ザール帝国によって壊滅的な打撃を受け、かろうじて生き残った人々が戦火に怯えながら暮らす日本。港町に住む少年・楯剣人たちは森の中で巨大な秘密基地を見つける。そしてそこには巨大なロボットが隠されていたのだ。

剣人の目覚しい働きに驚いたザール軍は、遂に総攻撃をかけてきた。命がけの戦いを覚悟する剣人に、なぜかアール博士は退却を命令する。

思わぬ反撃にいきり立ったクロッペン司令官は、遂に本体に出動を命じた。剣人たちに残された道は、ミライオン・ベラリオスを探す以外にない……。

剣人はエリオスの王子様だった。もう剣人は俺たちの仲間じゃないのか？　みんなは心配した。一方そのことを知った敵は、新たな攻撃をかけてきた。

剣人に、どうしても皇帝の道を歩んでもらいたいアール博士は、ついに子供達の前へ土下座した。怒って基地を飛び出した剣人の留守に、子供達は敵に捕らえられてしまった。

剣人兄貴ばかりが何故モテる？　俺だって手柄を立ててやるんだと、次郎はまなぶをそそのかし、戦闘メカを作った。おかげでダルタニアスはとんでもない苦戦に陥ってしまった。

ダルタニアスを世界連合軍の指揮下に組み入れようと、連合艦隊司令官がやってきた。さぞや立派な戦士が出迎えてくれるものと期待した彼の目に映ったものは？

このところ、アダルスはファンレターの山である。なかにはおちゃめを養女にしたいという人まで現れた。ネシア将軍の率いるベムボーグ・ウツボラスがお茶目を狙う。

戦いのため、離れ離れになった親子が半年振りに会うという。母のない悲しさのあまり、次郎は思わず二人の邪魔をしてしまう。折りも折り、敵の攻撃がその親子を襲った。

つぶての名手、弾児には父にまつわる意外な過去があった。古傷を暴き立てる昔の仲間に激怒しながらも、命を懸けてその危機を救う弾児。

ケンカの名人・剣人を育てたのは、浅草生まれの生粋の江戸っ子、今は亡きお爺さんの一人だった。敵の執拗な攻撃に、一人直伝の戦法が炸裂する！

基地内の掃除を頼まれた早苗が、誤って特殊な宇宙風土病にかかってしまった。早苗に借りた恩を返すのはこのときとばかり、弾児はガンバーで飛び出していく。

ある日、町で出会った美少女に田之助はすっかり熱を上げてしまった。折りから現れた敵の攻撃に、その少女は壊れた家の下敷きになってしまう……。

ある日突然トン助の姿が見えなくなった。次郎は必死にトン助の行方を探したが、どこにも見当たらない。なんと、トン助は敵の手に捕らわれていた。

まなぶが設計した発電所が動き出し、今まで暗かった町に明かりがついた。祭だワッショイ、アール博士までが屋台店に駆りだされた。

ある日アダルス基地へ、何とトラックいっぱいの豪華な食べ物が届いた。みんなは歓声を上げて喜んだが、アール博士は食べてはいけないという。

焼け跡の町にも新しい学校ができ、おちゃめもランドセルを背負って元気に登校する。さて、その第一回の授業参観日に父兄として参加したのは、何と剣人と早苗だった。

闇市にこそ泥が現れた。犯人に間違われた田之助が捕まえたのは、なんと、可愛い少女だった。田之助はまたもや恋の虜になった……。

アダルスにも昆虫採集の季節がやってきた。次郎と田之助はセミ取りに出かける。一方、昆虫将軍は密かに基地潜入の秘策を企てていた。

この食糧不足の世の中に、何とたくさんの缶詰が海中に落ちていた。大喜びの次郎は、これを独り占めにしようと持って帰ったがさあ大変！

ある日、エリオス第３８惑星からエリオス歴戦の英雄クレイタスがやってきた。銀河系宇宙には剣人のニュースが伝わり、反ザールの動きがでてきたという。

いつまで経っても帝王学の勉強を始めない剣人を、遂に博士は教育ロボットで追い掛け回す。逃げる剣人を追ったロボットは、逆に捕まえるどころか敵の手に落ちてしまった。

その昔、銀河の虎と恐れられた誉れ高き豪傑ガスコンが地球にやってくるという。アールは何とかこの勇士を味方に引き入れようと、剣人を迎えに出すが、さあ大変！

ある日の朝、ベラリオスは助けを求めるメスライオンの声を聞いた。そのライオンこそが、かつての恋人メライアンだった。剣人たちの制止を無視して、恋人の元へ走るベラリオス……。

父の無実を晴らさんと真犯人を追う弾児の前に、一人の医師が現れた。この医師こそ弾児の父の過去を知る謎の人物であった。

クロッペンに反逆の狼煙を上げたガスコンたちの参加により、アダルス基地は強化された。それを知ったザール星間帝国ドルメン大帝は、クロッペンに怒りをぶちまける……。

激しい戦いで、ダルタニアスは修理を余儀なくされた。ザール軍は、その隙を狙って攻撃を仕掛けてくる。傷付いたダルタニアスに剣人と弾児は運命を託す。

ザール月基地へ殴りこみをかけた剣人と弾児であったが、クロッペンは３体のベムボーグを出動させて、ダルタニアスの挑戦を食い止めようとする。

どうしても倒せないダルタニアスに対し、ザール軍は強力なツインボーグを送り込んできた。危ない、ダルタニアス！　火炎剣が通じない!!

ダルタニアスのパワーアップに成功したアダルス基地は、久しぶりに活気に満ち溢れていた。そこへ、プロキシア星の王女と名乗る可愛い女の子がやってくる。

宇宙からやってきた花嫁候補キャティーヌ姫は、執拗に剣人を追い回す。その頃、地球に向かう一隻の宇宙船がザール軍の攻撃を受けていた。

一瞬にして海の藻屑と消えた宇宙船から、一人の男が脱出した。そしてその男から、剣人は父･隼人の過去を聞かされるのである。

銀河の虎ガスコンは、剣人との約束を果たさんと百万の軍を率いてアダルス基地を目指していた。それに気づいたドルメンは、最後の切り札としてクロッペンの正体を明かす！

エリオス定刻の正統なる皇子となったクロッペンは、将軍達と祝杯を上げる。一方、剣人がクローンの息子と知ったキャティーヌ姫はそそくさと地球を後にする。

エリオス帝国再興の夢が消えたアール博士は、ひとりしょんぼりと部屋に閉じこもる。そんな時、瓦礫の街から元気のいい子供達の声が聞こえてきた。

ザール星間帝国は地球防衛軍に対し、平和条約を結ぼうと話を持ちかける。だが、その裏には重大なことが隠されていたのだ。

ある日、一隻の難民船がアダルス基地を目指して航行していた。だが基地を目前にして突然謎の伝染病に襲われ、港町はパニックと化していく……。

難破船の船長から、剣人は父･隼人の消息を聞いた。万分の一の可能性を求めて、剣人は南海の島へと飛び立っていく。

剣人の父･隼人が生きて帰り、アダルス基地は時ならぬ興奮に沸きかえっていた。だがザール軍は、その隙を突いて大攻撃を仕掛けてくる。

ハーリン暗殺計画に失敗したクロッペンはドルメン大帝の怒りに触れる。だが、ドルメンは密かに次の暗殺計画を下していた。狙われるのは誰か?

自分の正体こそハーリン皇子のクローンだと知ったクロッペンは、激しくドルメンに詰め寄る。しかし、クローンの運命は儚いもの。部下達からも裏切られてしまう。

ドルメン、そして部下達にも裏切られたクロッペンは、ザール帝国に反逆の狼煙を上げる。それを知った剣人たちはクロッペンの新たなる戦いを見守った。

ドルメンに虫けらのように扱われたクロッペンはボイダーの戦艦を乗っ取り、移動要塞へ乗り込む。それを知ったダルタニアスは満を期して出撃していく。

敵の移動要塞を撃破したダルタニアスは、いよいよザールへ向かって出撃の準備に入った。だが、宇宙へ行けると喜んだ次郎やおちゃめたちは地球に残される。

ザール軍の奇襲攻撃で重傷を負った隼人は、生死の間をさまよい続ける。それを知ったクロッペンは自らを捨てて、ザール軍へとひとり立ち向かっていく……。

危機一髪のところで援軍を得た剣人は、生死をさまよう父・隼人とともに、にっくき敵・ザール星のドルメンを、最後の戦いに挑む。

ザール星に攻撃を仕掛けたダルタニアスは、にっくき敵・ドルメンの仮面を剥ぐ。だがその姿に一瞬目を疑うのだった。果たして剣人たちの見たドルメンの正体とは……？