マシンロボたちがクロノス星を救った直後、電子惑星・M-1では、グレンドス帝国がエネルギー資源を手にすべく侵攻を進めていた。そしてその迎撃のため、プロトラックレーサー率いるシルバーウルフ隊が立ち向かう。

グッドラック号のエネルギーを狙うグレンドス軍に対し、シルバーウルフは防戦するしかなかった。しかしプロトラックレーサーたちの帰還を待つ隊員の中で、バギーウルフはただ1人、戦闘の準備を開始する。

無断で出撃したアキラとルークを救うため、プロトラック・レーサーはRIMに断りもなく出撃してしまった。さらにマッハブラスターをはじめとする、ホワイトサンダー隊の面々もその後を追おうと動き出す。

グレンドスの襲撃により、ホワイトサンダー隊とシルバーウルフ隊が出撃したとの知らせが入った。しかしバトルハッカーズは動こうとはせず、隊に配備されたばかりのマッハブラスターは、不満と焦りを感じている。

ソリコンダーたちは、シルバーウルフ隊の奇襲作戦を3回連続で打ち破った。この結果をRIMが解析したところ、ここまで作戦が失敗する確率はわずか2％であり、何者かが作戦を盗聴している可能性があるらしい。

バトルハッカーズへの入隊を希望するアキラ。しかしガルザックたちから猛反対を受けて、不満を隠せない。一方、ドリルクラッシャーとホイールマン部隊は、プロトラックレーサーが左遷されたことからある行動に出る。

グッドラック号はグレンドスに乗っ取られ、彼らの要塞として扱われていた。その頃別の場所では、アキラのバトルハッカーズ入隊が正式決定したものの、ルークとミアの意見の食い違いが生じていた。

ダスター地区へ偵察に訪れたガルサック一行は、グレンドス軍と遭遇してしまい不利な戦況を強いられていた。アキラはマッハブラスターを呼ぼうと、ガルザックの制止を振り切って飛び出すのだが…。

地球人とバトルハッカーズが打ち解け始めた頃、衛星都市・モデムがグレンドスに襲撃されていた。敵に潜入し、情報収集を行っていたロータリーキッドによると、これは突撃隊隊長・ガクランダーが仕掛けた攻撃らしい。

アルゴ軍のエネルギークリスタリウムが貯蔵されている衛星・アムネリアスが、突如グレンドスに襲われた。RIMから出動命令を受けてバトルハッカーズは現場に向かおうとするが、アステロイドに阻まれてしまう。

バトルハッカーズに6人のぶっちぎり隊が合流した。彼らはブルーランド地帯を突破して合流する予定だったのだが、そこにはグレンドスのエネルギー工場が建設されていたため、苦難が待ち受けていた。

パットはバトルハッカーズの基地に潤いがないと嘆き、いつもため息をついている。そんな彼女に花をプレゼントしようと、アキラとゼンはツインカムジミー、ロータリーキッドと共に花が咲いている場所へ向かった。

グレンドスは、グランドホエールすら射程距離に収められる遠距離砲を完成させた。ジェットライザーとイーグルロボがこの噂を聞きつけ、早速偵察に向かっていたのだが、防衛用有刺鉄線に捕まってしまう。

クリスタルシティで、グレンドス軍へ志願するマシンロボが続々と現れているらしい。そこでドリルクラッシャーが調査に乗り出したところ、なぜかツッパリである「プロトンの政」に絡まれてしまい…。

クリスタリウム鉱山でγ線が漏れ出し、鉱山はおろかB-1星も電子分解の危機が迫っていた。だが一刻を争う状況の中、バトルハッカーズが別任務のために出撃してしまい、この場を救えるのはぶっちぎり隊しかいない。

ソリコンダーとヤスによる狂乱電波の影響で、アルゴのマシンロボが同士討ちを起こし、RIMが頼れるのはアキラたち地球人だけとなった。マシンロボを正気に戻すためには、狂乱電波の範囲外へ誘導するしかなく…。

ディランはバトルハッカーズを敗北させるプランを考えていた。ぶっちぎり隊の復帰の目処が立たず、ホイールマン部隊をはじめほかの部隊が帰還していない今こそが、彼らを倒す絶好の機会なのだ。

元ホワイトサンダー隊所属で、現在はバトルハッカーズの大空の戦士であるマッハブラスター。そして義理堅いドリルクラッシャー、素早さが売りのホイールマン部隊など、戦士たちの戦いの記録を振り返る。

フォートラン攻略作戦がスタートし、グレンドスが50万もの大部隊を率いて出撃することになった。そこでバトルハッカーズにも援軍要請が届き、ガッタイザウラー部隊が出撃することになったのだが…。

フォートランの森を襲撃していたグレンドス軍を、ぶっちぎり隊とホワイトサンダー、シルバーウルフ隊が協力して退けた。しかしRIMは、グレンドス軍の目的は別にあると睨み、バトルハッカーズに偵察を託す。

連戦連敗と散々な戦績で、ディランから叱責されたガクランダー。そんな彼を見かねたヤーサンドが、代理としてアンチマシンミサイルの回収を行うことになった。一方、アイレムシティではグレンドスの侵略が始まった。

アンチマシンミサイルがグレンドスに落下し、RIMが無力化してしまった。カリアゲン率いるグレンドス軍とバトルハッカーズが応戦する最中、アキラとパットはアンチマシンミサイルの製造者を探る。

パットは地球へ帰る方法を失ったことに落胆を隠せなかった。そんな中、彼女は負傷して戦線を退いたバギーウルフと出会い、彼とドライブに出掛けることにする。戦いが続く中、このひと時は彼女に安らぎを与えた。

アンチマシンミサイルで動きを封じられたマシンロボ。このままではいずれ心臓まで硬直して死に至る危機があり、パトリシアはバギーウルフが回復するを強く願った。そしてこの事態に対し、RIMの考えは…。

ディランはRIMを破壊することこそが、アイアンホイール攻略の道であると気付いた。そこでガクランダーは、シノビスとイガーンのコンビを敵陣に送り込む。その目的はアイアンホイールの見取り図を把握することだ。

頼れるリーダー・アールジェタンをはじめとする、バトルハッカーズのめざましい活躍の数々。ブラッド国国境での防衛戦、ホッサマグナでの捨てごろ勝負、ソリコンダーとの決戦など、決死の戦いが続く。

下鉱山がグレンドスに襲撃された。これを地下からの侵略と判断したRIMは、バトルハッカーズに調査を命じ、B-1の裏側へ乗り込もうと考える。それはすなわち、敵の本拠地に乗り込むことなのだ。

グレンドスの勢力圏における辺境の町・エンドは、戦争のために資源を駆りたてられた結果、寂れた町になってしまった。そんなこの町には、ある1人のハンターが存在する。彼の名は、アイアンイーグルという。

グレンドス本部との総決戦に臨むため、北を目指すバトルハッカーズ。しかし彼らの弾薬は残りわずかであり、グレンドスはその弱みを突こうと考えていた。そこでRIMは、何とかして弾薬を届けようと考えを巡らせる。

兵器工場から弾薬を奪取するため、飛行部隊と地上部隊による波状攻撃がまもなく開始されようとしていた。だが目前の工場は稼働中であり、アールジェタンはゲリラ作戦への変更を余儀なくされる。

ディランはアールジェタンたちが本部へ侵入した場合、B-1星を消滅させなければならないと宣言した。一方その頃、マッハブラスターは拷問を受けており、アールジェタンは彼の救出を決意する。