アラド暦1013年の夜、マント姿の男が月光酒場に現れた。男の座ったカウンター席に後ろでは若い冒険者たちがかつての「魔界大戦」の話題で盛り上がっていた。光すら差さぬ魔界、姿を消した使徒、そして4人のウェポンマスターの武勇……その内容はあまりにも大げさで、男は思わず酒を吹き出した。彼らをばかにしたわけではない、男はただ昔のことを思い出しただけだった。魔界大戦の経験者ではないかの問いかけに男は伝説を語りはじめる……。

燃え盛る炎の中。赤く禍々しい異形の左腕で兄を殺す……。そんな毎夜の悪夢でテンサイは憔悴していた。原因は封じられた左腕にある。隠された左腕の真実を知るために、かつてその腕に鬼神縛をつけてくれた伝説の剣の達人ソルドロスの元へと向かうテンサイ。心配した友人たちも途中で合流し、ソルドロスの小屋へとたどり着く。だがそこにソルドロスの姿はなかった。ふと壁にかかった絵にテンサイが触れたとき、閃光が走り新たな冒険の幕が開ける。

テンサイとルーが目を覚ますと、そこは見知らぬ丘の上だった。近くに村があることに気づいて向かうふたりは、その村が凶暴な悲鳴蟻の大群に襲われているのを発見する。村に駆けつけ村人を守り悲鳴蟻を倒していくなかでふたりは、伝説のウェポンマスター、シランとアガンゾに出会いその強さを目の当たりにする。翌日、助けだした少年の母親が悲鳴蟻によって悲鳴の洞窟まで連れ去られたことを知らされ、テンサイとルーは少年の母親の救出を決意した。

絶望の塔に取り残されたショウホウとメイメイとエイトは、消えたテンサイとルーを呼び戻すためにテラナイトを交渉条件にしてドクターヘシンスに取引を申し出る。一方、テンサイとルー、そして4人のウェポンマスターたちは悲鳴の洞窟でモンスターを倒しながら洞窟の奥へと進んでいる。自分たちの知る歴史との微妙な齟齬に疑念を抱くルーだったが、まるで誰かに導かれているように迷路のような洞窟を迷うことなくシロコの待つ最深部へと進んでいく。

絶望の塔ではテンサイとルーを呼び戻すためS.A.Sの再起動がグリムシーカーたちによって進められていた。だが次元の亀裂が開かれたとき、ドクターヘシンスが約束を破りエイトに襲いかかる。グリムシーカーの目的を阻止するため、エイトはやむを得ずS.A.Sを破壊を決断。これでふたりを呼び戻すことが不可能となる。一方、テンサイたちは村人と冒険者を見つけ出し救出することに成功する。みんなを引き連れて洞窟を抜けると、そこには次元の亀裂が……。

テンサイは気を失ったプリースト、ミリアを古びた教会で休ませているあいだに、シランとルーからカザン症候群と、その発端となった歴史を知らされる。目を覚ましたミリアは同胞が偽装者たちと戦っているはずだと焦るが、歩くのも困難な様子を見てシランが加勢を買って出る。戦場で必死の応戦をするプリーストたちだったが、偽装者を率いるアスタロスの圧倒的な戦力を前に劣勢を強いられていた。プリーストのリーダーシャピロは総員で打って出ることを決意する。

プリースト軍団の本拠地である大聖堂に戻ったシャピロとテンサイたち。街は長引く戦争で廃墟となっていた。ミリアはどこかへ立ち去ってしまう。出迎えたシンヤとミランがシャピロの目を治療しようと試みるが治すことはできなかった。シャピロに頼まれたシンヤがテンサイたちをミカエラの遺体を保存している聖櫃の間に案内してくれたが、プシュケ救国団の総帥ネレウスに追い出されてしまう。テンサイたちはその言葉から明日が最終決戦となることを知る。

テンサイたちは人知れずネレウスによって大聖堂から追放されてしまった。翌日副官からテンサイたちの姿を消えたことを聞いたシャピロは即座にテンサイたちの探索と、過去の血の儀式について調査を命じる。テンサイたちは隙をみて救国団員たちを倒して脱出に成功するが、大聖堂に戻ろうとしたところで大量の偽装者に囲まれてしまう。受けて立つテンサイたちだったがその最中、シランはこの状況を利用してテンサイに必殺技を伝授することを思いつく。

無事大聖堂に戻ったテンサイたち。行かなければならないところがあると言い出したシランとは別行動をとることになった。聖櫃の中身を確認しようとふたに手をかけたテンサイだったが、なんらかの魔法による封印が施されているらしくふたを開けることができない。そこにネレウスらプシュケ救国団員が駆け込んでくる。荒野ではプリーストと偽装者の最終決戦が始まろうとする中、ネレウスの企みと陰謀が暴かれていき、ミリアは過去の真実へと到達する。

静かな町、大自然溢れる景色。テンサイたちの目の前に広がるのは、天界の平和な光景だ。そこは魔法が禁じられ科学が発達した世界だという。しかし町に入ったところで突然大爆発が起こる。燃え上がる炎、住民たちの悲鳴、空を飛びまわり破壊をもたらす竜族の大群……。そして存在しないはずの魔法で迎え撃つ天界人たちの姿が。巨大な黒の竜が困惑するテンサイたちの上空を覆い、町の高い塔に向かって飛んでゆく。平和な町は瞬く間に地獄絵図と化した。

時空を超えたテンサイたちはあらためて機械革命の時代へとたどり着く。竜族が何かと戦っている。それはレジスタンスと竜族の戦いであった。彼らは科学技術で竜族と対等に渡り合っている。戦いはテンサイたちがレジスタンスを助けたことで形勢が逆転し竜族は撤退した。レジスタンスたちに聞きたいことがあるといわれて彼らの基地に連れてこられたテンサイたちは、レジスタンスのリーダー、テネブと話し合ううちにまた歴史が変わっていることに気づく。

エターナルフレイムによるバカル王宮への総攻撃が早められた。ゲイボルグだけでなく、レジスタンスも全員出動している。天界人の大攻勢に対して竜族も反撃を試したが、圧倒的な力を持つゲイボルグとレジスタンスたちに破られていく。不利な戦況を聞いたバカルは避難を勧められるが、これこそが待ちわびたときであり、この戦いで命を落としてもかまわないといい放つ。戦いを止めるべく王宮を目指すテンサイたちはようやくたどり着き真実をバカルに話す。

ついに明らかとなったテンサイの左腕の真実。バカルによって左腕に宿る使徒の力が再び均衡を取り戻したことで、テンサイの暴走は食い止められ正気に返ることができた。だがそのとき、無情にもゲイボルグがテンサイたちの前に立ちはだかる。ゲイボルグのコックピットでテネブはバカルを探すがどこにも姿が見当たらないことに困惑する。まさか逃亡したのか。苛立たしそうにシランたちを見つめるジェンヌ。そしてゲイボルグとの最後の戦いがはじまる。