1年2組の担任として、学校に赴任してきた新任教師・武田。熱血教師にあこがれる武田は、バスケ部の顧問になりたいと期待を胸に学校にやってきた。 しかし、先輩教師から「この学校は少し変わっているので気をつける様に」と忠告を受ける。 学校の12段の階段が旧校舎と同じ13段になったとき、旧校舎に迷い込むという噂の中、武田は体育館で不思議な生徒を目にする。

他人の目線を感じると極度に緊張してしまう関口は、ラジオを作る授業中にクラスメイトに注目され、緊張で顔色が真っ青になる。 保健室に運ばれた関口は、そこに居た心理カウンセラーの先生にカウンセリングを受けることに…。 そして先生に「何か困ったらメールして。僕もメールするから」と言われ、携帯のメールアドレスを交換する。教室に戻り授業を受けているとメールが届くのだが…。

小さな頃から身体が弱く、いつもイジメられていた山川丈二は、おばあちゃんに育てられてきた。 離れて暮らすようになった現在も相変わらずの弱虫。所属する空手部の試合でもなかなか勝てない丈二は「辞める」と言い出す。 次の試合で最後と決めるが、対戦相手は県内最強学校。しかも大将戦。試合前から「どうせ俺には無理だ」と諦める丈二の前に、大好きだったおばあちゃんが現れる。

まずい事で有名な学生食堂の料理を担当する桂川俊郎は、駆け出しの料理人で誰もが認める料理下手。 学食内はいつも閑散としていて、ごく一部の先生と生徒しか食べに来ない。状況を見かねた理事長たちは学食を取り壊そうとする。 桂川たちは、何とか学食を残そうと奮起するのだがうまくいかない。 そんな時、ある包丁を使用して料理を作ると美味しい料理ができて、食べた人が幸せになれる「幸せの包丁」があるという噂を聞く。

サッカー部でガキ大将気取りのアキラは、幼馴なじみでキャプテンの吉見や後輩たちが話す、学校のどこかに一つだけ、絶対に開かないロッカーがあるという噂を馬鹿にしていた。 そんなある日、誰も居ない筈の部室で一人着替えをしていたアキラが、自分のロッカーに閉じ込められてしまう…。

クラスメイト3人組に度が過ぎたイタズラをされ、腹をたてる目黒の相談に乗ろうとする写真部の竹原時生は、目黒からその3人の顔に大きくバッテンがついている写真を見せられ、 背筋がゾクッとする。余計心配になった時生は目黒に何があったのかと問いただすが目黒は何も答えない。そんなとき突然、神隠しにあったかのように3人組の一人の姿が消えてしまう…。

3年前の交通事故が原因で車イス生活になってしまい、テニスが出来なくなった竹内章太は、同じテニス部だった森山大志やクラスメイトが、 自分を気遣いながら接してくる事に嫌気がさしていた。ある日、章太は優しく声を掛けてくれる大志に腹を立て「お前に何がわかる。俺の立場になってみろ！」と言ってしまう。 ムシャクシャしたまま校庭にいた章太は、突然激しい頭痛で倒れてしまい保健室に運ばれたのだが、目を覚ますと…。

図書館で2人きりの時に告白すれば恋が実る…。 単純でまっすぐな学年一のスポーツマン・三浦真悟とクールで頭がキレる学年一の秀才・江越耕作は、学園の図書館に伝わる伝説を信じ、ある女子生徒に告白をしようとしていた。 しかし、お互いの憧れの女子生徒は同じで、告白に呼び出した時間まで同じだった。 図書館ではち合わせてしまった三浦と江越は、告白の時間までに何とかお互いを図書館から追い出そうと様々な作戦を試みるのだが…。

桃井勇、浦嶋総司、坂田歳三の3人は、理由も聞かされず生徒指導部の鬼龍院先生に教室に呼び出されていた。 なぜ呼び出されたのか理由を聞くと「このままじゃ、お前らは卒業させられない」といわれる。 鬼龍院は、まったく意味のわかっていない3人に、「卒業する方法は3人でチアダンスのコンテストに出場して優勝すること」と告げる。 コンテストには3人が揃わないと出場できないのだが、歳三は「そんな事をするぐらいなら、学校をやめる」と立ち去ってしまう…。

卒業式当日、アツシ・田仲・コースケ・服部の4人は、卒業式後に視聴覚室に集まろうと約束をする。視聴覚室に集合した4人はDVDを鑑賞しようとプレイヤーに入れるが、 なかなか再生できない。すると突然照明が消え、モニターに学校にまつわる七不思議の映像が次々に映し出される。 恐くなった4人は視聴覚室を出ようとするのだが、そのまま閉じ込められてしまう…。