“校内の怪奇現象に貢献!?している学校霊のより良い学校生活の支援を仕事とする”団体である斎東高校聖徒会。遥都は家が教会だからという理由で聖徒会長にされてしまった。理事長から7つのバッジを集めると願いが叶うという話を聞いた遥都は「聖徒会長を辞める」という願いを叶えるため早速バッジ集めに乗り出すが…。

「霊とは無関係のふつうの学生生活が送りたい」と願う遥都は、学校ごと除霊してしまえばいい！と思いついた。霊媒師に電話をかけまくる遥都だが、この学校はどんな霊媒師も裸足で逃げ出すほどの大霊場、誰も依頼を受けてはくれそうもない。こうなったら自分でやるしかない！と決意した遥都は父から秘術を授かるが…。

学校の前に佇むカワイイ女の子に「あなたの体貸してください」と言われ、いきなり憑かれてしまった和御。彼女は羽奈子という名の浮遊霊で、死ぬ間際に彼氏から「オレと一晩つきあってくれ」と言われたことが心残りで成仏できずにいるのだ。彼氏の名前を聞いた睦月は、和御に無理矢理羽奈子の霊を憑かせようと画策して…。

女生徒の悲鳴を聞きつけ、視聴覚教室に向かった遥都は空間のゆがみに飲み込まれてしまった。続いて理事長室の前を歩いていた睦月、和御、二の君もゆがみが広がりその中に落ちる。次の瞬間、遥都、和御、二の君はなぜか聖徒会室に戻るが睦月だけは行方不明のまま。遥都たち3人が、睦月を探して理事長室まで戻ると…。

なぜか疲労気味の遥都は、美術室での悪霊退治で学校霊を召還した後、気を失ってしまった。保健室のベッドで目を覚ました遥都は、カーテン越しに「このまま無茶を続ければ卒業までもたないだろう」と理事長たちが会話しているのを聞き、それが自分の寿命のことだと思い込む。目の前真っ暗で聖徒会室に戻る遥都だったが…。

テレビ番組「学校霊ベストテン」が人気連続NO.1のトイレの花子さんのインタビューを伝えようとした途端、烈しい打撃音とレポーターの悲鳴が。そしてトイレの壁には『ヤミ子参上！』という血文字が映される。犯人は、15年前に花子さんとの対決に破れたヤミ子。遥都と胸のバッジを人質にヤミ子は花子に勝負を迫り…。

二の君が行方不明に。学校霊は召還には逆らえないはずと理事長に言われ、召還を試みる遥都。しかし二の君は現れない。どうやら何者かに捕らえられ、周りに結界を張られているらしい。生き甲斐である二の君を奪われて睦月が黙っているワケがない。それになぜか、和御が自分に霊を憑かせ救出に役立てて欲しいと申し出て…。

和御が用を足していると、セクシーな学校霊・青はんてんが現れた。「赤いはんてんと青いはんてん、どっちがほしい？」青いはんてんを脱ぎながら言われた和御は思わず「青いはんてん！」と叫ぶ。すると青はんてんにいきなり殴りつけられ、和御は青アザの斑点だらけに。だが、なぜか殴られる度に和御は快感を覚えて…。

理事長から学校霊退治の話をもちかけられた聖徒会。全く相手にしない睦月と和御だが、場所がジャリーズ小学校と聞き態度豹変。“タレント養成所”の異名をもつジャリーズ小学校には半ズボンの似合う美少年が一杯。おまけにトイレにはジャッキー花子とマキ花子のフラワーペアがいる。2人は遥都を担ぎ目的地へ向かうが…。

今日は学校霊が全員眠ったままだと和御と睦月から聞いた遥都。聖徒会の仕事がないということは授業に出られる！と喜び勇んでクラスに走る遥都。翌日、また霊が皆寝ていると聞いた遥都は「今日も授業に出られる！」とはしゃぐ。だが理事長によれば、これは生徒たちと学校霊が会えないように企む何者かの策略らしいのだ…。

学校中の本を難しい哲学書に変えてしまう学校霊・金岩鉄人が現れた。手を焼いた遥都は学校霊全員を召還。すると二の君に著書を褒められた鉄人はあっさり昇天してゆく。オカルトグッズオークション参加中のところを無理矢理召還された理事長は、おかんむり。と、そこへ理事長を訪ねて南条という男がやってきて…。

“フツー”の学生生活を送るようになった遥都。ある日南条に呼び出されるまま理事長の形見の小さな箱を渡される。箱の中からは「私をここから出してください。私の名は希望です」と声が。一方、箱の中身が“希望”だと知った睦月と和御は、自分たちの希望通り学校霊を元に戻すため箱を手に入れようと躍起になるが…。