宇宙誕生以前— 無限に広がる暗闇の中生まれた邪悪な物質「ナビア」。放たれる光には、全てを滅ぼすほどの力が宿されていた。 惑星ノンリニアのケラス族を筆頭に、ナビアの力は封じ込まれ銀河の平和は保たれていた。しかし、ナビアの力で銀河を支配しようと目論む人間にケラス族は虐殺され、ナビアは奪い取られてしまった。 22年後— 幼い頃、虐殺の様子を人間側から目撃していたアリシアは、人間の行為に疑問を抱き、ナビアを盗み出す。その頃、人間の侵略によって故郷を追われたケラス族の戦士ノヴァ・ベネットと偶然出会い、人間の計画を止めるために力を合わせ戦いに挑むのだが…
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