新たなるデュエマの物語、その主人公の名は「切札ジョー」！！そしてジョーの前にあらわれた謎のデッキケース「デッキー」は、ジョーが描いた絵を見て驚きを隠せない。デッキーが探しているという「デュエルマスター」とは、いったい・・・！？

ジョーが描いたイラストをもとに、デッキーの能力によって生み出されたカード「ジョーカーズ」。そしてジョーカーズの中でも最高レアリティのマスターカード「ジョリー・ザ・ジョニー」と共に新たな日々が始まった。ある日、学校に遅刻しそうになったジョーは、ピンチを切り抜けようと新しいカードを描きはじめる。

ももちゃんから、デュエマがものすごく強いというウワサの男の情報を聞いたジョーだが、まるで興味なし。しかしその正体は成長した親友・キラだった！ 再会を喜ぶジョーは、キラの「ラビリンスデュエル」に挑む・・・！？

とにかくラーメンが食べたいジョー。行きつけのラーメン屋が臨時休業のため、ラーメンを作ってくれるクリーチャー・The ラー漢をデッキーに産んでもらうことにする。The ラー漢は、一体どんなラーメンを作るのか！？

ある日、ももちゃんから「動くかぼちゃを見つけた」と聞いたジョーは、ももちゃんに協力して動くかぼちゃを探すことになる。ところが、ももちゃんが何者かに連れ去られてしまい・・・！？

南国リゾートに出掛けたプリ人・ハンター・シャチョーの3人がうらやましくてたまらないジョーは、バイナラドアを使って自分も南国リゾートに向かうことにする。しかしバイナラドアで行けるのは片道だけ！お金の無いジョーとデッキーは、無事に帰ることができるのか！？

ある日、ジョーはボルツという男に出会う。「マジでバッド」が口癖のボルツはデュエマに勝つと対戦相手のデッキケースを奪い取るらしい。記念すべき100個目のデッキケースを奪い取るために強いデュエリストを探しているというボルツに、ジョーは・・・！？

いつものようにラーメンを食べていたジョーは、ラー漢（めん）から究極の隠し味「ピンクのカバの笑い涙」の存在を教えてもらう。ピンクのカバに心当たりのあるジョーは、レアカードの匂いでカバまろをおびき寄せることにする。

ある日、ボルツはダチッコと名乗る謎の生物を助ける。恩を感じたダチッコから、周囲に気を使わずに思いきりスケボーに乗れる場所を案内してもらい喜ぶボルツだったが、そこにキラが現れる。

学校のテストを翌日に控えたジョー。心配するデッキーに対し、ジョーは「ハンターのほうがもっと点数が悪いから平気」と涼しい顔。ところがその会話をハンターに聞かれてしまい、ハンターと明日のテストの点数で勝負することになる。

キラがマスターカード『オヴ・シディア』との契約を完了した一方、負けたボルツはある決意を抱いていた。その決意とは、自分もクリーチャーワールドへ行き、マスターカードと契約することだった。

ももちゃんと一緒に、デュエマ好きが集まるイベントに遊びに行くことになったジョー！だが、会場にはデュエリスト達をだまして、レアカードといらないガラクタを交換させてしまうという「シャーク団」の姿が！？

遠足に持って行きたいおやつが予算内におさまらず、悩んだジョーは、新たなクリーチャー・チョコっとハウスを描く。だが、高級なお菓子ばかり作るチョコっとハウスはジョーが欲しいお菓子を作れなくて・・・！？

最近、詩にハマっているというももちゃんは、カリスマ詩人として話題のアイアムさんの動画に熱中している。だが、この謎の詩人をめぐる大事件が起きようとしていた・・・！？

ジョー達は、あるラーメン屋を探していた。まるで空に浮いているように見えることからつけられたその名は、「天空のラーメン屋・らぷた」。「らぷた」で幻のラーメンを食べるため、ジョー達の冒険が始まる！？

デッキーの口とつながっているクリーチャーワールドに興味津々（きょうみしんしん）のジョーだが、そこはとても危険な世界らしい。好奇心おうせいなジョーは、デッキーにねだって火のクリーチャーワールドに連れて行ってもらい、そこである男に出会う。

火文明のクリーチャーワールドにやってきたジョーは、火文明のマスター候補となったボルツに出会い、真のデュエルで勝負することに！新しい力を手に入れて帰ってきたジョリー・ザ・ジョニーと共に強敵・ボルツに立ち向かうジョー。一体どんなデュエルになるのか！？

真のデュエルを終え、火文明の世界から人間界へ帰ろうとしていたジョーは、途中でなんとジョーカーズの星を見つける。さっそく行ってみると、この星のクリーチャーを作った偉大な存在として大歓迎され・・・！？

全国から一流の腕を持った職人が集まるラーメンサマーフェス。ジョーとキラは、行きつけのラーメン屋の親父と参加するが、優勝を目指す彼らの前に、うさぎ団やシャチョー達が立ちはだかる。

今回は夏休み超豪華三本立て！『表と裏の仁義なきスイーツ対決』『ウサギ団の夏休み！』『お尻がジョーデッキー』。いったいどんな話なのか、お楽しみに！！

ケシカスくんが「デュエル・マスターズ」のアニメに登場！「デュケシ・カスターズ」とは一体・・・！？番組を乗っ取られそうになったジョーとデッキーは、ケシカスくんと勝負することに！！

シャチョーたちにカブト虫を自慢されて悔しいジョーは、火のクリーチャーワールドに虫捕りに行くことにする。一方、ボルツたちは、ダチッコの友達を倒したのはジョーであると思いこみ、ボルツは自分をだましたジョーへの怒りに燃えていた。

ナゾの多いウサギ団だが、なんと今回は火のクリーチャーワールドに現れた！クリーチャーワールドのルールなんて全く知らないぴょんこ姫たちは、警戒心なく遊びまくる。

母から『ＤＧ』の存在を聞かされたキラ。しかし『ＤＧ』は完成形ではないため、覚醒（かくせい）するには真のデュエルの中で目覚めさせる必要があるという。果たしてキラは伝説のクリーチャー『ＤＧ』の強大な力を使いこなすことができるのか！？

ある日ジョーは、ももちゃんから校内新聞コンクールの話を聞く。自分達が記者になって気になる出来事や面白い発見を新聞にして発表し、なんと優勝すると一週間給食のメニューを決められるというのだ。優勝をねらうジョーは、新しいクリーチャーを描くことにする。

喫茶たきがわで働くウサギ団。じつは職場からすごく遠いところに住んでいた。引っ越しのためにボーナスをもらいたいウサギ団は、るるから倉庫の掃除を頼まれ・・・！？

これまで何度もハンターに「さーせん」して悔しいジョーは、ある日テレビを見ていて強い男にはヒゲが生えているのではないかと思いつく。そこで新しいクリーチャー・ヒゲ総理を描き、ジョーにもヒゲを生やしてくれるようにお願いするのだが・・・。

ジョーが罰怒ブランドを助けたことがきっかけで仲良くなったボルツ。襲われた時のことを思い出すうちオヴ・シディアの仕業だと気付くが、キラと仲良くするジョーを見て、自分自身でキラがどんな奴かを確かめることを決意する。

ボルツがジョーと知り合いだったことに驚くキラだが、たとえジョーの友達であっても容赦なく戦うことを決意する。一方ボルツは、以前オヴ・シディアに負けてから新しい切り札を用意していた。

ある日、ジョーが学校へ行くと、おかしなかっこうをしたシャチョーたちがいた。ジョーはバカにするが、それは世界的デザイナーであるシャレコフスキーの最新作らしく、女子には大人気だ。ぜんぜん知らなかったジョーは、くやしくてたまらず・・・。

ハロウィンの話題で盛り上がるもも達がうらやましくて、自分もハロウィンを楽しみたいジョー。しかしジョーの母・るるはハロウィンが大嫌いで、ジョーにハロウィンを楽しむことを禁止していた。

学校の宿題で自分の家族について発表することになったジョーは、父・勝太のアルバムを見てみることに。そこには小学生時代の勝太と兄の勝舞がドラゴンを使う姿があった。その写真をデッキーに食べさせると、なんと小学生時代の2人が現れ・・・！？

勝太と勝舞のデュエルをまのあたりにし、ますますドラゴンが欲しくなったジョー。勝太から、ドラゴンをあげるかわりにオニ最強なカレーパンを手に入れることを要求され、切札の里にあるという幻のカレーパンを探しに行くことに。

ある日、ジョーは亀に乗った不思議なおじいさんと出会う。和菓子屋を営んでいるおじいさんには、食べた人を笑顔にする究極のお菓子を作る夢があった。それを聞いてジョーもお菓子作りを手伝うことにするのだが・・・。

ひょんなことから、喫茶たきがわが爆発して吹き飛んでしまった。ラビット大佐は店長のるるに、この機会にオシャレなカフェに建て替えたいと提案するのだが・・・！？

ジョーカーズをたくさん作りたいジョーは、デッキーを増やしてクリーチャーを大量生産することを思いつく。

いつものようにレアカードを探していたウサギ団は、炊飯器の中に封印されているカードを発見し復活させてしまう。一方、ももちゃんが突然、高熱を出して倒れてしまうが、それはデュエルウォーリアの仕業らしくて・・・。

ジョーを苦しめるゲジスキーを倒すため、デュエマで戦うキラは、謎の第三の紋章を手にする。ＤＧの真の姿を解放する鍵となるカードだが・・・。

クリスマスなのに、サンタさんが来てくれないかもしれないと落ちこむジョーは、自分でサンタのクリーチャーを描くことにする。ところが、現れたのは・・・！？

キラが繰り出したドラゴン「キラゼオス・サッヴァーク」は、以前ジョーが描いたものだった。思い悩むジョーを、ボルツはデュエマ合宿に連れて行く。

すべてをはっきりさせるため、キラに挑戦状を送るジョー！一方、キラはジョーにデュエル・マスターへの道をあきらめさせようと、徹底的に叩きつぶすことを決意するのだった。

自分の正義を貫こうとするキラに対し、もはやジョーには戦う事でしかキラを止める術（すべ）はなかった。信念をかけたジョー対キラのデュエルが今、幕を開ける！！

激しいデュエルの末、ジョーの勝利でキラとの戦いは幕を閉じた。キラとのデュエルでますますドラゴンが欲しくなったジョーは、一心不乱にドラゴンを描きまくる。だがジョーの熱意とは裏腹に、デッキーはおしりの崩壊に恐怖を感じるのだった。果たしてジョーは・・・いや、デッキーは無事ドラゴンを生み出すことができるのか！？

突如、キラの前に姿を現した謎の男ゼーロ。闇に包まれたデュエル場を舞台に新たな戦いが幕を開ける。 クリーチャーワールドに広がる不安の影。いったい何が起きようとしているのか・・・。

もうすぐバレンタインデー。 愛するジョニー様に最高のチョコを作るため、「伝説のカカオ」を求めるぴょんこ姫の、愛と命をかけた壮絶な冒険が始まる！！

子供たちがレアカードよりも欲しがっている幻のカード「あたりポンの助」。「あたりポンの助」を引き当てた者は願いが叶えられるというウワサが街に流れる。ジョーがウワサの真相にせまる！！

カバまろの様子がおかしい！？心配するぴょんこ姫たちに頼まれ、ジョーは新たなクリーチャー「目玉坊ちゃんず」でカバまろを見張ることに・・・。謎に包まれたカバまろの秘密が暴かれる！！

今さらながら、喫茶たきがわの労働条件が超ブラックなことに気づいたウサギ団。店長るるに時給アップを要求し、熱きシューティングバトルが始まるが、負ければタダ働きが待っている！そして巻きこまれたジョーの運命は・・・。

デッキーのおしりを治すため、スーパー自然薯（じねんじょ）を探しに出かけたジョーは、山で探しものをする謎の少年トンボに出会う。自然薯探しのはずが一転、トンボとデュエマをする事になったジョー。自然文明デッキを操るトンボの実力とは！？

きびしい特訓を乗り越えたデッキーは、ついにジョーが描いた本気のドラゴンを生むことに。しかし、いつまでたっても出てこない・・・。デッキーの体内にひっかかったドラゴンを引っ張り出すべく、ジョーはボルツと共にデッキーの体内に乗りこむのだった。

ついにジョーのドラゴン「ジョット・ガン・ジョラゴン」が誕生した。喜ぶジョーだったが、ジョニーがいきなりジョラゴンに攻撃を仕掛けてくる。信頼していた相棒の裏切りに戸惑うジョー。そして、無情にもジョーとジョニーによる真のデュエルが始まるのだった！