朝鮮王朝21代英祖の時代。暗行御史に任命されたムンス。暗行に出かける日、幼なじみのジュンミンに再会する。幼かった頃、ジュンミンとミンソと常に一緒だったムンス。懐かしき日々を思い出していたムンスは、ひょんなことで出会ったヨニという少女に恋をしていたことを思い出し…。

順調に愛を育むムンスとヨニだったがある日、２人を引き裂く出来事が…。住んでいた場所を離れることになったムンスは、ヨニにある約束をする。またそんな中、ジュンミンとミンソと義兄弟の契りを交わすムンス。一年後、ムンスはおじに連れられ予期せぬある場所を訪れることに。

ムンスは母と妻を残しチルボクと共にとある村に立ち寄る。そこで母と娘の悲鳴を聞いたムンスとチルボクが隠れて様子を見ていると、ムンスの後ろからカマを持った男が現れ…。また、王命を承ったというイッキョムがムンスを訪ねて来ると、ムンスはイッキョムと共にあることを始める。

ある夜、山中で民家が燃えているところに遭遇するムンスとチルボク。慌てて助けに入るムンスだったが、その場に居合わせた少女から人殺しの濡れ衣を着せられる。役所に連れていかれたムンスは、偶然ミンソと再会。ミンソの家を訪ねたムンスはヨニにそっくりなスギョンという娘に会い…。

嶺南の地に足を踏み入れるところまで来たムンスとチルボク。そんなムンスが気にかかっている、火事の現場で拾った麝香の香りがする匂い袋についてチルボクと話していると、突然見知らぬ集団に襲われ…。一方、火事で身寄りをなくしたファリョンは、ヨニの家に世話になることになり…。

ムンスは、役人から兄の訃報とその兄が人殺しの罪まで犯したと告げられても信じきれないスンブンに泣きつかれ…。そのころ、ジュンミンはミンソにある宣言をしていた。一方、ファリョンはヨニに説得されるも家を出ていく。また、ムンスの行動を怪しむジュンミンは父の身を案じるが…。

ジュンミンの父である守令にイノ一味の悪行を訴えたムンスだが、逆にお縄になってしまう。獄中ムンスは、懐にしまっていた麝香の匂い袋と人参の根、さらに麝香の香りがついた銀銭を取り出すと、ある異変に気づき事件の真相を探り始める。また、ファリョンはムンスの荷物を盗み出すのだが…。

釈放されたムンスは、自分の荷物が消えたと言われ驚きのあまり腰を抜かしてしまう。数日後、ムンスのもとへファリョンが現れ…。また、王命だとイッキョムから手紙を受け取ったムンス。そんなムンスは馬を走らせある場所へ向かい…。一方、父のもとへ着いたジュンミンが目にしたものは…。

ムンスが人殺しの事件を裁く様子を隠れて見ていたファリョンは…。一方、ムンスにある思いを抱き始めたミンソは、訪ねてきたインジャにある提案をされる。そんな中、次の任務地へと向かう山中でムンスとチルボクは、布団に包まれた赤子を発見、捨てられたのだと悟ると…。

忍びで外に出かけた王様は、自分の体を自分で傷つける子供に遭遇し現実を知り…。また、ムンスと宿に立ち寄るチルボクは、外から覗き見をしている女性の目線が気になり振り向く。逃げるように去ったその女性が気になりついていくチルボクは、行く先で目にしたある光景に驚いて…。

市場の栄える村に着いたムンス一行。金銭が動く場所だけに慎重な調査をしなければならないと身を引き締める。そんな中、何者かに暴行されるチルボク。一方、ジュンミンは、ムンスを陥れるために動き出すのだが…。そしてミンソも、クーデターの主役インジャのもとへ行き…。

ムンスのある行動に、ミンソはムンスを恨むようになっていた。またそんな中、ジュンミンは辞職を願い出るのだが…。そして、開墾した土地を王族に奪われるだけでなく、徴税までされた民の鬱憤は大きくなり、ついに黒幕の王族ウォンソン君に襲いにかかる。と、そこへムンスが現れ…。

ムンスがウォンソン君に襲いかかり重罪人となった民に差し入れをしているところへ守令が現れる。また、プヨンのもとで働くスンシムからある情報を手にしたムンスは…。そして、ムンスを守るために旅を続けるファリョンにムンスはある話を始める。一方、ジュンミンのもとに王が訪れ…。

熱があるとムンスのお供をせず一人部屋に残ったイッキョムは、誰もいない間に荷物をあさる。するとあるものを見つけ…。また、郡守パクの誕生日の宴で民の拷問が見せ物として行われ始めると、そこへムンスが現れウォンソン君へ話を始めたのだが、さらに王の使いがやってきて…。

夜も更けた中、何者かに襲われたムンスを救ったミンソ。そんな2人は酒を飲み交わすのだが…。またチルボクとスジャンは目的地へ向かうのだが、イッキョムはその場に残ると言う。旅先で再会したムンスとチルボク、スジャンは、漢陽にムンスの行動が筒抜けであることに疑問を持ち…。

ある村に入ると村民らが歓喜していた。一体何が起きたのか不思議に思うムンス一行だが、なんとその村に暗行御史が出頭し、富豪キムや役人らを裁いていた。ムンスは、出頭した御史が偽者だと確信し、その正体を暴こうとする。一方そのころイッキョムは、オジョンにある伝達を頼んでいて…。

偽の御史が現れるであろう監官の家で待ち伏せするムンス一行だが、偽者は現れなかった。また、ムンスたちは山の中で出会った狩人と妹が窮地に陥っていることを知る。調査を進めるうち還穀を悪用する役人らと、偽の御史の正体に当たりをつけるムンス。そのころイノは、チョ進士に会いに行き…。

村人が慕っているチョ進士が襲われたと聞き訪れたムンスは、チョ進士の話からとある答えにたどり着く。一方、ミンソがヨニと共に訪れた場にはインジャも来ていた。またイノは、現状に怒りをおぼえ…。そして役所を訪れていたムンスは、王命を受けたと言う御史が現れると引きずり出され…。

ムンスに迷惑だと言われても、ファリョンは今もなおムンスを見守り続ける旅をしている。そんな中、位牌堂で暖を取っていたムンス一行は、盗人だと言われ役人に捕らわれ…。一方イノの父は、監察御史の言葉が気にかかる。また、ファリョンは立ち寄った宿で女であることがばれ…。

姿を消していたイッキョムが何食わぬ顔で現れるとムンスは…。一方、インジャのもとを訪れているミンソは、そこで王族と出会う。またパク貢人を訪ねたムンスは、鎌を振り回しいきりたつ男に遭遇し…。そんな中、山を歩いていた老人が遺体を見つけ、そこには御史の馬牌が落ちていた。

殺人の容疑をかけられたムンスは、チルボクと共に投獄されてしまう。スジャンとイッキョムはムンスを助けようと四苦八苦する。そんな中、監察使から真犯人を捕らえてくれば無罪放免にすると言われたムンス。チルボクを獄に置いたまま、ムンスたちの真犯人探しが始まる。

真犯人探しをするムンス一行は、遺体が発見された場所へと向かった。そこには自分が殺したという遺書と共に、自害したパク貢人の姿が。だがムンスはその場に落ちていたわらじをきっかけに、自害は偽装だと話しだし…。一方ジュンミンは、イッキョムが裏切りムンス側についたことを悟り…。

悪い夢を見たムンスは、イッキョムから夢について気にかかることを言われ落ち着かない。そんな中、次の任地へ向かう途中でお化けを見るムンスとチルボク。また、山中で出会った青年と村で再会したムンスは、自身のおじが住んでいると聞いて驚く。そしてイッキョムは馬に乗り出かけるが…。

ミンソのある決断を聞き心を痛めるヨニ。また、イッキョムはムンスの母を訪ねていて…。一方、山に小屋を作り両親の墓を守っていた青年の兄が何者かに襲われた。兄弟の墓地を奪おうとする奴がいるというのだ。そして、青年が教えてくれたおじに挨拶をしにきたムンスはある事実を知り…。

最後の任地へとやって来たムンスだが、ひっそりとした村にとっつきにくい村民、何やら妙な雰囲気が漂っている。そこでムンスとチルボクは泥棒と間違われてしまう。そしてなぜか村民らは大量の草履を編んでいた。一方、ヨニが不安を感じる中、ミンソはインジャから決起の日を告げられる。

村長に約束通り犯人を捕まえ帰ってきたムンスは、民を苦しめているのはキム判書であると聞き…。一方、小論派の重鎮だったチェ・ギュソが告変したと宮殿では騒ぎになっている中、夫ミンソの決意を知るヨニは家の前でミンソを待つが…。そんな中ムンスは、仲買人の家を見張り…。

ついに証拠がそろったムンスたちは、暗行御史のお出ましを叫び、仲買人の家に入る。村民らの前で仲買人と観察使を裁くムンス。一方でミンソは清州城を陥落させたインジャから漢陽に進軍すると知らされる。そして従亊官に任命されたムンスたちが物資の不足に頭を悩ますところへイノが現れ…。

戦いが続く中、ある思いを抱えるミンソのもとへチルボクが現れる。そして戦いの場でムンスはミンソと顔を合わせ…。またムンスは将軍からミンソを生け捕りにせよと命令を受け、ミンソのもとへ向かうのだが…。一方、ミンソの家に役人が現れる中、ヨニは自ら命を絶とうとし…。

友の冥福を祈って酒を飲もうというジュンミンの誘いに渋々席を共にするムンス。するとそこへ膳を運ぶヨニの姿が…。そして反乱鎮圧軍の従事官として活躍したムンスは功臣の称号を受け、観察官として嶺南に向かった。そこには家財道具が壊されて無人となった家や病に倒れた民の姿があり…。

嶺南に向かったムンスは、この地でも悪の限りを尽くすキム一族を今度こそは裁くのだと心に誓う。ムンスはキム一族を裁くため、証拠を持たせたイッキョムを使いに出す。だが、なかなか王様から返事が来ずにいるムンスは、困難に耐える民のためにキム一族を断罪しようと動き出すのだが…。