったが、通信不能となり出場困難な状態に陥ってしまった。しかし隊員たちは諦めず、通信機を使わないで力を合わせて機械を動かし、マシンコマンダーを発進させることに成功する。間一髪、現場に到着したマシンコマンダーの指揮所に乗り込みロボモードに変形させる誠。しかしBLポリスロボもハイパー合体してしまった！　苦戦を強いられるものの、必殺技マイティフラッシュでBLポリスロボを倒すマシンコマンダーロボ。しかし敵によって機体に亀裂を入れられていたウラノス2は、急激に高度を下げ始めてしまう。マシンコマンダーロボとジェットロボは墜落しつつある機体を必死に支え、なんとか海への着水に成功させるのだった。 後日、デザスターに見学の邪魔をされてしまったMRRに改めてウラノス2から見学許可が入る。今度はどのチームが行くかで大混乱になる子供たちだったが、今回の事件でいざという時の結束力と信頼関係があれば、どんなことでも乗り越えられると確信した彼らなのであった。

月面基地での活動が認められたMRRは、航空管理局に設置された特設ステージで表彰されることになった。ジェットロボが代表して賞状を受け取り、表彰台に上った子供たちも誇らしげだ。アリスとエースは得意になっていたが、逆に大地と太陽は緊張でガチガチ状態。 その頃、ジェイは自分の出生の謎を探るため、管理局のデータ室へと侵入。そこで彼は、10年前に起きた人類初の火星探査船マルスの事故に関するデータを調べていた。データによると、マルスで唯一の生存者は救命ポッドで脱出していた新生児だけ。その子の名前はジュニア、愛称・ジェイと呼ばれる男の子で、養育施設に引き取られた数年後、行方不明になったという。やはりジェイはマルスの生き残りだったのだ。その事実に愕然とするジェイ。その時、彼の前に太陽が現れる。表彰式の緊張のあまりトイレに駆け込んだ太陽は、データ室のドアが開いていることに気づき、そのすべてを目撃していたのだ。その時、頭上で建物が崩れる予感を察知した2人は、直感的にその破片を避ける。ジェイは太陽と同じサバイバルナチュラルの能力を持っていたのだ。何者かによって建物が破壊されている中、太陽たちは逃げ道を失った幼い女の子に出会う。その子は、ジェイが侵入前に風船を拾ってあげた少女だった。太陽がK-BOYで脱出路を検索する中、ジェイはダストシュートから抜けることを提案。無事脱出に成功するが、彼らを待っていたのはハザード大佐とBLドリルロボだった。ジェイは、倒壊の影響で崖へ落ちそうになっている少女の母を救出すべく、ステルスロボを呼ぶ。ジェイの叫びが通じ、デザスター本部に捕らわれていたステルスロボは、基地を抜け出し、彼の元へと向かうのだった。 現場に現れ、BLハイパードリルロボと一騎打ちになるハイパーステルスロボ。しかし、武器を封じられているため、攻撃を仕掛けることはできない。その時、ジェットロボはエクスジェットロボにエクス合体し、ステルスロボの加勢に入る。一瞬の隙をつき、敵の背後を捕らえたステルスロボは、エクスジェットロボに自分ともども撃てと叫ぶ。ためらうエクスジェットロボをステルスロボは促し、ロケットパンチャーを発射させる。ＢＬハイパードリルロボもろとも崖下へ落ちていくハイパーステルスロボ。足元の危険を察知し、太陽と母親を安全な場所へ避難させたジェイもまた、崖下へと転落。その瞬間を凝視していた太陽は、ジェイを助けられなかったことに悔やみ、ただうなだれるだけだった……。レスキュー活動が終了し、ＭＲＲ隊員はステルスロボとジェイが消息を絶った周辺を調べたが、ステルスロボの破片すら発見することはできなかった。しかし太陽はひとり、ジェイは必ず生きていると信じるのだった。

映画の撮影現場からMRRに出場要請が入る。その出場先はなんと、人気女優・穂村冴子主演のドラマ「忍者ママ・THE・MOVIE」の撮影現場だった。山の爆破シーン撮影のため、安全を考慮して要請が入ったもので、他のチームの羨望をよそに、出場が決まったイエローギアーズのメンバーは、憧れの冴子に会えると気もそぞろ。現場に到着し、興奮のあまりサインをねだる子供たち。しかし冴子はそんな彼らを気にも留めず、なんと大地に抱きついてしまう。冴子は実は、大地の母親だったのだ！ 愛息子との久々の再会を喜ぶ冴子。その様子を見ていたスタッフは、怪獣と子役スタントが間に合わないため、映画に出てくれないかとイエローギアーズに依頼する。長官もその依頼を承諾し、イエローギアーズは映画に出演することになった。しかし、海は映画に魂を売ったという噂で有名な堀田監督と穴尾プロデューサーが仲間たちに無理難題を押しつけないか心配をしていた。 大地は少年忍者、ショウはバカ殿、小百合は捕らわれの姫、ケンはセーラー服を着た忍者ガールズレスキュー役と配役も決まり、張り切って撮影に臨むメンバーたち。しかし海の心配は的中し、滝つぼ落ちや火事からの脱出など、監督からめちゃくちゃな注文ばかりつけられてしまう。 その頃、ハザード大佐は冴子をデザスターに引き入れるため、現場に潜り込み、撮影用の火薬をデザスター製の強力な火薬にすり替えていた。 午後の撮影シーンでは、ドリルロボは謎の虚無僧、サブマリンロボは怪獣を担当し、スムーズに進む。そんな中、冴子のファンだったハザード大佐が撮影現場へ乱入し、彼女を災害活動に勧誘するが、もちろん断られてしまう。怒り狂ったハザード大佐はガラゴロを呼び出して山に設置した火薬を爆破。その衝撃で土砂崩れが発生し、ADの梅田が岩穴に閉じ込められてしまう。小百合とケンはギアダンプをロボモードに変形させ、ドリルロボと共に攻撃を仕掛ける。その隙に大地は梅田を救出するためドーザーロボと崖へ。大地のレスキュー活動を見ていた冴子は、常に危険と隣り合わせであるMRRの仕事をやめさせようとする。しかし大地は「必要としている人がいる」と彼女を振り切って、ドリルロボにハイパー合体を指令、ガラゴロを一気に片付けるのだった。 結局デザスターの登場で撮影続行は不可能となり、大地と冴子の親子共演は実現しなかったが、たくましく成長した息子を思う冴子と、母親を思う大地の心には大切な思い出が残ったのだった。

父から警察庁でもマシンロボを導入する動きがあり、その幹部候補にエントリーしていること知らされる誠。彼にとって警察官は憧れの職業だ。その誘いを嬉しく思いつつも、仲間のことを気にかける誠は、MRRに残るべきかどうかで悩み、注意力が散漫になって、訓練中に手を痛めてしまう。 臨海総合病院で手当を受けることになった誠は、そこで彼と歳の近い女医・亜希に出会う。亜希は、そそっかしい一面はあるものの、特殊才能育成法により既に医師免許を持ち、ひとたび急患が入ると迅速かつ適切な処置を施す優秀な医者だった。そんな亜希に惹かれた誠は、患者の少年の誕生日プレゼントを買う彼女の買い物につき合う約束をする。 病院から戻ってからというもの、日がなボンヤリの誠を心配する仲間たち。そんな折、亜希から待ち合わせの連絡が入る。そこで仲間たちは彼がデートの約束で緊張していたことを知る。普段真面目な誠もやるものだと、冷やかしつつも応援する仲間たちだったが、アリスだけはひとり、誠のデートに猛反対していた。 デート当日、隊員一同や教官、大井川夫妻に見守られ、しかも長官にまで励まされながらモノレールで待ち合わせ場所へ向かう誠。窓から見える訓練所では、マシンロボたちが応援メッセージが書かれた垂れ幕を掲げていた。ショッピングモールで待ち合わせ、プレゼントを買う２人。患者の少年と亜希の誕生日が同じことを知った誠は彼女と別れた後、密かに誕生日プレゼントのネックレスを用意するのだった。その頃、亜希は発作のため倒れしまう。幼い頃からの持病で長く生きられないと診断されていた彼女は、明るい外見とは裏腹に病魔と必死に闘っていたのだ。 そんな中、MRRに臨海地区の発電所で火災発生の知らせが入る。その影響で湾岸一帯は停電になっているというのだ。緊急出場するレッドウイングス。臨海総合病院からも火災が発生したという報告を受けて、誠はポリスとともに現場へ急行。全員の避難が終わる中、誠は亜希ひとりだけ病院内に取り残されていることを知る。冷静さを失い、防護服も着用せず火事現場へ向かおうとする誠を必死に止めるアリス。アリスの言葉に冷静さを取り戻した誠はK－BOYで亜希と連絡をとり、場所を特定して救出に向かう。ポリスロボが脱出口を作り、なんとか安全な場所まで避難した誠と亜希。しかし、亜希の身体は既に弱りきっていた。そして「２人でもっとたくさんの人を助けたい」亜希は誠にそう言い残し、息を引き取るのだった。 数日後、ＭＲＲ隊員たちは出場指令が入っている誠に代わり、あのネックレスを持って、亜希の墓前を訪れていた。誠は亜希との約束を守るため、警察からの誘いを断り、MRRとして人々の安全のために働こうと誓う。

太陽は大井川夫妻に連れられ、旧友が民宿を経営している比奈月温泉を訪れていた。その時、火事を知らせる鐘を聞いた太陽は、現場で古いポンプ車を使って鎮火にあたる消防団と、バケツリレーで応援する町の人々を目撃する。その先頭に立って消火活動をしていた竹造が善治郎の友人なのだ。竹造は隣町にしか消防署がないこの町で活躍している地域の消防団員の1人で、そんな竹造に善治郎は民宿にいる間、太陽の消防団への入団を依頼する。夜は拍子木を打ちながら町の見回り、翌日は早朝に叩き起こされて訓練に駆り出される太陽。しごかれてへとへとになった彼は、竹造が古くさい消防団だから最新設備を誇るMRRが憎いんだ、と善治郎に愚痴る。善治郎はそんな太陽を墓参りに誘う。その墓は竹造の妻と子供の墓で、彼らは大雨による土石流で亡くなったというのだ。 しばらくして、突然降り出した雨は勢いを増し、大雨洪水警報が出される。マンホールから水が溢れ出し、川の水位は堤防のギリギリまでに達していた。太陽を連れて見回りをしていた竹造は消防団員を集結させる。 その頃MRR本部の隊員たちは、記録的な豪雨の知らせに太陽たちの身を案じていた。そこへウラノス２から情報が入る。太陽たちのいる比奈月山の中腹付近で土砂崩れを確認したというのだ。長官は二次災害の発生を阻止するため、ファイヤーロボとポリスロボ、ドリルロボを搭乗させたマシンコマンダーを出場させる。 土嚢を積み上げ、堤防の強化にあたる消防団と太陽。そこへ本部から土砂崩れの情報が入った。それを聞いた竹造は、土砂が一気に吹き出す鉄砲水を危惧する。土嚢積みを太陽に任せた竹造は他の消防団員を集め、町の人々の避難誘導にあたった。 現場に到着したマシンコマンダーロボは、ドリルロボに近くの湖までの水路の確保、ファイヤーロボに水を吸引してその水路に流すよう指示する。その甲斐あって水位は一旦下がるものの、土石流が発生。町の人々の避難は終わっていたため、太陽たちは火の見櫓でその様子を見守る。川は土嚢のお陰で氾濫することはなかったが、橋が破壊され、土石流をせき止めてしまった。このままでは土石流が町へ流れ込んでしまう。太陽はマシンコマンダーロボに橋をどけるよう指示。なんとか土石流は海へと流れていった。 その様子を見つつ竹造は人命救助が最優先、どんなポンプでもレスキュー魂があれば重ささえ感じなくなる、と太陽を諭す。ＭＲＲに戻った太陽はその教えを守り、マシンロボや仲間たちと共に、より一層レスキュー活動に力を入れるのであった。

ジャングルの奥地に旅客機が墜落した!!　レッドウイングスはすぐさま現場へ急行、みんな無事だ。その中で１人旅をしていた幼い少年・リッキーは、両親に会いたい気持ちから、森の中へ走って行ってしまう。太陽とエース、ボンも奥地へと進み、リッキーに追いつく。しかし、太陽たちはハザード大佐が開発した電波妨害装置により通信ができなくなり、戻る方向さえもわからなくなってしまった。エースと太陽は、野宿することに決め、水をろ過したり、火を起こそうとしたり努力する。しかし、そんな２人の行動とは別にリッキーは、ワガママばかりを言って、しかも太陽が持っていた非常食のお菓子をすべて食べてしまった。その行動に憤慨したエースに厳しく注意され、リッキーは泣き出してしまう。 翌日、ハザード大佐とBLファイヤーロボの放った炎が木々に燃え移り、山火事が発生。火の手は太陽たちにも迫り、川を渡って逃げるしか方法はない。始めは恐がって川を渡ることができなかったリッキーだったが、ボンの助けでなんとか渡りきり、最後には濁流に飲まれそうになった太陽とエースのロープを支えていた。 電波妨害装置がウイングライナーロボに破壊されたため、ファイヤーロボと連絡がとれたエースはハイパー合体を命令。BLハイパーファイヤーロボとの激しい戦いの末、ハイパーファイヤーロボの必殺技が決まった。ＢＬハイパーファイヤーロボは逃げる時にＢＬエイダーロボを切り離して破壊してしまう。ただのパーツ扱いするその戦い方にハイパーファイヤーロボは激しい怒りを感じていた。 後日、訓練に励むエースに一通の手紙が届く。その中には仲間たちと泥だらけになりながらキャンプを楽しむリッキーの写真が同封されていた。エースはチャレンジ精神に目覚めたリッキーの変化を嬉しく思うのだった。

リーダーロボの定期検査のため、みんなはマシンAI研究所を訪れていた。検査が終わるまでの間、子供たちはキャプテン・ミラクルが案内する、本物のような災害を体験できるという施設・ハイパー防災館に招待される。しかし、実はマシンロボの性能を120パーセント出し切っていないと不満に思った水道橋博士が、隊員たちにテストを与えるための作戦だったのだ。 早速テストがスタートした。レベル1は、イエローギアーズが担当する救助者を背負ったままの山岳救助テスト。ようやく頂上まで登ってマシンロボにハイパー合体を指令するが、合体終了まで時間が掛かりすぎたため失格。レベル2は、ブルーサイレンズによる室内での地震体験。すばやく安全なテーブルに潜り込むが、激しい揺れのせいで音声コマンドを正確に入力できず、またもや失格。続いて、煙が充満した迷路から脱出するレベル3のテストは、レッドウイングスが担当するが、結局はパイパー合体完了までコンマ2秒遅れていたために合格にならなかった。最終テストは、各トランスポーターの変形シミュレーション。ブルーサイレンズが１位になったが、それでも水道橋博士が考えていた合格点には届かなかった。今までのテスト結果から、レスキューに対する認識が甘い、と注意する水道橋博士に対し、子供たちは自らの体験談やMRRに入隊したきっかけを話す。それぞれの隊員がレスキューには、特別な思いと信念を持っていたのだ。その気持ちがわかった水道橋博士は、隊員のみんなに合格点を与える。しかし、開発のことなら負けないという博士と現場では負けないという太陽の間で対立が起きてしまう。その様子を見ていた小百合の説得で、太陽と博士は、お互いの分野を理解し、自分の仕事を完璧にすることを約束するのだった。

行方不明になっていたジェイが見つかった！　海に落ちた彼は、すべての記憶を失い、岸に流れついていたのだ。長官はジェイをＭＲＲで引き取ることを決定する。ジェイは自分が何者だったのか太陽に質問するが、太陽は彼を傷つけないために「イイヤツだった」と嘘をついてしまう。 善治郎の手伝いをしたご褒美のおにぎりを食べていたジェイの耳に、彼を巡って言い争いをするＭＲＲ隊員みんなの声が聞こえた。失った記憶を取り戻したいジェイは、食堂から出てきた誠に本当のことを教えて欲しいと頼む。そして今まで悪いことばかり繰り返していたことを知ったジェイは、驚き悲しむ。 そこへステルスが海底火山で発見されたとの情報が入る。すべてを知ったジェイは、パートナーだったステルスを救出するため、死ぬことを覚悟してレッドコマンダーに乗り込んでいた。ジェイを説得するためジェットロボで追いついた太陽は、誠と大地と一緒にマシンコマンダーロボに乗り込み、ステルスロボをマグマが吹き出す地底火山から助けることに成功する。しかし、なんとそこへ裏切り者を回収しにきたガラゴロが立ちはだかる！　マシンコマンダーロボは救出する時にすべてのパワーを使ってしまったため、戦うことができない！　しかもステルスの元へ向かうジェイは、ガラゴロによって再び操られそうになってしまう。だが、そのショックですべての記憶を取り戻したジェイは、今までデザスターに利用されていたことを知り反撃を開始。ジェットロボもガラゴロを撃退するが、その爆風でジェイが吹き飛ばされてしまった。海へ落ちるジェイを迷うことなくダイビングして追う太陽。そして、ぎりぎりで２人をキャッチするジェットロボ。太陽とジェイの間には今までのお互いのことは関係なく、新たな固い友情が芽生えたのだった。

ＭＲＲにいればデザスターに復讐することができると考えたジェイは入隊したいと長官に話す。偶然、そのことを知ってしまった鈴は、それをみんなに伝えようとするが、子供たちの間ではジェイを仲間に入れるかどうかで対立が起きてしまい、話せずじまいに。 以前、マシンＡＩ研究所がデザスターに襲撃された時、救出してくれた人物がジェイだったのではないかとずっと気になっていた鈴は、一緒にいた純から本当のことを教えてもらうため、マウンテンランドで彼と待ち合わせする。その時突如、タワー周辺にミサイルが撃ち込まれ、BLドリルロボを従えたハザード大佐が登場！　ハザード大佐は、タワーにいる人々を人質にしてＭＲＲにステルスロボを引き渡すよう要求してきたのだ。しかも、振動感知センサーが周囲にセットされているため、ステルスロボの行動だけでなく、機械を使った救助活動は、全て相手に悟られてしまう。タワーに残された人たちを助けるためには、中心にある200メートル以上のシャフトを使うしかない。純を心配している父の姿を見ていたジェイは、命を賭けて守ってくれた両親を思い出し、太陽とタワーに登ることを決意。K-BOYでその様子を見ていた鈴は、ジェイにマシンAI研究所でなぜ自分たちを助けたのか問いかける。鈴は、助けたことに理由はない、と答えた彼の人間性を信じて救助を待つことを決める。 ＢＬドリルロボは、ステルスロボの到着を待ちきれずにタワーの破壊を開始。傾くタワーを支えたのは、充分回復しないまま駆けつけたハイパーステルスロボだった。そこへジェイと太陽もタワー内部に到着。攻撃を受けながらもタワーを支え続けるハイパーステルスロボは手足を破壊されてしまうが、応援に駆けつけたジェットロボとエクス合体！　正義のパワーを込めた必殺のパンチでＢＬドリルロボを破壊した。 タワーにいた人たちは無事に解放され、ジェイはステルスロボと自分の力がレスキューで活かされることに喜びを感じていた。そのレスキューの心を知ったジェイをブラッド長官は認め、ようやくジェイはMRRに入隊することになった。

MRRに入隊したばかりのジェイは、所属チームが決まるまでの間、各小隊の訓練に参加して仕事を覚えることになった。マシンロボと隊員たちが見守る中、ジェイの訓練が始まるが、敬礼さえもまともにできない彼に隊員たちはあきれるばかり。レスキューの知識どころか、一般常識さえ知らないジェイに誠やエースたちはいらだちを感じていた。しかし、ジェイに一般的な知識がないのは、彼に知識を教える人がいなかったからなのだ。その事に気がついた隊員たちは、MRR隊員の中で一番の常識人である誠を教育係に任命。　許可を得て、ブルーサイレンズのメンバーと共に初めて街に出たジェイは、戸惑いながら色々なことを学んでいく。そんな中、彼らが乗っていた列車が橋の途中で急停止。４人が状況確認に急ぐ中、苦しそうな妊婦がジェイを引き留める。どうやら赤ちゃんが生まれそうだというのだ。至急、救急車を呼ばなければならないが、列車が動き出す気配はない。仕方なくジェイは妊婦を抱えて列車から外に出るが、そこにはガラゴロが待ちかまえていた。妊婦を控えていては最後まで攻撃をかわし切ることはできない。そこへ加勢に現れたのは正義のマシンロボとして生まれ変わったVステルスロボだった！　ジェイはVステルスロボにその場を任せ、イエローギアーズとともに無事妊婦を救急車に乗せる。 すぐさま元の場所へ戻ったジェイは、ガラゴロと対峙するVステルスロボにハイパー合体を指令。ガラゴロ2体を苦もなく倒し、ジェイとVステルスロボは初仕事を終えた。 数日後、病院で無事に生まれた子供を抱かせてもらうジェイ。その無邪気な笑顔を見たジェイは、他の隊員たちとともに人々の幸せを守っていこうと決心するのであった。

マシンコマンダーロボの指導のもと、Vステルスロボの訓練が行われていた。しかし、チームワークの意味がわからないVステルスロボはマシンコマンダーロボの指令を無視しては、すぐに和を乱してしまう。その態度にマシンコマンダーロボも引かず、２体はお互いの必殺技を繰り出してしまうほど対立してしまった。 基地の外では前代未聞の巨大な台風が発生。台風の到来に緊張する子供たち。しかし、かつて大型の台風を体験したことのあるエースは、その恐ろしさを指摘する。そんな中、無人島に避難していた漁船からレスキュー要請が入る。しかし、現場は台風の目に入っているため飛行機でのレスキューは不可能。暴風雨を突っ切って台風の目に入るためには、絶大なパワーを誇るマシンコマンダーロボで救助に向かうしかない。太陽は早速乗り込み出場するが、海は一向に移動する様子のない台風を不審に思い太陽に注意を促す。しかしその瞬間、落雷がマシンコマンダーロボに直撃。太陽は意識を失い、マシンコマンダーロボはエネルギーパックを破壊されてしまった。台風の目の中の無人島に到着し、助かったと思ったのもつかの間、マシンコマンダーロボはBLファイヤーロボの襲撃を受けてしまう。 一方、連絡が途切れたマシンコマンダーにエネルギーパックを補充するため、Vステルスとジェイはみずから進んで救助へと向かう。なんとかジェイはBLファイヤーロボによって攻撃されていたマシンコマンダーロボを確認するが、Vステルスロボは黒雲からの電磁波によって捕らえられてしまった。サバイバルナチュラルの能力で脱出方法を悟った太陽は、マイティフラッシュをVステルスロボに放つ。太陽の作戦を読んだジェイはタイミングをはかってフィンガーフラッシュVを繰り出した。その風圧によってVステルスロボは罠から脱出。マシンコマンダーロボの考えを理解したVステルスロボはビクトリープランを決行し、コマンダーロボとＶステルスロボが合体するのだった。エネルギー充電により復活したマシンコマンダーVは必殺技を駆使し、BLファイヤーロボを倒した。 そしてマシンコマンダーロボと和解したVステルスロボは、チームワークの大切さを理解し、力を合わせる努力をすることを誓うのだった。

MRRではジェイの入隊を祝してパーティが行われることになった。ジェイにはバレないように準備を進める隊員たち。しかし大地はその準備に気持ちを向けることはできなかった。実はその日、久しぶりに実家に呼ばれた大地は、そこで病に倒れた父の雄大と再会していた。彼は、大地にMRRを辞めて自身の経営する速水重工を継いで欲しいと願っていたのだ。大地はMRRに残るべきか、それとも実家に戻って会社を継ぐべきか悩むが、実は父の病気は大地を連れ戻すために両親がついた嘘だった。もともと気の弱い性格を直すために大地をMRRに入隊させた両親だったが、立派に成長した彼の様子を見て、そろそろ戻ってきて欲しいと願っていたのだ。 翌日、ジェイの歓迎パーティが開催された。太陽はボンを使った腹話術、鈴の中国武術など、それぞれが得意な隠し芸を披露する。大地はその様子を見ながら父の言葉を思い出していた。世界中の働きたくても働けない人々に技術と場所を提供する。それも人助けのひとつの考える雄大。その考えも理解し、親孝行がしたいと思った大地は父の申し出を受け容れる決心をする。そしてその翌日、大地は辞表を提出し黙って宿舎を後にするのだった。 実家に戻った大地は、雄大が手がけてきた加工の仕方によってその素材自体がエネルギーを放つ特殊鋼材を見せてもらう。しかし、そこには鋼材を狙ったガラゴロがすでに侵入していた！　大地は両親を連れて非常口に逃げ込む。到着したマシンコマンダーロボとVステルスロボ、イエローギアーズに両親を預ける大地。雄大の夢を壊そうとするデザスターに対して怒りを感じた大地は、小百合から受け取ったKボーイでドリルロボとコマンダーロボにVモード合体を指令。ガラゴロ３体を倒すのだった。 両親だけではなく、世界中の人を守りたいという大地の気持ちを知った母の冴子は、大地を連れ戻すことを諦め、すべてが雄大が仕組んだ芝居だったことを告白する。そして大地と雄大はそれぞれの場所でお互い頑張っていくことを誓うのだった。

関西防災フェスティバルにジャイロチームとドリルチーム、それと鈴、アリス、小百合の女性隊員がMRRを代表して参加することになった。彼女たちだけが抜擢されたことでレッドウイングスとブルーサイレンズはチームワークを乱すが、イエローギアーズだけはトラブルなく小百合を送り出していた。 防災フェスティバル当日は、大勢の観衆を前にジャイロロボの編隊飛行、ドリルチームのロボモードの変形、ギアダンプのロボモードへの変形を披露し、大成功のうちに終わる。その夜、鈴の実家に泊まることになった小百合とアリスは、なぜMRRに入隊したのかを話始めた。災害によって祖母を失った鈴は、大事な人を守るためMRRに入隊したという。一方の小百合は特殊な能力が認められて入隊したのだが、鈴は以前隊長から聞いたはずの小百合の能力がどのようなものだったのか、どうしても思い出せなかった。 その頃、MRR本部では関西方面をめざす未確認飛行物体を確認。鈴たちはその報告を受けて現場の確認に向かうが、それらしきものは見つからない。そこへ突然、ガラゴロが現れた。苦しそうに関節部分から火花を散らせているガラゴロの様子を見た小百合は、すぐに手当てをすることに。小百合はまずガラゴロを落ちつかせて、事の次第を聞く。ガラゴロたちは日々BLロボたちの力を試すための実験台として使われているというのだ。その状況を理解し慰める小百合。すべてを話すガラゴロの様子を見ていた鈴は小百合の能力が、災害や事故で傷ついた人々の心を癒すセラピーナチュラルであることを思い出す。3人は行き場所のないガラゴロをMRRへ来るよう誘う。そこへガラゴロを回収にきたハザード大佐とBLポリスロボが出現。3人の危機にドリルロボとジャイロロボが駆けつけるが、圧倒的な力の差に歯が立たない。遂に鈴たちに向けられた銃口から身を呈して守ってくれたのはあのガラゴロだった。はじめて怒る感情を見せた小百合は、ジャイロロボとドーザーロボのエクス合体の許可を本部に申請し、BLポリスロボを粉砕する。 ガラゴロは最後にMRRの一員としての仕事を果たし、その機能を止める。小百合は、いつかみんなが平和に暮らせる世の中にしたい、と強く決意するのだった。

MRRの定期試験の結果が戻ってきた。エースは筆記や実技では文句なしの満点だったのにも関わらず、成績表では「Aマイナス」。その結果を納得できないエースは、宮島に理由を聞くが、そこには教官からのもっと成長してほしい、という意味が込められているのだと説明される。 そんなある日、長官と佐々木、マリーが、世界防災会議に出席するため授業がなくなったので、隊員たちは、本部付近を航海している電磁石を動力とした最新鋭の豪華客船・ポセイドン三世号をMRR基地から見ようということになった。しかし、突如ポセイドン三世号の近くを航海していたタンカーが接近し、ポセイドン三世号はその脇に衝突！　タンカーの亀裂部分からはオイルが流れ出し、煙が上がり始めた。 すぐさま救助の出場準備を始める隊員たちだったが、マシンAIを積み込んだリーダーロボとマシンコマンダーたちは急に活動を停止してしまう。本部を訪れていた水道橋博士も原因の究明にあたるが、見当がつかない。隊員たちはやむなくサポーターロボとトランスポーターのみで救助へ向かう。現場では宮島が指揮をとり、救助に当たっていたが、落下物から女の子を庇って負傷し、担架で運ばれる。宮島はその場を去る前に、エースに現場の指揮を託すのだった。テキパキと隊員たちに指示を出すエース。みずからも人命救命に向かおうとするが、緊急事態のとき指揮官がいなかったらどうすると誠にいさめられる。 ボンのヒントでマシンロボたちがフリーズした原因が電磁波の影響によるものだと突き止めた水道橋博士は、太陽たちにポセイドン三世号のコントロールルームに入り、電磁推進モーターを切るよう指示、そしてマシンロボたちの再起動に成功する。即座にかけつけたマシンロボたちは迅速に対応し、大惨事は免れた。しかし、救助活動に成功し、気が抜けたエースはそのまま過労で倒れてしまう。教官はなんでも一人でこなせるエースが、仲間に任せることを覚えたことで、また少し成長したことを確信するのだった。

ジェイがMRRに入隊してから初めての休暇が訪れた。休みとは「戦いのために体力を温存する日」としか考えていないジェイは、せっかくの休日をどう過ごせばいいのかわからない。たまたま食堂で塩を切らして困っていたさとこに気が付き、手伝いをすることにする。太陽たちは、今までジェイに教えた常識的なことがどれくらい身に付いているのか試すチャンスと思い、みんなで彼の初めてのおつかいを見守ることにした。 ようやくスーパーの前に着いたジェイの前にひったくり犯が現れ、ジェイが投げ飛ばして捕まえる。そこで出会った見知らぬおじいさんに孫の“純”と勘違いされ、一緒に行こうと言われてしまう。最初は無理に振り切ろうと思ったが、以前小百合に「お年寄りには優しくしなければならない」と教わったジェイは、仕方なくおじいさんのいう通り、ついていくことにした。しかし、そこでもまた事件が発生、おじいさんが買ったイカロス１行きの切符が風で飛ばされてしまったりとジェイは散々な目に遭わされてしまう。また、切符と勘違いして拾った福引き券で、3等の塩一年分を当てようと思ったジェイだったが、なんと特賞のイカロス1へのペアチケットが当たってしまい、おじいさんとイカロス1へ行くことになってしまった。 そんな時MRR本部に出場要請が入る。人工衛星ひので1号に異常が発生、地球へ向けて落下しつつあるというのだ。コマンダーチームが出場し、ジェイはイカロス１でVステルスロボと合流。その間にひので1号は、ガラゴロたちの手によって地上へマイクロ波の送信準備を始めていた。このままでは、受信施設ではなく、都市全体に高周波が降り注いでしまうのだ！　イカロス1でおじいさんを家族に預けて、ジェイは応援に駆けつけたマシンコマンダーとVステルスロボにVモードの合体を指令、シールドでマイクロ波を受けとめて、そのエネルギーでガラゴロを撃退する。 その夜、閉店前のスーパーに駆け込んだジェイは、ようやく塩を買うことができた。そしてその塩を使ってさとこ特製おにぎりが隊員たちに振る舞われ、大喜び。そんなみんなの様子にジェイも笑顔を浮かべるのだった。

誠とジェイのマシンコマンダー飛行訓練が行われた。なかなか理解しあえない誠とジェイの結束を固めることも目的に含めての訓練だ。何事もなく飛行が続く中、ジェイはマシンコマンダーの性能を確かめるため、わざとむちゃくちゃな操縦をする。そのことで誠とジェイは言い争いになってしまい、訓練の操縦もそっちのけの取っ組み合いのケンカが始まってしまった。 その間にマシンコマンダーは積乱雲に突入。殴り合いのケンカがエスカレートしてしまった2人は勢い余って緊急脱出装置を押してしまい、外に投げ出されてしまう。 連絡が取れなくなったふたりのレスキューのために出場したVステルスロボ、ポリスロボは、不時着したコマンダーの元へと来たが、そこにはジェイと誠の姿は無かった。 目を覚ました誠がいた場所は、デザスターの基地の中だった。ガラゴロに連行された誠は、同じように侵入したもう一人の仲間についてハザード大佐に問いただされるが、決して口を割ろうとはしなかった。そのとき、罠を潜り抜けたジェイが誠を救出、2人は基地の外へ脱走を試みる。そのとき、ジェイの目の前に一体のガラゴロが現れる。それは世話役としてジェイを育ててくれたガラゴロのエフだった。裏道から逃がしてくれるエフにジェイは感謝しつつ、コンピュータルームで電波を復活させてマシンロボと通信を可能にする。ジェイたちを逃がしたエフは、ガラゴロとハザード大佐によって攻撃を仕掛けられるが、最後の力を振り絞り、追っ手と共に自爆する。ジェイは悲しみをこらえ、救出に現れたVステルスロボとポリスロボにエクス合体を指示、誠とジェイは辛くもデザスター基地脱出に成功するのだった。 MRR基地帰還途中、誠は「いつかは生まれ育った地を攻撃しなければならない」とジェイに告げるが、彼にはその覚悟があった。しかし、エフとの出会いで、デザスターの中には良い心を持つ者もいるという誠の言葉に、ジェイはそっと涙をこらえるのだった。

小惑星タルタロスの監視を続けていたソロン天文台が何者かによって襲撃された。救助にあたったレッドウイングスは天文台の中にまだ要救助者がいることを知らされるが、倒壊の危険があるため突入を躊躇していた。しかし、太陽は何の迷いもなく一人命令を待たずに突入。サバイバルナチュラルの能力を使って危険を察知し、なんとか要救助者を連れて脱出する。そして基地に戻って鈴に手当を受ける太陽。今回はかすり傷程度で済んだが、能力に頼ってばかりではいずれ大怪我をする可能性もある、とその無茶な行動を心配する鈴やエース、教官たちだった。 一方、長官はひとり昔のアルバムを引き出す。そこに写っていたのはかつての同僚カイザー博士だった。マシンAIを共に研究していたカイザーだったが、チームが研究を続けるために軍事利用を承諾してしまったことで一変し、袂をわかつことになってしまった。 そんな中、MRR本部に要島からの緊急出場要請が入る。噴火する予兆がなかった山が噴火したというのだ。早速現場へ向かうMRR隊員たち。その島にはデザスターの基地が隠されている積乱雲によく似た雲が接近しつつあった。 そんななか、ジェイと誠がデザスター基地から持ち帰った情報を解析していた水道橋博士から長官へデータが転送される。そこでカイザー博士がデザスターの創設者と確信を持った長官は、地球規模での環境管理システムを創造するというカイザー博士の研究のテーマを思い出し、子供たちに注意を促す。そして長官は、カイザーの狙いが要島の火山を利用し、重力制御で太平洋プレートを操作して環太平洋火山帯すべてを噴火させようとする計画に気が付く。水道橋博士がVステルスロボから引き出したデザスター基地のデータを元に太陽とジェイは基地のメインコアに突入。コアを爆発させ、デザスターの基地が倒壊していく。すべてが終わりのように思えたその瞬間、すさまじい重力を放ち、燃えさかる炎の中から、カイザーGが誕生するのだった!!

デザスター基地が崩壊し、ついにカイザーGがその姿を現した！　ひるむことなく立ち向うジェットロボとVステルスロボは、カイザーGの重力波が引き起こした爆発に巻き込まれてしまった。2体の救助に向かうマシンコマンダーロボだが、溶岩流に阻まれ、一時撤退を余儀なくされる。 MRR本部へ帰還した他の隊員たちは、太陽とジェイの反応が消えたことを知り絶望する。しかし、その間にも環太平洋火山帯の海底火山が次々に噴火。さらにカイザーGは地震や火山の噴火だけに留まらず、電波妨害や自然破壊まで行い、世界各地での被害を拡大させていく。MRR隊員たちは太陽とジェイの安否を気遣いつつ、レスキュー活動のため世界各地を飛び回るのだった。 一方、コックピットの中で意識を取り戻した太陽とジェイは、溶岩から逃れるため脱出を試みる。停泊中の船から信号弾を発見し、救助を求めることに成功するが、そんな彼らの元にハザード大佐とBLポリスロボが現われた！　マシンロボのいない太陽たちは強敵の登場により窮地に立たされる。そこへ間一髪、救助信号をキャッチしたマシンコマンダーロボが救助に駆けつけ、太陽とジェイを守るためBLポリスと死闘を繰り広げる。 その頃、本部内の指令室では、カイザーGの正体がかつて長官と共にマシンAIの開発に携わったカイザー博士であることが判明。司令室のモニターに映し出されたカイザー博士は、マシンロボを敵と認識し、人類に裁きを与えると宣告する。その宣言に愕然とする隊員たち。そんな中、カイザーGの分析をしていた水道橋博士から情報が入る。なんとモニターに写っているカイザー博士は偽物で、博士はすでにカイザーGによって殺されていたというのだ。カイザーGはカイザー博士を元に作られたマシンAIだったのだ！　数十年前、カイザー博士は、完璧なマシンAI・カイザーGの開発に成功した。しかし、カイザーGは、その完璧さゆえ、地球に害をなすものは人間だと認識し、人類滅亡プログラムを作動させてしまった。そして緊急停止装置でその暴走を止めようとしたカイザー博士は、爆発に巻き込まれ命を落としたのだった。 地上で被害が拡大する中、宇宙ではカイザーGの重力装置によって、小惑星タルタロスが地球に向けて接近しつつあった……！

カイザーGによる地球滅亡のカウントダウンが始まった！　地球に向け、小惑星タルタロスが刻一刻と接近しつつあるのだ。ブラッド長官は、修理中のジェットロボとVステルスロボを除く、全マシンロボと隊員たちに出場命令を下す。ドリルチームは地上から、ジャイロチームは上空からカイザーGを捕らえ、ゾーンを展開させるがいとも簡単に打ち消されてしまう。 その頃、小惑星タルタロスと同様に地球へ引き寄せられていた隕石群が、火の玉となって地上に降り注いでいた。タルタロスも肉眼で確認できるほど間近に迫っている。カイザーGのパラボラがタルタロスを引き寄せているにちがいない……そう考えた隊員たちは、一斉攻撃を開始するがまったく歯が立たない。絶望の淵に立たされた隊員たちにカイザーGの分析を続けていた水道橋博士から連絡が入る。カイザーGは装甲こそ厚いが、内部から破壊すれば、重力制御装置を停止させることも可能だというのだ。その唯一の弱点を突くため、マシンコマンダーの指揮所にエースが搭乗、コックピットには、太陽、ジェイ、誠、進、大地、ショウが乗り込む。マシンコマンダーロボがカイザーGの口を固定している隙に、隊員たちは内部に侵入。お互い助け合いながら、内部に仕掛けられた防衛装置を突破していく。途中、罠により太陽とジェイは、外に投げ出されてしまうが、ジャイロロボによって救助。そこに修理が完了したシャトルロボとVステルスロボも応援に駆けつけた。太陽とジェイ以外の隊員たちは重力制御装置の中枢に到着、発破装置の設置に成功する。内部から大爆発を起こし、海中へと沈んでいくカイザーG。しかし宇宙空間へ脱出したパラボラを破壊しなければ、タルタロスの衝突は免れない。それを阻止するためシャトルロボがハイパー合体し、コマンダーロボとVステルスロボはコマンダーロボVに合体。２体の超必殺技がパラボラめがけて炸裂する！　強烈な一撃によりパラボラは粉々に砕け散り、タルタロスは地球衝突コースから外れていくのだった。しかし、安堵するもつかの間、カイザーGが最後の力を使い復活し、シャトルロボを捕獲してしまったのだ。ピンチに直面したシャトルロボだったが、コマンダーロボＶとの連携プレイで脱出。太陽が指揮所に入り、カイザーGをタルタロスごと宇宙の彼方へ吹き飛ばしてしまう。こうして、マシンロボと子供たちは見事地球の危機を救ったのであった。

今日は太陽たち第一期生の初任教育課程修了の式典の日。しかし、せっかくの晴れの日にも関わらず、各地の現場から出場要請が入ってしまう。隊員たちにとっては式よりも人命救助が大切なのだ。 レッドウイングスは湾岸アミューズメントパークの消火活動に。海上救助はサブマリンロボとショウが担当し、アクアロボとケンは流れたオイルの処理を担当していた。また、他の現場ではポリスチームが高速道路で発生したトラックの暴走運転を止めるために尽力している。都市部の地下工事現場ではドリルチームが不発弾の処理作業を担当していた。 レッドウイングスの迅速な対応でアミューズメントパークは鎮火しつつあったが、純が乗っている観光用の潜水艦がまだ戻らない。しかも施設の復旧を待っていたのでは、艦内の空気がもたないというのだ。本部ではVステルスロボとマシンコマンダーロボが現場に急行するためスタンバイしていた。宮島教官もまた、各所でレスキューを完了させたチームに呼びかけ現場に急行させる。 潜水艦の内部では、乗客がパニック状態に陥っていた。その中で、純は冷静になってマシンロボレスキューの救助を待つようみんなに呼びかける。その思いに応えるかのように現場にはマシンロボとマシンコマンダーロボ、トランスポーターが大集結。みんなの力を合わせて、無事に乗客を救出することができた。 ようやく基地に戻り、緊張した面持ちで式に臨む隊員たちがは、隊員たち以外にも彼らと同じように緊張して式に臨む人物がいた。レッドウイングスの教官・宮島だ。国際ハイパーレスキュー隊赴任となったブラッド長官に代わり、宮島教官が長官に任命されたのである。隊員たちはそれぞれのレスキューに対する思いをみんなの前で告げる。「みんなが生きている世界が好きだから、レスキューを続ける」と固く決意する太陽。太陽たち全員、かぶっていた制帽を一斉に天高く放るのだった。レスキューの想いを乗せ、みんなの制帽が大空高く舞った。その様子を見守るマシンロボと家族たちの姿があった。

太陽たち第一期生が初任教育課程を修了してから3年の月日が流れた。MRR本部では宮島長官新体制の下、レッドウイングスはエースが、ブルーサイレンズはアリス、イエローギアーズはショウが教官に任命され、新隊員育成にあたっている。入隊者の中にはマシンロボレスキューに憧れを抱いていた純の姿もあった。そんな中、MRR本部に水道橋博士と大地が共同開発した新型マシンロボが完成したとの連絡が入る。

新型マシンロボ「エアレオン」を他のマシンロボに預けたエースは、新入隊員の施設案内に大地も同行するよう促す。寮の壁に貼られた昔の写真見ながら、エースたちはMRRを離れていった仲間たちを懐かしく思う。初任教育課程を修了した仲間たちは、場所や方法は違えどレスキュー活動を続けることを誓い合い、世界各地で活躍していた。遠く離れたサバンナ支部で活動する太陽も、鈴から同窓会の連絡に、かつての仲間を懐かしく思っていた。