「人間の機能もあなどれないものだな」都市国家ジュドに禁制品を持ち込んだ流民を追うダイスケの前に、違法マシーンが立ち塞がる。逃げ場のない裏路地。人を越えるパワーとスピード。降りしきる雨の中、マシーンの足元にダイスケが崩れ落ちた時、その上空から男が現れた。その者の名はジェイ。ヒートガイ・ジェイ!

「エジムンド。すぐに9号線の出口を封鎖してくれ」街のあらゆる場所を舞台にした2つのファミリーによる抗争劇。その影に埋もれていた幾つかの情報から、ダイスケは1つの事件を察知した。徐々に市街地へ近づいて行く大昔の遺物。ダイスケとジェイに、襲い掛かる新たな敵・獣人。クレアの凶行がジェイの身体を炎に包む…。

「ジェイを無駄に傷つけないで」ダイスケを庇い左腕に発生したわずかなサージ。その修理のためにジェイをラボへ預けたダイスケは、1人事件現場へと戻る。繰り返される爆破、増え続ける被害者、見えてこない犯行の目的。エジムンドから渡された別件を調べるうち、ダイスケはそこに連続爆破犯人への足掛かりを見つける。

うさぎを探す狼男の噂。凶悪犯ばかりが殺される事件。その間に何かを感じたダイスケは、スラムで獣の顔を持つ男に出会う。人を越える力を持つジェイと対等に渡り合う獣人。マシーンでも人でもない新たな敵。ヤツは俺をオトリにしてジェイを狙ったのか? 再び飛び込んできた獣人の情報に、ダイスケは行動を起こす…。

路地に飛び込んだジェイが、その行く先に現れたまだ幼い少年に向けて突然、拳を振り上げた。逃げる少年、騒ぎ出す住人たち。事件はジュドの政治家たちの耳にも入り、ジェイの使用を一時的に禁ずる命令が下される。その隙を突き、ジェイを襲う敵…。意識を失い掛けたダイスケの背後で、ジェイの起動音が鳴り響く。

ジュドを暗部から掌握する組織・ビィータの長であるクレアが考えたゲーム。その掌に乗せられているとも知らず、多くの市民たちが先物取引に興じ始める。そんな中、無許可で売買された爆発物情報。第13号緑地帯で起きるとされる事件の噂。始まった銃撃戦、早過ぎるマスコミの対応。その全てにダイスケは違和感を感じ…。

父との唯一の絆であるペンダントにつけられた銀色の弾丸。獣人との戦いでそのペンダントを下水溝へ落してしまい、ダイスケは全ての水が流れ着く場所、ジュドの地下世界へ降りて行く。法の下では暮らせない人々が形作った街=アンダーグラウンド。穏やかな時間が流れるその場所で、再び獣人とダイスケたちの戦いが始まる。

天才音楽家と呼ばれる父。それは母と幼かった自分を捨てた男。街角でダイスケが助けた青年・キア。その心の奥で生まれた"恨み"はいつしか"復讐"へと姿を変えていた。天使の調を奏でる天才ピアニスト。父の才能を受け継いだ会ったことのない弟のコンサートが始まる。自分と似た境遇のキアにダイスケの思いは届くのか?

愛する娘と、愛し始めた男との暮らしを夢にジュドを離れることを選んだ母。だが、そんな母に「あんたなんていらない」とモニカは訣別の言葉をぶつける。幼い瞳に映る寂しさにうたれ、住民データへアクセスするダイスケ。そして、偽造パスポート事件と連続誘拐事件が繋がった時、モニカ親子に新たな絆が生まれる。

爆発物はおろか、犯人の影さえ見つからない、海賊電波による爆破予告。爆発物の動きから事件を辿ろうと国防軍駐屯地に向かったダイスケは、未だ熱き血をたぎらせる老軍人に出会う。そして、セントラルタワーに轟音が響く時、キョウコの祖父・ユルゲンス元大将の力を借り、ダイスケは50年前の遺物に挑む!

悪名高い男たちばかりを狙う連続殺人事件。その容疑者として浮び上ったのは、ある女性だった。不審な行動が目立つ元恋人に不安を抱くエジムンド。一方、その事件を追い始めたダイスケの前で繰り返される殺人。重ねられたトリック、悪用される先端技術。優しさと孤独、そして男の生き様に冷たい雨が降る…。

鮮やかな衣装、連なる山車。ジュドの全てが、特別な来訪者を歓迎していた。「天上人が儀式を拒否した?」「あと24時間後にはプラントが止まり…ジュドが死ぬ」都市の生命線=ハイエンドシステムを握る天上人。行方が分からない1人の天上人を巡って、アンダーグラウンドを炎に変える。ダイスケとクレアの攻防が始まる。

アンダーグラウンドに広がる炎、連れ去られてしまった天上人。都市機能の要・エネルギープラントの停止まであと数時間…。作られた5分の闇にダイスケは賭ける。だが、ジェイの前に立ち塞がるパワードスーツ、そしてダイスケに放たれた凶弾。朝焼けに煙るジュドの街に天使が舞い降りた時、ジュドの運命が決まる!

魔に取りつかれ、仇討ちのために村を出たじい。その魂を救い連れて帰るため、"姫"はジュドに辿り着いた。「この音を聴けば、じいは必ず現れる」と言う姫の"案内役"を命じられたダイスケは、彼女のじい探しを手伝うことになる。そして、仇がダイスケたちの目の前に現れた時、姫の心を乗せた1本の矢が放たれて…。

シュンの胸を赤く染めた、923mからの狙撃。チューブが繋がれた兄をガラス越しに見つめ、ダイスケは、幼い頃に見た兄の姿を思い出していた。確実に犯人へ近づいて行く捜査。そこに見え隠れする何者かの意図。そして、レオネリへの強制捜査が開始される。仕組まれた罠。そのターゲットはシュンなのか、それとも…。

父を暗殺した犯人の手掛かりを追い、サバービアの地を訪れたダイスケ。他者の手を借りて生きることを恥とする地で、ダイスケは何を目にし、耳にし、感じるのか? それは、離れたからこそ解るジュドという都市国家、そして人の欲望とその全てを操作する人間の存在。そんな闇に隠された過去を知ったダイスケの前に…。

ジュドで始まったファミリーの新たな抗争劇。その狙いは、裏金の扉の鍵となるクレアの左目。一方、外陸から帰ったダイスケもまた、ショップへの手掛かりを求め、クレアを探していた。だが、シュンの意向に背いたダイスケには、これまでの様な力も権限もなかった。1人になったダイスケに、光は射すのだろうか?

染みついた血。拭えきれない過去。残された唯一の過去、自分が自分であるために追い続けたものが獣の臭いとなり、ボマを包み込む。だが、それは真実なのだろうか…。「ウサギは、どこだ…」「もう、いいだろう。ボマ」降り止まぬ雨の中、ダイスケとボマの2振りの剣が交じわり、"獣使い"が作り出した過去が壊れていく。

「ウツ入ってるぜ 気晴らしに俺とデートでもしない?」傷心のアントニアに声を掛けるダイスケ。その夜、マシーンによる殺害事件が発生した。現場に残されたマシーンの"腕"。"腕"を取り返すため警察署に現れる犯人。乱れ飛ぶ銃弾、破壊される壁。逃げ惑うダイスケたちの行く手に、もう1人のジェイが現れる!

「今度結婚します」エジムンドのパソコンへ送られたメール。そこには、満面の笑みを讃えるロメオがいた。だが、それが最後だった。1人の刑事が倒れ、残して行った事件を同僚の刑事が追う。犯罪から生まれ、闇社会を流れる金。一介の刑事ではどうしようもない巨大な闇。降りしきる雨が、男の頬を濡らしていく…。

外洋に出た男ばかりが狙われる殺人事件が発生した。奇妙な道具で次々と磔にされる男たち。一体、彼らは海で何を見たのか? そんな中、ダイスケは男を狙う魔女に出会う。運河へ、そして海へと逃げて行く魔女。今は人の行き交うことのない島。そこに隠されているのは、"魔女の呪い"なのだろうか、それとも…。

「何があるんだよ! 金より大事なものって?」「それはな、愛だ!!」モニカにエジムンドが思わず口にした言葉。それは、父を知らないモニカの心を揺り動かしていた。「一晩だけ、私のお父さんになってくれないかな」とジェイの手を取ったモニカは、「父さん」と呼ぶ…。それは、モニカにとって初めての体験だった。

「ダイスケに伝えろ、兄貴が危ない…」仕組まれた罠、シュンを狙う襲撃者。犯人の車を間一髪で止めたダイスケは、絡み合った謎の一片をそこに見る。「ダイスケ、お前の側に敵がいるぜ気をつけな!」ジョバンニがシュンを狙う理由。消された将軍の店"東風"。何かが動き始めているのか? そんな中、特務課が爆破され…!

エチゴに隠しコマンドを仕掛けられていたジェイがダイスケに襲い掛かる。そして、強制コマンドがジェイのAIを完全に凌駕しようとした時、背後から現れたボマがジェイをスリープさせ、活動を停止させた。そんな中、軍の青年将校たちのクーデターで、政府の要人たちが殺された。これがシュンの計画の始まりだった…。