アローンを完全覚醒させるため、「ロストキャンバス」の制作に専念するように幽閉するパンドラ。その陰で神話の時代から冥王との因縁を持つペガサスの聖闘士の存在を危惧し、冥王の側近である双子神のタナトスとヒュプノスが動き始めていた。そんな中、蟹座の黄金聖闘士マニゴルドは教皇の命を受け、テンマの後を追う…。

死の森に足を踏み入れ、テンマたちとはぐれてしまったユズリハ。その目の前に死んだはずの弟のトクサの姿が現れる。一方、耶人は巨大なムカデに追いつめられていた。薄れゆく意識の中で耶人もまた、少年時代のことを思い出すのだった。冥闘士ベロニカと対峙し苦戦を強いられるテンマのもとに二人はたどり着けるのか…？

ベロニカが操る無数のゾンビに囲まれるテンマたちだが、蟹座の黄金聖闘士マニゴルドに助けられる。テンマの護衛として現れたマニゴルドはベロニカの体を真っ二つに。それでも死なないベロニカは、森とともにテンマたちを腐らせようとする。一方、一連の闘いを双子神ヒュプノスとタナトスがチェスをしながら眺めていた…。

双子神の居場所をつきとめたが死の神タナトスの圧倒的な力の前に為す術なしのマニゴルド。そこへ教皇セージがかけつけ、応戦する。タナトスの攻撃を受けながらマニゴルドは幼少時代にセージと出会った日を思い出す。戦争孤児だったマニゴルドは、かつて人間の命など塵芥だと考えていた。タナトスを前に勝機はあるのか…？

マニゴルドに傷つけられたことによって、タナトスがついに本気になった。圧倒的に不利な状況で、しかしセージはひるまない。セージの言葉から、マニゴルドは師との昔のやりとりを思い出し、希望を取り戻す。二人は一縷の勝機にかけて「積尸気冥界波」を放ち、タナトスの魂を肉体から分離させることに成功するが…！

人馬宮にまで侵入した幻夢イケロスは、その場に居合わせた山羊座のエルシドの攻撃をかいくぐり、未だ意識の戻らないシジフォスの魂を奪い去った。エルシドはシジフォスの魂を奪還すべく、単身、聖域を後にする。シジフォスの右腕として常にそばにいたエルシドは、シジフォスが目覚めない理由を感じ取っていた…。

エルシドは、シジフォスの魂を奪還するため、夢を司る四神の一人、イケロスに戦いを挑むも、片腕をもぎ取られ崖の下へと落下していく。一方、ハーデス城へと向かっていたテンマは、ユズリハや耶人とはぐれてしまい、なぜか滅んだはずの故郷へとたどり着く。そこには幼いアローンやサーシャの姿があった…。

エルシドは空間を自在につなげて攻撃してくるイケロスに対し、自らの地を舞わせてその動きを読んで倒す。その頃、夢から覚めたテンマの前に、造形者モルペウスが立ちはだかる。モルペウスは夢界に咲く芥子の花で次第にテンマの感情を奪っていくが、テンマの耳にアローンの声が聞こえると、テンマの聖衣に変化が表れて…！

イケロスたちと合体したオネイロスの前に、テンマたちはシジフォスの魂を救うこともかなわず追い詰められてしまう。だがそこにアテナであるサーシャ自らが夢界へ乗り込んできた。サーシャの邪魔をさせまいと、テンマとエルシドは再びオネイロスに立ち向かう。そしてオネイロスを夢界から地上へ追いやることに成功する…！

夢界へやってきたサーシャは、シジフォスの夢へ入っていく。シジフォスは夢の中で、自分がサーシャを聖域に連れ去ったことが彼女を不幸にし、さらに聖戦を引き起こしてしまったのではないかという罪悪感に苛まれていた。そんな心を閉ざして闇に落ちかけたシジフォスを、サーシャは命を掛けた説得で救い出すが…。

四神が倒されたことでヒュプノスの「眠りの結界」は破壊され、聖闘士たちはハーデス城へと進軍した。ハクレイはセージに代わって全聖闘士たちを鼓舞し、自らも眠りの神ヒュプノスを討つべくハーデス城に乗り込んでいく。だがその頃、アローンは、ヒュプノスによってついに冥王ハーデスとして完全に覚醒してしまう…。

先代アテナの加護を受けた剣を携えてハーデス城に一人潜入したハクレイは、ハーデス城を守る結界の中心を発見した。しかし、アテナの剣で結界を破ろうとしたその時、ハクレイの前にヒュプノスが立ちはだかる。ハクレイは、前聖戦からの因縁の相手であるヒュプノスとの戦いに決着をつけることができるのか…!?

ついにハーデス城の結界が解かれようとしたその時、冥王ハーデスが姿を現す。テンマや童虎も駆けつけるが、覚醒したハーデスの力はあまりにも強大すぎた…。もはや為す術はなく、撤退すらもできない。絶体絶命…、そう思われたその時…！