人間の醜い欲望から誕生したモンスター一族が地球征服の活動を開始、来日中の国連事務局次長が暗殺された。暗殺者をネバダ砂漠まで追い詰めた三矢一心は、サドラーの銃撃を受け、伝説のドラゴンコンドルの卵を守って命を落とすが、古代ムー帝国の呪術者･タバの手によって“正義のシンボル”合成鳥人コンドールマンとなって転生する。

日本中の食料の買い占めを企むサタンガメツクとバーベＱは肉と魚を買占め、その罪を三矢家の人々になすりつけた。亡き息子に似ていることから交流が始まった三矢家の人々を救うため一心はコンドールマンとなって救出に向かうが、人質を取られて磔にされてしまう。

危機を脱したものの身体に毒を浴びたコンドールマンは、解毒のための清らかな水を求めて山中へと足を踏み入れる。一方、ダンガンマーの果物と野菜買占めによって視力を失ったまことのために必死でミカンを手に入れた陽子の命をダンガンマーの銃が狙った･･･。

サタンガメツクによってダンガンマーの黄金の弾を身体に撃ち込まれ、死期が迫ったコンドールマンだがタバによって救われる。タバの勧めで精神修養を重ねた一心は、悟りの中で第三の化身･ゴールデンコンドルの姿を目にする。

“空が飛べない”というコンドールマンの弱点を突くため、レッドバットンとゴキブラーが日本に送り込まれた。ゴキブラーは買い占めた食料を売り捌いては強奪を繰り返し、レッドバットンは義賊･紅コウモリを名乗り、強奪された食料をばら撒いて大衆の人気を集めていく･･･。

コンドールマンはまことと仲間たちにコンドールマンのシンボル･金の羽根を象ったバッジを渡した。バッジを合わせるとコンドールサークルという光が発し、コンドールマンを呼ぶことが出来るのだ。コンドールマンと共に戦う、コンドール･ジュニアが誕生した。

レッドバットンとの戦いで傷ついた一心は、偶然にも転生前の一心の恋人･さゆりに助けられる。一方、ゴキブラーの後任として、自称モンスター貴族のダン･阿久魔ことダブルバットがコンドールマン抹殺の使命を帯びて英国から送り込まれて来た。

極東司令官の任に就いたサラマンダーの指令により、日本へ食料を輸送中の船団が次々と食料を奪われ撃沈された。ただ一人生還した航海士の命を狙うレッドバットン。だがその時、修行を終えてゴールデンコンドルへの三段化身を会得したコンドールマンが現れた。

コンドールマンに倒されたレッドバットンの後任としてアフリカからやって来たコインマーによって食料輸送船団の爆破は続いた。さらに、ゼニクレイジーが化けた黒井食料大臣の情報操作によって全ての罪がコンドールマンに着せられてしまう。

逃走したコインマーを追って魔界島に着いたコンドールマンは大量に食料を備蓄した倉庫を発見するが、流れ込んで来た大量の海水を防ぐべく扉を押さえ続ける破目になる。だが、これこそコンドールマンの正体を暴こうとするコインマーの作戦であった･･･。

黒井大臣の正体がゼニクレイジーであることを知ったコンドールマンは、モンスターの船を襲い食料を奪還。一方、黒井大臣は記者会見を開き、コンドールマンの奪った食料は病原菌に汚染されていると偽情報を流して糾弾するが、現れたコンドールマンに正体を暴露されてしまう。

危機を脱したコンドールマンの前にキングモンスターによる抹殺使命を帯びた３体のモンウスターが立ちはだかった。バーベＱの未亡人･マダムバーベＱ、レッドバットンの姉･ゲムスラーとサラマンダーによる魔のトライアングル作戦が展開される。

コンドールマンを取り逃がしたサラマンダーはネオ中性子爆弾を使って最後の勝負に出た。まことたちを人質に取り、脅迫するサラマンダー。卑劣なキングモンスターは、コンドールマンがサラマンダーを追ってアジトに乗り込んだところを爆破するが･･･。

モンスター一族の襲来とコンドールマンの誕生、そしてコンドールマンの戦いの軌跡を振り返る総集編。コンドールマンの活躍により「日本ハンガー作戦」は失敗に終わったが、モンスター一族は新たな作戦を企んでいた･･･。

オイルスネークによりコンビナートを次々と爆破された日本は深刻な石油不足に陥った。ドバジャン国大使に化けたオイルスネークは、日本に高値で石油を売りつける一方、来日した産油国･アジウラのバタール石油大臣の誘拐・暗殺を計画する。

オイルスネークは日本最大の石油コンビナートの爆破を予告。さゆりから弟･次郎がそのコンビナートで働いていることを聞かされた一心は、次郎に協力して爆弾探しに奔走する。そして、火の付いた導火線を消そうとした次郎を凶弾が襲った！

火力発電所の爆破作戦、さらには日本に石油の提供を約束したバタール石油大臣の再度の暗殺をコンドールマンに阻止されたオイルスネークは、石油輸送のタンカー襲撃を計画する。情報を得て駆けつけたコンドールマンだが、まことたちが人質となってしまった･･･。

スモッグトン、ゴミゴン、ヘドロンガーの３大モンスターが襲来。立ち向かったコンドールマンは、ゴミボールに封じ込められてしまう。３大モンスターの前になす術のないコンドールマン。だが、その時、コンドールJr.の願いが天に届いた･･･。

ゴミゴンがばら撒いたアメーバゴミが増殖。コンドールマンが撃退に奔走するが、その間にゴミゴンは恐るべきモンスター製造機を完成させていた。ゴミゴンは、まことたちを捕えてモンスターに改造しようとする。救出せよ、コンドールマン！

マッドＸを含んだデーモンスモッグが東京上空を覆い、人々は次々と倒れていった。コンドールマンは、北水博士の協力でマッドＸの秘密を解明してスモッグトンを倒すが、ヘドロンガーに北水博士の体を乗っ取られてしまう。

マッドサイエンダーの協力でマッドヘドロを完成させたヘドロンガーは、超一流塾を主宰してエリート予備軍たちの正義の心を奪う計画を実行する。北水博士の正体がヘドロンガーであることを見破ったコンドールマンは、戦いを挑む。

倒したはずの３大モンスターが次々と復活する。だが、もはや彼らにはゴールデンコンドルの力では対抗出来なくなっていた。コンドールマンは４段目の化身･ドラゴンコンドルへと転生すべく、タバの導きで火山へと修行に旅立つ。

タバとコンドールJr.の必死の祈りが届き、燃えたぎるマグマの中から不死鳥のごとくドラゴンコンドルが蘇生した。一方、マッドサイエンダーは日本全滅作戦を開始、スモッグトンによるヘドロスモッグが人々に襲い掛かった。

マッドサイエンダーを倒され、怒りに燃えたキングモンスターが遂にその威容を日本上空に現した。日本全土を猛火で包むキングモンスターの超能力にはドラゴンコンドルの力も及ばない。進退窮まったコンドールマンに起死回生のチャンスは訪れるのか？！