一撃弾平は、闘球（スーパードッジ）の名選手である父、弾十郎を尊敬し目標にする少年。球川小学校入学式の前日、犬に襲われそうになっている赤ちゃんをボールを投げて助けた弾平。球川小闘球部キャプテンの三笠はそのパワーを見込んで、弾平を闘球部へ誘うが…。

球川小学校に入学した弾平。早速、闘球部の四天王の一人、副キャプテン・火浦からドッジボールのテストを受けることになった。最初のテストで火浦に負けた弾平は、もう一度勝負を挑むが、次のテストは禁止されているという千球ドッジ。１球でも取れれば入部を認めると言われ…

弾平は、闘球部・四天王のボールが捕れるようになるまでは家に帰らないと宣言。猛特訓をはじめるため、珍念、みさとと共に、父が昔特訓していた秘密の練習場があるという炎上山へ出発する。母がくれた地図を頼りに、練習場へ向かう途中、鷹に襲われている子犬を助けた弾平。その子犬を追いかけた先にあったものは…。

炎上山で猛特訓生活を続けている弾平たち。みさとが、偶然見つけた変化球補球練習用マシンを使い、火浦の球だけでなく、風見あのカミソリボールや、土方の速球も捕れるようになった弾平は、特訓の成果をみせるべく、四天王へ勝負を挑む。火浦とのタイマンドッジが始まった！

球川小闘球部に入部を認められた弾平たち。下校途中、海辺でブイを的に小石を投げて遊んでいたが一度もブイに当たらない。そこへ、謎の少年が現れ、次々とブイに命中させていく。その少年は、謎の新設校、セント・アローズ学園のキャプテン二階堂大河だった！

弾平は海で溺れる漁師を大河と助けるが、浅瀬で溺れてしまい大河の家に運ばれる。そこには、闘球ドームと言われる巨大な練習場があった。弾平を捜しに大河の家に忍び込んだ珍念とみさとは、闘球ドームの中での練習風景を目にするが、聖アローズ六魔天のリーダー、五十嵐に見つかり、特殊ピッチングマシーンの餌食に…。

聖アローズとの試合に備えて、特別トレーニングを開始した球川小闘球部。だが、練習嫌いの弾平は、トレーニングをバカにし自主練をすると言いつつサボる。一方、珍念は三笠に「真剣に打ち込めば弾平を超えられる」と言われ練習を続ける。ある日、三笠に勝負をすすめられた二人は、平均台ドッジで対決することになった。

実践トレーニングが行われ、捕球特訓が始まった。つまらない練習とバカにする弾平だが、７ｍの距離からのボールが捕れず、今のままでは試合に出せないと三笠に言われる。生まれて初めてボールに恐怖を感じ、弾平は自信喪失。一人特訓をサボっているところ、練習中の大河からいきなりボールを投げつけられるが…。

聖アローズとの試合を明日に控え、７メートルからの投球も確実に捕れるようになった弾平は、調子に乗りよそ見をして練習中に爪を割ってしまった！こんな怪我では、レギュラーどころか、試合にも出られないと落ち込む弾平。母に弱音をはくと、弾平はいきなりプールに投げ込まれ…。

いよいよ決戦！聖アローズ闘球コロシアムへ向かう球川小闘球部一行。手は完全に治っていないが、スナップ投法を習得した弾平は、三笠から試合出場を許されるが、先発メンバーからは外されてしまう。試合が始まり攻防は一進一退ですすむが、弾平と勝負がしたい大河は延長線に持ち込み弾平を試合に出させようと企む。

試合は延長戦に突入！弾平は負傷した火浦から、オレの分まで頼むとハチマキを引き継いぐ。だが、聖アローズ五芒星フォーメーションと、五十嵐の必殺技アックスショットに、土方と速水がダブル・ヒット、さらに風見までが餌食になる。残るは三笠と弾平の二人。大河が狙うは弾平！試合終了が迫る中、どうする弾平！？

延長戦残り時間1分になった。激しい雷雨に煙る闘球コロシアムで弾平一人VS聖アローズ5人の戦いを謎の男をが見守る…。弾平が大河を狙い、渾身の力を込めて投げつけた球はフェイントをかけたように大きくカーブし、二人の選手にダブルヒット！！だが、弾平の手の怪我は深刻な状況に陥っているのだった…。

試合は再度延長へ突入し弾平と大河の2人の戦いに。大河のスカイショットを足で捕球した弾平は、雨で水びたしのグラウンドに足を奪われ転倒、攻撃の機会を失う。雨には雨のスーパードッジがあると、大河は水しぶきを利用した攻撃で弾平を狙う。辛くも捕球するも、体力が限界の弾平。そこに語りかける声が聞こえてくるが…。

お寺で弾平と珍念とドッジの練習をしていると、酒樽を積んだバイクと自転車に乗る長身の一団が坂を上ってきた。そして、バイクの男が父ちゃんの墓にむかってその酒樽を投げつけた。何をするんだ！と向かっていくと、その男は父ちゃんや和尚の知人で。土佐から全国を回りスーパードッジの武者修行中だという。

土佐アタッカーズのバレーボール式ドッジに翻弄される球川小闘球部。スパイクショットのタイミングが掴めず戸惑う。相手の捕球しないでパスをする。戦法に対して…相手が球に触れる前にボールを殺せば…と閃いた弾平。戦法は相手に有効だったが、乱戦の結果、最終的に残った味方は珍念一人のみとなってしまう。

弾平ら1年生部員は、毎日続く球拾いに飽き飽き。そんな中、ふとした拍子でボールが練習中のサッカー部のグラウンドに入り、サッカー部との揉め事に。弾平はサッカー部キャプテンから、サッカー対スーパードッジでの勝負を持ちかけられる。三笠はサッカー部に謝り勝負を断れと言うが、弾平は1年生だけで戦おうとする。

サッカー部との試合は、弾平、珍念、みさとの3人だけで臨むことに。作戦会議を開く3人の様子を陰から見る少年を、弾平はサッカー部のスパイと勘違い。少年つとむは問い詰められ、弾平達とスーパードッジをやりたいと告白、だが、ママに反対されているという。弾平達はママを説得につとむの家に向かうが…。

弾平と珍念の練習中、聖アローズの五十嵐が、傷だらけの姿で現れた。聞けば、練習中に突然姿を見せた大河が、選手に次々とボールを投げつけ、「下手さ加減に愛想がつきた、今日限りで聖アローズは解散だ」と言い、立ち去ったという。肩を落とす五十嵐と、勝手に解散するとは見損なったと怒りの弾平。大河に一体何が…？

弾平のクラスに黒岩達也という転入生がやってきた。その日の体育のドッジボールを竜也は、「こんな球遊び」とバカにする。怒った弾平が思いきりボールを投げつけるが、なんと竜也はそれをキャッチしてしまう。弾平の球を捕ったやつがいると噂になり、三笠と火浦は闘球部へスカウトに動くが、竜也はある条件を出してきた。

父親をドッジで助けてもらい、ドッジに興味をもった竜也。だが、素直に入部したいと言えずその場を立ち去る。弾平は用事で立ち寄った病院で、竜也と母親の姿を見つける。実は竜也の母は手術が必要なため、竜也は一生懸命アルバイトをして手助けをしようとしていたのだ。達也を仲間に誘おうと、弾平は声をかけるが…。

中学生らとドッジ勝負をすることになった弾平たち。中学生は竜也を狙い、ルール無視のケンカドッジを始めた。どこまで卑怯なんだと反則だらけの相手に怒る弾平だったが、ふと練習中に偶然二人で編み出した技を思い出し、弾平と達也、二人力をあわせたダブルショットを投げる。その球威の凄さが思わぬ展開を産むことに…。

弾平たちは遊園地で、ハーフの少年ジミーと知り合う。アメリカンスクールでもスーパードッジは有名と聞き、気を良くした弾平は、ジミーとラリーを始めるが、様子を見に来たジミーの兄ベンと友人たちにスーパードッジを馬鹿にされる。ベンはアメフトの名選手、怒った弾平はアメフト対ドッジの勝負をすることになるが…。

今日は球川小の卒業式。三笠、土方、火浦、速水、風見ら四天王は卒業だ。闘球部の卒業生は思い出の詰まった部室を綺麗に掃除して渡すというならわしがある。三笠がロッカーを開けるとボールが出てきた。それこそが、弾平と球川小闘球部を結びつけたボールだった。部員たちは弾平が入部してからの数々の出来事を語り合う。

弾平は4年生になり闘球部のエースとなったが、三笠や四天王の卒業以来、チームはパッとしない状態。先輩に憧れて入部した武田兄弟は闘球部を抜け、自分たちだけで強いチームを作ろうとする。そんな中、弾平は九官鳥を連れたすごい球を投げる二人組の挑発を受けた。彼らはブラックアーマーズの御堂嵐と高山準だった。

すごい球を投げる奴に出会い、やる気が出た弾平は練習に熱が入る。一方、武田兄弟は練習をさぼって出てこない。尾崎キャプテンからブラックアーマーズの練習所の情報をを聞き、乗り込んだ弾平達。彼らはボールを2個使用した変わった練習をしていた。嵐に練習に挑戦するかと言われ、弾平は練習に参加することにするが…。

一時帰国した大河からイギリス生活のことを聞く弾平。最初は誰も知らなかったスーパードッジを一人で広め、イギリスにチームをつくり、日本から遠征したジュニアのクラブチームと対戦するまでになったという。そこへ、トレーニングにやってきたブラックアーマーズの選手達、弾平は挑発されてつい熱くなってしまうが…。

新キャプテン尾崎と合わず、闘球部を抜けた武田兄弟が新たに超闘球部を結成。超闘球部を四天王時代のような強いチームにすると言い、ブラックアーマーズ戦も自分たちが戦うと譲らない。そこで、どちらが正式な球川小闘球部になるか勝負することに。試合は伝説のスーパードッジ勝負の“バトルドッジ”果たして勝者は！？

気持ちも新たに、打倒ブラックアーマーズに向け練習を始めた闘球部だったが、武田兄弟は弾平達の練習姿勢に異を唱える。ブラックアーマーズを研究してきた武田兄弟は、このままでは勝てないと言う。尾崎キャプテンが選んだレギュラー陣に納得がいかない武田兄弟は、弾平達の実力をテストすると言い出すが…。

ついにブラックアーマーズとの決戦当日。三笠や四天王達も姿を見せ後輩に激をとばす。試合開始後、特訓の成果も出て、ボールの動きに対応する珍念達。だが観戦する大河は、ブラックアーマーズの動きを不審がる。球川小が次々にヒットし、７対３のリードとなったその時、嵐がタイムを取った！そして彼らは…！？

特訓の成果が出て、球川小が７対３でリードするも、プロテクターを外したブラックアーマーズのパス回しの早さに対応できない弾平達は、たちまち3対3の同点に追いつかれる。一方観戦していた遥と戸山は校長から闘球像について聞く。嵐の父親は有名な彫刻家・御堂晩翆で、そこにはある因縁があるのだった…。

弾平の様子がおかしい。どうやらボールをキャッチした時に、目をやられたようだ。ボールをよけるのが精一杯で、弱気になる弾平。尾崎がタイムをかけると、その存在に気づいたブラックアーマーズのメンバーが…。尾崎は弾平にかつて球川小転校前に、ブラックアーマーズの三軍にいたことを語る。勝負の行方は果たして…？

弾平の目はどんどん腫れあがりひどくなる一方。それに気づいた嵐は、弾平の視界から消えるようにわざと左回りのパス回しをする。さらに弾平達を痛めつけるかのようにわざとワンバウンドのパスを使う。ピンチに陥った弾平。そして、嵐が、究極のトルネードショット、スピントルネードショットを放った！

嵐の放ったスピントルネードショットを全身を使って捕らえたのと引き換えに、弾平は右肩を痛めてしまう。試合終了まで残り時間30秒、2対１で球川小リード。パス回しで逃げきろうとする球小チームに「勝負しろ！」と一斉にブーイングが起こる。弾平このまま時間切れで終われないとボールを投げようとするが…。

物置の掃除をする弾平と珍念は、弾平の父、弾十郎の写真を発見。炎上山の練習場で撮られた写真の裏には“指先から炎を放て”という文字。さっそく練習場へ向かった弾平たちは、弾十郎の闘球仲間の息子、白戸光と出会う。光は弾平の持つ父の形見のボールを見て、炎のショットについて教えろと詰め寄るのだが…。

父の練習場でヒントを得た必殺技「炎のショット」を何度投げても、修得できず悩む弾平。周囲の励ましで元気を取り戻し、猛練習を再開した弾平は、足りない要素は「高さ」ではないかと考える。ジャングルジムの上から投球する特訓で、球はおそるべき回転を見せるが、弾平は着地に失敗して怪我を負ってしまう！

陸王のパワーに勝つために、珍念と特訓を開始した弾平。お寺の釣り鐘を利用した特訓は失敗するが、代わりに、かつて弾平が偶然放った幻のショット「ダブルショット」が完成。喜びもつかの間、闘久寺での修行期間を終えた珍念が転校することに！珍念はショックから特訓に身が入らず、弾平とケンカになってしまう。

打倒陸王を誓い、荒崎小に偵察にきた球小闘球部メンバー。悪そうな少年に囲まれるが、行き先を『闘球部だ』と告げると、連中は慌てて逃げ出した。たどりついた闘球部の練習場では、格闘技の練習のような、激しい練習が行われていた。弾平は陸王を見つけ勝負を挑む。弾平＆珍念、陸王と後輩の白川、２×２の戦いが始まった！

まもなく全国闘球選手権の地区予選が始まる。今のままでは勝てないと、練習場では弾平考案の丸太を使った特訓が始まる。そこ偶然通りかかった陸王、彼は１年前まで荒崎小闘球部の監督をしていた鬼塚虎造の墓参りにきたのだった。そして鬼塚は父、弾十郎のライバルだっだと弾平知る。過去の因縁が新たな闘志に火を着ける！

全国闘球選手権の地区予選が始まった！優勝候補のブラックアーマーズ、聖アローズ、荒崎小との対戦を弾平は熱望するが叶わず。同ブロックの聖アローズも準決勝まで当たらない。球川小は1回戦第一試合を難なく突破。一方、ブラックアーマーズと荒崎小は1回戦で対戦することに。不敵な笑みを浮かべる陸王、秘策があるのか？

「炎のショット」の完成なくして陸王には勝てないと焦る弾平。みさとが持ってきた旅行雑誌の写真に闘球ボールが御神体として祭られている様子が写っていた。父、弾十郎と炎のショットについてもっと詳しいことがわかるかもしれないと、写真の現場に足を運ぶことに。そこで弾平は漁村の少年、太郎丸に出会う。

地区大会は強豪チームが順調に勝ち進んでいる。しかし、三回戦で球川小の隣のコートで試合をしていた陸王の投げたボールを、弾平がカットしてしまい、弾平はレッドカードの退場処分を受けてしまう。球川小はエース弾平抜きの6人で次の聖アローズとの戦いに臨むことになってしまった！果たして球川小闘球部はどう戦うのか？

弾平が出場停止のまま、聖アローズとの準決勝が始まった！苦戦が予想される球川小だったが、弾平の出場停止が解除となる。これから反撃だと弾平も張り切るが、優勝候補の呼び声の高い聖アローズ、決して楽な対戦相手ではない。接戦ながらも敵にリードを許したままタイムアップの時間が迫る！勝負は予断を許さぬ展開に…

全国闘球選手権の地区予選、ついに球川小VS荒崎小の決勝戦が始まった！荒崎小が絶対的に有利との下馬評通り、球川小は、あっという間に3点のリードを許してしまう。しかし、武田が荒崎小の弱点を見抜き、キャプテンの捨て身のブロックで弾平の手にチャンスボールを渡し、点差を1に縮めた。さぁ、反撃はこれからだ！

全国闘球選手権の地区予選決勝戦、一度は大幅リードを許すもチームワークで接戦に持ち込んだ球川小。しかし、強豪として知られる荒崎小との闘いはこれまでにない激しさで終盤までもつれ込む。タイムアップまで残り2分を切った所で、ついに弾平と陸王の1対1の勝負となった！様々な因縁をはらむ二人の激突、勝者は一体！？

全国闘球選手権東京大会優勝チームを、圧倒的な力で、たった29秒で倒した外国人チーム。その中に覆面姿の謎の選手。その正体は意外な人物であった！外国人チームは陸王、嵐、五十嵐、そして弾平を含む神奈川選抜と戦いたいと挑戦してきた。だが、突然そこにヘリコプターが舞い降り、弾平と珍念はどこへ連れ去られてしまう。

連れ去られた屋敷で特訓を積み、ついに父の弾十郎が編み出した幻の技「炎のショット」を完成させた弾平。しかし、1回の投球で42.195㎞のフルマラソンと同じ位の体力を消耗するというその技は、10歳の弾平には負担が大きすぎた。医師の制止を振り切り、ライバルが待つ試合会場へと向かう弾平、ショットのチャンスは一度きりだ！

神奈川選抜VSヨーロッパ選抜の死闘は神奈川のリードで進むが、ヨーロッパ選抜は秘密兵器、ルドルフとハルクの投入により、神奈川選抜の攻勢をカット。さらに二階堂大河の必殺「稲妻ショット」で神奈川選抜は立て続けに負傷者を出し、試合の勢いは完全に敵方のものに。最強のライバルを前に弾平はどう闘い抜くのか！？