ジョーの新たなる冒険が幕を開ける！ ある日キラを追ってたどり着いたのは、未開の地"自然文明"だった。そこは一面に木々が生い茂り、たくさんの植物や昆虫のクリーチャーが暮らしていた。はしゃぎまわるジョーだったが、不用意な行動からトラブルに・・・。

ジョーに続き自然文明に足を踏み入れたボルツ。合流したジョーと共に遊び回っていたが、自然文明ではタブーである火を使ってしまう。あわや大火事になろうとしたその時、自然文明ガイアハザードの１人カブト鬼が現れるのだった！！

ももちゃん一家からピクニックに誘われたジョー。イラストレーターの父を持つももちゃんとお絵かき大会をする約束をしたのだが、二人とも肝心の画用紙を忘れてきてしまう。ジョーは自由に紙を生み出せる「ガヨウ神」を作るのだが・・・。

ジョー行きつけの親父のうまいラーメン屋の味を盗むべく、スパイを企むシャチョー。企みに気づいたジョーと親父が阻止するも、シャチョーに逆恨みされてしまう。ラーメン屋のお客を横取りするためライバル店を立ち上げたシャチョー。お客争奪を巡るグルメ大戦争が勃発する！！

山で出会った少年トンボと謎の少年トテントを町で見かけたジョー。声をかけるが凄い勢いで逃げられてしまうのだった。トンボたちがデュエルウォーリアではないかと疑い２人の後を追跡するジョー。怪しすぎる行動を繰り返す２人の正体とはいったい・・・

商店街の福引で旅行を当てたるるは、ジョーやぴょんこ姫たちとクルージング旅行を楽しんでいた。しかし、ひょんな事から無人島に吹き飛ばされてしまったジョー。孤島に取り残されたジョーの生き残りを賭けた無人島サバイバルが始まる！！

どんな事にも「ＯＫ」としか答えられなくする恐るべき能力を持った「オッケーBｒｏｓ」。生みの親であるジョーはおろか、街中の人々を完全なるイエスマンへと変えていく。そんな状況に目をつけたウサギ団は、ジョーにレアカードを渡すよう要求するが・・・！？

自然文明に次々落ちる謎の黒い星。触れた者をどこかへさらうその星の正体は、ゼーロが仕掛けた罠だった。何も知らないトンボは黒い星に触ってしまい、闇文明へと飛ばされる。そこに待ち受けていたのはゼーロとの闇のデュエマだった。

自分の考えたヒーローを映画に出演させられる「最強ヒーローコンテスト」の開催を知ったジョー。映画デビューを目指し、今まで作ったジョーカーズの中から代表を１人決める事にする。

ゼーロの手下ゲジスキーがジョーの前に姿を現した。自在にクリーチャーを作り出すジョーに興味を持ち、ジョーカーズを次々に襲っていく。ついにデッキーまで倒れ、悲しみにくれるジョー。絶体絶命のピンチに駆けつけたのは、頼もしいあの男だった！

新作ゲームがやりたくて、ショッピングモールのゲームコーナーに出かけたジョー。そこで偶然、自然文明ガイアハザードの一人・ミノマルと知り合う。二人は協力して、ジョーが作り出したクリーチャー「キング・ザ・スロットン」攻略に挑むことになるのだが・・・！？

「ゼーロと友達になる」。そう言い残し、ミノマルはみずから黒い星に触れ、闇文明へ出向くのであった。待ち構えるゼーロと対峙するミノマル。破壊と和平を賭けた真のデュエルが幕を開ける。果たしてミノマルの願いは叶うのだろうか・・・

激しさを増す、ミノマルとゼーロによる真のデュエル。ミノマルはマスターカードで応戦するが、戦いの最中でも劇的な成長を見せるゼーロの前に、徐々に追い詰められていくのだった。

平穏なジョーカーズ島で事件が起きる。突如、何者かに殺害されたデッキー。後頭部の殴られた跡にはラーメンの器の模様が！？探偵になりきるジョーとオバケになったデッキーが捜査に乗り出す中、第二の犯行が起きる。そして闇に潜む黒い影。いったい誰が犯人なのか！？

カブト鬼にデュエマの借りを返すため、ボルツは自然文明に乗りこみ真のデュエルを挑む。互いの切り札を使い激しくぶつかり合う両者は、一進一退の攻防を繰り広げるのだった。果たして勝利はどちらの手に！？

ジョーとカブト鬼は互いの信念をぶつけ合い激しいデュエルを繰り広げる。追いつめられ、絶体絶命のジョー。その時、ジョーの耳にある声が聞こえてくる。

待ちに待った夏休み！ジョーはデュエマ映画化計画を始動させる。一番の目玉である最強の敵役オーディションを開催するが、集まったのは一癖も二癖もある面々で・・・！？

夏休みの自由研究にちょうど良いからと、デッキーに半ば強引にプロレス観戦に誘われたジョー。たまたま居合わせたウサギ団とシャチョー達のいざこざから、なぜか３対３の「プロレスデュエマ」へと発展してしまう。

ある日、デッキーが腹痛を訴え苦しみだした。デッキーを救うため、再びデッキーのお腹の中に足を踏み入れるジョー。なんとそこには謎の池が出現していた。

カバまろのクシャミで何故か自然文明へワープしてしまったウサギ団。たどり着いたのはガイアハザードのでんでんが侵入者用に罠を仕掛けたテーマパークだった。何も知らないウサギ団は高額時給につられアルバイトを始める。

ジョーの住む町で町内運動会が開催（かいさい）されることに。負けたチームは1年間、町内の清掃（せいそう）をすることになっており、白組のジョーはボルツに助っ人に来てもらう。しかしシャチョー率いる赤組は世界レベルの助っ人・シンタローを呼んでいた。圧倒的な強さを見せるシンタローだが、その正体は・・・！？

自然文明の秘宝を探す冒険に出かけたジョーとボルツ。案内役として生み出したジョーカーズ「ジャンゴ・ニャーンズ」のガイドで自然文明を突き進むジョー達だったが、その道は長く険しいものだった。果たして２人は秘宝を手に入れることができるのか！？

自然文明を破壊するためゼーロが生み出した闇卵。それを仕掛けようと自然文明に向かったゲジスキーだったが、危機を察知した女王の指示を受けたハニーＱが立ちはだかる。ハニーＱの秘められた力が、ついに明かされる！

真の力を解放したハニーＱに敗れたゲジスキー。しかし、ハニーＱはゲジスキーの仕掛けた闇卵に気付く事は出来なかった。同じ頃、キラは探し求めていた伝説の剣「メシアカリバー」をついに手に入れる。そんなキラの前に、またしてもあの男が姿を現すのだった。

デュエル中になぜか余裕を見せるゲジスキー。なんとキラの母親を人質として捕らえていたのだった。激しく動揺するキラをあざ笑うかのように、ゲジスキーは容赦ない攻撃を加えていく。

かんたんなお手伝いで、たっぷりおこづかいがもらえるという誘い文句につられて謎の工場にやって来たジョー。しかし、そこはゲジスキーが仕掛けた闇の瘴気（しょうき）を生み出す工場だった。

自然文明からまた人間界にやって来たミノマル。ジョーはなんとかミノマルを自然文明に帰そうとするが、ももちゃんとすっかり仲良くなったミノマルは、いつまでたっても帰ろうとしない。しびれを切らしたジョーはミノマルにデュエマ勝負を挑む。

自然文明にいまだかつてない危機がせまる・・・！突如として姿を現した闇の巨大生物メガロ・デストロイトは自然文明に毒ガスをまき散らし、大地を汚染していく。異変に気付いたジョーとミノマルは必死に止めようとするが・・・。

今年も書道コンクールの季節がやってきた。最優秀賞には世界一周旅行が贈られると聞き、ジョーは新たなジョーカーズ「ふでがき師匠」を生み出して書道の練習にはげむのだが・・・！？

自然文明の汚染を止められず、ミノマルも行方不明になったままで落ちこむジョー。キラとボルツはジョーに代わって自然文明を救おうと乗り出すが、侵入者だと勘違いされ、ガイアハザードとぶつかる事になってしまう。

友のために戦うキラとボルツ。対して自然文明のために戦うハニーQとでんでん。激しくぶつかり合うデュエマの結末はいかに！？そしてジョーは、行方不明だったミノマルを発見するのだが・・・

シャチョーが持っているVRゴーグルがうらやましくて仕方ないジョー。負けずに最高のVR体験をしようと、新たなジョーカーズ「Vチャロン」を生み出してVRゲームの世界に入りこむのだが・・・！？

自然文明を汚された悲しみと怒りから、ミノマルは怒りの戦士ミノガミへと生まれ変わった。そして、その怒りはゼーロへと向けられる。自然文明の存亡をかけたミノガミVSゼーロのデュエルが幕を開ける。

自然文明で相棒・ジョニーの行方の手がかりを見つけたジョーは、つのる思いを胸に自然文明の中を捜し続ける。果たしてジョニーと再会する事はできるのか！？

ジョニーが捜していた宿敵とは、ジョーが闇工場で敗れた相手メッサー・シュミットだった。ジョニーを追って再び闇工場へと向かうジョー。ジョー＆ジョニーのコンビがついに復活する！！

闇文明の人質になっているメッサーの仲間を救うため、ジョーは闇の工場長ゲオルグとのデュエマに挑む。パワーアップしたジョニーを使い、ゲオルグを圧倒するが・・・

覚醒（かくせい）したミノガミの力はすさまじく、自然文明の大地をも破壊していく。ミノガミの暴走を止めようとカブト鬼が説得に向かうが、その思いは届かない。そしてついにガイアハザード同士のデュエマが始まるのだった。

ももちゃんこそが自然文明を救う鍵である「姫」だった。トンボとトテントは戸惑うももちゃんを自然文明に連れて行こうとするが、ジョーは二人を振り切り、ももちゃんを喫茶たきがわのクリスマスパーティーに連れて行く。

ジョラゴンは生まれて初めての正月気分を味わうためにデッキーの中へ里帰りしたきり出てこなくなってしまった。ももちゃんを捜すため、なんとしてもジョラゴンの力を借りたいジョーは、「ジョーカーズ新年会」を開き、ジョラゴンの気を引こうと試みる。

ミノガミとバラギアラの暴走は続き、壊滅状態の自然文明。ジョーはミノガミを止めるため、ジョニーと共にジョラゴンの新しい必殺技を生み出す特訓を始めるのだった。

荒れ果てた自然文明に追い打ちをかけるように、ゼーロまでもが自然文明に侵入してくる。各地で起こる衝突。混乱が続く中でキラとボルツの助けを借り、ついにジョーとミノガミのデュエマが幕を開けるのだった。

バラギアラを使ったミノガミのすさまじい猛攻がジョーを襲う。絶体絶命の状況の中、ジョーは特訓で生み出した新必殺技を放つのだった。

るるから山ほどお手伝いを頼まれたジョーは、新たなジョーカーズ「名犬機ワンコピー」で自分のコピーを大量に作り出し、自分の代わりにお手伝いをさせようとするのだが・・・

2月14日、ジョーが住む街では、尊敬する相手にふんどしを贈るハッピーふんどしデーのイベントが行われていた。ジョーは新たなジョーカーズ「ベタボメガホン」で自分を宣伝し、ふんどしをもらおうとするのだが・・・

水文明で新たな力が目覚めていた・・・。ゼーロの前にとつじょ現れた水文明からの使者キャップ。そして、謎のゾーンを使うキャップVSゼーロのデュエマが幕を開けるのだった。

南の島で遊ぶジョーの前に、ふいに現れた謎の少年キャップ。自らを水文明のデュエルマスター候補だと名乗り、ジョーに新たな力「超ガチャレンジゾーン」を伝授するのだった。

ジョーはジョラゴンをメカ化しパワーアップさせようと考えるが、今のデッキーでは産むことが出来なかった。そこでデッキーは自分の尻を強化するため、遠く離れた「メカの星」を目指して旅に出る。

デッキーが激しい戦いの末に手に入れた鋼鉄のケツ「鉄ケツ」を使い、新たなジョラゴンを生み出そうと試みるジョー。様々なトラブルにあいながらも、ついに完成する！！

ジョーとキャップが遊んでいるところに出くわしたキラは、キャップから超GRゾーンを教わり、切札のサッヴァークをパワーアップさせる。同じ頃、街ではシャチョー達が怪しい考古学者に出会っていた。

ジョーがミノマルの暴走を止めた事により、自然文明は平和を取り戻したかに見えた。しかし、闇の侵攻を食い止めるために力を使い果たした女王は再び倒れてしまう。自然文明を救うため、ガイアハザード達は姫であるももちゃんを連れ去ろうとするのだった。

自然文明の存続を左右するももちゃんをめぐり、ジョーとミノマルの本気のデュエマが幕を開けた。友達を守りたい想い、文明を救う使命、両者の思いが激突する！！そして、最後にももちゃん自身が選ぶ道は・・・？