主人公のサファイアは特殊な能力を持つ母親と人里離れた施設に隔離されていた。 しかしアダム率いる悪の組織によって母を失い、記憶を消され、殺人部隊養成施設に入れられる。20年後、国際情勢が悪化、国は国防を民間軍事会社に委託、その会社の役員でもあるアダムはサファイアをリーダーとする特殊部隊を編成した。アダムの陰謀に気づいたサファイアは狙われる立場となる。激しい戦いの中で、幼いころの記憶を少しずつ取り戻し、今までアダムの命令に従うことしかできなかった彼女は、初めて自分の意思に従う決意をする。おぼろげに蘇る母親の記憶、本当に戦うべき相手と最後の決戦を迎える。