シーズン1の最終回、主人公のコングとルーカスは最大のライバルであるボティラの手で火山の噴火口に突き落とされてしまい、その姿を最後に幕は閉じます。シーズン2の初回では彼らの運命が明らかになり、舞台は先史時代へと転換します。そこは恐竜が大地を歩き回り、翼竜が大空を滑空し、いまだに巨大な虫が這いまわる闇の世界。コングとルーカス、そしてその忠実な仲間たちは、テクノロジーの力で自然を乗っ取ろうとするボティラの計画から地球を救うことができるのでしょうか?2017年、シーズン2が世界のNetflixメンバーに向けて配信されます。お見逃しなく!
コング達が火山の中に落ちると、そこはなんと本物のきょうりゅう達が生きている地下世界! コングアイランドでは、ボティラが革命をたくらんでいた。
不思議な建物を目指すコング達。行く手には、間欠泉やきょうりゅうの大群など障害ばかり。ようやくたどり着いた建物には、コングの故郷のヒントが。
みんながトンネルからエジプトに出ると、地下からにげた大きな生物が暴れていて大パニック! リチャードは、自分がおたずね者になっていることを知る。
晴れてヒーローだと認められたコングは、ニューヨークの式典でも大人気。ところが、そこへボティラが現れ、お祝いムードから一転して激しい戦いに。
新しい家を探すコング達は、コングアイランドへ。ところが、島はきょう暴なロボットザルやバイオロボットだらけ。一体、どこなら安全に暮らせるの!?
秘密の通路を探検するダニーとジッピ。じしんが起きたせいで石が落ちてきて、コング達は大あわて。ボティラは、船のAIに接続して悪だくみをする。
チビきょうりゅうをピンチから救うルーカス。ダニーが見つけたカギの、本当の使い道が明らかに。新しい力をものにしたボティラは、宇宙に目をつける。
ボティラは、衛星のミサイルで地球をこうげきするという。絶対に止めなきゃ! コング達は作戦を始めるけれど、ジョンジーが敵につかまってしまう。
えらそうなボティラにウンザリのクローン達は、反乱を開始。コングはジッピを追いかけている最中に、何者かにおそわれてしまう。一体、だれの仕業だ!?
コングの信号を追ってコングアイランドに来たルーカス達は、史上最大の強敵に立ち向かう。大ピンチになったその時、予想もしなかった助けが現れる。
時は2050年、ロボットきょうりゅうを生み出して悪だくみをする科学者。みんなを守るため、コングと仲間達が立ち上がる!