物語の舞台は遠い未来。人類は荒廃した大地に、移動要塞都市“プランテーション”を建設し、未知の巨大生命体「叫竜」と戦いながら暮らしている。人類、「オトナ」たちを守るために戦場に立たされるのは、人類を束ねる賢人(パパ)の指揮のもと、戦うことだけを使命として教えられた「コドモ」たち。叫竜がプランテーション付近に出現すると、男女の2人1組で操作するロボット「フランクス」に搭乗し叫竜と戦う。
かつて神童と呼ばれ、今はフランクスを動かせない落ちこぼれとなった主人公のコード016 ヒロが、プランテーションに備えられたパイロット居住施設“ミストルティン”(通称“トリカゴ”)で、額から2本の角を生やした謎の少女“ゼロツー”と出会うところから物語が始まる。
