花村望は、外国で暮らす妹・かれんの病状が快復したとの知らせを受けて会いに向かう。りっぷたちはビッグヒューマルの望のもとに向かい、かれんと知り合う。かれんが大切にしているお守りを見せてもらうりっぷたち。なんとそのお守りは、フェアリルが生まれる種、フェアリルシードだった。

かれんが持っていたフェアリルシードから生まれたフェアリル、りん。りんとかれんはいつでも通信できるように、フェアリルゴールから魔法の鏡を受け取る。そしてりんは、りっぷたちと共にフェアリルスクールに通うことに。新学期を迎えるフェアリルスクールは、新たな姿に生まれ変わろうとしていた。

「フェアリル魔法薬学、マッシュ教授登場」りっぷたちの今日の授業はフェアリル魔法薬学。先生の名前はマッシュ教授、助手の名前はめぐみ。マッシュ教授の指導で、りっぷたちは好きな髪形になる魔法薬を作ることに。／「りん、はじめてのお休み」寝坊してしまい慌てるりんだが、その日は休日だった。りんは学校内を出歩くが、どの子もみんな忙しそうにしていて、りんは一人きりで……。

日本の小学校に通うようになったかれんは、友達が出来ないことに悩んでいた。一方、カノとハルトは、いつも一人でいるかれんのことが気になっていた。なんとか話し掛けようとするカノたちだが、失敗ばかり。リトルフェアリルのりんたちもかれんが心配になり、いても立ってもいられずに、かれんに会いにビッグヒューマルへと向かう！

「こわ～いこわい！闇魔法学の先生！」マジカルフェアリルスクール内の肖像画たちのウワサによると、新しい闇魔法学の先生は強い力を持つ恐ろしいフェアリルらしい。そんな話を聞いてしまったりんは、怖くて眠れなくなる。そして翌日、闇魔法学の授業が始まるが、現れた先生は……。／「寮の夜はフシギがいっぱい！」 寮の談話室で夜遅くまで勉強しているりっぷたち。何かの気配を感じて校内を探るが何もない。りっぷたちは怖がりながらも、その正体を突き止めようとする。

望の夢は、フェアリル研究家になって、世界中の人々にフェアリルを信じてもらうこと。夢に向かって勉強する望を見て、りっぷも自分の夢であるアイドルに向けて頑張ろうと、改めて決意する。りっぷは花咲ゆみりとして、テレビのアイドルオーディション番組に応募するが、なんとレオン先生も応募してしまう。そして、波乱のオーディションが始まった！

「魔法洋裁学、シィプ先生登場」りっぷたちの今日の授業は魔法洋裁学。シィプ先生の指導で、りっぷたちはフェアリルマジックで編み物をすることに。服作りが好きなすみれは、特に熱心にがんばろうとするが……。／「ジョンメケのお笑い学へ、ようこそ！」リトルフェアリルを支配しようと企み、封印された、ジョンメケ。時は流れ、リトルフェアリルに再び現れたジョンメケは、先生として現れて、お笑い学を教えてくれるという……。

かれんの家に遊びに来たりんだが、かれんは宿題で忙しかった。邪魔しないために、りんは一人で散歩に出かける。一方、フェアリルに会ったことがある絵里に、もっと詳しく話を聞こうと近付く怪しい三人組がいた。絵里は聞かれるままに、クリスマスの日にフェアリルたちと遊んだことなどを話す。三人組の名はアゲハ、ゼミィ、キリギリ。その正体は、目的は何なのか？

魔法の鏡を使って、変身して遊んでいたりんとかれん。魔法の鏡の鍵穴にフェアリルキーをさしたら、なんと二人の姿と中身が入れ替わってしまった。元に戻れない二人は、そのままの姿で生活することに。りんはかれんとして小学校に行くが、はたして無事に過ごせるだろうか？

「ヒミツのパジャーマパーティー！」自分たちでパジャマを作り、かれんも誘い、夜の寮室で女の子だけの秘密のパーティーを計画するりっぷたち。しかし、りっぷたちの様子を怪しむダンテたち男の子が、こっそり調べに来て……？／「魔法対決！？帰ってきたドン＆くり！」ぼっくり先生の元に突然現れた、かつての友人であるドンとクリ。二人はぼっくり先生を倒すために帰ってきたらしい。三人の過去に何があったのか？そして戦いの行方は！？

「カラフルマジカルピーコック！」りっぷたちの今日の授業は魔法美術学。ピーコック先生の指導で、りっぷたちはお絵描きすることに。しかし、りんはお絵描きに自信がなかった。／「きびし～い寮長、ミセスセルバン！」いつも厳しくマジカルフェアリルスクールをとりしきる、ミセスセルバン。そんなミセスセルバンには、とある秘密があった……。

モデルのオーディションに出ることになった、マーメイドフェアリルのあこや。あこやのモデルの先輩であるルコも出場したオーディションだったが、結果はなんと、あこやが選ばれることに。それ以来、二人の仲はなんだかギクシャクしてしまう。そんな二人のために、マーメイドフェアリルのフィッシュたちが立ち上がるが……。

ホッパーコーチがマジカルフェアリルスクールの先生になった。りっぷたちは体育で「エアーステッキー」の授業を受けることに。エアーステッキーとは、フェアリルキーを使って空を飛ぶこと。いつも成績優秀なローズは、エアーステッキーでも一番を狙うが、なんとフェアリルキーが言うことを聞いてくれなくて……？

「星に願いを」トゥインクルフェアリルのスピカは、仲間のベガとケンカになってしまい、リトルフェアリルにやって来る。ちょうどその日は七夕で、スピカはみんなと一緒に、願いごとを短冊に書くことになるが……。／「オリーブの修行」リトルフェアリルとビッグヒューマルのため、フェアリルゴールのために、自分は何ができるのかと日々思い悩むオリーブ。そんなオリーブを、フェアリルゴールは散歩に誘う。

フェアドル花咲ゆみりとして、望に正体を明かせないままアイドル活動を頑張るりっぷ。一方のローズは、ヴァイオリニストとしての活動に消極的な優斗にやきもきしていた。そんなある日、優斗にテレビの出演依頼がやって来るが、優斗は気にもかけない。優斗の音楽を大勢の人に聞いてもらいたいローズは、優斗のために自分は何ができるかと思い悩む。

フェアリルゴールたちの許しを得て、魔法の鏡を使ってフェアリルチェンジでヒューマル姿になる練習をするりん。かれんも一緒に大きくなって、二人は外に遊びに出かけることに。いつもより大人の姿になった二人に、街ではいろんな事件が待っていた！

りんたちの今日の授業は、バディについての報告会。ビッグヒューマルに行ったことのない生徒たちも、ヒューマルに興味津々に。魔法の鏡を通して、かれんやカノ、ハルトとお話しすることに。カノとハルトも、いつでもバディのひまわり、ダンテと話せたらいいのにと思う。そんなハルトが試しにフェアリルキーで呪文を唱えたら、なんと魔法が使えちゃった……！？

マッシュルームフェアリルののこ、ドット、ダケたちマッシュシスターズは、三人でビッグヒューマルに行くことに。フェアリルチェンジの魔法でヒューマルに変身した三人は、ビッグヒューマルを見て回る。立ち寄ったカフェの店主・しめじは、あまりにも引っ込み思案で、客の相手をできないでいた。のこたちはほうっておけず、協力を申し出るが……。

ジュエルペットたちが暮らすジュエルランドでは、ルビーとラブラが、ガーネット、サフィー、エンジェラに、クリスマスにフェアリルたちと出会った時のことを話していた。ルビーはりっぷたちにまた会いたくなり、魔法を使って会いに行くことに。一方、ビッグヒューマルに遊びに来たりっぷとりんは、アゲハたちに追いかけられていて……！？

リトルフェアリルでは、りんやりっぷたちが課外授業でサマーキャンプに出掛けることに。りんは、かれんもフェアリルに変身して一緒に行こうと誘う。今までキャンプに行ったことのないかれんだったが、勇気を出して参加することに決める。はたしてかれんたちに、どんな冒険が待っているのか？

大人気フェアドルの花咲ゆみり、今日のお仕事は中学校への突撃取材番組のテレビ撮影。以前知り合ったタレント・葛巻との共演で、番組収録スタート。しかし、なんと現場は、望や望の幼なじみ・ミオの通う中学校だった。ゆみりと望は、お互いの立場から距離を感じて、ギクシャクしてしまう。その様子を見た葛巻は、ゆみりの弱みを探ろうとする……！

フェアリルティアラ、それはフェアリルマジックでリトルフェアリルの花々を編んで作る冠。すみれはゆかりのデザインの助けにするために、どうしてもフェアリルティアラが欲しかった。しかし、自分で作っても上手く行かず、りんが普段から着けているフェアリルティアラを借りることにするが……。

リトルフェアリルの満月の夜。ミスターミミックとミスウォッチは、年に一度の旅行に出掛けようとしていた。りっぷとりんは、失くし物を探しに外に出ていたところを巻き込まれてしまう。りっぷとりんがやって来た場所は、フェアリルスクールなのに何かがおかしい。そこに現れた見知らぬフェアリルたちは、どこかで出会ったことがあるような……？

りっぷたちはかれんに、ビッグヒューマルのいろんなおとぎ話の本を読んでもらう。りっぷたちはもっと本が読みたくなり、マジカルフェアリルスクールの図書室に本を借りに行く。その翌日、りんはいつまでも起きてこない。おとぎ話の眠ったままのお姫様のように、りんは眠り続ける。りんを目覚めさせるには、いったいどうしたら……？

楽しい夢を見ている間に、夢で暮らす生き物のバクリルに、背中の羽を舐められたりっぷたち。すると羽は力を失って、りっぷたちは飛べなくなってしまった。羽を治すには、自分の力で不死鳥の巣に不死鳥の羽を取りに行かないといけないらしい。不死鳥の巣を目指して、りっぷたちの徒歩による冒険が始まった！

りんがネコ夫人からもらった魔法のアルバム、マジカルバム。マジカルバムを使って、りんとかれんは一緒にアルバム作りをすることに。りっぷたちも加わり、みんなでいろんな思い出を写真にして、マジカルバムに収めてゆく。ところが、りっぷのフェアリルマジックの失敗で、思い出たちが逃げ出してしまい……！？

「アイドルがいっぱい♪フルーツ島」フルーツフェアリルたちは、フルーツ島に乗っていろんな場所を旅しながらアイドル活動をしている。そんなみんながリトルフェアリルに帰ってきた。りっぷたちは、アイドルの先輩たちに話を聞かせてもらう。／「恋するアイドル！ラブドカリゲット大作戦？」フルーツフェアリルのパインは、仲間のザクロへの恋に悩んでいた。マーメイドフェアリルのフィッシュ＆メッシュのアドバイスを受け、一同はラブ運をアップするという生物、ラブドカリを探すことに。

「メガネティーチャーのフェアリル歴史学」りっぷたちの今日の授業はフェアリル歴史学。メガネティーチャーの指導で、りっぷたちは歴史に関する場所にフィールドワークに出かけることに。／「おタマさんとお悩み相談対決！」タマムシのバグズフェアリル、おタマさんが、お悩み相談室を開いたら、たちまち大盛況。普段みんなのお悩み相談を聞いていた、マッシュフェアリルのきんしは、そんなおタマさんが気に入らず、お悩み相談勝負を挑む。

かれんの祖母、リラは有名なフェアリル画家。絵画展が開かれることになり、りっぷたちは遊びに行くことに。そこでかれんは勇気を出して、リラに自分の書いた物語を見てもらう。それはかれんの、将来の夢への第一歩だった。かれんの成長を嬉しく思うリラは、若い頃の、フェアリルゴールとの話を打ち明ける……。

リトルフェアリルのハロウィンパーティーの日に、ヴァンパイアのレジェンドフェアリルのヴァン先生が現れた。ヴァン先生の授業は、なんとイタズラ学！かれんも招かれて、みんなでイタズラの勉強をすることに。ところが、パーティーを荒らすイタズラオバケが出てきてしまいハロウィンパーティーは大パニック！

ヒューマルである優斗との関係に悩むローズ。もっとお互いを知りたいと思うローズだが、優斗はそっけない。そんなある日、ローズは優斗の家族の秘密を知ってしまう。ピアニストをしていた優斗の母・ジュリアを亡くしたことが、優斗の心に深い影を落としていた。それを知ったローズは……。

「幸運になろう！かいこちゃんの絹織物」最近、運の悪いりっぷ。かいこちゃんの作る絹織物を着ると幸せになると知り、さっそく会いに行くりっぷたち。しかし、絹織物を作るための材料がないらしい。りっぷたちは、怪物のいる谷に材料を取りに行くことに。／「マジカルフェアリルスクールの学芸会！」マジカルフェアリルスクールの学芸会で、みんなは班に分かれてお芝居をすることに。ローズ監督の指導で演技の練習をするりっぷだが、自信が持てなくて……。

「星世界学、ドラ先生登場」りっぷたちの今日の授業は星世界学。ドラ先生の指導で、りっぷたちは夜空に浮かぶ星座について学ぶことに。ところが、あめみが以前見たはずの星座が、なぜか授業では見えなくて……。／「スパイダーのすごい黒魔術！」今日も黒魔女を目指して、黒魔術の研究をがんばるスパイダー。ある日、禁断の書棚から怪しい本を持ち帰る。その本を開くと、ついに黒魔女の力に目覚めて……？

「ネコ夫人の結婚式」愛しのダーリンであるウフ伯爵と、幸せな結婚生活を送るネコ夫人。ただ一つの心残りは、ウェディングドレスを着ること。りっぷたちは、ネコ夫人のために結婚式の準備をすることに。／「ダンテ&ハルト、男の約束！」サッカーの試合で負けてしまい悔しいハルトは、励ますダンテとケンカをしてしまう。二人を仲直りさせたいカノとひまわりは……。

「サンゴのダイエット大作戦！」マーメイドフェアリルのサンゴは食べることが大好き。ある日、マーメイドのフェアリルなのに食べ過ぎで泳げなくなってしまったサンゴは、ついにダイエットを開始するが……？／「届け！空飛ぶ合唱コンクール！」カナリア先生の指導で、りっぷたちは合唱コンクールの練習をすることに。歌が大好きなバグズフェアリルのみるるは、マネージャーとなって、みんなのお手伝いをする。ところが、みんなの合唱練習はうまくいかないままで……。

ある日、ローズの後ろからころころタマゴがついてきた。ハム先生の魔法生物学でタマゴについて聞いてみることに。実は、ローズの拾ったタマゴが不死鳥の物だと判り、タマゴのためにみんなで不死鳥の巣に戻しに行くことに。

アイドル活動が忙しいりっぷと勉強にはげむ望は、近頃すれ違いがち。そんなある日、望は傷付いたフェアリルのガーベラを保護する。ガーベラは友達のウィンドと一緒にアゲハたち三人組に捕まってしまい、なんとか一人だけ逃げ出してきたという。望とりっぷたちは、ウィンドを助けるために行動を開始する。

今年もクリスマスが近くなり、リトルフェアリルにサンタクロースと弟子のひい＆らぎがやって来た。りっぷたちも手伝って、みんなでサンタクロースに届いた欲しいプレゼントの書かれた手紙を仕分けする。りっぷたちはサンタクロースに頼まれて、欲しいプレゼントに「おとうさん」と書いた子供に会いに行くが……。

「ジャイアントNo.1（ナンバーワン）を決めろ！？」いつも野菜作りに熱心なベジフェアリルたち。どれだけ大きな野菜を作れるか競い始めたが、過熱するあまり畑は大混乱に！？／「カブトとクワの、夢のゲーム！」バグズフェアリルのカブト＆クワが新作ゲームを作った。さっそくゲームの世界で遊ぶりっぷたち。ところが今回のゲームには、最強の敵が待ち構えていた……！

「夢の中の歌姫」近頃、自分の歌に自信の持てないりっぷ。そんな時、りっぷは美しい歌声を流す不思議な石を拾う。その夜、りっぷは夢の中で謎のフェアリルと出会う……。／「きずな深まる！魔法生物飼育学」今日の授業は、リザード先生の魔法生物飼育学。りっぷたちやシィプ先生も、自分のペットと一緒に授業に参加して、ペットたちへの感謝の気持ちを形にすることに。

「探偵いっぱい！消えたスイーツを探せ！」フェアリルスクールの談話室に置いていた、ドットのスイーツが無くなった。消えたスイーツを探すため、りんやドリアン、ひがんたちは探偵になりきる。マーメイドフェアリルのペンも、ホタルに頼まれて探偵役をすることに。／「望のバディ交流会」フェアリルのバディ同士で仲良くなるため、望はリラの家で交流会を催す。招かれたハルトとカノは、かつてリラがフェアリルゴールのバディだったと知って……。

今日もりんとかれんの持つ魔法の鏡を奪おうと企むアゲハ、キリギリ、ゼミィの三人組。偶然の事故により、初めてリトルフェアリルに来てしまったアゲハたちは、そこで大勢のフェアリルたちと出会い、思わぬ歓待を受けるが……。

四年に一度のリトルフェアリル・冬のスポーツ大会、通称リルスポの季節がやって来た。みんなでスポーツに熱く盛り上がって、冬の氷を溶かしてリトルフェアリルに春を呼ぶのだ。かれんも招かれて、フェアリルたちと一緒に猛練習！　一番のフェアリルに与えられるゴールドビジューを目指して、みんなの熱い戦いが始まった！

「かれんとみんなの紙しばい」かれんの小学校で、クラスのみんなで下級生のための紙しばいを作ることになった。リーダーに選ばれたかれんは、みんなと協力して、りんを主人公にしたフェアリルのお話を考えることに。／「再生の唄、海と星と花と夢と…」近頃、同じ夢ばかりを見るりっぷ。一方、フェアリルゴールたちは、フェアリルディーヴァであるガーデニアの行方がわからず困っていた。りっぷは夢で聞こえる歌声がガーデニアのものだと思い、夢の中でガーデニアを探そうとする。

ガーデニアから次のフェアリルディーヴァになるように頼まれて、はりきるりっぷ。しかし、スターチスはりっぷに、フェアリルディーヴァは世界の全てを愛さなければならず、一人だけを特別に想ってはいけないと告げる。どうしたらよいのか判らず、悩むりっぷ。元気のないりっぷを心配する望は、りっぷをお祭りに誘う。

フェアリルディーヴァになるために、望とのバディを解消したりっぷ。アイドルも辞めるつもりだが、花咲ゆみりのライブに向けてはりきる藪下に、りっぷはなかなか言い出せない。そんな中、りっぷは突然に歌えなくなってしまう。原因も判らず、ライブを目前に控えて、困り果てるりっぷだが……。

フェアリルディーヴァになるために、りっぷは歌の練習を続ける。一方、りっぷと別れて落ち込んだままの望を心配するかれんに、りんはバディ解消の事情を話してしまう。そんな時、スイのために魔法の鏡を奪おうと、アゲハたち三人組がまたやって来た。

りんとかれんから奪った魔法の鏡の力で、スイはフェアリルゴールに成り代わる。一方、望がバディを解消したことをローズから知らされた優斗は、激怒して望の元に向かう。そして優斗は望に、自分の家族のことやフェアリルのバディについてを語る。望の中に、りっぷとの思い出があふれだし……。

フェアリルディーヴァと再生の唄が失われ、世界に少しずつ異変が起きていた。かれんは魔法の鏡を失ってから体調が優れない。いまだ行方の判らないガーデニアを探す、スターチスやフェアリルスクールの先生たち。当のガーデニアはスイに捕らわれたままだったが、アゲハたちを説得にかかる。そして、りっぷの事情を知った望は、ある決意をする……。

りっぷに再生の唄を歌わせまいと迫るスイ。望とかれんはりっぷを助けるために、バディ仲間たちの力を借りてリトルフェアリルへ向かう。スイの身を案じるガーデニアとアゲハたちも向かい、フェアリルゴールの異変を悟るオリーブたちも集う。そしてスイ誕生の秘密を知る一同。スイは望に問う、自分と同様に抱えてしまったバディ解消という絶望を。

きんぎょ先生は語る、望の決断には多大な犠牲が課せられることを。それでも揺るがない望に、おののくスイ。その時、スイとスイが奪ったフェアリルゴールの体に反発が起きて、二人とも消滅しそうになる。りんとかれん、りっぷとガーデニアは力を合わせて止めようとするが……。