新しいVRゲームに熱中するスパイレーサーたち。ところが、トニーがおいしいところを独りじめしたせいで、仲間たちは気分を害してしまう。

仲間がかつての敵、スダリコフに連れ去られ、大ピンチに。スパイレーサーたちは敵を追いかけて大空に飛び立ち、命がけの救出作戦を開始する。

スパイレーサーたちは、空から海へ真っ逆さま! 深い海の中を進むスパイレーサーたちは、激しい攻撃(こうげき)をかわして無事に敵からにげられるのか!?

チームは南太平洋の小さな島で身動きが取れなくなり、しかもトニーがなぜか車を運転できなくなってしまう。この困った事態を、何とかしなくては。

ミズ・ノーウェアはシャシを刑務所(けいむしょ)から出して、作戦に必要な情報を聞き出そうとする。仲間たちは大反対するが、意見を聞いてもらえない。

スダリコフの秘密工場の手がかりをつかむレイラ、トニー、シャシ。仲間たちは、敵のAIに乗っ取られたスパイ飛行機のコントロールを取りもどそうとする。

ついに、スパイレーサーたちは、海の中にあるスダリコフの秘密基地の内部へ。何とかして基地を停止させなければ、世界が悪の野望に支配されてしまう。

どんな敵よりも身近に感じられる強敵に、スパイレーサーたちは家族として力を合わせて立ち向かう。ウイルスが世界に広がるのを、絶対に止めてみせる!