混沌とした世界情勢の中、迷走する日本。突然、出現した怪物・雷獣は、東京湾から首都を破壊せんと進撃を開始する。迎え撃つのは平和維持軍・ASYの人型兵器、科学の粋と謎のエネルギーを駆使して造られた鋼仙・銀子。それを駆るのは神子上ヤマト、高校生の身ながらASYの隊員として第一線に赴く少年だ。雷獣と銀子の戦いを見つめるのは城護衆が一人・オニマル、東京桃源郷に暮らす青年・建智鉄也、そして海上に浮かぶ小舟に佇む美少女・ロウラン。銀子がついに雷獣を倒し、その爆発が避難民を載せた船を包んだとき、ロウランの心に何かが去来した。刹那、戦闘体へと変身し、銀子に襲いかかるロウラン。彼女の正体は？そして、彼女たちを待ち受ける運命とは？

城護衆の怪物・雷獣を倒した銀子。しかし、コクピットのヤマトを不意の衝撃が襲う！敵襲？「誰なんだ？キミは？」状況が掴めぬヤマトに何者かの声が応える。「…ロウラン…。鬼（キ）、オマエを壊す！」銀子のモニター画面を目視に切り替え、見上げたヤマトの眼に映ったのは、いずこの国の物とも見分けの付かぬ装束に身を包み、中空に浮かんでいる不思議な少女。ヤマトと目が合い、動きを止めたロウランを銀子の腕が掴む。「あの顔は…！」ロウランの映像を見た神子上博士は何故か激しく動揺し、ヤマトに冷徹な指令を下す。「それは敵だ。そのまま潰せ。」迷うヤマトの隙をついて空へ逃れるロウラン。「私はこの忌まわしき鬼を壊す！」謎の少女ロウラン…、敵か味方か？

「ヤツを倒します！彼女は…アイツは悪魔です！」光の矢に変じたロウランに貫かれ、爆発した銀子から、間一髪、脱出したヤマトは尚も戦い続けようとする。ところが、突然苦悶の表情を浮かべ、何処へと姿を消す戦闘体のロウラン。二人の戦闘場所からほど近い東京桃源郷の海辺、鉄也とユウリはたらい船に乗った奇妙な衣装を身にまとった少女を発見する。鍋の飯にかぶりつき、無垢な微笑みを浮かべる少女は「ロウラン」と、己を２人に紹介する。一方、城護衆では粕屋より命を承けた僵屍・ゲンヤがロウラン捕縛のために動き出していた。ヤマトもまた、ロウランの正体を知るべく銀子ジャイロで無断発進する。東京桃源郷に、さらなる戦いの渦が巻き起ころうとしていた…！

銀子ジャイロと融合した城護衆の妖怪・九尾に捕らえられたヤマト。「本当にアレがロウランなのか？」戦いの気配に引き寄せられるように再び出現した光の少女を見上げ、鉄也は呟く。牽制し合うロウランと九尾の間に、浅海しょうが操る鋼仙・闇角が割って入る。「クリスタル・カッター！」高圧で迸る水圧の剣で九尾を一刀両断し、ヤマトを救出する闇角。ところが、ロウランは突然憤怒の表情も露わに闇角に攻撃を加え、また、再生した九尾も彼女を捕らえんと襲いかかる。「わかった、わかった。まとめて相手してやる。…ライライ！、奇鋼仙！」ロウランの呼びかけに応えて虚空より現れ出た鋼の女人像。謎の少女vs城護衆vsASY、三つ巴の激闘の行方は？

ASYは謎の少女の手によって銀子を失い、闇角も大破させられた。ヤマトは謹慎を言い渡され、自らの戦術ミスで非難船の乗船者たちが戦いの犠牲になったことを知り、ショックを受ける。一方、東京桃源郷では、自分の過去を失い、行くあてのないロウランが、鉄也を命の恩人と慕って、彼の家に住み着いていた。ユウリと遊び、日夜天然ボケを発揮するロウランには、鬼神のごとき戦闘体の面影はまるで無い。そして城護衆のオニマルは、今度こそ自らの手でロウランを捕らえるべく聖域を後にしていた。屍解仙女の復活を目論む粕屋は、何故か“光の聖女”に異常な執着を抱いているのだ。雪辱に燃えるオニマルがロウランの居場所と目するは、かつての同士・建知鉄也が処！

拳を交える鉄也とオニマル。「生きていたならなぜ城護衆の再起に駆けつけなかった！なぜ逃げた！？」鉄也の脳裏に浮かぶ幼い頃、オニマルやイテヅキ、粕屋たちと過ごした日々。政府の裏切り、城護衆の壊滅、そして逃亡…。一方、テレビでは城護衆の攻撃と避難船の沈没は狂信的犯罪集団のテロ攻撃だったと報じられており、ASYが世論の非難にさらされることはなくなった。だが、それでもヤマトの心は晴れない。光の聖女：ロウランの居場所を鉄也より聞き出さんと迫るオニマルは、餌丹を使い鬼童に変身。駆けつけたロウラン共々、鉄也は異空間へと引きずり込まれる。鬼童が自ら作り出した幽冥宮で、苦戦するロウラン。奇鋼仙女も召還できず、圧倒されつつも、なお戦意をたぎらせる彼女に勝機は…？

城護衆のもたらす破壊と混乱から日本を守る防衛組織・ASYの隊員、神子上ヤマト。鋼仙・銀子を駆り初陣へ赴いた彼の前に現れた謎の少女「オマエは何者なんだ…どうしてASYと戦う？なぜ城護衆と戦う？何のために？」同僚たち、鋼仙、そしてロウラン…ヤマトの眼を通して描かれる戦いの軌跡。

「我らは城護衆。我が名はイテヅキ…。光には影が、生には死が常に付き従うように、誰かが手を汚さねばこの世は治まらぬ…。」古来、霊的な力で日本の統治者たちを影から支え続けた城護衆。だが今、守られるべき者は守るべき者を裏切った…。イテヅキの言葉で綴られる、光と闇の抗争史。

鉄也、ユウリたちと共に、東京桃源郷で楽しい日々を過ごすロウラン。一方、ヤマトは「光の少女：ロウラン」を追い求め、単身、桃源郷へ潜入する。ヤマトと天真爛漫な少女・ロウランとの出会い。しかし、ヤマトは彼女があのロウランと同一人物とは気づかない。「鋼仙に乗って戦う…それがボクの使命だ…そのためにボクは生まれたんだ…」妹・まほろへの想い、父への反骨心、銀子と出会い、己の使命を悟った日…ロウランに、自らの戦う理由を語り聞かせるヤマト。ちょうどその頃、まほろ、あおい、しょうも彼の後を追って桃源郷へ向かっていた。だがユウリの祖父ら、住人たちの手で三人は海に放り出されてしまう…。運命に引き寄せられる者たちを待ち受ける、次なる物語は？

雷鳴と共に再び出現した第２の謎の少女・万華。「許せないからだ…お前はいてはならないんだ！」戦闘体に変身したロウランに憎悪を込めて攻撃を加え続ける。ヤマトと鉄也それを呆然と見守る他はなかった。突如、謎の少女同士の戦いに割って入った、浅海しょう駆る闇角改。「また現れたな…お前が、私の敵だ！」闇角改に躍りかかるロウラン、それを追う万華。闇角改に捕らえられたロウランに止めを刺さんと万華が光の槍を構えたとき、「止めろおっ！」飛行メカ・カイオウでそれを遮るヤマト。何故かヤマトの姿を見てひるんだ万華は、何処からともなく響く口笛の音と共に光となって姿を消してしまう。万華の正体は？そして、ロウラン＆奇鋼仙女対しょう＆闇角改の戦いの行方は？

城護衆の怪獣、泥田坊出現の報を受けたASYは富士轟を出動させる。しかし、ヤマトは神子上博士より富士轟のオペレーターを言い渡され、大地が操る鋼仙・砲焔が出撃。鋼仙起動の気配を感じて、遠く東京桃源郷のロウランが反応した。「もう戦うな！」抱きしめるように押し止める鉄也だが、戦闘体へと変身を遂げ、闘争心に支配されたロウランにその声は届なかった…。「傲来咆、発射！」泥田坊を一瞬の内に粉砕し、意気揚々とする大地。だが中原は、ロウランの接近を確認するや否や、砲焔の動力を遮断し、まるで隠すかのように収納命令を出す。納得が行かず再出撃を申し出る大地。鋼仙を見失ったロウランは戦闘体のまま、気が抜けたように甲板に佇んでいた…。

戦意を失ったロウランを攻撃した大地だが、自ら放ったミサイルで乗機カイオウは被弾、墜落してしまう。絶体絶命の彼を救ったのはロウラン。呆気にとられる大地を後目に鉄也と共にその場を去ろうとするロウランだが、そこを襲ってきたのはヂムシが操る泥田坊の群。「ダメだ…ロウラン…！」泥田坊に囚われつつも、鉄也はロウランが激情のまま戦わんとすることを止めさせようとする。が、敵であるはずの大地を庇い、槍と化した泥田坊の腕で胸を貫かれる鉄也…！「鉄也！鉄也ー！！」ロウランの絶叫が虚空に響く。物言わぬ鉄也を横たえ、凛として立ち上がる光の聖女。愛する者の命を奪ったヂムシに、城護衆に、ロウランの怒りが爆発する！

「オレもロウランと同じなんだ…戦うべき理由も、自分が何者なのかすら知らずに生きてきた…」不思議な力によって死の淵から蘇った鉄也だが、自らの過去に対する計り知れない疑念に憑かれ、ロウランと二人故郷の村を訪れていた。戦士として城護衆の本拠に暮らす以前、両親や乳母のカゲロウと共に、鉄也はその僻村で幼年時代を過ごしたのだ。「ロウラン、この風景知ってる…」昔と変わらぬ佇まいの生家の蔵で、鉄也の両親の写真を見つけるロウラン。なぜ、ロウランが大昔の中国の風景を知っているのか？驚く鉄也の肩に銃弾が撃ち込まれた！狙撃者を追うロウランに立ちはだかったのは僵屍・カゲロウ。「私は人の心を自在に操る」すでにカゲロウの力はロウランたちを陥れ始めていたのだ！

「あなたは悪魔よ…人殺し！」炎に包まれたASYの研究施設、累々たる屍…血と硝煙に彩られた地獄絵図が鉄也の眼前に広がっていた。人心を操る僵屍・カゲロウの真の狙い、それは情け容赦なく敵を斬り、悪鬼のごとく恐れられた過去の幻影を見せ、鉄也の心に潜む修羅を引き出すことだった。その闘争心に歯止めをかける唯一の存在である鉄也に刃を向けられれば、光の聖女・ロウランの破壊的衝動は留まることを知らず暴走する。狂気の光を双眸に宿し、あどけない兄妹に、そしてロウランにさえも凶刃を振りかざす鉄也。「鉄也、乱暴はいけないんだよっ！」傷つきながらも必死で鉄也を押し止めるロウラン。彼女の無垢なる叫びは、果てしない悪夢から鉄也を救うことができるのか？

今を去ること70年余前。帝国陸軍神子上少佐は、極秘任務のため中国大陸のある遺跡を探索していた。黄砂渦巻く墳墓で、神子上、粕屋、そして通訳の中国人青年が目にしたのは壮大な石室に安置された柩。「おお、やはりここにおわしたか…」嬉々とした表情を浮かべ、石柩に跪く粕屋。開け放たれた柩の中、厳かに横たわっていたのは、一体の女性のミイラだった…。時は移って現代。分子工学の権威・劉白鳳が何の前触れもなく日本にやってきた。ヘリポートで出迎えた神子上に、鋼仙を今すぐ解体しろ、と迫る劉老人。彼とその娘・玲華の警護を命じられたヤマトだが、玲華の口車に乗せられてロウランと鉄也を同行させることに。各々思惑を秘めた一同に、城護衆の先兵が、音もなく忍び寄る…。

真珠郎に捕らわれた劉老人と玲華を追って幽冥宮に取り込まれたロウラン。寸での所で万華の邪魔が入り、真珠郎と鬼童には逃げられてしまったが、劉老人を奪い返すことができた。粕屋の命を果たしきれず、このままでは帰れぬオニマルは、玲華を人質にして劉老人とASYを待ち伏せる。「70年間、ずっと同じ悪夢に苦しんできた…」意識を回復した劉老人がヤマトに語る。中国の砂漠、聖域たる地下遺跡で神子上少佐と粕屋が行なった所業を目撃して以来、彼に安息の日はなかったのだ。一方、ヤマトが仕込んだ発信器により玲華の居場所を突き止めたロウランと鉄也は、彼女を救出するため伊豆半島の新興宗教々団本部へ向う。初めて、自らの力で他人を助けたいと願ったロウラン。待ち受けるオニマルの罠に、勝機はあるのか…？

度重なる失態で粕屋の信頼を失っていたオニマルは、屍解仙女の間に侵入した廉で処刑されようとしていた。こうなってはもはや粕屋の命令に従うこともない。オニマルは、僵屍・白炎の力で難を逃れ、かねてより執着していたロウランとの決着に飛び出していった。ASY基地では中原艦長が神子上博士の劉老人殺害疑惑を耳にしていた。その博士は、砲焔の長距離砲撃用デバイス“如意棒”により桃源郷ごとロウランを砲撃する作戦を立てていた。そうとは知らないまほろとあおいは、ヤマトが隠れて会いに来ている相手を探そうと桃源郷に上陸。あの光の少女・ロウランが人の姿を借りて潜伏していたことを知る。唖然とする２人の目前で戦闘体へと変身したロウラン。オニマルと白炎を圧倒するが、そのとき砲焔の傲来咆が火を噴いた！まほろとあおい、そして東京桃源郷の人々とロウランの運命は？

東京桃源郷を守るため傲来咆の閃光をその体で受け止めたロウラン。勝機を見て取ったオニマルは鬼童に変身し、手負いのロウランを三たび幽冥宮へと囲い込んだ。一方富士轟では、桃源郷にまほろとあおいがいるということをヤマトに聞かされたにもかかわらず、冷ややかに砲焔の出撃を発令する神子上博士。白炎と一体化し焔の鎧を身に纏った鬼童だったが、ロウランの水を操る攻撃で鎧を弾き飛ばされ、露出した餌丹を粉々に破壊されてしまう。倒れ臥し、窮地に陥りながらも憤怒に燃えるオニマルに、白炎が餌丹の代わりにと自らの命を差し出した。「白炎…貴様の命、しかと貰い受けた！」白炎と一体化し、さらに現れた砲焔を搭乗者の大地ごと取り込み、巨砲を備えた鋼仙鬼童へと大変形を遂げるオニマル。光の聖女と誇り高き城護衆の将、決着の時、迫る！

深夜のASY基地を夢遊病者のように彷徨うあおい。「正体を見せろ…お前が万華か？」当直の天道を襲い、さらに就寝中のまほろに手をかけようとしたところを相馬の麻酔銃で取り押さえられる。神子上博士の精神操作装置の台上、あおいが思い起こす夢幻の光景…。プールで聞いたヤマトの優しい声。誰もいない教室で、自分の本当の母と名乗る、僵屍カスガと出会ったこと。自分は秋月あおいではなく真の名はシズカ、人と僵屍の間に生まれた子だと聞かされたこと。そして、今と変わらぬ風貌の神子上博士に拾われ、新たな名を授けられたこと…。その頃、ヤマトはまたもや無断で東京桃源郷へ向かっていた。それが、ロウランに新たな戦い、新たな試練をもたらす訪問になるとは知らずに…。

東京桃源郷にやってきたヤマトは、ロウランには戦う理由が必要だとASY入隊を勧める。ヤマトの仲間を傷付けたくない…ロウランの心に戦いへ対する迷いが渦巻きはじめていた。そんな時、封鎖を破り、富士轟を発ったあおい操る飛光卯が襲来。ヤマト、鉄也、ユウリ、そしてヤマトを連れ戻しに来た相馬の目前でロウランは戦闘体へと変身、飛び立って行った。僵屍・姑獲鳥と鋼仙・飛光卯の力を得て、ロウランに挑むあおい。ヤマトへの情念と破壊への憧憬を押し隠すことなく戦いに身を委ねるその目に、もはや敵も味方も、守るべき市民も区別は付かない。内なる戦闘願望に必死で抗っていたロウランも、ついに奇鋼仙女を召喚！正義を持たぬ者同士、哀しき戦いの行方は？

飛光卯の冷凍攻撃に一敗地にまみれ、ASY基地に捕らわれたロウラン。「似ている…お前は、あの人なのか…」他の隊員たちにすら遮断された地下実験室で、ロウランを前に呟く神子上博士。博士の正体とは…？中原艦長、浅海しょうの心に黒い疑念が沸き起こりつつあった。一方、城護衆の本拠・屍解仙女の間で目を覚ましたまほろも、恐るべき事実と対峙していた。「そうか…私は仙女様の子供だったんだ…」まほろは神子上少佐と粕屋が屍解仙女に施した生体実験の末、生まれた子供だったのだ。愛するヤマトを我がものとするため、邪魔なロウランを消し去る力を欲するまほろ。時空を越えた恩讐と愛憎が、人々をまた新たな闘争へと導いていく…。

神子上博士の手からロウランを奪い、自らの手で倒さんと実験室の鋼鉄の扉を破り闖入した万華＝まほろ。それを追って実験室へ飛び込んだヤマトは、中原の口から信じがたい事実を聞かされる。神子上博士こそ、まほろを屍解仙女に産み落とさせた張本人・神子上少佐だったのだ。万華の声に覚醒したロウランは一瞬にして拘束具を引きちぎり、戦闘体へと変身。彼女を助けるべく富士轟に潜入した鉄也の眼前、万華ともつれ合う様に空中戦を繰り広げる。突如、２人の激闘に割って入るあおいの飛光卯！万華を氷に封じ込めるとその矛先をロウランへと向ける。再び奇鋼仙女を召還したロウランだが、飛光卯のスピードと冷凍光線に対抗できない。脆くも崩れ去ろうとする奇鋼仙女。が、そのときロウランの全身がひときわ強く輝き、黒い鋼仙に新たな変幻が訪れた！

飛光卯を撃破したロウランと超奇鋼仙女。だが、つかの間の変幻が解け、元の姿に奇鋼仙女を異形の鋼仙・未骸が襲う。あおいの敵討ちを目論む相馬の執念の前、既に消耗著しいロウランは苦戦を余儀なくされる。一方、ＡＳＹ基地では、総理の口からＡＳＹ創設、そして鋼仙建造の真実を知った中原が、神子上博士に銃を突きつけていた。だが、突如出現した巨大僵屍・輪入道の襲撃に乗じて博士は逃走。輪入道が鉄也をさらって雲間に消えたとき、相馬の目の前から奇鋼仙女の姿も消えていた。「父さん！本当なんですか？…神子上…神子上正彦少佐って…？」鋼仙実験室から逃れた博士を呼び止めたヤマト。ついに明かされるヤマトの、まほろの、神子上博士の、忌まわしき真実とは……

城護衆のアジトに囚われ、処刑されかける神子上博士だが、仙骨の破壊を望む粕屋に、ある取引を持ちかける。スピリチュアル・プロテクトを強制解除し、ＡＳＹ基地に潜入するイテヅキ。狙いは謹慎中の相馬の解放。そして最後の鋼仙・未骸とロウランを戦わせること。「私、鬼を滅ぼすために生まれたんだって…」己の内に宿る破壊衝動の正体を知ったロウランは、未骸が放つ仙骨の気配に反応し、超奇鋼仙女を召還。「お前を滅ぼさなければ、アタシはアタシでなくなってしまう！」「お前も罪を背負っているわけか…。だけどな、それは誰もが背負ってる罪だ！」戦いの目的、それは己自身の心の正義。相馬とロウラン、互いの存在意義を賭け、天地を焦がす血戦の火蓋が開かれる！

超奇鋼仙女によって未骸は粉砕され、相馬は生死不明に。またひとつ仙骨を破壊したが、ヤマトの仲間を手にかけてしまったことを悔やむロウラン。それでも自分の存在する意味は戦い続けること、と悲しい決意をヤマトに告げる。そのころ、城護衆のアジト・屍解仙女の間では、力を取り戻した仙女が粕屋と神子上博士にロウランを誘き出して来るよう命じていた。輪入道の誘いに乗ったロウランは、ユウリや桃源郷の人々の視線がすがりつくのを振り切り、飛び立っていく。それを追うヤマトのカイオウ。一方、己が信じる正義のため、中原も城護衆基地を目指し富士轟を発進させる。「我々ＡＳＹは、今日生まれる！」全ての因縁、全ての運命が最後の戦いに向かって集結し始めていた……

屍解仙女の間、鉄也は仙女と建智の血族との因縁を知らされる。遥か昔、仙女を愛し、また仙女に愛された戦士こそ、建智一族の先祖であったと。建智一族は城護衆によって根絶やしにされ、鉄也一人が血脈を継ぐ者として生かされてきたと。そして、物心つかぬ頃の鉄也は、眠れる仙女によって不死の力を授けられたのだと。一方、輪入道を追って城護衆の島に辿り着いたロウランだが、富士轟の主砲の不意打ちを受ける。ロウランが落ちた浜辺にはヤマトとまほろの姿。「私を倒さなければお母様に会うことはできない…知りたくないか？自分が生まれてきたわけを」不敵に笑みを浮かべ、万華に変身したまほろ。白き鋼仙・華光仙女を召喚し、ロウランの行く手に立ちはだかる！

秋月あおい…飛び級で高校入学し、創設以前からＡＳＹに関わってきた天才少女。一見クール、だが内に破壊への強い憧れを秘めた彼女の真の姿とは？内に秘めた僵屍の力への目覚め、飛光卯を駆りロウランと繰り広げた激闘、あおいの魂の彷徨を描く総集編。

ヤマトを捕えた華光仙女によって、痛めつけられる奇鋼仙女。ヤマトもまほろも傷つけられない…ロウランも、万華との戦いに喜びを感じ得ない。そのころ、城護衆の基地では鉄也と神子上博士が対峙していた。「人間は闘争を好む生物だ」と断定する博士に対し、「オレ達が争いのない世界を作る！」と言い放つ鉄也。一方、華光仙女が作り出した暗黒空間に飲み込まれたロウランは、屍解仙女の間で意識を取り戻す。「あなたは私の抜け殻…」70余年前、屍解の術によって再生した仙女は、封印の地に抜け殻のみを残してきた。仙界の守護者は、仙女が既に滅したものと判断し、その抜け殻から仙骨を破壊する移し身・ロウランを誕生させたのだ。分解され仙女に取り込まれんとしたロウランを鉄也の呼び声が押し留める。「ロウラン、オレはお前を愛している…！」本当の気持ちをロウランに告げる鉄也。「建智の血を引く者よ、ロウランは私。あなたの愛は私に……」「お前とロウランは違う！……オレが好きなロウランは、戦いなど望んじゃいなかった！」仙女に向かって敢然と言い放つ鉄也。だがその胸を、イテヅキの痛撃が貫いた！ロウランは奇鋼仙女に鉄也を転移させるが、夥しい出血は止まらない。愛の誓いを代償に再び不死の力を与えよう、と迫る屍解仙女。だが、二人の絆を絶つことはできない。「闘いはイヤだ…誰も、死なせたくない！」ロウランの叫びに応え変幻する超奇鋼仙女。ロウラン、鉄也、ヤマト、まほろ…運命たちの往き着く先は、何処？