ソースに達して精神と身体が分離した状態になったネオはメロヴィンジアンの忠実な部下であるトレインマンが支配する空間に閉じ込められていた。程なくしてモーフィアスとトリニティがオラクルの助言に従ってアジトに乗り込み、ネオを解放させることに成功する。
センチネルの総攻撃が迫るザイオンを救うため、一行は急いでザイオンに戻らなければならない。そんな中、ネオはひとり機械の街《マシン・シティー》向かうことを決意する。
三部作完結編！なんですが三部作としては(個人的に珍しいと思う)どんどん尻すぼみになってった印象。
バトルとか、映像的な迫力は増えてったと思うけど、ストーリーは1が簡潔且つ濃密過ぎてそれ以降は正直何がなんやら笑
スミスとの最終決戦も迫力的な面で言ったら2の多人数バトルの方が個人的には好みだったしな。
結末もイマイチよく分からない笑
これで終わりにせよ、続編があることを考えるにせよ、モヤモヤしてしまうなぁ笑
