飼い主であるダンとデイナ（マイク･ミッチェルとオーブリー･プラザ）の予期せぬ破局の後、神経質な家猫ケヴィン（ジェイソン･シュワルツマン）はクイーンズにある動物保護施設に移る。そして、そこで出会った"自立した"猫たちの助けを得ながら自分が望む人生を探っていく。

"今月の動物"に選ばれたケヴィンは、動物保護施設ファーエバー･フレンズのサイトに掲載する"譲渡用プロフィール"の作成に苦戦。自分がどんな飼い主を求めているのかを探るため、カップケーキと共に街へ繰り出し、彼女の目線でＮＹを巡っていく。一方、ハイテンションのジュディはアルマンドの爪の手入れに付き添うが、アルマンドと共に思いがけない飼い主候補に連れ帰られることになる。

ケヴィンとジュディは、保護施設に押し寄せてきたヤンチャな子猫たちのメンターになろうと奮闘。アルマンドは、アメリカの人気ミュージカルを馬だけで上演する舞台の監督を頼まれ、演劇界へ復帰することに。しかし、ライバルであるブロードウェーの伝説パティ･ルポニーの予期せぬ登場により、彼の復帰は台なしに。セスとブランディは、新入りの子猫たちの譲渡準備を整えるため、カップケーキに助けを求める。

酷暑の中、アルマンドはハンプトンズに住む裕福な女性（声：マリア･バンフォード）の元へ避難することに。ダンとデイナに頼りたくないケヴィンは、自分も連れていってほしいとアルマンドに懇願する。一方、カップケーキは暑さをしのぐため、遊び相手であるピットブルのミアと共に一晩を過ごす。そんな中、施設に残されたジュディは避難場所を求めてやってきたアリと対峙することになる。

新型のケンネルコフの蔓延により、隔離を余儀なくされたケヴィンたち。"患者第１号"の特定に執着する群集心理が働き、彼らは互いに疑心暗鬼に陥る。そんな中、アルマンドは体調を崩しながらも「メイム」のリハーサル中止を拒み、パティ･ルポニーと対立。さらに、ブランディは自分まで隔離プロトコルの対象に含めようとするセスに裏切られたと感じる。

ケヴィンと仲間たちは、クイーンズでの独立記念日の恐怖を乗りきるため、強力な鎮静剤を服用。ケヴィンはデイナを拒絶して自力で生きるという自身の決断を再考し始める。カップケーキは、明晰夢の世界へ逃避しようとするアルマンドの試みを阻止。セスはブランディにいいところを見せようと、家出犬たちの救出を試みる。さらに、ジュディは訪ねてくる両親を感心させようとするピーターを助ける。

一行はプロビンスタウンでペットのお迎え式に参加。そこでケヴィンはフラニーの関心を引こうと、１匹のコリー犬と競い合うことに。一方、ベアはアルマンドが自身の過去と向き合う手助けをし、カップケーキは別の病弱な猫に恋をしたジュディを心配。さらに、セスは自分とブランディの間で正式なお迎え式が行われなかったことを嘆く。

ケヴィンは衝動的に、関係を次の段階へ進めたいとフラニーに告げる。アルマンドは、過去の重要人物（ゲスト：ケイリー･エルウィズ）の予期せぬ訪問により、飼い主との関係における自身の行動パターンを見つめ直すことになる。さらに、カップケーキは失恋したばかりのジュディを立ち直らせようと奔走する中で、自らを危うい立場に追い込んでしまう。