ユニコーン・アカデミーに入学したソフィアは、新しく学ぶことがいっぱいの毎日に大いそがし。そんなある日、ユニコーンの魔法(まほう)の力を消してしまおうとする悪の勢力が復活し...。

スカイベリー・トレイルにやってきたソフィアたちは、グリム・マジックにおどろいて走り出したワイルドスターに導かれて古い寺院を見つける。そこはなぞと危険がいっぱいの場所だった。

ミス・プリムローズが生徒のトレーニングを急がせることにしたので、上級者向けの障害物コースを走ることになったソフィアたち。だけど勝ちにこだわりすぎる気持ちが、ピンチを引き起こす。

グリム・マジックについて学ぼうと、夜の図書館にしのびこんだソフィア、エヴァ、レイラ。強い魔力(まりょく)があるため持ち出しが禁止されている本を持ち出し、大変なことになってしまう。

アカデミーの水がグリム・マジックに汚染(おせん)された! ユニコーンたちがパワーを失う前に何とかしようとスターグロー・レイクに向かったソフィアの前に、意外な仲間があらわれる。

ささやく柳(やなぎ)が何を伝えようとしているのかどうしても知りたいソフィア。エヴァには行かないと約束したのに、パーティーの準備をぬけ出して幻想(げんそう)のプールへ行ってしまう。

ソフィアとエヴァを仲直りさせようと、あれこれ作戦を考えるサファイア寮(りょう)の仲間たち。みんながピリピリしているなか、グリム・ストーンをねらう悪の手下が学校にしのびこんでくる。

おそろしい敵との戦いに備えるアカデミーの先生たち。生徒は寮から出ないようにと言われたはずなのに、あるユニコーン・ライダーが言いつけを破って、学校をぬけ出していた。

先生たちの助け無しに、おそろしいレヴェンゼラに自分たちだけで立ち向かうしかなくなった、サファイア寮の仲間たち。力を合わせてユニコーン・アカデミーを守ってみせる!