時は新星歴270年、技術の発展により人類の平均寿命が300歳に達している世界。人々は“エデン”と呼ばれるシステムに守られ平和に暮らしていた。ある日、白銀（バイイン）要塞の若き統率者である林静恒（リン・ジンホン）が星際海賊に襲撃され、殉職したという知らせが入る。それから5年、発展途上の惑星である北塔（ベイター）星では幼い子供たちが失踪する事件が起こっていた。連れ去られようとしている子供を追う女性、ペニー。彼女に指示を出すのは、殉職したはずの林静恒だった。

ヴィーナス港に位置する倉庫に林静恒と共に向かい、児童誘拐の実行犯である“毒巣（ドゥーチャオ）”の一味を捕獲するため待ち伏せていた湛盧（ジャンルー）。林静恒の右腕であり、武術にも長けた優秀なAIの彼は、倉庫に現れた毒巣の一員・スパイダーを見事に制圧する。林静恒と湛盧がアジトへ戻ると、そこには星海学院の校長である陸必行（ルー・ビーシン）が訪れていた。彼は2人が連れて帰ってきたスパイダーの姿を見て、その体内にエデンに似た何かが入っていると警告する。

林静姝（リン・ジンシュー）が殉職した兄を思う頃、北塔星では四哥（スーグー）と名を変えた林静恒がスパイダーを尋問していた。そこで、毒巣は3か月前に域外の巨大勢力と接触し、幼い子供たちと引き換えに機甲と軍用星艦を譲り受けていたという情報を得る。誘拐された子供たちはチップの人体適合実験に利用されるのではと疑う四哥と湛盧。彼は、第八星系の裏組織がすべて招待される毒巣の大規模な集会の前に、スパイダーの体内に入っていたチップの解析を急ごうとする。

解析のため四哥からチップを預かった陸必行は、自らの体内にチップを埋め込み、どんな機能を持つのかを探ろうとしていた。埋め込みが成功すると、彼の身体には異変が。五感が強化されて筋力が上がり、超人的な力を得たのだ。時を同じくして、星海学院の生徒たちは、四哥が学校に寄贈した毒巣の機甲にこっそり乗り込む。聴力を強化された陸必行がそれに気付き、慌てて駆け付けるが、機甲は“本部に戻る”モードで毒巣へと飛び立ってしまい…。

星海学院の生徒を乗せた機甲は、自動帰還システムにより毒巣本部へと辿り着く。そこでは、第八星系の裏組織のトップたちが全員招かれた集会が開かれており、四哥も黒洞（ヘイドン）のトップとして、湛盧とともに毒巣を訪れていた。四哥の存在を知る黄静姝（ホアン・ジンシュー）は、彼に助けを求めようと考える。集会には、星際海賊の一味のトップであり陸必行の父親、独眼鷹（ドゥーイエンイン）も招かれていた。彼は四哥が殉職したはずの林静恒だということに気が付いていて…。

毒巣へ飛び立ってしまった生徒たちを助けるべく、機甲を手に入れようと四哥の姿を借りた陸必行。毒巣に到着すると、幼い子供の形をした実験体が並ぶ、不気味な部屋に迷い込んだ生徒たちを見つける。さらに、そこには生徒たちと一緒にいる自分の父、独眼鷹の姿が。皆との再会を喜んだのも束の間、毒巣のトップである001とその手下たちが武器を持ってやって来た。挟み撃ちにされ、窮地に陥る陸必行たち。するとそこへ四哥が現れて…。

陸必行が体内からチップを取り出した機に湛盧が改めて解析すると、彼のDNAはかつての将軍、陸信（ルー・シン）と適合すると分かった。しかし、体と脳のDNAが一致しないことを不審に思う四哥。その時、突然警報が鳴り響き、謎の敵からの襲撃に見舞われる。一行は別空間へワープするが敵の妨害で到着位置がずれ、コボレイ小惑星帯という最も危険な星域に辿り着いてしまった。逃げ切れたかと思ったのも束の間、四哥の機甲は更なる攻撃を受け…。

陸信への恨みを募らせる男、アレス・フォンによって爆破された2つの惑星。ペニーを救えなかった悔しさと怒りに、四哥は拳を強く握る。いつ敵が襲ってくるか、いつ再び同じ惨劇が繰り返されるか分からない状況に、早速物資の準備を進める必要があるものの、星海学院の生徒たちは、故郷と家族を突然失った悲しみに打ちひしがれていた。彼らと同じだけの悲しみを抱えながらも、陸必行は生徒たちの身を守るため、機甲操作の訓練を提案する。

物資の補給を進めていると、またひとつ惑星が爆破されたことを湛盧が感知する。その衝撃波があと10分で補給所へ到達するのだ。突然新たな命の危機に直面する四哥たち。そんな中、1人で別処にいる陸必行は危険がすぐそこに迫っていることを知らないまま、生き残るための手段として有力な地下航路について情報を集めていた。独眼鷹は息子を助けに行こうとするが、湛盧が引き止める。陸必行の元に駆け付けたのは…。

凱莱（ケイリー）親王をよく知る毒巣のトップ、001を人質に取っていた四哥は、独眼鷹とともに彼を拷問し、八大星系に侵入した海賊たちについて聞き出そうとしていた。口を割った001によると、現在の八大星系は001が属する自由（ズーヨウ）軍団のほか、白銀要塞を襲った光栄（グワンロン）団、そしてさらに強大で危険な勢力である“反烏托邦（ディストピア）協会”という3組織によって無法地帯と化しているという。特に“反烏托邦（ディストピア）協会”はすでに潰されたはずの組織だったのだが…。

地下航路の闇商人である、臭大姐（チョウダージエ）の手下たちが補給所を襲撃してきた。捕らえた彼らを早々に殺そうとする四哥に対し、陸必行は人口が数十万を超える宇宙基地から来た彼らを利用すべきだと止めに入る。その後、四哥との意見の食い違いに悩む息子に、独眼鷹は四哥が林静恒として生きていた頃のことを語り始めた。連盟の犬となり、自らの恩師の部下たちに手を下したという彼の過去を知った陸必行。しかし、四哥、そして林静恒に対する信頼は変わらず…。

惑星爆破による衝撃波をブロックするため、陸必行は機甲15機の動力と補給所のエネルギーを合わせることが必要だという答えを導き出した。捕らえた臭大姐の手下たちとともに、星海学院の生徒たちも機甲に乗り込むことに。しかし、空脳症である黄静姝は訓練に消極的だった。そんな彼女に、自分も以前独眼鷹にもらったというノイズフィルターを渡す陸必行。ヴィタス、ホワイト、ミントの3人は続々と精神リンクに成功し、飛び立っていくが…。

白鷺（バイルー）星爆破の衝撃波が、陸必行たちのいる補給所に近付いていると知った林静恒。突破口を見つけるべくスキャン半径を拡大すると、凱莱親王護衛隊のマークをつけた艦隊を見つける。その中には、同じく地下航路を探しているらしい源異人（ユエンイーレン）が指揮官として乗っていた。しかし林静恒が乗る機甲はエネルギーが残り少なく、武器もほとんど積んでいない。戦いを挑んでも全く勝ち目がない状況の中、作戦を変更するよう助言する湛盧に、林静恒は立ち上がり…。

訓練を続けている補給所では、精神網を奪われたダメージで機甲とうまくリンクできなくなってしまった臭大姐の手下たちが不平を訴えていた。陸必行はそんな彼らを励まし、熱い思いを伝える。その言葉に、自分を“残次品（ポンコツ）”だと否定し続けていた黄静姝も機甲に乗り込んだ。目の前に陸必行の姿が映り、ノイズフィルターを外すと、カウントダウンの声が聞こえてくる。そして、彼女のリンク率は徐々に上がっていき…。

源異人によって改造され、収蔵品として飼われていた少年と出会った四哥は、彼を連れて戦艦からの脱出を試みることに。どこから攻撃されるか分からない中、戦艦の攻撃システムに銃一つで対抗し、進んで行く。そして、ようやく機甲まで辿り着くと…。一方、無事に衝撃波の回避に成功した補給所では、陸必行だけが一人曇った表情で佇んでいた。彼は静かに機甲に乗り込むと、四哥を捜しに宇宙へと飛び立つ。

四哥と羽根の生えた少年“カワセミ”は、熾烈な戦いの末、再び源異人の戦艦へと戻る。その頃、激しい争いによる残骸が広がる小惑星帯には、四哥を捜す陸必行の姿が。手がかりが掴めないままワープを繰り返し、体力が限界に近づいても、陸必行は諦めていなかった。一方、すぐ帰還すべきだという湛盧の助言をよそに艦内を走り続けた四哥は、源異人の収蔵品の部屋に到着。そこに潜んでいた源異人は、カワセミに銃を突きつけ…。