ある晴れた日、青空町の山中にある岩が崩れ、その中に封印されていた大魔界の暗黒魔王・ゴクアークが復活してしまった。太古から地球を守ってきた戦士、エルドランはゴクアークを再封印するが、地球にはゴクアークの部下、ヤミノリウスIII世が送り込まれてしまった。 一方、青空小学校４年の超腕白トリオ、霧隠虎太郎、流崎力哉、風祭鷹介の三人は、山中で巨大なロボットを発見する。すると突然３人の目の前に輝く人物エルドランが現われ、超能力、そしてそのキーとなる『ガンバーコマンダー』を授けて消えた。 地球の未来は、元気一杯の少年達『ガンバーチーム』に託されたのだ。

鷹介は、ガンバースーツを装着するとそれぞれ超能力が使えることを発見する。鷹介は五感が優れ、虎太郎は足が速くなり、力哉は力持ちになるのだ。超能力が使えて大喜びの鷹介と虎太郎だが、力哉は外で目立つことをするなと大怒り。力哉の将来の夢はプロ野球選手。ただ一人事情を知る藤兵衛以外に正体がバレて、犬になってしまうわけにはいかないのだ。 一方ヤミノリウスは、魔界獣辞典から新たな魔界獣を作り出し、町中を蜘蛛の巣だらけにしてしまう。

虎太郎たちの学校新聞の記者、結城千夏はガンバルガーの発進地点の特ダネを掴みかけていた。千夏は同じくガンバルガーの秘密を探っていたヤミノリウスをジャーナリストと勘違いし、ロボットの発進地点である青空公園に案内してしまう。 魔界獣を召還し、ガンバルガーを公園で待ち伏せするヤミノリウス。魔界獣の攻撃であらゆるものがフニャフニャになってしまう様子を目の当たりにしながら、出動したくてもできない虎太郎たち。その時鷹介がガンバルガーの発進地点を変更できることを発見、早速ヤミノリウスの裏をかいて出動した！

母の言いつけでバイオリン教室に通うことになった鷹介。あまり乗り気でなかったが、バイオリン教室にあこがれの女の子、小牧百合香の姿を認めて上機嫌。しかし、百合香の奏でるバイオリンの美しい音色に引き換え、鷹介のそれはまるで騒音だ。 一方、ガンバーチームの戦闘方法の幅を広げるため、元々忍者であるゴンザレスに忍術を習う虎太郎たち。しかしこちらもなかなかうまくいかない。 そんな時、ヤミノリウスが呼び出した魔界獣が奏でるバイオリンの音色により、町中の人が次々と眠ってしまう事件が発生するのだった。

力哉の弟、哲哉はレッドガンバーの大ファンだ。その正体が兄だとは知らない哲哉は「兄ちゃんよりもレッドガンバーの方がカッコイイ」と言っては力哉をがっかりさせる。 そんな哲哉の誕生日が近付いていた。ケーキ好きの哲哉はバースデーケーキを楽しみにしているのだが、力哉たちは知らんぷり。実は哲哉を驚かせるために黙っているのだ。 その頃、ヤミノリウスが創りだした魔界獣はケーキを操る力を使い、町中のケーキを盗み出してしまう。そして力哉が秘密で買っておいたチョコレートケーキも操られてしまうのだった。

いたずら好きの虎太郎は、姉のかすみや、担任の亜衣子先生を困らせてばかり。ついにこの日、亜衣子先生の怒りが爆発、虎太郎の家へ家庭訪問に行くと言い出した。親にいたずらがバレてお小遣いストップされることを怖れた虎太郎は、力哉、鷹介、ゴンを言いくるめ、力を借りて何とか家庭訪問を阻止しようとする。 その時、亜衣子先生がいきなり空に舞い上がってしまった。ヤミノリウスが造り出した魔界獣の仕業だ。魔界獣の力によって洗濯機から机まで、あらゆるものが飛ばされる様を見て、ガンバーチームが出動する！

青空保育園で一日だけ園長先生の代理をすることになった虎太郎とかすみ。しかし虎太郎に保育園の先生がつとまるわけもなく、大苦戦する。 その頃、ヤミノリウスが呼び出した魔界獣が町中を砂に変えていた。魔界獣の仕業と知らない虎太郎は、町が砂場になったと大はしゃぎ。しかし、一緒に町に出た哲哉と、千夏の妹・秋絵がヤミノリウスにとらえられてしまう。二人を救出するために出動したガンバーチームだが、哲哉たちの命と引き換えにヘルメットを脱ぐことを要求される。

虎太郎と力哉がついに衝突した。虎太郎のいい加減さを力哉がたしなめたのが原因だ。二人の溝は深く、魔界獣・マジョーズンの出現によりガンバーチームが出動しても喧嘩が続くほど。しかも虎太郎は、独断でいきなりミラクル合体を強行し、ガンバルガーになってしまう。ガンバーチーム三人の心がうまくかみ合わない上に、今回の敵は、ヤミノリウスにゴクアークが新しく授けた「魔界獣辞典・水中編」から造り出した魔界獣だ。強敵の前にガンバルガーはまさかの敗北を喫してしまう。

青空ゲンキーズのグラウンドが、防衛隊の訓練のために戦車に乗っ取られてしまった。怒った力哉はガンバースーツの力で戦車を撤去しようとし、防衛隊長官と口論になる。人間に変装していたヤミノリウスは野球対決で勝った方がグラウンドを使ったらどうかという提案をした。ゲンキーズが負けたらレッドガンバーがヘルメットを脱ぐという条件付きだ。負けて正体がバレたら犬になってしまう、と気が気でない虎太郎と鷹介も変身、試合で大活躍する。 ところが、ヤミノリウスの呼び出したカニ魔界獣の泡妨害により、ゲンキーズは敗北のピンチにおちいってしまった。

青空町に変な魔界獣があらわれた。町の人に番号を落書きしてまわるイカとタコの魔界獣、イカタコ・ブラザーズだ。全ての人に消えない墨で番号をつけ、ガンバーチームの正体を見破ろうというヤミノリウスの作戦だ。そしてついに、イエローガンバーに変身していた虎太郎にも番号がつけられてしまった。このまま元の姿に戻ったら、正体がバレてしまう！ ゴウタイガーで逃げ回る虎太郎は、元気堂の親父、荒木源蔵の番号が自分と同じであることを発見。イカとタコが互いに番号を重複して書いてしまっていたのだ。

今日は青空小学校の参観日。鷹介は、教育ママな母の気合いの入りぶりに浮かない顔だ。緊張して授業前に行ったトイレで、鷹介は魔界獣・ウナギトロンに会い、ビリビリ人間にされてしまう。ビリビリ人間の鷹介は教室に戻ると、いきなり教卓にのぼり、凶暴に暴れはじめた！人に触ると伝染するビリビリは、鷹介を止めようとした先生達をビリビリ人間にしてしまう。授業参観はメチャメチャ。さらに町中でもビリビリ人間が暴れまわり、防衛隊までもがビリビリ人間にされてしまっているのだった。

ヤミノリウスが新しく呼び出した魔界獣は、物に足を生やすことができる力を持っていた。元気堂の商品や電信柱に足をつけて喜ぶ魔界獣。しかしヤミノリウスに、もっとスケールの大きいことをやれと怒られる。そこで、青空小学校に足を生やしたからたまらない。 ちょうど給食中だった学校は、地震が起きたように震えながら移動を始めた。給食のカレーとゼリーを心待ちにしていた虎太郎だが、もはや給食どころではない。ゼリーに後ろ髪引かれながら、力哉と鷹介に引きずられるようにして出動した。

鬱陶しい雨が続く毎日。虎太郎達の前にカエルの魔界獣があらわれた。早速変身して後を追うガンバーチーム。ところがいち早く追い付いた虎太郎が、魔界獣の魔法でカエル人間にされてしまった。カエル語を喋り、カエル座り、カエル跳びをする虎太郎。鷹介と力哉の言葉も全く分からないようだ。 仕方なくカエル人間の虎太郎を学校に引っ張って行った鷹介達はさらにびっくり。教室のみんなもカエル人間になっていたのだ！ 一方、魔界獣は町に巨大な雨を降らせて暴れていた。

今日は待ちに待ったプール開き。はしゃぐ虎太郎達の目の前で突然、プールの水が減ってしまった。クジラの魔界獣の仕業である。 銭湯、貯水池、あらゆるものから水を吸い上げ飲み込む魔界獣。青空町はカラカラに干上がってしまった。出動したガンバーチームは、ゴウタイガーたちに乗って魔界獣を追跡開始するが、ロボットごと飲み込まれてしまった。虎太郎達は腹の中で色んな攻撃を仕掛けるが、脱出できない。 その時、防衛隊が新兵器を持って駆け付けた。

霧隠家の池で見つかった未来を予見するという巻物に、ガンバルガーが大魔界に負けると書いてあった。勝つためには、新しいロボットを呼ばなくてはいけない。 その頃ヤミノリウスは、ゴクアークの封印を解こうとしていた。それを阻止しようとしたゴンは過って封印を解いてしまう。ゴクアークの復活で、混乱に陥る青空町。エルドランの力で封印は元に戻ったが、新しい「動物魔界獣辞典」と、魔界獣をパワーアップさせるアイテム、ゴクアークの左手が残ってしまった。早速それらを使って魔界獣・ヨロイデルを呼び出すヤミノリウス。ガンバーチームは必死に対抗するが、ピンチに陥る。 しかし、ガンバルガーが今まさに倒れんとしたその時、ガンバーコマンダーに新しいロボットの位置が映し出された！

新しく見つかったロボット、リボルガーのお陰で、ガンバルガーは危機を脱することができた。しかし、ゴクアークの魔力により力哉とリボルガーは大魔界の手先となってしまう。 町を壊し、ガンバルガーを攻撃しようとするリボルガー。防衛隊がリボルガーを止めようとするが、攻撃が効かない。 一方ヤミノリウスは、笛の音で物を操る蛇魔界獣を呼び出していた。その時、魔界獣の操る遮断機に投げ出されてしまった哲哉達を、リボルガーはなぜか助けた。力哉の心に正義の心がまだ残っているのだ。

青空小学校は今日から夏休み。南の島に行くという武田桂がうらやましい虎太郎だが、家族に旅行を許してもらうどころか、成績の悪さをかすみに怒られる始末。 ところが、いつの間にか虎太郎は南の島に。魔界獣が掘った穴に落ちたからなのだが、そうと知らない虎太郎は一人南の島を満喫する。さらにかすみやゴンを始めとする町の人々や、建物までもが世界中のあらゆる場所に転移していた。そんな異変に気付き、鷹介と力哉が出動した。

今日は青空小学校の肝試し大会。町の人と先生がお化けに変装して子供達を脅かすのだ。盛り上がる先生達にたじたじの子供達。ただ一人、桂だけが冷静で怖がらず、つっぱっている。 その時、ヤミノリウスが呼び出したタヌキ魔界獣の仕業で、学校が本物のお化け屋敷になってしまった。勝手に動き出すピアノや太鼓に、本気で驚いて逃げ回る虎太郎達。先生達も一緒になって逃げ回る中、桂は一人教室に取り残されてしまう。 そこでガンバーチーム出動だ！

力哉の父、逆転ラーメンの親父は大の野球好き。今日も仕事をさぼってゲンキーズの応援だ。力哉は、ゲンキーズのメンバーからも笑われる父が正直恥ずかしい。 そのとき、ペンギン魔界獣が呼び出され、町が氷づけになってしまった。寒くてたまらないと、逆転ラーメンに詰め掛ける町の人々で店は大盛況だ。 一方、魔界獣と対峙していたガンバルガーはあまりの寒さに苦戦していた。「温かいラーメンが食いたい」という虎太郎を見かねた力哉は、逆転ラーメンに出前を頼んだ。出前ひとすじの力哉の父は、制止する力哉の母を振り切り、ガンバルガーの元へ命がけで走る。

青空町がジャングルになってしまった！チンパンジー魔界獣の仕業だ。夏休みなのにどこへも行けないとぼやいていた虎太郎は、ジャングルを見て大喜び。魔界獣を捕まえようとガンバースーツに変身して後を追うが、どう見ても遊んでいるようにしか見えないと、鷹介と力哉にも怒られてしまう。 同じく魔界獣が遊んでいるようにしか見えないヤミノリウスはやきもきし、魔界獣をバナナーンにパワーアップさせた。そこへ防衛隊の戦車が出動するが、なんと戦車をバナナにされてしまうのだった。

ガンバルガーとリボルガーは、魔界獣・アカバーナと戦っていた。いつものように必殺技で魔界獣を倒す。ところが、戦いの余波で倒れたビルから保育園を守った力哉は、後を追った鷹介、虎太郎共々、寝惚けた哲哉とバッタリ遭遇してしまう。不運にもヘルメットを脱いだままだ！正体がバレた３人は情けない犬の姿になってしまった。 ３匹はゴンの元へ相談しに行き、人間に戻るヒントは、ブタ猫に盗られた残り半分の巻物に載っているのではないかと睨む。そこで４匹は早速巻物を奪還したが、そこには人間に戻るヒントは記されていなかった。

復活したゴクアークは、地上の人を次々と動物に変えていた。大魔界から帰ってきた虎太郎達は直ちに出動、ガンバルガーとリボルガーで戦うが、相手は魔王。てんで歯が立たない。しかもゴクアークは、魔界獣・ガラクタンを呼び出してしまった。 魔界獣と魔王相手に大苦戦するガンバルガー。 その時、コマンダーに新しいロボットの映像が映った。どうやらエルドランにもらった卵で呼び出せるらしい。喜び勇む三人だが、なんと卵が見当たらない。どこかに落としてしまったのだ！ 鷹介は単身卵を探しに行く。

ついにゴクアークを倒し、地球を大魔界から救った３人。役目は終わったと、ゴンにガンバーブレスとコマンダーを預かってもらう。虎太郎は超能力が使えなくてちょっと残念。 ところが、まだ戦いは終わっていなかった。ヤミノリウスが、残っていたゴクアークの魂を体に取り込んでいたのだ。パワーアップしたヤミノリウスは花火を超魔界獣に変えた。超魔界獣・ドカーンは家やビルを打ち上げ花火にしてしまう。 虎太郎達はゴンにガンバーブレスを返してもらい、再び秘密のヒーローに逆戻りするのだった。

魔界のランプを使い、人間の身近にあるものを魔界獣に変える新生ヤミノリウス。彼が今回目をつけたのは、捨てられた漫画の本だ。 漫画魔界獣・コミックダーは、町の人たちを吸い込み、マンガのコマの中に閉じ込めてしまう。町の人たちは、まるでガラス張りの牢屋のようなコミックダーのマンガの中で、コミックダーが描いた絵に襲われるが、その叫び声は吹き出しになるばかり。そんな中出動した虎太郎と力哉までも魔界獣に吸い込まれ、コマ割りされてしまった。

青空ゲンキースの監督、荒木純は亜衣子先生に一目惚れ。子供達に因縁をつけるチンピラをあっという間に倒し、ケガをした自分を優しく気遣う彼女に惚れたのだ。早速ラブレターを書く純だが自分から渡しに行く勇気はない。虎太郎はキューピッド気分でラブレターを職員室の亜衣子先生の机の上まで運ぶ。 その頃、町では消しゴム魔界獣が暴れていた。その力で、純の首から下も消されてしまう。そんな純を見て、驚き逃げる亜衣子先生は魔界獣に遭遇。そのピンチに、体を石灰の粉で白く見えるようにした純が駆け付けた。

秋絵が初めてのお使いで、タマネギと牛乳を買いに行くことになった。お供の哲哉共々大はしゃぎ。ところが、行く先々の店で売り切れ続出。ヤミノリウスが魔界料理恋しさに作り出した料理人魔界獣の仕業だ。最高の食材を求める魔界獣は、店の食材を丸ごと吸い込んで盗んでしまう。絶対にお使いを成し遂げたい秋絵と魔界獣の、タマネギ争奪戦が始まった。しかし、盗まれたタマネギを追った秋絵達はついにヤミノリウスに捕まってしまう。

イエローガンバーの評判が地に落ちた。女の子のスカートめくりをするわ、子供に意地悪をするわで人々のひんしゅくを買ったのだ。普段から素行の良くない虎太郎は、力哉や鷹介からも疑われる始末。しかし虎太郎は全く身に覚えがない。実はミシン型魔界獣が変装した、贋イエローガンバーの仕業だ。ガンバーチームの評判を落としておいて、自分は「善人宣言」をし、評価を上げて油断させようというヤミノリウスの作戦だったのだ。 そうと知らない町の人はヤミノリウスに煽られ、ガンバーチームの正体を知ろうと詰め寄った。

今日は青空小学校の運動会。親も子供も張り切って大にぎわいだ。 その頃、ヤミノリウスは公園にいた大道芸人の操り人形を魔界獣にしていた。人間を思いのままに操ることのできる魔界獣は、運動会に乱入。騎馬戦も玉入れもフォークダンスも滅茶苦茶になってしまった。魔界獣の仕業といち早く気付いたゴンと鷹介が探索開始。魔界獣を見つけ、ガンバーチーム出動だ。みんなを巻き込まないよう、パワーアップした超魔界獣・マリオネロンを離れた場所へ誘導し、戦闘開始。しかし、なんとガンバルガーまで操られてしまうのだった。

虎太郎と千夏はいつも喧嘩ばかり。今日も教室を巻き込んで壮大な喧嘩を繰り広げていた。その時、いきなり二人の体がくっついてしまった。どんなにもがいても、力哉たちが剥がそうとしても離れず、周りから冷やかしを受けるばかり。磁石魔界獣の光線を浴びてしまい、磁石人間になってしまったのだ。 町でも人々があちこちでくっついている。力哉と鷹介は早速出動。だが虎太郎は千夏がいるため変身できない。何とか引き剥がした隙に変身し、得意のダッシュで遠くに逃げるが、すぐに再びくっついてしまった。おまけに戦場に駆け付けて名乗りをあげても、後ろで千夏がスクープをとろうと騒ぐので全然様にならないのだ。

教育ママで有名な鷹介の母は、百点テストの収集家。今日も鷹介が持ち帰るテストを心待ちにしていた。ところが、鷹介は下校途中でテストを落としてしまった。百点ではないのを隠すために嘘をついているのではないかという母の疑いを晴らすため、鷹介はテストを探す旅に出る。 その時、虎太郎から魔界獣が暴れていると連絡が入った。魔界獣の仕業で、町の色々なものが巨大化しているというのだ。鷹介のテストもその一つ。ビルほどに大きくなったテストをみんなに見られて恥ずかしい鷹介は、ゲキリュウガーでテストを持ち帰ろうとする。

桂は父親に腕時計を買ってもらい、御機嫌だ。ところが、その時計が時間を操る魔界獣になってしまった。そうと知らない桂は一人だけ時間を操られてしまう。時計魔界獣の針がはや回しになり、桂の感じる時間の流れが遅いため、虎太郎や父親達とはすれ違ってばかり。 その時、時計が逃げ出した。力哉たちはそれ見て、魔界獣であることに気付いた。寝ている虎太郎を放っておいて、二人だけで出動だ。一方、パワーアップした超魔界獣・チクタークは青空町を恐竜時代にタイムスリップさせてしまった。

今日は町内会のピクニック。純監督が運転するバスで出発する。 ところが、遅刻しそうな虎太郎がイエローガンバーになって駆け付けたところを、ヤミノリウスが見ていた。バスの中にイエローガンバーがいると睨んだ彼は、バスガイドに変身して乗り込む。だが正体を突き止めるどころか、歌を歌えだのマイクを寄越せだの言われ、堪忍袋の緒が切れた。ヤミノリウスは正体をあらわして風船魔界獣を作り出した。

霧隠家では虎太郎とかすみの壮絶なバトルが繰り広げられていた。道場の掃除をかけたバドミントン勝負だ。学校でバドミントン部に所属しているかすみは強い。あっという間に虎太郎が負け、一人で道場の掃除をするハメになってしまった。 一方かすみ達は公園でバドミントンをして遊んでいた。ところが、ラケットが間違って飛んでいってしまい、その先にヤミノリウスの顔面が！怒ったヤミノリウスはラケットを魔界獣に変えようとするが、かすみが代わりに魔界ランプの煙を浴びてしまった。かすみは魔界の力を受け、カスミリウスという大魔界の魔法使いになってしまう。

今日は青空小学校の学芸会。４年１組のだし物は、千夏、桂、百合香主演の「美少女戦隊ガンバーチーム」だ。悪役は虎太郎達三人。観客も役者も盛り上がっている。 そこにヤミノリウスがやってきた。劇中のガンバーチームを本物と勘違いした彼は、魔界獣を舞台に送り込む。 脚本通りにヘルメットを脱いだ千夏達を見て、正体を見たとはしゃぐヤミノリウス。劇に乱入して魔界獣を超魔界獣・シバイラーにパワーアップさせると、千夏達に襲いかかった。

一人前になりたい年頃の哲哉は、今日も力哉の出前にくっついて仕事をしようと頑張っている。そんな哲哉に力哉は重大な指令を与えた。三丁目の鈴木さん宅からどんぶりを回収するのだ。無事帰宅することを力哉と約束し、意気揚々と出かける哲哉。どんぶりを回収して帰宅という時、大変なことに。帰りの目印の煙突が見当たらない。ロードローラー魔界獣に潰されてしまったのだ。 その頃、哲哉の帰りが遅いと心配していた力哉たちは、魔界獣出現の報を聞いてびっくり。早速ガンバーチーム出動だ！

道場の掃除をしないとかすみに怒られるし、野球の約束も守らなくてはいけない。 そんな虎太郎の、体が二つ欲しいという願いが突然、叶ってしまった。目の前に現れたもう一人の虎太郎を道場に残し、虎太郎は野球へ向かう。実はこの二人目の虎太郎、カメラ魔界獣の撮った写真が実体化したコピーだ。写真に撮られた何枚もの虎太郎は次々と実体化し、方々で悪さを始めた。魔界獣は虎太郎だけでなく、町の色んな人の写真を撮っては実体化させる。ついに虎太郎達もその異常事態に気付き、ガンバーチームが出動した。

冬。コタツで丸くなる虎太郎を、ゴンが何とか忍術の修行に連れ出そうとする。しかし水の忍術を教えるゴンの隙をついて逃げ出してしまう虎太郎。そんな怠慢な虎太郎の態度にゴンは憤慨する。 その頃、魔界獣の仕業で町中のコタツが勝手に動き出していた。コタツの群れの行進に巻き込まれた虎太郎は、出動した力哉と鷹介に助けられる。ガンバースーツさえ着用していたらこんな失態は見せなかったと言う虎太郎を、道具より使う者の心が大事と諌めるゴン。父と子の仲は険悪だ。 一方、コタツは巨大化し、青空町を覆ってしまった。

純監督は亜衣子先生への恋心を忘れられずにいた。虎太郎達を使って亜衣子先生の好みの男性を聞き出すと、正義感が強く、弱きを助ける優しさを持ったジャーナリストだという。しがない浪人生の純はがっくり落ち込む。 その頃、ヤミノリウスは物を石に変える力を持つ魔界獣を作り出していた。しかし魔界獣が石にした鳥が頭を直撃して、ヤミノリウスは昏倒。気付いた時には記憶喪失に。自分が大魔界の魔道師であることも忘れてしまった彼は、ふつうの人間となり、通りすがりの亜衣子先生に助けられる。真剣に自分を心配してくれる亜衣子先生に心動かされるヤミノリウス。 一方町では石魔界獣が暴れ回っていた。

明日はクリスマスだ。虎太郎とゴンは今年こそサンタが霧隠家に来てくれることを願っている。町もクリスマス一色。子供達の間ではプレゼントに何をもらうかの話題で持ちきりだ。 その頃、絵本でクリスマスのことを知ったヤミノリウスは、これを利用して町を混乱に陥れようと計画していた。早速ツリーとサンタの衣装から魔界獣を作り出し、子供達へのプレゼントを奪わせる。さらに超魔界獣・サンダークローにパワーアップさせて巨大なツリーを作り、町中のプレゼントと、ツリーの飾り用にビルや飛行機を奪ってしまう。ガンバルガーが出動して戦うが、歯がたたない。

鷹介は餅が大の苦手だ。触るだけでも血の気が引くのだ。だが今日は正月とあって、どうにも餅からは逃げられそうにもない。案の定、虎太郎たちに餅つき大会に誘われてしまった。 そんな時に限って、きねとうすの魔界獣があらわれた。車も学校も餅に変えてしまう魔界獣だ。ガンバーチーム出動、といきたいところだが、鷹介は逃げ腰。それでも何とかゲキリュウガーに搭乗して出動する。しかしパワーアップした超魔界獣・モチモッチンに地面を餅に変えられ、鷹介は気絶寸前になってしまう。

亜衣子先生の様子がおかしい。虎太郎がテストを不真面目に受けていても、授業終了の鐘が鳴ってもうわの空なのだ。どうやら正義のジャーナリスト、闇野に心を奪われてしまったらしい。 一方のヤミノリウスは、掃除機魔界獣スイトッターを作り出し、人間の一番大切なものを大量に吸わせはじめた。亜衣子先生が闇野の写真を取られて落ち込む様子を見て虎太郎達は憤慨する。しかし力哉と鷹介はガンバーコマンダーとガンバーブレスを奪われてしまっていて出動できない。焦る二人だが、なんと虎太郎のブレスは無事。虎太郎にはブレスよりもおやつのバナナ大福のほうが大事だったのだ。

秋絵は千夏のカメラを触ってみたくてたまらない。壊されたくないからと貸してくれない姉を見返そうと、母のカメラを借りて町にくり出す。 そんな折、すごいマジシャンが現れた。実は魔界獣なのだが、そうと知らない秋絵は、この手品を撮れば千夏が認めてくれるだろうと、魔界獣の後をついて行く。 出動した鷹介たちはそんな秋絵を見てびっくり。ピンチを救ったものの、秋絵は写真を撮るの一点張りで、一緒にガンバルガーの中に乗りこんでしまった。挙げ句の果てに、素顔を撮らせろと虎太郎のメットまで取ろうとする。

鷹介が百合香ちゃんから買い物に誘われた。それはデートとはしゃぐ虎太郎達外野。鷹介も気合十分で、ゴンに指導をあおぐ。デート中に３回ドジると名誉挽回は不可能という忠告を胸に、いざ公園へ。父親のプレゼントを一緒に選んでほしいという百合香と共にお店に出かける。 ところが鷹介は緊張のあまり、失敗に失敗を重ねてしまう。それを後ろで見ていた鷹介応援隊の虎太郎達は、気が気でない。そしていざ百合香に告白、という時、いきなり二人の頭上に雨が降り始めた。天気を自由に操る魔界獣の仕業だ。

忍術の修行のため、霧隠家に集まったガンバーチーム。その時、ゴンが中庭から奇妙な箱を発見した。中には忍び文字で書かれた巻物が。どうやら大魔界の秘密について書かれているらしい。中身を読もうと３人と一匹が固唾を飲んだ時、巻物はブタ猫に奪われてしまった。変身して取り戻したものの、今度はヤミノリウスに奪われ、超魔界獣・マイチャッターに変えられてしまう。ゲキリュウガーとリボルガーを呼び、魔界獣と対峙するが、中身を読む前に倒すわけにはいかない。魔界獣を押さえ付けている間に、ゴンに解読してもらった。 後を追ってきた千夏はそんなゴンを見て、普通の犬らしくない行動に疑問を持つ。

大魔界の秘密はヤミノリウスに知られてしまった。魔王の復活を阻止しようと焦るガンバーチーム。ゴンとともに必死の捜索をするが、ヤミノリウスは占い魔界獣を使ってついに魔王の封印場所を探し当てる。そこはなんとゴンの犬小屋だった。 すぐにも止めにいきたいが、町では超魔界獣・ウラナイナイが暴れている。ガンバーチームをそちらに向かわせ、残ったゴンが犬小屋に突入しようとする。だがどんな忍術を使っても魔王の結界を解くことができない。 ヤミノリウスは魔王復活の呪文を唱え始めた。

ついに三大魔王が復活してしまった！ガンバルガーの攻撃も、防衛隊の攻撃もまるで歯が立たない。町はみるみるうちに大魔界に変化しはじめ、人々はエネルギーとして魔王の体に吸い上げられていく。ヤミノリウスさえも、用済みだと動物にされた挙げ句、町の人と同様に吸い上げられてしまった。人々の心を絶望が支配していく。 一方、大魔王の弱点が目だと気付いたガンバーチームは、動けなくなってしまったガンバルガーを降り、無謀にも直接魔王を攻撃しに行くことに。必死に戦おうとする彼らの姿を見て、千夏をはじめ捕らわれた人たちも次第に勇気を取り戻した。

生き残った魔王ゴクアークにより、地球は破壊されようとしていた。世界を守れるのは自分たちだけだと、無謀にも犬の姿のままで出動しようとする虎太郎達。 その目の前にヤミノリウスが現れ、人間に戻してくれた。もう戦わなくていいと制止する千夏たちに必ず勝って戻ると約束し、最後の出動をするガンバーチーム。しかし戦力差はあまりにも大きい。巨大な手で地球を握りつぶそうとするゴクアーク。それを見ていたヤミノリウスは、自分の目的は地球の破壊ではないと気付き、地割れに落ちた亜衣子先生を助けて地球を元に戻そうとする。しかしついに地球は粉々になってしまう。