私立忍者小学校4年3組の今日の授業は、抜き打ちテスト。課題として、村のどこかに隠された「校訓の書かれた巻物」を探すことになった一平は、個性的なクラスメイトや弟の三平たちと協力してヒントの巻物を見つけ出した。ヒントを解読した一平たちは、「校訓の書かれた巻物」の隠し場所へと向かうが、そこでは様々な罠が待ち受けていた……！

私立忍者小学校は、日曜日のためお休み。一平たちは、忍者小学校のアイドル・アゲハちゃんの好きな人を確かめるために待ち伏せをしていた。そこへやってきたのは、自意識過剰なクラスメイト・あけびちゃん。アゲハちゃんに嫉妬したあけびちゃんは、魔法使いのおじいさんから手に入れたブスになる薬をアゲハちゃんに飲ませようと企むが……。

遅刻ギリギリで一平が登校すると、忍者小学校の前に古めかしい風貌の転校生、甲賀・亀の丞が立っていた。自己紹介で「友達になってやってもいいぞ」と言った亀の丞は、クラスメイトから反感を買い、教室を飛び出してしまう。心配した一平が得意技「目ん玉特捜隊」で行方を捜索すると、そこには亀の丞とメカ小トリオの姿があった。

自転車が欲しい一平たちは貯金していたお金を集めたがたりないため、アルバイトをしてお金を貯める事にした。なかなかアルバイトが見つからず、歩いていたところ、集金帰りの酒屋のおじさんと遭遇した。「バッド男爵から借金を回収してくれれば、御礼をするよ」と言われた一平たちは早速、バッド男爵の屋敷へと向かう。広い屋敷を探索しているとバッド男爵の姿を発見したが借金は返さないと言われてしまい……。

私立忍者小学校では、ジャンケンぶるどっくが流行っていたが、校長先生からジャンケンぶるどっく禁止令が出た。次の日、アゲハちゃんが学校を休んだため、一平たちはお見舞いに行き、「ジャンケンマンに襲われて怪我をした」と聞いた。一平は敵討ちを果たしに行ったが、そこでジャンケンマンの正体が明らかに……。

私立忍者小学校の生徒たちは忍法の特訓の為に海にでかけた。特訓を始めた一平たちの前に、ウクレレを流しながら「砂男」と名乗る男がやってきた。一平たちと友達になりたいと言い、自分の家に連れていくが何か様子がおかしい。一平は得意技の「目ん玉特捜隊」で砂男を追う。砂男の目的は……。

明日はアゲハの誕生日。アゲハが誕生日パーティーの招待状を買う姿を目撃したメカ小トリオ。アゲハに思いを寄せる伝宅 カシ夫は招待状をもらおうと猛アピールするが……一方、アゲハから招待状が届いた一平たちはアゲハの家に向かう。招待されなかった事に怒る伝宅 カシ夫たちは、誕生日会を潰そうとアゲハの家に向かい……。

トキオ村ではウルトラの滝が逆立ち（逆流）したと騒ぎになる。校長は観光地になると喜ぶが、和尚は恐ろしいことが起こる前兆だと心配をする。そこに現れたのは逆さま忍者・上下逆五郎。ウルトラの滝ほか、木を逆さまにしたり、一平たちを逆さまにしたりとやりたい放題。一平たちの奮闘のおかげで一旦は撃退するが、まだあきらめない逆五郎はトキオ村を恐怖のどん底におとしいれようと企むのだった。

おネショをしてしまった一平は、濡れた布団を干しながらため息をつく。しかし、実は一平だけでなく私立忍者小学校のみんなもおネショをしていた。どうしてみんな揃っておネショをしてしまったのか考える一平。なんと前日に全員が同じ自動販売機からタダで出てくるジュースを飲んでいた。しかもそのジュースを調べてみると、おネショ菌が入っていることがわかった。なぜおネショ菌がジュースの中に？？

忍法かくれんぼのテスト中にアゲハの悲鳴を聞いた一平。釣鐘の中に閉じ込められていたアゲハを見つけ事情を聴くと、「あけびが変なロボットにさらわれた」と言う。一方、アゲハとあけびを間違えていることを伝宅に指摘されたロボットは、今度はアゲハのことをさらいに向かう。アゲハはそのまま伝宅の研究所に連れ去られてしまうが……。

新しい忍法の稽古をするために雪山にやってきた一平とクラスメイトたちは、全日本スキーチャンピオンの中学生と喧嘩になってしまう。一度は徳川先生が仲裁に入ったものの、宿泊先の風呂場で再び中学生と遭遇してしまった。だが、中学生は一平の顔を見て驚く。一平は「目ン玉特捜隊」によって、両眼を遠くに飛ばしていたのだった。その後、中学生に決闘を申し込まれた一平は……。

明日は楽しいクリスマスイブ。トキオ村に無数の光が現れて寝ている子供たちに「明日の夜12時にトキオ森の一本松広場にサンタクロースが現れるので、大人たちに内緒で集まれ」という予言をする。半信半疑で大人たちの目を盗んで広場に集まった一平たちの前に現れたサンタは伊賀山たちに催眠術をかけて操ろうとする悪い奴だった。ちょうど一平の目ん玉はアゲハを捜しに行っていて……。

大みそか、ぽんぽこ寺の倒れたお墓の中からお盆でもないのにオバケの山田が現れた。冬眠でお腹をすかせた山田は食べ物にありつこうとトキオ村をうろつきまわる。アゲハに扮装して伊賀山の家で年越しそばを食べようとしたり、あけびの家でミカンを食べようとするが失敗続き。同情された一平の家でようやく食べ物にありついた山田は、調子に乗ってビールを大量に飲んで酔っ払ってしまい……。