夢の世界を救うため、森の精が現れてウィンクスに新たな力を与える。待ち受けるのは女王とその悪者たち。ジムは女王の真実について教えてくれる。

ピーターパンの息子をロンドンで探すウィンクスだが、ブルームの様子がおかしい。女王は彼女の弱みにつけ込もうと、手下を送り込んでいた。

任務を果たすため、2つのチームに分かれるウィンクス。一方はジム達を助けに夢の世界へ、もう一方はマットを捜しにパリへ向かう。

ノートルダムで自分の天敵と対決するミュサ。ウィンクスは逃げ出した3人の人魚の後を追うことに。人魚たちの行動で、パリの街は大騒ぎになっていた。

ファッション学校に通うマットを捜しに行くと、今度はステラの前に天敵が現れる。ウィンクスの他のメンバーは女王の罠にはまった海賊を助けに向かう。

女王の森で邪悪な力と戦うミュサ、フローラ、ブルーム。パリではマットを誘拐した男を追いかけ、他のウィンクスたちが屋根から屋根へ飛び回る。

恋に落ちたマットはスイスの雪山へ。フローラは自然のパワーを使ってマットを捜すが、そこへ女王の作り出した石のモンスターが現れるのだった。

タイガー・リリーは強い戦士が現れると予言。アイシャはマットを特訓するが、戦士には向かないみたい…。でもすぐに女王の怪物と対決する時が来る。

アイシャは自分の敵と対決。ウィンクスとマットはウェンディのもとをたずねる。ピーターパンの剣を捜し、美術品の収集家が住む家に向かうことに。

美術品の保管室でテクナに敵がおそいかかる。ついに父の剣を手にして、たくましくなったマットも、ウィンクスとジムのいる夢の世界へ向かう。

ウィンクスが演奏中にステージが大変なことに。夢の世界では、ジム、マット、海賊たちが、女王を守る影の怪物を相手に戦いをくり広げていた。

ジムの裏切りが明らかに。ボートに乗りこんだマットを待ちうけるのは人魚たち。アースに戻されたウィンクスは、ジムの手下だった海賊たちと対決する。

良い心を取り戻した女王とマットの元へかけつけるウィンクス。夢の世界の命運をかけジムと戦う。一方、実はある人物が危険な顔を持つことが明らかに。