ラファの兄弟は彼を理解してくれない。ラファは戦いたいのに！トレーナーのスパッズはいいファイターだと言ってくれた。とはいえビーバップとロックステディが街を破壊し始め、意見の合わない兄弟でも力を合わせて止めなければいけない。

ラファの途方もない夢がかない、地下のミュータント・バトルアリーナでビーバップやロックステディやモンド・ゲッコーと戦う。しかし彼はキツネとその手下のギャング、パープル・ドラゴンズのワナにかかったことを気づいていなかった。

家族と友達がキツネにマインドコントロールされ、ラファはミュータント・バトルアリーナで戦うのは嫌になった。だが手遅れになる前に愛する者たちを救うため、ピジョン・ピートの力を借りて戦わざるを得なくなる。

レイ・フィレットがセントラルパークで襲われ、襲撃犯がタートルズだと指したため、ミュータニマルたちが彼らに襲いかかる。犯人はキレやすいカメミュータントのトッカだったとタートルズは突き止め、ドナはスタテンアイランドの恐ろしい研究所へと導かれる。

トッカとレイザーを始めとするモンスター・ミュータニマルたちからウィングナットを救うべく、ドナはイカれた科学者の研究所へ飛び込んでいく。一方で兄弟たちは 別のトッカをつけてスタテンアイランドの研究所へやって来るが、状況はさらに悪くなるだけだった。

レオとマイキーとラファは、イカれた科学者ジョルダン・ペリーと彼のモンスター・ミュータニマルたちに捕らえられる。ドナはスタテンアイランドへのミュータントの侵略を防ぎ、恐ろしいミュータント・オメガから人々を救わなければならなかった。

レオは地下鉄の駅で偶然罪のない市民の命を救ったのをきっかけに、ナイト・ニンジャとして犯罪と闘う自警団を気取り始める！しかし凶悪なラ・フルールと手下の犬泥棒たちが彼の本当の敵なのか？

犬を憎むイカれた凶悪犯スクラッチが街の犬たちを"犬質"にしている！彼のたった一つの要求は...、ナイト・ニンジャの降伏だった！しかしレオとエイプリルと兄弟たちはスクラッチにさらなる魂胆があると気づく。

レオは最後にもう一度ナイト・ニンジャとなり、凶悪な猫スクラッチとその手下の吸血ノミたちに挑む。15年越しの因縁の対決だ！しかしその因縁にスプリンターはどう関係しているのか？最後のバトルが始まる！

誰にも好かれないロッドは特にタートルズに煙たがられる！ビショップの元インターンのロッドは、タートルズを拉致してミュータントの血を奪おうとしていたが、彼自身がさらわれ、マイキーが捜査を開始！最初にマイキーが疑ったのはミュータントを憎む、メカゾイドの生みの親ビショップだった。

ミュータンジェンが行方不明になるなか、マイキーはロッドの姉と兄を探りに行く。しかしエキセントリックで悪名高きモードとトッドもミュータントの血を手に入れようとしていた。手遅れになる前にマイキーはロッドを見つけ出すことができるのか？

誰がロッドをさらったのか？ミュータンジェンはどこに消えたのか？なぜロッドの家族はそろいもそろって変なのか？その全ての答えを求めて、ロッドの父親と対峙する。しかしロッドの助けを借りたとしても、マイキーと兄弟たちはミュータントのマックマンを倒すことができるのか？