沈没船の周りで宝を漁るダークオルカ号の海賊たちは、ネクトン一家に阻止される。一方、一家と共にいたネリウスは、海賊たちが宝探しをしていたその船がレムリアの遭難船だと気づく。

アントとフォンテインがインターネットを使っているさなか、接続が切れてしまう。そんな中、海中ケーブルの問題が見つかり、修理に向かう2人。しかしそこで、巨大な生き物に襲われる。

ウィリアムの友人・ボブとその娘・ジェスが大きくてきれいな洞窟を発見。しかし、洞窟に入ったジェスが姿を消してしまう。彼女を助けるため、アントとフォンテインは危険な洞窟に足を踏み入れる。

得体の知れない発信元から遭難信号を受けたネクトン一家。そんな彼らの目の前に現れたのは、潜水艦を錆びつかせる巨大なクラゲだった。一家は、宿敵アルフィアスと共にその中に閉じ込められてしまう。

イカサマ探検家のデビル・ダニエルズは、番組で野生のシャチを誘き出そうとする。彼の活動を問題視するネクトン一家は、彼の無知を非難。そして、アントたちはシャチを守るため、デビルの悪巧みを暴こうとする。

一家は海底で、金の粉で飾られた200メートル近くある謎の記号を発見。アントとケーコはその記号を観察するさなか、巨大なフグに出会う。一方、ハンマーヘッド船長たちは金の粉を手に入れようと動き始める。

フォンテインを崇拝する女の子からの言葉で、姉の誕生日を思い出したアント。何も準備していなかった彼は、彼女のために幻の生き物を探し始める。一方、ハンターたちも、絶滅の恐れがある動物を狙っていた。

ネクトン一家の友人・グラウカスの故郷の島が危機に瀕する。神話でしか言及されてこなかった「伝説の紫の海流」の意外な正体に驚くアントたち。そして一家は島を救うため、地下世界にいる「番人」を探しに行く。

ロボット・シャドーナイトのスピードを試すアント。それをきっかけに、一家は海で最高速の魚とレースしようとするが、なぜか魚が病気になってしまう。そのため、レースは中断され、原因を調査することになる。

移動した貝の健康調査をするネクトン一家。そこに、アントはジェフリーを連れていく。一方、ハンマーヘッド船長の娘マッドリンは自分の能力を証明するために、ジェフリーを誘拐する。

晴れていた空が一変し、嵐がやってきそうな雲行きを心配するネリウス。ウィリアムは、両親からもらった最後の手紙に書いてある言葉を見て戸惑う。そんな中、嵐が潜水艦を襲う。

ついに、探し続けてきた海底都市・レムリアの正体を目にしたネクトン一家。彼らと共にいるネリウスは、レムリアの全貌に衝撃を受ける。そんな中、アントは危険な性質を持つ藻に侵され、様子がおかしくなる。

レムリアで、クラーケンとモニュメンチアルに邪魔され行き詰まったネクトン一家。そこから抜け出すには、「女王のしゃく」の力を頼る必要がある。しかし、その力を使えるのは、選ばれし者のアントだけだった。