その日、地球中央情報局日本技術研究所では、世界に先駆けた物質電送実験が行われようとしていた。敬とオリビアはニュースをよそに、対戦ロボットゲームを始めようとしていた。だが、いよいよスタートという時に月で叛乱が発生。ミサイルが研究所に着弾し、敬のプログラムと電送実験のパルスが混線してしまう。

シルベスタは地球を守るシークレットフォースに入るよう敬を誘うが、子供である敬は戦いを拒む。主張を認められた敬は、オリビアと共に自由の身となる。しかし、デビッドもまたレザリオンの秘密を知っていた。連邦軍はデビッドを保護しようと手を回すものの、デビッドは警官から逃れて敬のいる日本へと向かう。

ハワイに現れた反乱軍を撃退するため、敬は学校の試験を抜け出した。報告を受けて心配する容子は、友美が口にした何気ない一言から、敬がレザリオンのパイロットではないかと疑い始める。いてもたってもいられずに連邦軍基地を訪れた彼女は、偶然にも反乱軍のスパイを見つけ、人質に取られてしまう！

学校の成績が書き換えられ、敬は呼び出しを食ってしまった。怒って研究所に怒鳴り込んできた敬に、ブルーハイム博士はある天才の転落の物語を語り聞かせる。地球に向かって発射される、高濃度放射能廃棄物を搭載した反乱軍の長距離ミサイル。ブルーハイムの語る堕ちた天才こそ、反乱軍を率いるゴッドハイド博士だった…。

反乱を起こした月から地球へと脱出する者が続出。だが、地球防衛の要・ガードベルトが受け入れを許さない。難民船を招き入れたが最後、反乱軍の宇宙戦艦まで雪崩れ込んでくることになるからだ。立ち往生する難民船に、手をこまねく連邦軍。防衛ラインを主戦場とする攻防に、レザリオンも苦戦を強いられる。

無事進級する事ができた敬だが、成績はまだまだ及第点に足りず、勉強に追われていた。一方、連邦軍では反乱軍との戦闘中に現れるＵＦＯの存在が問題視されていた。ＥＭ効果を用いて、ガードベルト防衛網を難なく通り抜けて来るのだ。それに目をつけた反乱軍は、ＵＦＯと共にブラックベアを地球に降下させる作戦に出る。

休暇を利用して入院中の娘に会いに行こうとしているチャールズのもとに、反乱軍から娘を誘拐したというビデオが届いた。娘と引き換えにレザリオンのデータを要求してきたのだ。休暇にも関わらず基地内に入ったチャールズは、スパイ容疑で連行されてしまう。チャールズを信頼する敬は、無実を証明するために手をつくす。

敬はレザリオンを英雄視する報道に浮かれ気味。かつての連邦軍エース・エリック・シッドが反乱軍に加わったというニュースも、全く意に介する様子がない。思い上がる敬を剣道の試合で破ったオリビアは、人間は息を吐いた瞬間は反射的な動作が出来ないと言い聞かせる。そしてついに、エリックが敬の前に姿を現す。

レザリオンはエリック・シッドに敗れ、反乱軍による南極前線基地建設を許してしまった。Ｇ１、Ｇ２が撃破されたことでガードベルトの防衛も困難となり、防衛部隊は総崩れとなってしまう。旧型のロボットで出撃するチャールズ。敬もまたエリック・シッド攻略の秘策を思いつき、シルベスタ将軍に出撃を申し出る。

反乱軍が和平交渉を申し込んできた。罠と主張するシルベスタ将軍の言を退け、大統領は会談を了承。ゴッドハイドの希望でブルーハイム博士も軌道上のステーションで行われる会談に呼び出され、敬も護衛のために同行することになった。敬はそこで、憧れていたモトクロスの王者・ペガサスのペレに出会う。

今日はオリビアの誕生日。金欠の敬はミラクルベースにいるブルーハイム博士に泣きつくが、あっさり断られてしまう。どうにかチャールズから借金し、敬はオリビアを誘って街へ繰り出す。何と今日は、ゴッドハイドの誕生日でもあった。反乱軍がゴッドハイドへのプレゼントとして、ロスランドに侵攻してくる。

エレファンの記憶が戻らない。敬は刺激を与えてやればと、エレファンをこっそり街へと連れ出す。その隙を突くかのように、反乱軍が南アフリカに侵攻してきた。輸送部隊を護衛する傭兵部隊の指揮官は、かつてサハラの命を救い、戦い方を教えた恩人のバロンだった。バロンの特異な戦術に、連邦軍は苦戦を強いられる。

地球上の人間が話し合い、誰もが安心して休める戦いのない日を定めた。それが年に一度の地球人類平和記念日だ。ミラクルベースの面々は休日を楽しむために海へと繰り出すが、敬が試験のための教科書を忘れてきてしまった。敬が泣く泣くミラクルベースに取りに向かったところに、協定を破った反乱軍が攻撃を仕掛けてくる。

山手総合学園の創立50周年を記念する駅伝大会に、敬がクラス代表の一人として選ばれた。その頃、政府は廃棄物処理のために木星のガニメデへ向けて民間輸送船を出航させることを決定していた。キャプテンに任命されたのは、クラス代表のリーダー・佐々木のお父さん。だが、反乱軍が輸送船を待ち構えていて…。

宇宙平和の会が世界中で一斉にレザリオン追放運動を始めた。月からの特別放送では、レザリオンが居住区を襲う映像が流されている。我慢できなくなった敬は、無謀にも単独で月へと向かってしまう。挙げ句、調子に乗ってエネルギーを使いまくり、なんとか月へ辿り着くものの、反乱軍の待ち伏せで窮地に陥ってしまう。

チャールズがリネットとポーラと一緒に暮らすことになった。近々日本にやって来て、正式な結婚式を行うことにもなっている。しかし、空港がブラックベアに襲われたため、敬達の発案で連邦軍の潜水艦で移動することに。その潜水艦も襲われ、北極圏の氷上に打ち上げられてしまった。レザリオンとＧ２が救出に向かうが…。

敬の父・研介は、レザリオンで戦う敬を心配するあまり仕事でのミスを繰り返していた。思いつめた研介は、敬を戦闘に出さないためにレザリオンを破壊しようと、ミラクルベースに侵入。ついには敬の偽装誘拐事件を起こしてしまう。将軍による大捜索が行われる中、反乱軍が大規模な地球降下作戦を決行し…。

連邦軍が月からのシャトルに乗った密航者を救助した。その中に含まれていた中学生のケティが、山手総合学園に転入してきた。怪しむシルベスタ将軍は敬にケティの監視を命じるが、敬は可愛いらしいケティを微塵も疑わない。彼女には将軍の懸念通り、隠された素顔があった。反乱軍に所属するレッドベア隊の隊長だったのだ！

敬とオリビアは、宿題の動物観察でサファリパークに通い詰めていた。戦争の影響で飼料の配給が減らされ、動物達はかなり腹を空かせている。食料輸送船が反乱軍により沈められたため、日本全体も未曾有の食糧難に陥っていた。しかも反乱軍の破壊工作員が、サファリパークの動物達を利用しようと画策していた。

黒い月旅団による無差別テロが続き、月系住民への反発が高まっていた。街では月系住民に対する迫害が行われ、月系住民達もまた対抗する為の集団を組織する。オリビアの所にも集会への誘いが来る。連邦軍が民間人相手には手が出せないことに目をつけた反乱軍が、双方の住民を扇動するかく乱工作を展開していたのだ。

落ちこぼれの訓練生・松本は、指導教官のサハラを心から尊敬していた。だが、彼にはどう見ても一人前の兵士になれる見込みがない。サハラは何とか辞めさせようと厳しく接するが、松本は辛い指導に耐え抜こうとする。そしてアラブ諸国の反乱軍ゲリラ部隊が侵攻を開始すると、サハラの祖国を守ろうと無断で出撃する。

レザリオンと新型ロボットＧ５との合同演習を前にして、連邦軍基地の見取り図が何者かに盗まれてしまった。たまたま現場に居合わせた敬とオリビアは、犯人の血痕を辿って隠れ家らしき場所を見つけるが、惜しくも逃亡した後だった。それでも診察券を手がかりに犯人の行く先を突き止めるが、基地内への侵入を許してしまい…。

オリビアの夢に父のスチーブが現れる。敬は不安がるオリビアのために月へ向かおうとするが、今のレザリオンの力では不可能だった。反乱軍の南極基地が発見され、レザリオンはＧ１、Ｇ２と共に破壊に成功。その頃、月ではゴッドハイド博士が、部下のマーチから宇宙戦艦マーチサタン号が完成したとの報告を受けていた。

ジャーク星人に洗脳されたマーチは、火星と月を制圧。次なる目標を地球に定め、地球連邦軍に無条件降伏を要求してきた。ジャーク星人たちは地球に残されている月系住民の学生達を、家族との通信と引き換えに、ムーンエンジェルという秘密結社に参加させていた。そこには、父を求めるオリビアの姿もあった…。

レザリオンはマーチを撃退。怯えるマーチはガニメデの洗脳によって落ち着きを取り戻し、レザリオンの性能を計測するセンサーロボを作り上げた。レザリオンはデータを取られているとも知らずにセンサーロボを撃退。採取したデータからレザリオンに対抗するプログラムを組めば今度こそ勝てると、マーチは意気込むが…。

太陽系に侵入してきたジャーク艦隊では、レザリオンに対抗する戦闘ロボ・ギャリオサバンが製造されていた。艦隊の接近を感知した連邦軍は、守りを固めるべくマーチサタン号の撃沈を決定する。しかしマーチサタン号を操るジャーク星人達は、旅客機の乗客を丸ごと人質に取って、レザリオンの引渡しを要求してくる！

エレファンが描いた宇宙船の絵、それこそジャーク星人の母艦であった。その母艦がついに月面の反乱軍基地へと到着した。シークレットフォースはジャーク星人の暗躍を防ぐために街に検問を設置するが、人間に化けたギャリオの侵入を許してしまう。街を見物して回るギャリオは敬を挑発し、レザリオンを一騎打ちに誘い出す。

激闘の末、敬はギャリオに敗れた。意気あがるギャリオは、ジャークシティーを建設するための工事メカを次々と降下させる。敬は迎撃に向かうが、一度敗れたギャリオサバンに怯え、はじめから戦意を喪失していた…。そんな彼をオリビアが支え、ブルーハイム博士はレザリオン強化のためのレーザーバトルギアの開発を急ぐ。

月のジャーク母艦では、ジャーク軍の猛者達が、敗れたギャリオに代わって地球攻撃の任に就こうとしのぎを削っていた。選ばれたのは双子のツイン兄弟だった。彼らは新たに前線基地を作るべく、北アルプスの上高地に侵攻してくる。レザリオンは苦戦するＧ１Ｇ２の救援に向かうが、連携攻撃に追い込まれてしまう。

レザリオンのレーザーソードを主体とした戦法を破るため、イオは剣道の極意書に目をつける。一方の敬もまた、剣技を磨くため、シルベスタ将軍に紹介された日本一の剣士・鹿島老人のもとを訪れる。オリビアと共に弟子入りした敬が修行に明け暮れていると、ジャーク軍が長きに渡った沈黙を破り、ハワイに侵攻してくる。

連邦軍はジャーク軍の巧妙な作戦にかかり、ハワイ基地を壊滅させられてしまう。ジャーク軍はすぐさま撤退し、今度はシベリア基地を襲撃。特徴的な攪乱作戦に覚えのあるエレファンは、指揮を執るのがジャーク軍きっての猛将・イーグル中将であると確信する。基地防衛のため、急遽レザリオンがシベリアに向かうが…。

ハワイに単身乗り込んだレザリオンだったが、ジャーク軍の誇る第八軍団に取り囲まれて窮地に陥ってしまう。ジャークサバンが背後で指揮を執る第八軍団こそ、エレファンの故郷を滅ぼした張本人だった。仲間の仇をとるため、レザリオンと共にＧ５で出撃するエレファン。しかしそこに、ギャリオサバンが姿を現す。

ジャーク軍はジャーク大帝の命令で、ライフモスという黄金の苔を探すことになった。日本各地を掘り返すジャークサバン。日本の火山についての情報提供を求められたインスパイアは好機と判断し、反乱を起こして戦艦乗っ取りを目論む。ところが、スチーブが計画を連邦軍に知らせようと通信したせいで、逮捕されてしまう。

反乱を企てたスチーブ達は、洗脳されてジャーク軍のスパイとなり、サーカスに紛れて地球に降り立つ。サーカスを見に来たオリビアは、イオに誘われスチーブと再会するが、ジャーク軍の工作員となった父の姿に絶望してふさぎ込んでしまう。イオは言葉巧みにオリビアを誘い出すと、催眠術をかけて連れ去り…。

敬はオリビアを追って京都へやって来たが、あてもなく探すだけで見つけられずにいた。一方のスチーブ達も、黄金の苔と呼ばれるライフモスをいまだ発見できずにいる。イオ達がウコン教授を襲ったことから、シークレットフォースはジャークの目的がライフモスであると知るが、怪僧バンズに幻術をかけられてしまう。

敬はオリビアのことが気がかりで訓練に身が入らず、ミスを連発してしまう。その頃、サハラ達は落下した隕石の調査に訪れたアフリカで旧友のソフィアとガロに再会し、オリビアに出会ったことを伝えられていた。そのアフリカでジャーク艦隊を迎撃する最中、隕石にカモフラージュしていたサボテン要塞が真の姿を現す！

アフリカに出現したジャーク軍のサボテン要塞は電波を通さないため、レザリオンは電送によって突入することが出来ない。戦闘ロボットによる外部からの攻撃も通じないため、連邦軍は撤退を余儀なくされる。サハラの立案した作戦のもと内部からのサバンナ砲を破壊を試みるが、爆弾を設置したところを発見されてしまい…。

サボテン要塞跡の砂漠の中から現れた黄金のピラミッドは、ジャーク軍がジャーク大帝を迎えるために建造された移動要塞だった。砂の中に消えたピラミッドの内部に、敬はオリビアの気配を感じ取る。連邦軍はそんなことは露知らず、カイロに再び出現した黄金ピラミッドを取り囲み、総攻撃を始めようとしていた…。

オリビアはジャークサバンに乗って黄金のピラミッドから脱出するが、ギャリオたちの妨害に遭って連れ戻されてしまう。敬はあきらめきれず、シルベスタ将軍に背いてピラミッドの監視を続ける。一方、ジャーク軍の科学探査チームは、ナイル川の地下空洞に大量のライフモスの反応をキャッチ。ピラミッドは移動を始める。

レザリオンは黄金のピラミッドに張り付き、ライフモスの群生する大空洞に辿り着いた。ゲプラーはライフモスの採取を焦るあまり、大空洞の中で戦闘を開始してしまう。ジャーク軍の意図に気付いた敬は、採取作業を妨害。しかし、ギャリオと大帝直属の部下が立ちはだかる。ライフモス全滅を恐れたジャーク軍は撤退するが…。

黄金のピラミッドを追撃して、宇宙に出たレザリオン。しかし、ピラミッドを囲むバリアがどうしても破れない。月面に到着したその時にチャンスがあると見た敬は、いったん本部基地に帰還して待機することに決める。ゲプラー参謀は引き上げる連邦軍部隊を見て満足気だったが、プロミネンスは底知れぬ不安にかられていた。

黄金のピラミッドがバリアを展開する前に、レザリオンは突入に成功。ついに護送中のオリビアを発見する。ジャークサバンの大部隊に取り囲まれて手出しできずにいると、ギャリオが現れて護送兵を切り伏せ、オリビアは救出される。敬に一対一の勝負を約束させるギャリオ。かくして再会を果たした敬とオリビアだったが…。

ジャーク大帝艦は月基地に到着したが、レザリオンの攻撃を受け、収集したライフモスは全滅してしまった。地球での再捜索が開始される最中、ガニメデはプロミネンス総統とゲプラー参謀が大帝の死を望んでいることを知る。彼は直属の部下であるザキとゴルにレザリオンを倒させ、独自にライフモスを見つけようとする。

プロミネンス総統とゲプラー参謀は、全軍を投じた地球侵攻計画・Ｚ作戦を開始した。連邦軍は総力を挙げて応戦するが、レザリオンがギャリオに抑えられたために防衛線を突破され、地球降下を許してしまう。その頃、月では真のＺ作戦が進行していた。ガニメデ達は、秘密裏に用意されたライフモスに疑問を抱き…。

大帝の死をきっかけに、ジャーク軍が一斉に月へと撤退を始めた。シルベスタ将軍はこの機を逃さず、総攻撃の命を下す。一方、月基地のギャリオは大帝が暗殺されたことを知り、裏切り者のプロミネンス総統に詰め寄っていた…。最後の決戦の時が来た。敬はオリビアに必ず帰ると約束し、月へ向けレザリオンを電送させる！