勉強はできないが、釣りへの情熱と才能だけは誰にも負けない少年・トッタ。目標は、世界中の大物を釣り上げて父親を超えること！ある日、父親の墓の中から不思議なガジェット・バーロッドを手に入れ、爆釣に出会う。バーコードの中に広がる海から大物を釣り上げたトッタ。しかし、それもつかの間、父親が遺したメモから、さらに巨大なヤツが飛び出してきた！父親のメッセージに導かれるように、更なる大物を釣り上げるべくトッタは爆釣の聖地・盛魚町へ・・・！

トッタは盛魚町のトンペイおじさんの家へやってきた。盛魚町は、バーロッドを開発したコードバンク社があり、日本で唯一バーコードスキャンし放題の町なのだ。到着するやいなや、早速爆釣しまくるトッタ。ショッピングモール・ウオンモールで爆釣大会が開催されていることを知り、張り切るトッタ。ポテペンがバーソウルのにおいを辿り、ピザのバーコードを発見。苦戦しながらも大物のピザニアを釣り上げ、大会で見事優勝するトッタ。しかし喜びもつかの間、突然キバという少年が現れ、いとも簡単にピザニアをまとめて釣り上げてしまった！

コードバンク社の社長御曹司であるキバなら、キンギョダムのことを何か知っているかもしれない！トッタとポテペンはコードバンク社に潜入を試みるも、屈強な警備員たちに何度も阻まれてしまう。一方その頃、キバは悪魔の形相ですさまじい爆釣トレーニングに励み、シュワ次郎を震え上がらせていた。コードバンク社潜入に成功したトッタとポテペン。キバから、「シューティンクジラを捕まえたらキンギョダムのことを教えてやる」といわれ、ゲームセンターでシューティンクジラを爆釣！しかし結局、キバもキンギョダムの居場所は知らなかった。

父親が残したメモを手がかりに、キンギョダムのバーコードを探すトッタとポテペン。 途中トイレに立ち寄ったトッタは、紙がないことに気がつく。もう父親のメモで拭くしかないのか・・・と思われたそのとき、メモに隠された暗号が浮かび上がる！ 暗号の謎を解き、盛魚城でキンギョダムを出現させたトッタ。キンギョダムを横取りしようとキバも現れるが、父親であるコードバンク社長にバーロッドを停止されてしまった。 そして、ついに念願のキンギョダムを釣り上げたトッタ。すると、キンギョダムがトッタの父親の話を語り始めた！！

トッタが学校へ行くと、同級生のウオマサがアユに片思いをしているという。アユへの想いが高まってゾンビ化してしまうウオマサに、長身・伊達男に変貌したポテペンことポテペーノが相談に乗る。トッタは恋心を全く理解していなかったが、釣りが下手なウオマサと修行し、ついにウオマサは魚型のアレが出せるようになったのだった。 いよいよ漁船にのってマグロ釣りに出ると、怪しい船長がバーコードからマグロライダーを出し、船は真っ二つに！！果たしてトッタはマグロライダーを、ウオマサはアユの気持ちを釣り上げられるのか！？

ヌッシーはキンギョダムを含めて5匹いる！その頂点には、神ヌッシーという更なる大物がいるらしい。早速次のヌッシーを探しに街へ飛び出したトッタたち。そこへ、爆釣団の海老原ハネルと名乗る男が。あの手この手でトッタを爆釣団に執拗に誘い続けるハネルや爆釣団副団長・シャチを無視し、トッタたちはヌッシーを探して工場へ。ポテペンの嗅覚を頼りに探し出したバーコードから、深層海龍ゴクオロチが飛び出した！ゴクオロチを横取りしようと轟風のリールを駆使するハネル、そしてトッタも負けじと挑みかかる！！

ゴクオロチの攻撃を受けてリールが壊れて以来、別人のように腑抜けてしまったトッタ。ポテペンはそんなトッタに一度は愛想を尽かすが、プラカラーキッドというA魚ランクのバーソウルがトッタ復活の鍵になると聞き、進化して仕留めようと決意する。意気投合したシュワ次郎と山奥に篭り、命を懸けた特訓の末にプラカラーキッドに挑むポテペン。そんな姿を見てようやくトッタは正気を取戻し、ポテペンはポテペンキングに進化！苦労の末に入手したプラカラーキッドは結局関係がなかったが、トッタは新しいリールを手に入れたのだった！

海流のリールの扱いに苦戦するトッタは、どんなリールも使いこなす伝説のリールマスターの特訓を受けるため、トラフグスーパープールを訪れる。だがプールの監視員・フグ姐さんにバイトをさせられる羽目になり、カキ氷作りやプール掃除、ショータイムのダンスをすることに。そんなトッタの前に、ゴクオロチのバーコードがプールにあることを突き止めた爆釣団の海老原ハネルが現れる。ゴクオロチと対峙し、知らずにリールの特訓を受けていたことに気がつくトッタ。海流のリールを使いこなし、遂に2匹目のヌッシーもゲットしたのだった！

トンペイがトローリング娘の遠征ライブに出かけたため、トッタは留守番中に家にあるカップラーメンを片っ端から食べてはスキャンし、丸々とした太ッタに変貌。大物フード属性バーソウルの情報を知り、太ッタたちは街中のラーメン屋へ。その店の店長は、すべてのバーソウルを手なづけることができる心優しき男・爆釣団のキング左門だった！大物バーソウル、辛ズール・ズールのバーコードをスキャンするため、超激辛ラーメンを完食すると決めたトッタは、修行を積んで新しい身体を手に入れ、自らの限界に挑む！

ヌッシーを5体集めて神ヌッシーに挑むため、限界まで追い込み爆釣の特訓に励む、爆釣団メンバーの鮫島キバ。コードバンク社社長である父親・ホオジロウはキバに爆釣を止めるよう命じるが、キバはそれを意に介さず、コードバンク社が開発中のシカケメモリーのデータを盗み出して家出してしまう。キバは爆釣団の団員たちが持っているリールを奪うため、手始めに海老原ハネルを呼び出す。そこへ駆けつけたトッタが目にしたのは、キバとハネルの壮絶な爆釣バトル・バト釣りと、ボロボロになりながらも戦い続けるキバの姿だった。