西暦２０６６年。人類は念願であった世界連邦を作り、平和な日々を過ごしていた。しかし、頂点に達した科学技術は、想像を絶する災害を起こし、科学犯罪の大型化など新たな脅威をつくりつつあった。そんな脅威に立ち向かうため、世界連邦は科学救助隊テクノボイジャーを形成した。

地球の周りにある気象をコントロールする８つの大型無人衛星機のうち、１機が壊れてしまう。そんな時、ポールとその家族は親戚のいるアルル島へ向かったが、低気圧が重なり大型の台風が発生してしまう。

宇宙のとある場所でスペースコロニーの建設が進められている。建設の最中、巨大な流星群がスペースコロニーを直撃してしまう。スペースコロニーは甚大な被害を受け、動力源が破壊されてしまう。このままだと内部の温度が急上昇し爆発してしまう。

国際救助本部基地では、世界中から集まった若者たちがテクノボイジャーを目指して日々厳しい訓練に励んでいた。火鷹の親友で訓練生のアンドレは、どんなに訓練しても過去のトラウマにより無重力への恐怖心が拭えないでいた。そんな時、宇宙バスターミナルステーションが障害により高度を落としはじめてきた。

海底のエネルギーを人々の役に立てるために建設された世界初の海底無人発電所。その発電所の所長は火鷹の幼馴染で、若干１８歳のスカーレットだった。火鷹は幼馴染に会うため、午後の巡回のついでにスカーレットがいるサウル島へポールを乗せて行くことに。

宇宙での整備訓練飛行から戻ってきたテクノボイジャーのグランたち。束の間の休暇を娘と過ごす約束をしていたグランだったが、大森林公園で火災が発生。急遽、消火と行方不明になった老人の救出にあたるが…。

本部基地に見学に来た小学生が過ってテクノボイジャー１号を操縦してしまい、交通センタービルに突っ込んでしまう。火鷹は猛火に包まれるテクノボイジャー１号の救出にあたる…。

太陽学の権威であるウィルソン博士を乗せた海底探査船が行方不明になる。テクノボイジャーが救助に向かうが、４号のキャサリンからの応答が途絶えてしまう…。

コンピュータが人間の手を離れて平和な月面都市を支配し、人々を恐怖に陥れる。全面戦争をしかけられたテクノボイジャーは…。

宇宙ラボラトリーで生まれた巨大な蔦が異常成長し、ラボラトリー全体を破壊し始める。荒れ狂う巨大蔦にテクノボイジャーが立ち向かう…。

重病の人々が暮らす宇宙サナトリウムで、ある異変が起こる。火鷹たちはサナトリウムに向かうが、彼らを恐ろしい陰謀が待ち受ける…。

アルプス山脈を走る列車が突如雪崩に襲われる。極寒の中、テクノボイジャーは乗客の救出にあたる…。

食糧難にあえぐ国への救援物資を乗せたコンテナ船が何者かによって襲撃される。火鷹とキャサリンは早速救助に向かうが、付近で怪しい潜水艦を発見し追跡。ところがその矢先、潜水艦は突如爆発してしまう。あまりにも不自然なその爆発に、火鷹はこの事件に黒幕がいるのではないかと睨むが…。

原子力を動力として無着陸で空を飛び続ける超大型輸送機のスパンローダー。ある日、この大型機に連邦評議会の議長が搭乗することに。ところが彼を狙うテロリストの手によって爆破され、機体に致命的な損傷を受けてしまう。早速テクノボイジャーの面々が救助に向かうが…。

正体不明の無人のスペースシップが地球に近づいてくる。それは７０年前の惑星探査船であることが発覚。７０年前の事故によって宇宙を漂流し続けていた探査船が、奇跡的に地球に戻ってきたのだった。しかし、このまま進めば原子炉を搭載した探査船が地球に激突してしまう。テクノボイジャーが機体の収容に向かうが…。

事件発生後に動く救助活動ではなく、事件発生を未然に防ぎたいと考えた火鷹は科学救助隊を離れ、超難関と言われる国際警察機構の捜査官試験を受けることに。目を見張るほどの成績で見事合格した火鷹は、合格前に遭遇していた暴走族の青年ジャンが、逮捕後に護送されていた宇宙船から脱走したことを受けて追跡を始める。

長期間の任務を終えて地球に帰還しようとしていた惑星探査船が、太陽近辺でエンジンが故障してしまい制御不能に。そのままでは太陽に墜落してしまう事態となる。早速、科学救助隊が救助に向かうが、太陽墜落までのタイムリミットが刻一刻と迫っていた。

ナイアガラの滝の地下に作られた研究所で、秘密裏に開発が進められていた新型の小型イオンエンジンは完成が近づいていた。しかし、この技術を盗もうと画策する動きがあることが察知され、その動きを未然に防ぐべくテクノボイジャーが派遣される。研究所ではグランのラグビー選手時代のチームメイトが働いており、久々の再会を喜んでいたが…。

海洋動物研究所の海域に飛行機が故障で墜落。飛行機の中には有毒な物資が入っていた。海に広がる有毒物質から生き物たちを救出するため、テクノボイジャーのメンバーが急行する。

完璧なセキュリティーが施された無人工業都市に、運悪く飛行機が不時着。都市のロボットたちは、その飛行機を敵とみなし攻撃を始める。飛行機の中には乗客たちが救出を待っていた。

探査船クリュセイスが木星探査のための、木星近くで調整を受けていた。この船にテクノボイジャーの火鷹が搭乗していたが、突如、太陽風が吹き荒れてしまう。

彗星と共に謎の飛行物体が発見される。その正体を調査するため、テクノボイジャーのメンバーたちが宇宙へ向かう。飛行物体は太陽エネルギーを吸収して、地球へと向かい始めた。

月の研究していた博士が、月面上でサンプルを採取し月面にある研究所に持ち帰る。すると意志をもったガスに研究所が取り囲まれてしまう。テクノボイジャーが救出に向かうが…。

木星での救助活動を終えたテクノボイジャー。海王星で未知の物体を発見したとの指令を受け、海王星に向かう。それは知的生命体が作った人類をテストとするものだった。