『遊びの神』と呼ばれる少年、未門友牙は親友の加古川ランマと一緒に『RanGaちゃんねる』を運営する友チューバーだ。そんな友牙がバディファイトを始めることに！初めて選んだパックから現れたのは『闘いの神』の異名をほこるガルガンチュア・ドラゴン！さらにそこへバディポリスの長官をつとめる龍炎寺タスクまでもがやって来た！

友牙のバディとなったガルガが未門家で暮らし始めた。初めて食べたタコ焼きに心を奪われたり、お風呂でノンビリしたりと人間世界の生活を楽しむガルガ。いっぽう友牙はバディのいないランマのことを気にかける。そんな最中にランマが「ファイトしようぜィ！」と言い出した。かくして相棒学園の昼休みに二人のファイトが始まる！

隣のクラスの星詠スバルは『勉強の神』と呼ばれる天才少年。スバルが実はバディファイターだと知った友牙＆ランマは、さっそくファイトしようと考える。スバルは他人をまったく寄せつけないタイプだったが、なぜか友牙にだけは心を開きファイトを了承。こうして『遊びの神』と『勉強の神』の対決がスタートする！

相棒学園に転校生がやって来た。その名は陸王マサト。抜群の運動神経を誇る万能アスリートで面倒見のいい『スポーツの神』である。バディファイターとしてもスゴ腕だというマサトにファイトを持ちかける友牙＆ランマ。しかしマサトは二人を見るなり大激怒！なぜかマサトは友牙たちを悪の友チューバーだと思い込んでいたのだ。一体なぜ――？

相棒学園の恒例行事『ABCカップ』がついに開幕！その最中、マサトに上級生が因縁をつけてくる。地球最強のファイターをめざす鬼塚バンジョウという札付きのワルだ。そんな二人が『ABCカップ』で激突！バンジョウは得意の『強奪』でマサトを苦しめる。しかしマサトにはとっておきの切り札があった――！！

『ABCカップ』一回戦第2試合は友牙とランマの親友対決！ファイトのセンスに長けた友牙に対して、先輩ファイターであるランマは負けるものかと闘志を燃やす。友牙のことを知り尽くしたランマは友牙にとって強敵だ。そして始まるファイト！意地とプライドをかけたランマの猛攻に苦戦をしいられた友牙は――！？

むかしむかしあるところに、妄想するのが得意な、夢語（ゆめがたり）メルという子がおりました。メルは赤ずきんエマという可愛いモンスターをバディに持つダンジョンワールド使いのバディファイターで、しかもスバルにひそかな想いを寄せています。そんな彼女が『ABCカップ』でスバルと闘うことになったから、さあ大変！

『ABCカップ』の休日。友牙たちは『喫茶みこの』でファイトの疲れをいやす。店の看板娘である神子野ミコはファイターであったが、ランマと同じくバディがいない。パックを入手しに行った一同は、悪の友チューバー、ダ★ダーンに遭遇。ミコがピンチに陥ったその時、彼女の持っていたパックがまばゆい光を放った――！！

違法モンスターの脅威から人々を守る謎のヒーロー、銀河超人コスモマン！その正体はヒーローワールドを使うバディファイター、世界マモルであった。その秘密を知ったマサトに、マモルは正体を隠したままで「自分を鍛えてほしい」と言い出した。かくして『ABCカップ』で対決を控えた二人のトレーニングがスタートする！

『ABCカップ』準決勝第二試合は友牙とスバルの対決だ！ファイトに先立ち結果を占うクロス。いっぽう友牙＆ガルガはオモシロ動画を撮ったり、テレビの取材を受けたりしながらも、一度負けた経験のあるスバルとのファイトを強く意識していた。いっぽうクロスはスバルに問いただされて、占いの答えをスバルに伝える。その驚きの内容とは―――？

友牙との決勝戦にそなえてトレーニングをおこなうマサト。そこへ友牙＆ランマがやって来た。マサトの協力を得て『RanGaちゃんねる』でおこなわれる応援投票。しかし悪の友チューバー、ダ★ダーンの妨害にあってしまう。力をあわせてダ★ダーンをこらしめた友牙とマサトは、さらにたがいの絆を深めて『ABCカップ』の決勝戦にのぞむのだった！

ついにクライマックスを迎えた『ABCカップ』の決勝戦！友牙もマサトも持てる力のすべてを注いでの大激突！　そのいっぽうでランマに静かなる異変が起きていることに誰も気づかない。そしておこなわれる『喫茶みこの』での祝賀会。『ABCカップ』に出場したみんなが盛り上がる中、そこにやって来たランマは……！！

夏休みも終わりが近づき、宿題をする友牙であったが、ランマの豹変が気になって仕方がない。そんな友牙のもとへ驚くべきニュースが！ランマが引っ越しにともない転校するというのだ。ランマとの再会を果たす友牙。ランマは別れる前にファイトがしたいと言い出す。それは悪夢のような闘いの序章であった――！！

ランマが欲してやまなかったバディレア。その正体は、太古、ガルガたち神々によって次元の彼方に封印され滅亡した《ロストワールド》でただ一体生き残ったモンスター、凶乱魔竜 ヴァニティ・骸・デストロイヤーであった。デストロイヤーの未知の力によってランマは乱魔に変貌し、さらに友牙に牙をむく！そしてついに《ロストワールド》の本当の力が発動した―――！！

ランマとの友情の絆を失った友牙とガルガは、いまだにそのショックを引きずっている。彼らを心配するマサトやスバル、ミコたち。いっぽうバディポリスではタスク長官たちが、復活をはたした凶乱魔竜 ヴァニティ・骸・デストロイヤーに対する今後の対応策を協議していた。そんな最中、友牙の心に、ある異変が起きる。

カタナワールドに好奇心を刺激された友牙は、ミコとアマテラスの計らいで加持カネサダと鋼殻剣士 KUROGANEと出会う。カネサダはカタナワールドを使うファイターの中でもその人ありといわれる強者（つわもの）だ。おりしも日本一のファイターを決める『神バディファイター決定戦』がスタートする。その一次ショップ予選で、友牙とカネサダが激突する！

天才チェスプレイヤー、騎道セイジ。頭脳明晰な彼はスバルの友だちであった。勉強でもチェスでもスバルに勝てないセイジは複雑な思いをかかえていた。スバルに友情を感じながらも、同時に敵対心もいだいていたのだ。そんなセイジに乱魔が忍び寄る。「オレといっしょにスバルを倒そうぜィ」乱魔はそう言うと、不思議なパワーが秘められたカードを手にした―――

《RanGaちゃんねる》のチャンネル登録者数が減り始めた。ランマがいなくなったせいで動画のクオリティが低下したのが原因だ。困った友牙たちの前に突如あらわれるダ★ダーン。彼はこれまでの悪事の数々を謝罪し、自分を仲間にしてほしいと友牙に泣きつく。ランマの抜けた穴を埋めるにはちょうどよいが、果たして信じてよいのだろうか？そして友牙の出した結論は―――

セイジに負けてからというもの、スバルはクロスとすらほとんど口をきかず、部屋にこもるようになった。クロスがスバルの未来を占ったところ不吉な答えが出る。いっぽうセイジを仲間に引き入れた乱魔は友チューブに《乱魔チャンネル》を開設し、神バディファイター決定戦への参加を宣言するとともに仲間集めを開始。と、その動画を目にしたスバルが行動を開始した。

スバルに捨てられたクロスが、友牙の家で居候をすることになった。いっぽう悪の友チューバー、ダ★ダーンが性懲りも無くまた動き出す。今回のターゲットもやっぱりミコだ。そのころミコには新しい仲間が増えていた。《麗しの電神 アメノワカヒコ》だ。ミコのバディになりたいワカヒコはアマテラスとは噛み合わない。そんな一同に、ダ★ダーンの魔の手が忍び寄る―――！

バンジョウとのファイトを控えた友牙は、バンジョウの得意とする《強奪》を利用した戦法を楽しみにしている。このファイトに勝てばショップ予選の代表になれるとあってワクワクが止まらない。しかしバンジョウは、親友であるマサトとのファイトに敗れたせいで、真っ白に燃え尽きていた。そんなバンジョウを心配した友牙は、ある行動に出た。

スポーツの神マサトは、相棒学園のさまざまな運動部の特別コーチをおこなっている。今回は剣道部を指導することになったのでガルガも参加することに。さらに友牙のアイディアで、カタナワールドの使い手であるカネサダも特別コーチに加わった。そしてスタートする彼らの指導であったが、相棒学園剣道部には、とてつもない問題をかかえた女子部員がいたのだった！

『神バディファイター決定戦』の二次予選がスタートする。二次予選はファイター同士がおたがいのポイントを奪い合うサバイバルファイトだ。いっぽう乱魔はスバルの求めに応じて友牙とのファイトを決意。乱魔からの挑戦を受けて、友牙がファイティングステージに立つ！はたして友牙はいかなる戦術をもって、ロストワールドと戦うのだろうか――！

未門家で暮らすようになったクロスが、パル子と二人で掃除をしていたところ、懐かしいデッキものが出てきた。父が子どもの頃に使っていたマジックワールドのデッキカードだ。好奇心を刺激された友牙は仲間の協力でマジックワールドのデッキを組む。折も折、サバイバルファイトでランダムで選ばれた友牙の対戦相手もまた、マジックワールド使いのバンドマン、響カ瀬音々（ひびかせねおん）であった。

乱魔のもとを訪ねたスバルは、蔵屋敷家の御曹子である大志郎と出会う。大志郎は乱魔に活動資金を提供する代わりに、バディモンスターをロストの力で強化してもらったという。両者はいわば“Win－Win”の関係だ。大志郎の姿を配信動画で観た絆竜団の様子がおかしい。実は彼と絆竜団のあいだには、浅からぬ因縁があったのだ。

乱魔とスバルが一緒にいるところの動画がネットに流出する。それを観たクロスはショックのあまり倒れてしまった。友牙たちはスバルが乱魔の仲間になるかもしれないと心配する。映像を流出させたのは乱魔であった。仲間になるかどうか態度を保留するスバルに対して、決心をうながそうと考えての行動であった。いっぽう流出映像を目にしたスバルは、ある決意を胸に、乱魔のもとへと向かう。

アギトは自分が弱かったために大志郎に負けたと感じている。いっぽうガルドックたちの誘いに乗って楽しいスポーツ動画をつくる絆竜団。バレーボールをきっかけに、ハラハラたちはマサト＆アギトに出会ったころを思い出す。そして、マサトと彼らの思いがひとつになった時、アギトの身に奇跡の光が輝く！

神バディファイター決定戦の中間ランキングが発表される。それを知った友牙は友チューブをつかってダ★ダーンにファイトを要求。さらに新たなカード『モード・ガトリング』を手に入れガルガの特訓をおこなう。いっぽう友牙に勝てないと踏んだダ★ダーンは、努力して強くなろうとはせず、ある驚くべき方法でパワー・アップを試みる！

クリスマスプレゼントにスタートデッキがほしいと言い出す晴。どのワールドを使うのかと友牙たちは興味津々。そんな最中、乱魔はダ★ダーンに命じてロストワールドのプロモーション動画を『乱魔チャンネル』にアップした。クォリティーの高い乱魔の動画は多くの支持を得るが……それを観た晴がとんでもないことを言い出した！

『RanGaちゃんねる』の人気が伸び悩んでいる。みんなが観たがる新たな動画はないものかと悩むガルドッグたちに「誰も観たことがないものを披露すればいい」とアドバイスするガルガ。それを聞いた友牙が閃く。公式の試合で闘ったことがないスバルとマサトのファイトをアップすれば…。こうしてマサトとスバルの初めてのファイトがスタートする！

友牙たち決勝トーナメントの出場ファイターたちに親睦会の案内状が届いた。みんなを招いたのは二次予選で第二位だった仮面のファイター花園エデンだ。聖オーダー学園の生徒会長をつとめるエデンは秩序の守護者を名乗り、広く正義をもたらそうとしていた。しかしガルガは彼女の心の奥底にある闇を感じとる。そしてエデンのバディである大天使竜ガヴリールが明かしたのは……。

自分の考えを世の中に広めるには巨大なネットワークが必要だ……そう考えたエデンは、喫茶みこので友牙に接触。だが『RanGaちゃんねる』はみんなを楽しませるものだと考える友牙は話に乗らない。友牙と平行線に終わったエデンは乱魔のもとへ。しかし、心に巨大な闇をかかえるエデンと、彼女の言動に本気で怒り出した乱魔によって、デストロイヤーが……。

大進化をとげたヴァニティ・刻・デストロイヤー。ライトの報告をうけたタスクたちは、デストロイヤーに対抗するためにアンチロスト・ウェポンの開発に着手する。そのころ友牙たちは、予選から正体を見せない謎のファイター怨巳矢レイがダークネスドラゴンワールドの使い手であることに注目。同じワールドを使うライトとのファイトを思いついた。

ひそかに乱魔の座を狙うセイジが、ダ★ダーンをそそのかす。すっかりその気になったダ★ダーンが乱魔に挑戦状を叩きつけた！いっぽうそのころ友牙たちは、エデンというファイターをもっとよく知ろうという思いから、彼女が生徒会長をつとめる聖オーダー学園に来ていた。ガヴリールのはからいで学園を見学する友牙たちは、エデンが秩序の学び舎と呼ぶ学園の実体を知る。

ついに始まる神バディファイター決定戦、決勝トーナメント。その第一試合は友牙とエデンのファイトだ。考えの異なる二人はファイトでも火花を散らす。その激闘の最中、新たなガルガが登場する。 ファイト前夜に大進化をとげた、その名も、『神ガルガンチュア・ドラゴン』だ！神ガルガにしかなしえない『神G・EVO』とは！？

謎に満ちたファイター、怨巳矢レイ。その正体を明かすべくガルドックたちが動き出す。そして友牙たちの前に現れるレイ。幸福と不幸について独得の考えを持つレイと友牙たちはまったく噛み合わない。そんなレイが出場する決勝トーナメント第二試合。彼の相手は乱魔であった。レイはいかなる戦術で乱魔とファイトするのだろうか！

決勝トーナメントでのファイトが予定されているマサトと大志郎。試合前に偶然出会った二人。絆竜団が大志郎にからむ。いっぽう大志郎はマサトとの過去を思い出していた。乱魔から渡された新たなロストライズカードでバディを進化させた大志郎が、打倒マサトをはたすべくファイトにのぞむ。果たしてマサトたちは勝てるだろうか！？

セイジを乱魔から取り戻そうと願うスバル。友牙の発案で『RanGaちゃんねる』を利用することになるのだが、スバルがおかしなことを言い出した。いっぽうセイジは乱魔に対して、自分がスバルを仲間にするために利用されたことを知っていたと明かす。俺はスバルより強い。それを明かすために、セイジはスバルとのファイトにのぞむのだった！

神バディファイター決定戦の準決勝に勝ち進んだ四名の対戦カードが決定する。第一試合は友牙とマサトのファイト、第二試合はスバルと乱魔のファイトだ。乱魔をのぞく三名が、喫茶みこのに集まって準決勝に思いをはせる。そんな楽しい時間をすごす友牙たちだが何かが足りない。そう気づいた彼らは、ある、とんでもない場所に向かうのだった。

神バディファイター決定戦、準決勝第二試合は、スバルと乱魔のファイトだ。闘いを前に「僕がファイトに勝ったら友牙のところに戻れ」と乱魔に求めるスバル。しかし乱魔は、以前、スバルが仲間になるふりをしたことをいまだに許していなかった。そして始まる二人のファイト。乱魔は切り札として、最終大進化をとげたデストロイヤーを用意していた！

乱魔とのファイトで異常をきたしたスバル。そんな彼をどうやったら元気づけられるかと友牙たちは頭を悩ませる。いっぽうバディポリスでは、完成した対ロスト兵器をめぐってタスク長官とライトが対立していた。デストロイヤーと闘うのはオレだ……決意の固いライトに対して、タスク長官はファイトに勝てば対ロスト兵器を渡すと約束。こうして二人のファイトが始まった。

神ファイター決定戦、決勝戦の前夜。ガルガは万が一に備えてカード化させた対ロスト兵器を友牙のデッキに入れて、友牙との別れを覚悟する。いっぽう乱魔は、日本一のファイターになると共に、記憶をうしなった友牙との未来を夢想している。そして始まる決勝戦。マサトたちが固唾を飲んで見守る中、はたして勝つのは、友牙か、乱魔か！

決勝戦の激闘が続く。追いつめられてなお、友牙の闘志はさらに増大する。それに呼応するかのように攻める乱魔。両者の思いが頂点に達したその時、奇跡が起こる！そして大会が終わり、友牙たちが仲間に囲まれる中、ガルガはひそかにタスク長官と合流し、友切橋を破壊したヴァニティ・骸・デストロイヤーの逮捕に向かうのだった。

神バディファイター決定戦の激闘を終えた友牙、スバル、マサトたちが喫茶みこのにやってきた。カードの管理方法について語り合ううちに、友牙が閃く。RanGaちゃんねるでバディカードの紹介動画を作ろうというのだ。かくして友牙はランマを呼び出し、動画の撮影が始まった。

すっかり引きこもってしまったアマテラスも、ミコや友牙の作戦でなんとか復活。そして始まる新たな動画撮影。今回はミコ＆アマテラスもカード紹介にチャレンジだ。前回と同様、ガルガ＆ヴァニティ・骸・デストロイヤーのクイズコーナーもますます盛り上がるぞ。

魔法使いの衣装をふたたび着て欲しいとガルトリオに迫られたガルガは果たして……。いっぽうカード紹介コーナーでは晴がチャレンジ。これはきっとかわいいぞ。そして、クイズに代わる新コーナーではミコ＆アマテラスの「ランランガウ～」が初登場。これは永久保存版かも。

前回に友牙たちが言っていたサプライズとは……ええい、バラしちゃえ。あの格好をした乱魔様の登場だ。乱魔にカード紹介が務まるのか？あのキャラで可能なのか？そしてカード紹介の後には……本当のサプライズが待っているぞ！