ライム、チェリー、ブラッドベリー、小樽、そして花形。いつも通りの平和で大騒ぎなジャポネスは文明開化を迎えていた。ある日ジャポネスの恒例行事、三社祭の顔役に決まった小樽は子供の頃から憧れていた大役に上機嫌。だが、伝統を重んじる小樽は異国文化を取り入れようとする仲間たちと衝突する。そんな中、ライムは1人時代の変化を感じ取り何かに脅え寂しさに胸をしめつけられる思いでいた。そんなライムに小樽は…。

三社祭りのメカだんじり合戦で一番最初に河童神社の御神体に触れた者は1つだけ願いごとがかなう。と小樽に聞いたライムたち3人は小樽と自分との2人きりの甘い生活をお願いしようと大張り切り！ 果して、誰が願いを叶えることができるのか…!?

花形の父、鎌太郎が花形を迎えにやってきた。そろそろ自分の元で経営を学ばせたいという鎌太郎だが、花形は小樽の元をどうしても離れたくない。花形は意を決して、鎌太郎に立ち向かう。これで花形が勝てたら小樽の元に残れるようにしてもらおうというのだったが…。

かつてライムたちの敵だったティーゲルたちの元に一通の手紙が送られてきた。それはジャポネスでの修行を終え、ガルトラントに帰ってこいというファウストの命令だった。自分たちの乙女回路がファウストの期待したレベルに達したかどうか不安なティーゲルたちは、小樽に相談を持ち掛けるのだが…。

小樽たちは「愛のしらたき友好同盟」各国代表のジャポネス親善訪問をガイドすることになった。ライムたち3人がバスガイドを努め、まずはチェリーによるテラツーの都市国家誕生話に始まり、ブラッドベリーのはちゃめちゃ観光案内、そしてライムの…。さて、どんなガイドになることやら…。

ブラッドベリーは小樽と、2人っきりでデートの約束をしたが、待ち合わせの場所に遅れて現れた小樽はライムを連れていた。怒りのあまり、1人でその場から走り去ったブラッドベリーはいつのまにか、小樽とくるはずだったサーカス小屋の前にいた。彼女はそこで小樽にそっくりな男を見かけ、後を追いかけるが…。

体の検査を受けていたライムは、夢うつつの中でスキャットを歌う妖精を見た。ローレライにその話をしたところ、「妖精は純粋な心の持ち主にしか見えないの。あなたには見えてもおかしくないわね」と言われた。ある日、森でポン太くんや夢二たちとかくれんぼをしている時、最後の1人を探す鬼のライムは再び妖精の声を聞いた。

大雨の次の日、川に行ったチェリーは流されてきた奇妙な丸いカプセルを拾った。ロックを解除し、フタを開けてみると、なんと人間の赤ちゃんが入っていた。さっそく連れ帰り、嬉しそうに世話をするチェリー。しかしその赤ちゃんは、行方不明になり莫大な賞金がかけられた、貴重なクローン新生児だった…。

家に帰ったライムは、小樽と大工の棟梁の打ち合わせを聞いた。町中の一角にある、ライムたちの大切な小さな森、鈴ヶ森を切り開いて公園を作るというのだ。森の木々を友達のように思うライムにとってこの森は大切な場所だ。大反対のライムは思い余って工事の当日、森にバリケードを張るのだが…。

テラツー唯一の人間の女性、ローレライはジャポネス城で厳重に警護されカゴの鳥も同然。訪れた小樽に「ジャポネ富士い行きたい」とお願いするローレライ「…よし、俺にまかせてくれ」小樽は、ローレライをこっそり連れ出しジャポネ富士へ行くことにした。「よーし、明日のために買い出しだー！」「オー!!」ライムがつくった『シャケおにぎり』の味はいかに?!

「栄光あるガルトラントの復活を宣言する!!」というゲッテルの声明がテラツー全土に放送された。さらにゲッテルは、ライム、チェリー、ブラッドベリーの引き渡しを要求してきた。ジャポネス城の会議室に呼び出された小樽は、おエライさんたちに屈することなく宣言する。「ライムたちは渡さねぇ。降伏もしねぇ」小樽は、自らのミスの責任をとろうと決意、街のみんなに手伝ってもらって、ゲッテルの隠れ場所を探し始める。

かつてのガルトラント総統ファウストがセイバードールズを従えて、再び小樽の前に現れた。ファウストは、また独裁者に戻ってしまったのか？ また無意味な戦争が始まるのか？ 友達だったはずのセイバードールズは再び敵になってしまうのか？ 心を痛め、戸惑うライムたち。一方、ティーゲルたちもまたライムたちと戦うことをためらうのだったが、そんなセイバードールズに、ファウストは非情にも攻撃命令を下した。

ガルトラント再興を目論むファウストは、ジャポネスガーを狙ってジャポネ富士に進攻した。ファウストの野望を阻止するために後を追い立ちふさがった小樽たちに、ゲッテルの精鋭ケルベロス隊が圧倒的な数で襲いかかる。必死に応戦するライムだったが、多勢に無勢で大苦戦。戦いのさなか、パンターはファウストを説得するが、その言葉は届かない。ついにファウストはパンターに向けて銃を構えるのだった。

商店街の福引き大会でクジを引いた小樽は、なんと一等賞を引き当てた。一等の賞品は「大陸横断電車で行く西安の旅」だ。ライム、チェリー、ブラッドベリーは小樽に抱きついて大喜び！ ところが賞品のトラベルチケットは"ペアチケット"だった。小樽は考えた。そして、何やら決断した小樽はバイトを始めたのだ。あと2人分のチケット代を稼ぐために…。

初めて訪れた西安の街並みに、大騒ぎするライムたち。そこで小樽たち一行は、西安政局を預かる側近の大男・超飛将軍と知り合う。一行をテラツーを救った英雄だと気づいた超飛将軍は、大喜びで歓迎会を開いた。その後ホテルに着いた小樽は高熱を出し倒れてしまった。そこへ花形が医者を連れて駆け込んできた。しかし、その医者の正体とは…。そして小樽の運命は…。

揚明の策略により倒れた小樽は、西安のホテルで目を覚ます。そして看病していた花形から、自分が5日間も眠り続けていたこと。ライムたちが病気に効く薬草を探しに出たまま行方不明になっていることを知らされた小樽は心配のあまり街へ、飛び出していく。しかし何の手がかりも掴めず落胆する小樽の前に突然暗殺兵たちが襲いかかってきた。

指名手配犯の汚名をきせられながらもライムたち3人を探し続ける小樽と花形。そこへ情報屋が現れ西安一の無法地帯・龍窟城に行けば手がかりを知る者と会うことができると教えられる。意を決し、その場所へ乗り込む小樽を待ち受けていたのは、謎の鉄仮面剣士との命をかけた戦いだった…。

患者たちの心に安らぎを与えるライムは、診療所の人気者になっていた。患者の中には、ライム会いたさに仮病をつかって診療所にやってくる者まで現れるしまつ。そんなある日薬を買いに薬屋に出かけたライムは、以前、毬藻苔を分けてくれた仏師と再会するがライムは、彼のことを憶えていない。同じ頃チェリーも孤児たちを相手に悪戦苦闘していた。ライムもチェリーもそれぞれの場所で、なくてはならない存在になっていた。

強盗団が次に狙いをつけたのは西安に興行にきていた白瀬明石のいるヒグレ大サーカスだった。そこに強盗たちの命令でブラッドベリーがサーカスに金の在処を探りに下見に現れた。テントの前で何故か懐かしい気持ちになるブラッドベリー。そこでピエロと再会するが、ブラッドベリーの異変に気づいたピエロは彼女の後を尾行しブラッドベリーが記憶をなくし強盗団に無理やり悪事を手伝わされているという事実を知る。報を受けた明石たちはブラッドベリー救出に乗り出した。

指名手配の捜査をくぐり抜け逃げ続ける小樽。しかし、ついに発砲する警官隊に追いつめられ逃げ場を失った小樽は、雨で増水した川に飛び込んだ。次に小樽が目を覚ましたのは、診療所のベットの上だった。そこでライムやチェリーと再会した小樽は、彼女たちが自分の姿を見ても、全く何の反応も見せないだけでなく、自分がいなくても幸せそうなライムたちを見てひどく落ち込む。そんな小樽に揚明より小樽殺害の命を受けた朱雀と玄武が襲い掛かってきた。

ヘスと揚明の命を受け診療所を襲う朱雀と玄武。彼らの狙いが自分たちであると知る小樽は患者や子供たちの元に戻ろうとするライムとチェリーを無理に引きとめ逃げ出した。そんな小樽に激しく抵抗し、疑問をぶつける2人だったが、自分たちを守るために命懸けて戦う小樽にたいし、戸惑いを感じ始める。ライム、チェリーの次に狙われるのは、ブラッドベリーであると心配する小樽は、傷ついた体を引きずりながらサーカスへ向かう。小樽の心配は、的中した。サーカスはすでに白虎の襲撃を受けていた。

ライムたちの記憶が戻りそしてファウストの協力により小樽の無実も晴れヘスと揚明の陰謀も発覚し揚明は逮捕されたがヘスは、鳳々を操り逃亡した。傷を癒すため、休養する小樽は、ライムたち3人のことで悩んでいた。それは、自分と彼女たちとの今後だった。それぞれの幸せな居場所を西安で見つけたライムたちを、自分がジャポネスへ連れ帰してもいいのか？ また自分は、3人のうち誰か1人だけ選ぶことができるのか？ 悩みぬいた結果、小樽がとった行動とは…。

小樽がジャポネスに去ってしまいライムたち3人は、それぞれの居場所へ戻った。しかし何か満たされない想いで日々を送る彼女たちに対し周囲の人たちは温かく迎え入れてくれる。その温かい心に触れ、自分たちがマリオネットであることを痛感し悩む彼女たちの脳裏にヘスの言葉「人間になりたくないか？」がよぎる。一方、ジャポネスへ向かう小樽の前にファウストが現れ事件がまだ解決していないことを告げる。そこへ、ヘスが現れ自分の過去を聞かせた。その背後にはライムの姿があった。

間になりたいという一心でヘスとネオメソポタミア号に乗り込むライム。そのライムを連れ戻そうとチェリーとブラッドベリーも後を追った。隙をつき彼女たちからデータを盗んだヘスは、自分の真の目的は、地球破壊であることを告げた。ネオメソポタミア号を追うライムたちは小樽に誰をお嫁さんにしたいかと問いかけて…。

ネオメソポタミア号が地球破壊のため、テラツーの大地から飛び立った。ライムたちは、何とかしてヘスの野望を阻止しようとするが、船の最重要部分は、プラズマウェーブによってガードされていた。そして船には次元核弾頭がしかけてありその次元スイッチは、すでに作動していた。ヘスは自爆し地球と刺し違える作戦だ。ライムたちは3人最後の力を振り絞り復讐の鬼と化したヘスに戦いを挑む。そしてネオメソポタミア号はライムたちを載せたまま、爆発し消滅した。その瞬間、3本の光が飛び立っていった。

あれから数年…ライム、チェリー、ブラッドベリーの3人は、元気にそして逞しく成長していた。小樽も3人を相手に悪戦苦闘しながらも父親として幸せな日々を送っていた。しかしそんな小樽にも1つ心配ごとがあった。それは、仕事、仕事に追いまくられて全然かまってやれず最近では、3人が小樽に何か隠しごとをいているようなのだ。もしやかまってもらえない寂しさからグレてしまったのではないか？小樽は、心配でならない。さて3人は、小樽に隠れて何をしているのか…。