レジェンディア最大の国家アトランティアで国王アトライオス二世の崩御後、 叛乱を起こしたという反国王派・赤の軍。その首謀者とされた王妃グレナダは、息子・ 白夜王ヤイバの目の前で捕えられてしまう。だがその日、王国から秘かに逃れた者がいた。 アトランティアの動乱から１４年。辺境にある石の大陸パシフィスで、老鉱夫マサムネと暮らす少年ツルギは、小屋の中で偶然に不思議な紋章入りカプセルと剣を見つける。魅せられるように剣を手に取ったツルギの右瞳に謎の紋章が灯ると、剣は弾け飛び、ソードブレイヴのカードに変化。異変に駆けつけたマサムネと妻キクは、剣がツルギの守り刀でカードもお守りだと教える。 そのカードを持って登校したツルギは、突如出現した謎のカードバトルドロイド、スティンガーに襲われる。その時、マサムネの小屋から飛んできたのはカードバトルドロイド、ブリンガーだ。ツルギを「ソードアイズ」と呼ぶブリンガーは、スティンガーの襲撃を、阻止せんとバトルを挑む。だが、ツルギは自分のことは自分で守る、と生まれて初めてのバトルを買って出る。 ブリンガーから貰ったデッキにソードブレイヴを挿したツルギは、ブリンガーの助言を受けながら探り探り初バトル。スティンガーにライフを削られるも、ようやくキースピリット「 輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚、召喚時効果でソードブレイヴ「 輝きの 聖剣シャイニング・ソード」をノーコストで召喚すると、光のスピリットだけが持つ【チャージ】の効果でＢＰ６０００以下の相手スピリットを破壊し、続いて「シャイニング・ソード」を「シャイニング・ドラゴン」にブレイヴさせてアタック。遂にスティンガーに勝利する。 だが、そこへツルギを「 光の赤きソードアイズ」と呼び、自らを「 闇の白きソードアイズ」という少年がブレイヴスピリットと共に現れた。
ブレイヴスピリット「 闇皇ナインテイル・ダーク」と共に現れた少年は、アトランティアの王こと白夜王ヤイバを名乗る。「お前の力は余のものだ。一日も早く、余の下に来るがよい」とツルギに告げ、アトランティア王宮に帰還した。そして、すぐさま「闇のソードアイズ」を招集。応じたのは、闇の緑のソードアイズのゴーディと、闇の青きソードアイズのブラウ、そして闇の黄なるソードアイズのアマレロの３名。ヤイバを含んだ闇を司るソードアイズは６人。残る２人の捜索を急がねばという大臣ガルドス。 一方、ツルギは出生の秘密をブリンガーから聞かされる。１４年前、邪悪な勢力に乗っ取られたアトランティア王国の王妃グレナダは、秘かに第二王子に守り刀をつけてブリンガーに託し、王宮から脱出させた。ブリンガーはその赤ん坊、ツルギをマサムネとキクに預けて一時的に機能停止したのだ。 ツルギの兄のヤイバは、光のソードアイズで「光の赤」ことツルギの元へ、ゴーディの配下の神速のコーネルを差し向ける。マサムネの小屋を空爆してキクを人質に取るコーネル。ツルギはブリンガーの助けを断ってバトルでの決着を試みる。 緑のスピリットが得意技とする【神速】を駆使するコーネル。苦戦するツルギだが、キースピリット「 輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚して、召喚時効果で「 輝きの聖剣シャイニング・ソード」をノーコストで召喚。光のスピリットだけが持つ召喚時効果、【チャージ】で相手スピリットを破壊すると、破壊したコーネルのスピリットと同数のカードをデッキからドローする。さらにソードブレイヴ・スピリットも駆使したフルアタックを仕掛けたツルギは、【神速】で防ごうとしたコーネルに勝利する。 キクを救ったツルギに、サイドカーを与えるマサムネ。アトランティアへ行けという言葉に従い、ブリンガーを連れてツルギは旅立つ。 一方、ヤイバはそのツルギの元に光のソードアイズが集まるのを見越していた。
アトランティア行きの船の中で、キザクラ率いるスイーツメイツと出会うツルギ。ブリンガーは、キザクラが光の黄色のソードアイズと判り、彼女にツルギがアトランティア王国第２王子で光の赤きソードアイズだと明かす。光と闇１２人のソードアイズと、光と闇のソードブレイヴ１２本が揃った時、無限の叡智と永遠の命を約束される『裁きの神剣』がこの世に現れるというが、歴史上１２人と１２本は揃ったことがない。ソードブレイヴを持っていないキザクラは、ツルギからお菓子を貰うとサッサといなくなる。 アトランティアに入ったツルギは、スティンガーに見つかって王宮に連行され、王妃の行方を賭けて、ヤイバとのバトルに臨むことに。負ければ、身柄の自由は奪われ、ソードブレイヴもヤイバの手に落ちてしまう。 バトル序盤、キースピリット「闇皇ナインテイル・ダーク」を召喚したヤイバは、アタックでツルギのライフを削る。ツルギはヤイバのライフを削り返し、残り２まで追い込むが、「ナインテイル・ダーク」の効果『 連鎖 』で「ライト・ブレイドラ」が疲労させられてしまう。闇のスピリットのみにもたらされた効果、ラッシュは、別の色と組み合わせることにより異なる属性の効果を加える事が出来る。ブロッカーを失い、ライフを削られたツルギは「 輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚して反撃。召喚時効果で「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を召喚、その召喚時効果で３チャージしてアタックする。だが、ヤイバのスピリットはBPが高く3チャージでは破壊できなかった。「シャイニング・ソード」を「シャイニング・ドラゴン」にブレイヴしてアタックするツルギ。 「ダーク・ウラノス」を破壊されるヤイバだが、「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」を召喚して「ナインテイル・ダーク」にブレイヴしてアタック。ブロッカーを排除、疲労させ、ツルギの最後のライフを削り、勝利する。約束通りツルギは囚われの身になるのだが、間一髪、ブリンガーがツルギを救い出すのだった。
ヤイバの城から逃げたツルギは、追っ手に撃たれたブリンガーが動けなくなり立ち往生。ツルギの持つキクの手作りスイーツが目当てで助けようとするキザクラ達だが、ツルギ達を乗せた小舟は流されてしまう。辿り着いたのは、下町カマータ。そこで出会った町工場の凄腕技師ソラは「光の青きソードアイズ」だった。 その頃、ヤイバは、王妃グレナダに弟のツルギが現れたと伝える。 ソラにブリンガーの修理を頼むツルギだが、王宮のドロイドはヤイバ王の恐怖政治の象徴で嫌われていた。ブリンガーは違う、と訴えるツルギはバトスピでの勝負を挑む。 青きソードブレイヴの持ち主ソラは、剣をカードに変えてデッキに挿し、キースピリット「戦輝神ゼルドナーグ」を召喚してアタック。アタック時効果と青のチャージによってツルギのデッキの大量破壊を敢行。さらに破棄したカードにマジックカードがあればシンボルを追加する効果でダブルシンボルとなり、ツルギのライフ２個を一気に削る。 ブリンガーは「諦めずにターンを重ねた者が勝利を掴む」とツルギに助言する。ツルギのピンチを助けてブリンガーが壊れたと知り、驚くソラ。人間を下に見ているドロイドとは違うと見直し始める。 ツルギはスピリットを大量召喚してアタック。ソラのライフを削り互角に持ち込むが、 ソラは「蒼海の大剣メイルシュトロム」を召喚して「ゼルドナーグ」にブレイヴする。 返しのターンで、キースピリット「輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚したツルギは召喚時効果で「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を召喚すると、召喚時効果により赤チャージのBP破壊効果で逆襲。ソラのBP8000以下の全スピリットを破壊すると「シャイニング・ソード」を「シャイニング・ドラゴン」にブレイヴしてアタック。BP勝負でソラのブレイヴスピリットを破壊、ブロッカーがいないソラにフルアタックで勝利。約束通りブリンガーを修理してもらう。そこへキザクラがサイドカーと共に小舟で現れる。
ソラとその師匠サモハンに修理してもらったブリンガーは、白夜王ヤイバに対抗するため共に旅立たねばならないとソラに訴えるが、ツルギは関係ない人達を巻き込めないと止める。そこへツルギとソラをヤイバの元へ連行しようと、大臣ガルドスが配下のスティンガー達と町を空爆。ドロイドは人間の仲間という信念を持つソラは阻止のため、闇の紫きっての使い手で王宮の人間以外を見下すスティンガーのザルドーとのバトルに挑む。 ザルドーは「ダーク・スカルピオーネ」を召喚してアタック。ライフ２まで追い込まれるソラだが、「戦輝神ゼルドナーグ」をレベル２で召喚するとデッキ破壊で反撃。破棄したカードにマジックカードがあり、効果で青のシンボルを１つ追加してダブルシンボルとなった「ゼルドナーグ」のアタックでザルドーの「ダーク・デモボーン」を破壊し、ザルドーはすかさずスピリットを召喚して補強する。 ネクサス「光灯る三叉灯台」を配置したソラは「蒼海の大剣メイルシュトロム」をノーコストで召喚して「セルドナーグ」にブレイヴ。スピリット２体も召喚し、ブレイヴスピリットでアタック。「メイルシュトロム」のブレイヴ時効果【強襲】発揮で「光灯る三叉灯台」を疲労させて「ゼルドナーグ」を回復すると「ゼルドナーグ」のアタック時効果でチャージ。１２枚破棄のデッキ破壊を敢行。破棄されたカードに紫マジックがあり「ゼルドナーグ」にシンボル１つが追加され、トリプルシンボルとなる。突進する「ゼルドナーグ」で迎撃したスピリットを破壊したソラは、キザクラが呆れるなか、愛を語り続け、ブレイヴスピリットで再アタック。そのチャージでデッキ破壊を敢行して１２枚破棄。ガルドスが結果も見ずに立ち去る間に、デッキアウトでザルドーを敗北させた。 ツルギはソラ達に別れを告げ旅立つ。その際、サモハンは伝説の緑の剣を持つウィリディス山の刀鍛冶のことを教えるのだった。
ヤイバ配下で闇の緑のソードアイズのゴーディは、ツルギ捕獲に名乗りを上げるが、ソードブレイヴをいまだに持っていなかった。 サモハンから聞いた緑の剣を持つ刀鍛冶を探してウィリディス山に入ったツルギ。その前に光の緑のソードアイズのハガクレが現れる。ヤマビコ忍法を極めるためソードブレイヴを揃えて裁きの神剣を手に入れ、手っ取り早く上級忍者になりたいという。ツルギはズルじゃん、と突っ込むが、そんな二人の前に大男で偏屈な刀鍛冶カナチが現れた。キザクラも来て、ソードブレイヴの在処を聞き出す。そこへゴーディが襲撃してきた。 先にソードブレイヴを掴み取ったゴーディは、カードに変化した「黒蟲の妖刀ウスバカゲロウ」が探し求めていた闇のソードブレイヴと知り喜ぶ。 森を燃やしたゴーディに怒り、バトルを挑むツルギ。序盤でゴーディのライフを削るが、「 黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」に続き、『神速』で「ダーク・マッハジー」を召喚したゴーディは、ツルギのスピリットを次々破壊し、何かを待ち構える。 一方、ツルギは「輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚すると、召喚時効果で「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を召喚してチャージ。ゴーディの「ダーク・マッハジー」を破壊。ブレイヴスピリットでアタックするが、「ウスバカゲロウ」を『神速』召喚したゴーディにブレイヴスピリットで迎撃され、破壊される。 ネクサス「魔王蟲の根城」を配置したゴーディは、「ディアボリカ・マンティス」の『連鎖』の発揮と、召喚した「ダーク・マッハジー」のコンボにより勝利する。ツルギを連行しようとして、森を焼かれて怒るハガクレとブリンガーに阻まれたゴーディは「ウスバカゲロウ」の入手に満足して去るのだった。 「負けは負けだ」と悔やむツルギに「ならば、お前が強くなれば良い」というカナチ。 光ったカナチが消え、現れた男は「ジャスティス立花、神の使者だ」と名乗る。
ゴーディに闇の緑のソードブレイヴを奪われたツルギは取り返そうと焦る。 だが、神の使者と名乗るジャスティス立花は、ゴーディにバトルで勝つ自信があれば行くがいいと言い放つ。 カチンと来たツルギはバトルを挑む。そして、ジャスティス立花は白夜王ヤイバのデッキとソードブレイヴを再現、ツルギに赤のマジック「フレイムフィールド」を渡すとバトルを開始した。 相手ライフを削る戦法で挑むツルギに対し、ヤイバの姿に変身したジャスティス立花はキースピリット「闇皇ナインテイル・ダーク」を召喚。ソードブレイヴ「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」も召喚してブレイヴ。かつて、ヤイバのソードブレイヴ・スピリットに止めを刺されたツルギだが、今回はその時とは違いライフが残っている。 そして「フレイムフィールド」を使用したツルギは、自分のスピリットが破壊されるまで互いのスピリットは効果によって疲労されず手札やデッキにも戻らなくなるという効果によって対抗する。 本来の姿に戻ったジャスティス立花は、ヤイバを含め闇のソードアイズは６人いると教え、ツルギがたった一人で彼らに立ち向かい、自分の望みを叶える事が出来るかを問いかける。 ツルギは「輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚。召喚時効果でソードブレイヴ「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を召喚すると、その召喚時効果で相手スピリットを破壊。さらにソードブレイヴ・スピリットでアタック。続けて、相手ソードブレイヴ・スピリットのラッシュを「フレイムフィールド」で封じた上で、破壊。母を救いたい一心のツルギだったが、自分だけでは無理だと気付いたことで、仲間を見つけ仲間と力を合わせ闇の力と戦う決意をする。ついにジャスティス立花は敗れるが、バトルが終わるとその姿は消えていた。 バトルを見守っていたハガクレとキザクラは、残る二人の光のソードアイズを探してみると約束してツルギと別れるのだった。
光のソードアイズを捜索するハガクレから手紙が届いた。まだ新たなソードアイズは見つかっていない。一方、闇のソードアイズ側のゴーディはソードブレイヴを手に入れ、悪巧みをしている。また、ヤイバは光のソードアイズ対策に乗り出す。 そして、ツルギの前にキザクラが現れ、港の食堂に連れ出す。店のおかみによると、昔のゴーディは札付きのワルだったが、ソードアイズと認められ、アトランティア王家に仕えるようになったという。ゴーディの事を誇らしげに想う港の人達だが、そこへゴーディの飛行船が飛来し、ツルギのソードブレイヴを奪おうと市場を攻撃。故郷の人々の想いを裏切ったゴーディに怒ったツルギは、互いのソードブレイヴを賭けてバトルを挑んだ。 ネクサス「魔皇蟲の根城 」を配置したゴーディに対し、ソードブレイヴ・スピリットでアタックしたツルギは、ゴーディのライフを２個削るが、反撃したゴーディも『連鎖』を駆使、フラッシュタイミングで「黒蟲の 妖刀ウスバカゲロウ」を召喚すると「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」にブレイヴしてアタック。ツルギのライフ２個を削り返した上で「「魔皇蟲の根城」」の効果でコア２個も自分のリザーブに置く。 手堅くゴーディのライフを削り、神速を警戒してターンエンドするツルギに対し、ゴーディもソードブレイヴ・スピリットでアタックを仕掛けるが、ツルギの「フレイムフィールド」の効果を打ち消すマジックで「ディアボリカ・マンティス」のアタック時効果が封じられてしまう。以前の戦い方と全く違う事に驚くゴーディにソードブレイヴ・スピリットでブロックしたツルギは、ＢＰ差を補うため２枚目の「フレイムフィールド」をフラッシュタイミングで使用。「ディアボリカ・マンティス」を破壊されたゴーディは、フルアタックされて完敗した。 約束通り闇の緑のソードブレイヴを渡そうとするゴーディだが、突如現れたヤイバによって強引に王宮に連れ去られてしまう。そして、ヤイバの怒りに触れるのだが、ガルドスの取りなしで助けられるのだった。
ハガクレとソラとロンがツルギ達に合流。皆がいるフルーツシティに地下都市ストークの民であるリローヴと、彼の下から逃げ出したスオウが現れる。全ての命に力をくれる魔法の木を知らないかと尋ねるスオウに、その木、緑神の霊木が故郷コルガ村の近くにあると教えるハガクレ。 そこへ現れたリローヴは「出来損ないだから嫌いなのです」と、スオウを壊そうとする。 リローヴの傍若無人な態度が気に入らないキザクラは、バトルを買って出て、着実にチャージを持つスピリットを増やし、リローヴのライフを砕く作戦を進める。 「彼（スオウ）は人間じゃないの？」と問うキザクラに「錬金術で作り出したものです。」と答えるリローヴ。「ダーク・ソードール」をレベル３にして黄色の属性も付加すると、続くラッシュの発揮でブロックが不可能になったキザクラのライフを削り返す。 リローヴはキースピリット「黒き骸王バルトアンデルス」を召喚し、闇の紫のソードブレイヴ「咎人の骨剣エグゼキューショナーズ」とブレイヴする。その後キザクラのスピリットのアタックをソードブレイヴ・スピリットでブロック。「エグゼキューショナーズ」の効果でソードブレイヴを破壊してキザクラのスピリットを破壊する。キザクラは「エンジェリックプレッシャー」を2枚使用し、チャージの連続で相手キースピリットのBPをマイナスにする作戦に出て、「バルトアンデルス」の破壊に成功。だが、「バルトアンデルス」の破壊時効果でキザクラの手札が一枚破棄される。破棄されたカードがスピリットカードだったことで「バルトアンデルス」は回復状態で戻り形勢逆転。返しのターンにリローヴは「バルトアンデルス」でアタックしてキザクラのライフを削った後、「ダーク・デモボーン」でもアタック。ブロックされて破壊されるも、破壊時効果で相手のスピリットを破壊すると、ラッシュ発揮で「バルトアンデルス」が回復する。「ダーク・デモボーン」の破壊で『不死』が発揮した「エグゼキューショナーズ」を再召喚してブレイヴ。ソードブレイヴ・スピリットのアタックで、キザクラは敗れた。 しかし、バトルの隙を見てスオウは逃げ出してしまう。
ソラの飛行船でハガクレの故郷にある緑神の霊木へ向かうツルギ達。霊木の力で人間になれると信じるスオウを助けるためだ。 リローヴとスオウの国、ストークは近づいてはならぬ禁忌の国。かつてストークの錬金術師は神秘の力で世に禍を招き、アトランティアを盟主とする諸国の王がストークを地下に封じたという。またストークの錬金術師は動物の骨から生きた人形を作るともいう。 普通の子供に見えたスオウが骨人形だとは信じられないツルギに、ブリンガーはスオウから呼吸も心臓の鼓動も感知できなかったと教える。 緑神の霊木の前まで来たスオウは、命をおくれと頼むが、失敗作の骨人形を始末すべくリローヴが現れる。だが、ツルギ達も間に合った。ソラは、ドロイド職人として、リローヴを見極める為にバトルを挑む。 序盤で互いにキースピリットを召喚するリローヴとソラ。 先に動いたソラは、ネクサス「光灯る三叉灯台」を配置してソードブレイヴ・スピリットのアタックを駆使。チャージでリローヴのデッキ破壊を敢行すると、破棄されたカードに紫マジックがあり、シンボル１つ追加でソードブレイヴ・スピリットはトリプルシンボルに。だが、「黒き骸王バルトアンデルス」の破壊時効果と好運により、リローヴの「バルトアンデルス」は回復状態で残る。 一方、ブリンガーは、心を手に入れ人間になりたいスオウの想いを理解できずフリーズ。その隙にスオウは逃げ出す。その気配を察したリローヴは、ソードブレイヴを召喚してブレイヴ、バトルを終わらせようとする。だが、ソラはチャージでデッキ破壊を再び敢行。リローヴはデッキアウトにより敗北する。そしてそのまま姿を消した。 一方、心とは何かを解析できずフリーズしたブリンガーは、ツルギの命令で元に戻る。キザクラは故郷メガラニオンに新たなソードブレイヴの手がかりがあると聞く。 その頃、ガルドスは、リローヴを見つけてアトランティアへと招くのだった。
光の黄色のソードブレイヴを探して、故郷メガラニオンのゾンネンブルーメ（国内最大のひまわり畑）を訪れるキザクラ達。初めて上空から見たその風景に驚くキザクラ達。そしてキザクラのソードアイズにソードブレイヴが反応するとツルギ達は驚きを隠せなかった。 ゾンネンブルーメのヒマワリは何故か下を向いていたが、キザクラが降りて歩むと、次々に上を向き始めた。そして最後の花が上を向いた時、キザクラはそのヒマワリの根元を掘り、小さな箱を見つける。中には１本のソードブレイヴが。キザクラが手に取ると剣はカード「光翼の神剣エンジェリックフェザー」に変化した。なんとなく、それが自分のものだと確信するキザクラ。 そこへ、ブラウが現れ、ソードブレイヴを渡せとブリンガーにバトルを要求。しかし、このバトルはキザクラが買って出る。ブリンガーと戦えないのなら意味が無いという理由でブラウは部下のレーゲンにバトルを任すことになった。 アトランティアの平民であることを鼻にかけ、キザクラをバカにするレーゲン。子供の頃から親もなく生きるために一生懸命だったキザクラは、出会ったコガネ、ヤマブキと仲間を集めてスイーツメイツを作り、悔しい思いをする子供がいなくなるように大きな会社にしたのだ。人のものを奪うヤツは赦さない、仲間を守ると誓うキザクラは、この気持ちはツルギの母への想いと似ていることに気付く。 「おいしいは正義」スイーツメイツの合い言葉を胸に戦うキザクラは、ソードブレイヴ「光翼の神剣エンジェリックフェザー」を召喚して「大天使ララファエル」にブレイヴ。ソードブレイヴ・スピリットでアタック。「ララファエル」の効果で相手のBPをマイナスすると、相手スピリットがBPゼロになったことでソードブレイヴ・スピリットは回復。レーゲンに完勝して、光の黄色のソードブレイヴを守りきる。 その頃、アトランティアに召し出されたリローヴだったが、群れるのを嫌って退出。そんなリローヴをヤイバは気に入る。 一方、ツルギ達を仲間と認めたキザクラは、スイーツをめいっぱいご馳走するのだった。
白夜王ヤイバが地下都市ストーク以外のレジェンディア全国家にアトランティア王国のスティンガー部隊配備を進めるが、キザクラの故郷メガラニオンはそれを拒否していた。 そのメガラニオンにいるツルギ達は、大人気スイーツの注文がさばききれないキザクラ達の配達を手伝う中、１人のピエロと出会う。そのピエロが、スイーツメイツ本部で人気スイーツを食べたのに代金がないと言い出すと、すかさずキザクラは人手不足を補おうと配達のバイト要員に雇う。 そんなキザクラは、スイーツを求めて世界中を旅してきたが、アトランティアの横暴な態度を嫌う人々が多い中で、スティンガーの駐留を受け入れる国ばかりなのが不思議だと思う。するとピエロは「大衆と政治に、温度差がある」と解説する。実はピエロはメガラニオン国王メガーラⅡ世がお忍びで世を出歩く姿だったのだ。 メガーラ王が、ピエロの姿で国民の意見を聞いてみると、メガラニオンの人々は一方的な安全保障の見返りに各国の生産物を要求するアトランティアのやり方を快く思っていないということがわかった。 ツルギが、自分がアトランティア王国第２王子だと明かすと、メガーラ王は以前に会った王太后グレナダの事を思い出してくれた。グレナダの聡明さであれば、ヤイバの暴挙を諫めるはずだが、現状は違っている。つまりヤイバがグレナダに妖術をかけ、コントロールしているのではと推測するメガーラ王。そこへハガクレがスオウを連れて、スイーツメイツ本部へ戻ってくる。そんな中、グレナダがメガラニオンに到着するとの報が届く。出迎えるメガーラ王。 その機に乗じてグレナダ奪還を開始するツルギだが、現れたグレナダはツルギの気持ちには応じなかった。 自分の国は自分で守るべきと思うツルギは、メガラニオンへのスティンガー配備を賭けて、兄ヤイバとバトルすることになる。ヤイバの「闇皇ナインテイル・ダーク」のラッシュに対して、ツルギは勝利できるのか!?
メガラニオンへのスティンガー配備を賭けたバトルでヤイバと対決するツルギ。 一方、キザクラ達もアマレロの飛行船に潜入して王太后グレナダに真意を問う。だが、グレナダは「自分は操られていない、ヤイバを否定するツルギは敵」と言いきる。 「輝龍シャイニング・ドラゴン」と「輝きの聖剣シャイニング・ソード」をブレイヴしてアタックを仕掛けたツルギは、「フレイムフィールド」により、効果を封じた「闇皇ナインテイル・ダーク」を破壊。 だが、動じないヤイバは「世界の安寧のために悪のそしりを受けようとも構わぬ」と言い放つと「黒天狐ネガ・ナインテイル」を召喚して「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」をブレイヴ。 「裁きの神剣を手に入れ、世界を支配する」「お前は第２王子だ。王家の視点でものを見よ」とツルギに畳みかける。 「みんなにイヤな想いをさせて、なにが王様だ。アトランティア第２王子の名前は捨てる」と言い返したツルギは、ソードブレイヴ・スピリットでアタック。「フレイムフィールド」をフラッシュタイミングで使用してＢＰを上乗せして挑むが、ヤイバもマジック「リゲイン」の使用でＢＰを上乗せしてブロックし、ツルギを返り討ちにする。 返しのターンでラッシュによるブロック封じを敢行したヤイバは、マジック「ドリームホライゾン」を使用。「ダーク・ウラノス」を緑のスピリットとして扱うことでラッシュが発揮されソードブレイヴ・スピリットを回復してアタック。ツルギは敗北し、キザクラ達の作戦も失敗に終わった。 アトランティアによる安全保障下に入ることを受諾するメガーラ王。 ツルギ達、光のソードアイズもメガラニオンから追放され、重要警戒人物として全世界の監視下に置かれてしまう。故郷を追われたキザクラは社長代理をコガネに託すと、ソラの飛行船でツルギ達とツルギの育った土地、パシフィスへ旅立つ。そして、ハガクレと突入作戦に参加したスオウは何処かへと姿を消すのだった。
パシフィスに着いたツルギは幼馴染みで親友のタカトと再会。マサムネとキクにもキザクラ達を紹介した。戻ってきて良かったと思うツルギだが、その分、アトランティアの城下町の人達が楽しそうじゃなかったことが気に掛かり、もう一度、アトランティアに行こうと決意。パシフィスを視察に来たガルドスの飛行船に密航してのアトランティア行きを計画する。囮を買って出たソラは、ガルドスにバトルを挑んだ。 バトルでガラッとキャラチェンジしたガルドスは「滅龍帝ジエンド・ドラゴニクス」を召喚。ソラは「戦輝神ゼルドナーグ」に「蒼海の大剣メイルシュトロム」をブレイヴしてアタック。ネクサス「光灯る三叉灯台 」も配置し、デッキ破壊を敢行する。 だが、破壊したスピリットのコアは「ジエンド・ドラゴニクス」に移動。返しのターンで「スレイヴ・ガイアスラ」を再召喚したガルドスは「ジエンド・ドラゴニクス」でアタック。ソラのライフ２個を削ると、「スレイヴ・ガイアスラ」の【超覚醒】で「ジエンド・ドラゴニクス」のコア２つが「スレイヴ・ガイアスラ」に移動、コアが置かれる度に回復する「スレイヴ・ガイアスラ」。 守りのスピリットを破壊されたソラは、「ジエンド・ドラゴニクス」のアタックをソードブレイヴ・スピリットでブロック。マジック「ダブルバイセップス」の使用で「ゼルドナーグ」をレベル３にアップして備える。 だが、「スレイヴ・ガイアスラ」を破壊させ回復状態となった「ジエンド・ドラゴニクス」は、「スレイヴ・ガイアスラ」のコアの移動でレベル４に。桁外れのBP２００００となり、BP差でソラのソードブレイヴ・スピリットを撃破。 「スレイヴ・ガイアスラ」の【超覚醒】は幾度ものアタックを可能とし、「ジエンド・ドラゴニクス」にライフを削られたソラは完敗した。だが、捕縛されるソラをタカト達が助ける。 ツルギ達は、隙を見てガルドスの飛行船に潜入し、アトランティアに向かった。
ツルギ、ブリンガー、ハガクレ、疾風丸は、アトランティアに到着すると、ガルドスに見つかってしまう。だが、ガルドスは彼らを捕まえず、秘かにＧＰＳ端末の銀糸を疾風丸につけて泳がせる。それはヤイバの命令だった。そんなツルギ達は、スオウを捜すリローヴとアトランティアの市場で再会。疾風丸を魔法ネットで捕らえたリローヴは、勝手に自分のものにしようとする。 怒ったハガクレは、リローヴにバトルを挑んだ。 互いのライフを削る序盤を経て、「黒き骸王バルトアンデルス」を召喚したリローヴに対し、ハガクレも「ビャッコウ・ハヤト」を召喚、リローヴの全スピリットを疲労させるとアタックを敢行して、残りライフ１個まで追い詰める。 だが、リローヴはフラッシュタイミングでマジック「パープルヘイズ」を使用。相手スピリットのコア１個を相手のリザーブに置くことで、アタックを回避する。さらに返しのターンで「咎人の骨剣エグゼキューショナーズ」を召喚すると、「バルトアンデルス」にブレイヴしてアタック。ブロッカーのスピリットを一掃したリローヴは、ハガクレの最後のライフも削って勝利する。 だが、結局欲しかったのは疾風丸の風切り羽根だけ。それを手に入れると姿を消した。 疾風丸を失わずにすんだものの、落ちこぼれ忍者だとツルギ達に打ち明けるハガクレ。何をやってもドジばかりだが、疾風丸がいたから頑張れた。手っ取り早く強くなるために裁きの神剣が欲しいというハガクレ。その方が大変だとツルギは突っ込む。 一方、リローヴは、ガルドスがつけたＧＰＳ機能の銀糸を風切り羽根から取ると捨ててしまう。風切り羽根をスオウの隠れ場所を見つけるのに役立てるリローヴ。 一方、ツルギはブリンガーから、じきに年一度のアトランティアの白夜の日で、その日は厳重な警戒態勢が敷かれると知らされる。であれば、作戦会議が必要だ。一行はカマータに旅立つのだった。
年に一度の白夜の日。カマータに着いたツルギ達は、キザクラとソラとロンに再会。 その日はヤイバの誕生日で、祝いの放送に王太后グレナダが登場。ヤイバも登場して、首都は歓呼で迎えるが、王家に反感を持つカマータの人々の反応は冷たかった。 ツルギもヤイバを祝うケーキを食べないつもりだったが、ヤイバの事など如何でもいいキザクラは自分が作ったケーキを食べないツルギにバトルで勝って食べさせようとする。くだらない理由でバトルが始まり、呆れるハガクレ達。しかし、ブリンガーはバトルの経験値が上がる、という理由で肯定的だ。 キースピリット「大天使ララファエル」を召喚して「エンジェリックフェザー」にブレイヴしたキザクラは、ソードブレイヴ・スピリットでアタック。ツルギのスピリットのＢＰをゼロにするが、マジック「フレイムフィールド」の効果で、敵のスピリットをデッキに戻せない。悔しがるキザクラに対し、フラッシュタイミングでもう一枚「フレイムフィールド」を使用したツルギは、「ライト・ブレイドラ」を破壊されるも、キザクラの「弓ピッド」を破壊。その後「大天使ララファエル」のアタックをライフで受ける。そしてキザクラはネクサス「光射す丘」の効果でデッキから１枚ドローする。 一方、返しのターンで「輝龍シャイニング・ドラゴン」を召喚したツルギは、「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を召喚してブレイヴ。スピリットのアタックでキザクラのライフを削ると、ソードブレイヴ・スピリットでもアタック。「ララファエル」を破壊した。 白夜の日は一年で一番イヤな日で、何か悪いことが起こると教えられていたツルギ。でも、キザクラは「白夜が恐くなくなるように、美味しいケーキを食べて楽しんじゃえばいい」と言う、それを聞いたツルギは笑顔になった。 ソードブレイヴ・スピリットをレベル３にして、５チャージしたツルギは、キザクラの「エンジェリックフェザー」を破壊すると、マジック「シャイニングフレイム」を使用してブロッカーのスピリットを破壊、キザクラの残ったライフを削って勝利する。 勝負には勝ったが、ケーキをドカ食いするツルギ。キザクラのおかげで、ツルギにとって白夜の日は、仲間とケーキを楽しむ日に変わったのだ。
カマータに来たゴーディは、リローヴがスオウを追う為に使っていた疾風丸の羽根を握り潰すと「ストークの住人はアトランティア入国を一切禁ずる」という古文書を出して牽制、アトランティアの王宮に来いと強制する。 王宮に連れて来られたリローヴは、アトランティアでの行動の自由をヤイバに求める。応じる代わりにバトルを望んだヤイバは、負ければ自分に従えとリローヴに迫る。リローヴも勝った場合は王位を渡せ、とヤイバに約束させる。 「咎人の骨剣エグゼキューショナーズ」を召喚して「黒き骸王バルトアンデルス」にブレイヴしたリローヴは、ソードブレイヴ・スピリットでアタック。ブロックしたヤイバのソードブレイヴ・スピリットを下して「闇皇ナインテイル・ダーク」を破壊するが、ヤイバはリローヴが骨人形に求めているものが、失われし者の代わりである事を見抜く。さらにリローヴのさだめにも興味を持つ。 「ナインテイル・ダーク」の破壊により「黒天狐ネガ・ナインテイル」を召喚したヤイバは、「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」をブレイヴすると、ソードブレイヴ・スピリットでアタック。バトル時効果で「バルトアンデルス」と「ダーク・デモボーン」を手札に戻すと、ブレイヴ時効果で【 連鎖 】を発揮。相手のバーストとブロックを封じた上に、マジック「リゲイン」も使用して「ネガ・ナインテイル」を回復。ヤイバにライフを削られ完敗したリローヴは、ヤイバの部下となる事を承諾する。 この功績で身分を回復するゴーディだが、ヤイバに力を与えた事を秘かに悔む。 一方、リローヴに追われているスオウは、大工場のオーナーの妻、チュン夫人に気に入られ、養子にならないかと誘われる。そのチュン家を訪れ、豪華な食事の浪費ぶりに不快感を持つキザクラ。ツルギは、貧富の差もヤイバの王国の歪みだと気づく。一方、スオウも、かつてのリローヴの笑顔を思い出しながら、本当の幸せについて考えるのだった。
ヤイバの配下となったリローヴは、ヤイバと彼が欲する『裁きの神剣』に興味を持つ。 一方、王宮を偵察したハガクレは、上空からの接近は無理だとツルギ達に伝える。 そこへスオウからの手紙が届き、ツルギ達はチュン氏の大邸宅を訪問。旧式ドロイドをスティンガー並みに引き上げる新チップを開発したチュン氏は、ヤイバに売り込む為、ブリンガーに実験台になって欲しいと頼む。王宮に入り込むチャンスだと考えるツルギ達。新チップには欠陥があったが、チップで能力が向上したフリをしたブリンガーは、チュン氏と王宮に向かう。 チュン氏の車の荷台に隠れて王宮潜入を試みるツルギ達は、スオウにチュン家での様子を聞く。スオウはチュン氏と夫人の期待に応えて振る舞う自分がイヤだと打ち明ける。 メガロポリスに入った所で、チュン氏の車から秘かに降りたツルギ達は、国内の様子を探る。すると、ヤイバのスティンガー世界配備計画によるスティンガーの増産で、アトランティアの産業は活性化したが、国民は不眠不休の労働を強いられていた。 一方、チュン氏と面会したガルドスは、新チップを入れたブリンガーとバトルして試す事にする。 ツルギ達は市民達と話す中、お尋ね者の光のソードアイズと気付かれる。その窮地を救ったのはハクアという少年だった。彼は氷の大陸ザムーラ名物『溶けない氷』を売りに来ていたのだ。 ガルドスは有利な手を使わずにバトルを進める。戸惑うブリンガーは「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」に「輝龍シャイン・ブレイザー」をブレイヴして、ガルドスの「滅龍帝ジエンド・ドラゴニス」に指定アタックする。BP差を補う為、マジック「バーニングサン」を使用し、「トレス・ベルーガ」を召喚してダイレクトブレイヴ、ダブルブレイヴによるアタックを敢行した。だが、その戦法でツルギ王子をさらったドロイドだと見抜くガルドス。ブリンガーは勝利するが、正体を知られ、身柄を拘束されてしまった。
チュン氏から、ブリンガーが捕ったと聞いたツルギ達は、救出する為、直接王宮に乗り込もうとするが、城門のバリアに阻まれてしまう。一方、商売が失敗して不機嫌なチュン氏は、スオウを連れてカマータに帰ろうとする。しかし、チュン氏の子供になる事が幸せではないと気づいたスオウは、ツルギ達の元に行く事を選ぶ。 ブリンガーがいなくなって、改めてその大切さを思い知るツルギ。 一方、キザクラは、献上されるハクアの溶けない氷を利用して、王宮に入り込もうとする。阻止しようとするスティンガーだが、ヤイバはキザクラを王宮に招き入れ、バトルに誘う。勝てばブリンガーを返すが、負ければキザクラが持つ宝玉つきの杖について話せという条件付きだ。 バトル序盤でキザクラのライフを削るヤイバ。反撃したキザクラは「大天使ララファエル」のアタックで、ヤイバのライフを削り返す。ツルギとブリンガーが引き離された事に怒るキザクラは「光翼の神剣エンジェリックフェザー」を召喚してブレイヴ、ソードブレイヴ・スピリットで、ヤイバのソードブレイヴ・スピリットにアタック。「闇皇ナインテイル・ダーク」を破壊するが、破壊時効果でヤイバの「黒天狐ネガ・ナインテイル」が召喚される。 「黒天狐ネガ・ナインテイル」を「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」にブレイヴしたヤイバは、「天使プリマ」を手札に戻し、「ミッドナイト・サン」の『連鎖』発揮で、バーストできずブロック不能となったキザクラのライフを削る。反撃を試みるキザクラだが、ヤイバの攻撃は熾烈を極め、遂に敗北。 約束通り正直に話すキザクラ。宝玉つきの杖は赤いアフロヘアの男（ボンバー）から貰ったのだ。土産がわりにヤイバはキザクラにブリンガーは無事だと教える。一方、アマレロは、キザクラの話に出てきた赤い髪の男に何故か興味を示す。 キザクラが帰った後、王宮地下牢のブリンガーに秘かに近づいたグレナダは「私たちの仲間になりなさい」と囁いた。
「仲間になりなさい」というグレナダの真意が、理解できないブリンガー。そのブリンガーの前にガルドス達が来て、電子頭脳の書き換えを求めてバトルを要求。対戦相手にブラウが名乗り出る。 ハガクレは、ブリンガー救出の為、敵情を探ろうと単身王宮への潜入を敢行。その際、ハクアから購入したグッズを色々持って行く。 バトルで対峙したブラウは王家に仕える軍人の家柄で、１４年前、ブリンガーが赤ん坊のツルギと脱出した際、阻止しようとした近衛士官だと明かす。ブリンガーのせいで任務に失敗したブラウは、海より深い絶望に沈み士官を辞めたという。だが、そんなブラウを王宮に呼び戻したのが白夜王ヤイバなのだ。 「深淵の巨剣アビス・アポカリプス」を召喚したブラウは「異海神ディスト・ルクシオン」にブレイヴしてアタック。ブリンガーのスピリットを破壊する。 だが、ツルギの元に戻りたいブリンガーも負けられない。「輝龍シャイン・ブレイザー」をドローすると、「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」にブレイヴ。ブレイヴアタックでブラウの「星喰いのヤシガニド」を破壊すると、「サジット・アポロドラゴン」の効果でブラウの「リュウグウウシ」に指定アタックして破壊する。 だが、「リュウグウウシ」のバトル時効果がブリンガーの回復系マジックの使用を阻止。返しのターンでブラウはブレイヴアタックを仕掛けた。 マジック「バーニングサン」の使用で「トレス・ベルーガ」を召喚したブリンガーは、「サジット・アポロドラゴン」にブレイヴ。ダブルブレイヴ・スピリットでブロックするが、ブラウはマジック「オーシャンフィールド」を２枚使用して「ディスト・ルクシオン」のＢＰをアップして「サジット・アポロドラゴン」を破壊。フルアタックで、ブリンガーを敗北させた。ガルドスの命令で、処置室に運ばれていくブリンガー。その姿を、何とか王宮に潜り込んだハガクレが目撃する。 その頃、ツルギの元へお土産を手にしたマサムネが現れる。
マサムネはタカト達が見つけたクリスタルドラゴンをツルギに渡してパシフィスへと帰っていった。そのツルギの元へ、ヤイバに捕まったブリンガーの居場所を突き止めたハガクレが戻ってくる。ブリンガーの救出を決意するツルギ、その想いに応えたクリスタルドラゴンは「光輝龍皇シャイニング・ドラゴン・アーク」のカードとなり、ツルギの手に納まった。 王宮に潜入したツルギ達は、スティンガー部隊の追撃をかわしてブリンガーを探す。ツルギの呼び声で目覚める地下牢のブリンガー。遂にブリンガーと再会したツルギは連れて帰ろうとするが、立ちはだかったブラウがバトルを挑む。手札の巡りが悪いツルギは、マジック「チャージドロー」を使用。チャージを持つ「輝きの聖剣シャイニング・ソード」と「輝龍シャイニング・ドラゴン」を引き当てる。 ブラウは「異海神ディスト・ルクシオン」を召喚、ダブルシンボルのアタックでツルギのライフを一気に削る。 「シャイニング・ドラゴン」を召喚したツルギは、召喚時効果で「シャイニング・ソード」も召喚、ブレイヴしようとするが、「ディスト・ルクシオン」のLv2の効果が発揮し「シャイニング・ソード」のブレイヴ条件を限定され、ブレイヴを封じられる。 「深淵の巨剣アビス・アポカリプス」を召喚したブラウは「ディスト・ルクシオン」にブレイヴしてアタック。ブロックした「シャイニング・ドラゴン」を破壊してしまう。 辛くも凌いだツルギは、返しのターンでマジック「チャージドロー」を使用。「シャイニング・ドラゴン・アーク」をドローすると召喚、「シャイニング・ソード」にブレイヴしてアタック。4チャージ追加により、ブラウのソードブレイヴ・スピリットを破壊。万策尽きたブラウは、潔く敗北する。 ブリンガーを奪還して戻ったツルギを迎えるスオウ。ハクアは予想外の結果に驚くのであった。
光と闇のソードアイズ達の戦いに無関心を決め込むハクア。 一方、廃工場にいたツルギとスオウは、ブリンガーからアトランティアの歴史を学ぶ。かつて魔術で侵攻してきたストークに対し、機械文明を以て勝利したアトランティアは、以後の産業を急速に発展させたが、それに伴って貧富の差が進み、犯罪が急増。内政は混乱した。それを立て直したのが先代アトランティア王、ヤイバとツルギの父だ。しかし、赤の軍の反乱で王は亡くなり、王位を継いだヤイバは忠臣ガルドスと共に反乱者狩りを徹底し、治安強化と、産業活性化の為に機械化を推し進めたという。父の側近も務め、ヤイバの元でも大臣を務めるガルドスが、グレナダの事やソードアイズの事を知る鍵ではないかと思うツルギ。 一方、ブラウは、ツルギに敗北してブリンガーを奪われた裁きをヤイバに委ねる。アマレロは闇のソードアイズが残る赤を揃えるのみの段階でブラウを失うのを良しとはせず、止めに入るが、ヤイバは聞き入れない。だが、グレナダの呼び出しがあり、ブラウの裁きはなくなる。 グレナダは光のソードアイズを集めるようにツルギを追い込んだのはガルドスの差し金ではないかと疑う。しかし、ヤイバはそれは違うと即答する。 一方、ヤイバが王家の視点で上からしか物事を見ていないと考えたツルギは、下から物事を見ると改めて決意するが、アトランティアの人々が満足ならどうでもいいのに、とハクアは突っかかる。ソラはこの国を変える事が世界の不安を終わらせる事になると諭す。光のソードアイズを探すのもその為だと。 そんな時、キザクラがクッキーをあげた子供たちが母を連れてくる。クッキーのお礼にモチを貰ったキザクラは、少女にスイーツメダルを進呈するのだった。 そんなキザクラの元に、氷の大陸ザムーラにあるというソードブレイヴの情報が届く。すぐにソラの飛行船スイートボンバー号で出発するツルギ達。 しかし、スオウはハクアに興味を持ち、アトランティアに残る。
新たなソードブレイヴを求め、氷の大陸ザムーラの白き騎士の城塞に到着するツルギたち。だが、城塞には幽霊の噂があり、城塞の扉は開かない。そこに現れた考古学者のルベルは、「城のあるじの力を受け継ぐ者にのみ扉は開かれん」という伝説と、白き騎士で英雄ヴァルガスがかつて十二人のソードアイズを集めて、戦いに明け暮れる世界を救おうとした事を話す。ヴァルガスも光の白きソードアイズだった。 一方、スオウに説得されたハクアは、白き騎士の城塞まで来るが、中に入るのを拒む。以前に忍び込んだ時、幽霊に話しかけられ逃げた事があったのだ。その話を聞いたルベルがハクアのメガネを取る。するとハクアの右目にソードアイが輝き、城塞が扉を開けた。 大広間にいたドロイドの執事セルジャーは、入ってきたハクアを確認すると城のシステムを起動し、ハクアをヴァルガスの後継者に登録。光の白きソードブレイヴ「天空の光剣クラウン・ソーラー」を渡そうとする。しかし、盗賊の正体を明かしたルベルが「クラウン・ソーラー」を奪って逃げてしまう。 セルジャーは、「クラウン・ソーラー」が戻るまで、ハクアをコールドスリープして保護しようとする。それを止めようとバトルを挑むツルギ。 いにしえのデッキでバトルに応じたセルジャーは、バトル中にヴァルガスの伝説を語る。ソードアイズを集めようとしたが故に、権力を奪われると怖れた各国の王から攻撃を受け、幾多の戦いで勝利したヴァルガスだが、結局ソードアイズは現れず、孤独と失望に苦しみ、自身がソードアイズである事を憎みながら城から去ってしまったという。 悲劇を繰り返すまいとハクアを保護したいセルジャー。ありがた迷惑のハクア。 一方、ヴァルガスの話を聞いて志を継ぐと誓うツルギは、セルジャーに勝ち、セルジャーはツルギたちにハクアを託すと機能停止するのだった。 ツルギたちは、奪われた「クラウン・ソーラー」を取り返す為、ルベルを追う。
ハクアは光の白きソードアイズだったが、彼に渡されるべきソードブレイヴ「天空の光剣クラウン・ソーラー」は盗賊ルベルが奪い去った。 ザムーラの街で見つかったルベルは、バトスピでの勝負を持ちかける。しかし、仮病で辞退するハクア。代わりを買って出たキザクラに、自分が勝てば黄色のソードブレイヴも貰うというルベル。 「ガトーブレパス」のアタック時効果【聖命】発揮でライフを増やす作戦で挑んだルベルに対し、マジック「スティールハート」で「ダーク・マッハジー」をシンボル０にしたキザクラは、「ガトーブレパス」を「天使プリマ」でブロックして破壊。 さらに返しのターンで「光翼の神剣エンジェリックフェザー」を召喚すると、「大天使ララファエル」にブレイヴしてアタック。「ララファエル」の【強化】発揮で、「ダーク・マッハジー」のBPを0にしてデッキに戻す。さらにターン内で初めてBP0になったので、キザクラのソードブレイヴ・スピリットは回復。続けてもう一体の「ダーク・マッハジー」もBP0となってデッキに戻ると、ブレイヴアタックでルベルのライフを削ったキザクラは、再度ブレイヴアタックを敢行して、ルベルのライフを全て削り、勝利する。 バトルを見ていたハクアは、途中で仮病を白状する。そんなハクアに取り返したソードブレイヴを渡すキザクラ。ようやくソードアイズの運命を受け入れたハクアは、白のソードブレイヴを受け取る。すると、その手の中でソードブレイヴはカードに変化するのだった。 一方、ルベルは、ツルギがアトランティア王国の第二王子だと知ると、自分は14年前に反乱を起こした赤の軍の戦略参謀だったと明かす。反乱軍は始末されたが、辛くも仲間と逃げたルベルは、事の真相を明かそうと決意してストークに潜伏していたという。 ツルギの母の王太后グレナダもヤイバとツルギを敵から守るために芝居をしているというルベルは、敵である影法師という黒幕の正体をあぶり出す策をツルギに提案する。
ツルギとヤイバの父王を倒した反乱を画策した敵、影法師の正体を暴くため、ルベルが提案した策とは、14年前の生き証人ルベル本人と王太后グレナダの交換。 その交換の舞台であるザムーラ大陸の白き騎士の城塞に来るヤイバだが、取引に応じる気はなく、光のソードアイズを一網打尽にすべく秘かにゴーディを動かす。しかし、氷の塔に爆弾を仕掛けたゴーディは、キザクラに見つかり、爆弾が誤爆してしまう。 ツルギたちは壊れた氷の塔に生き埋めになったキザクラを見つける。ハクアは、溶けない氷を溶かす魔法の薬缶を使ってキザクラを救出。キザクラはゴーディにバトルを挑もうとするが、ソードブレイヴの借りを返したいハクアが、代わりにバトルを挑んだ。 久しぶりのバトルにも強気のハクアは、序盤でゴーディにライフを削られ、「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」に「神機ゲイボルグ」を破壊されるも、返しのターンで「天空の光剣クラウン・ソーラー」を召喚して「槍光機神クーゲル・ホルン」にブレイヴ。 対するゴーディは「ディアボリカ・マンティス」のアタックで相手スピリットを疲労させようとするが、チャージを持つ「クーゲル・ホルン」は、その効果を受けない。 ソードブレイヴ・スピリットでブロックして返り討ちにしようとするハクア。 だが、ゴーディは「黒蟲の妖刀ウスバカゲロウ」を神速召喚して「ディアボリカ・マンティス」にダイレクトブレイヴしてアタックしてきた。 フラッシュタイミングでマジック「リゲイン」を使用したハクアは、BP勝負で競り勝ち、相手ソードブレイヴ・スピリットを破壊。続いて「クラウン・ソーラー」のバトル時効果も手伝ってフルアタックを敢行したハクアは、ついにゴーディに勝利する。 一方、爆破で壊れた氷の塔は、ザムーラの氷の源でもある湧き水が空気に触れて凍ることで復元される。だが、城塞から出てきたツルギたちをヤイバが待ち受けていた。
ツルギの母グレナダと赤の軍の残党ルベルの交換の時に、突然ブリンガーがツルギを裏切る。グレナダの芝居を見破っていたヤイバが、あらかじめブリンガーを支配するチップを埋め込んでいたからだ。 仲間と母の自由を賭け、バトルを挑むツルギ。ヤイバはその相手をブリンガーに命じた。 しかも、ブリンガーには全てのライフを失うと破壊されて機能停止するプログラムが仕込まれていた。ブリンガーに詫びつつバトルするツルギ。その苦しい胸の内を察するソラ達。 ブリンガーはダブルブレイヴスピリットでアタック。「トレス・ベルーガ」のアタック時効果でツルギのデッキから６枚破棄して、その中に系統『光導』を持つ「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」があり、ダブルブレイヴスピリットは回復して、「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」のアタック時効果でツルギのブレイヴスピリットを指定アタックする。 ツルギは、「輝龍シャイニング・ドラゴン」を破壊されるも、マジック「ファイアーウォール」を使用した事でライフ１個を失ったのみでターンエンドに持ち込む。そして返しのターンで「光輝龍皇シャイニング・ドラゴン・アーク」をレベル２で召喚して「輝きの聖剣シャイニング・ソード」をブレイヴしてアタック。マジック「チャージオーラ」と「フレイムフィールド」の使用でBPを追加すると、ブリンガーのダブルブレイヴスピリットを破壊。だが、勝利が確定しているにも拘らず、アタックを躊躇いターンエンドしてしまう。 反撃したブリンガーはついにツルギに勝利する。 だが、無情にもヤイバはブラウに命じてブリンガーを破壊させ、ツルギのソードブレイヴを取り上げる。 その時、突然、謎の紫の炎に包まれたツルギはその場から忽然と姿を消す。すかさずソラ達の捕縛を命じるブラウだが、ハガクレとスオウの2人は疾風丸に乗って逃れた。
アトランティア王国では、ツルギとヤイバの母の王太后グレナダが幽閉され、捕まった赤の軍のルベルもガルドスの尋問を受ける。そんな中、キザクラの杖の宝玉がこの世のものではないと判明し、ヤイバは地下牢に捕らえていたキザクラ達を召し出す。 スオウと逃げたハガクレは、壊れたブリンガーをソラの師匠サモハンのもとへ運ぶと修理を頼む。同じ頃、根の国ストークに飛ばされたツルギは、妖しい光と出会っていた。 一方、キザクラは、宝玉のついた杖をくれたのが神に仕える一人、暗黒戦士ボンバーだと知る。神につながるキザクラを自分の妃にしようとするヤイバ。 ハクアは、消えたツルギを探せるのはキザクラだけだと嘘をつき、彼女の自由を賭けたバトルを要求する。対戦相手はブラウが買って出た。バトル序盤はカードの巡りが良いブラウの優勢で進むが、ハクアもキースピリットをドローして形勢逆転を目指す。ハクアはツルギ達に会って世界が広がった。しかしブラウは王様に忠誠を尽くして世界を閉じた。そして彼は神様からもらったソードアイズを自分なりの使い道がある事をアピールする。 「天空の光剣クラウン・ソーラー」を召喚して「槍光機神クーゲル・ホルン」にブレイヴしたハクアは、「プロード・ファルコン」２体と「神機ゲイボルグ」でアタック。一気にブラウのライフ３個を削ると、ソードブレイヴ・スピリットでアタック。「クラウン・ソーラー」のブレイヴ時効果で疲労したスピリットも回復させる。 ブラウはソードブレイヴ・スピリットでブロックの上、マジック「オーシャンフィールド」を使用してBPを上げる。それに対し、ハクアもマジック「リゲイン」でBPを上げて敵ソードブレイヴ・スピリットに競り勝つと、さらにアタック。ついにブラウに勝利する。 『契約の砂時計』の砂が落ちるまで、という期限付きでツルギを見つけだせとキザクラを解放するヤイバ。人質のハクアとソラは囚われの身のまま王宮に残ることになった。
ツルギを連れてくる約束で解放されたキザクラは、疾風丸と再会する。 一方、根の国ストークでツルギに右目のソードアイズが消えた事を教えた妖しい光の主は、白の騎士ヴァルガスの幽霊だった。ツルギに試練を課すヴァルガス。それを見事クリアしたツルギは闇の赤きソードブレイヴを託される。すると、ツルギの左目に闇のソードアイズが浮かび、闇の赤きソードブレイヴの刀身から赤い光が迸り、３９枚の赤デッキカードとライフカウンターに姿を変えた。手に入れたソードブレイヴをカードに変え、新たなデッキの闇の力を試すため、ヴァルガスとのバトルに臨むツルギ。 サモハンの工房では修理されたブリンガーが復活。そのブリンガーの右目に赤い光が宿る。修理ミスかと驚くサモハンだが、スオウは優しい光を見て「心配しないで、誰かに守られている」とブリンガーを抱きしめる。そこへ疾風丸に連れられ、キザクラが帰還。キザクラが持ち帰った契約の砂時計は、逆さにしても砂の流れが変わらない。時間内にハクアとソラを救う決意をするキザクラ達。 ツルギはヴァルガスに、バトルに勝ったら自分が欲しているヤイバ以上の力の事を教えると誓う。ヴァルガスはキースピリット「翼神機グラン・ウォーデン」を召喚してアタック、ツルギのライフをダブルシンボルで一気に削る。 返しのターンで反撃したツルギは、キースピリット「闇龍ダーク・ティラノザウラー」を召喚すると「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」を召喚してブレイヴ。連続アタックによる壮絶なスピリットの破壊合戦を展開する。遂にライフで受けるヴァルガス。ツルギは、チャンス到来とソードブレイヴ・スピリットでアタック。「翼神機グラン・ウォーデン」を指定アタックで破壊すると、ラッシュ発動でヴァルガスの残るライフ１個をリザーブに置き、勝利する。 ツルギが求めていたのは、ヤイバ以上の力、裁きの神剣だった。その答えに満足したヴァルガスは、ストークに潜んでいた赤の軍のマルスたちをツルギに引き会わせるのだった。
１４年前にアトランティアを脱出してストークに潜伏、再起の日を待っていたマルス達の赤の軍は、王国の第二王子ツルギに忠誠を誓う。 一方、アトランティアの地下牢で囚われの身のソラとハクアは、脱出を試みる。 その頃、ツルギとマルス達は、ストークに現れたリローヴに見つかる。ツルギの左目の闇のソードアイに興味を持ったリローヴは、ツルギとのバトルに応じた。 エクストリームゾーンに闇の紫と赤が現れた事を知ったヤイバは、ツルギが闇のソードアイを手に入れた事を感知する。 序盤でツルギは、ネクサス「黄昏の暗黒銀河」を配置。リローヴにライフを削られるも、返しのターンで反撃、一気にリローヴのライフを残り１個まで追いこむと、みんなが楽しく暮らせるような世界にする為に裁きの神剣を手に入れたいと訴える。 だが、ツルギの想いはリローヴに届かない。「黒き骸王バルトアンデルス」を召喚したリローヴは「咎人の骨剣エグゼキューショナーズ」を召喚してブレイヴ。 対して、「闇龍ダーク・ティラノザウラー」を召喚したツルギは、闇の赤きソードブレイヴ「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」を召喚してブレイヴ。ネクサス「黄昏の暗黒銀河」の効果で系統・地竜を持つ全てのスピリットのBPを上げると、ソードブレイヴ・スピリットで「バルトアンデルス」を指定アタックして破壊。アタック時効果でリローヴのスピリット１体も破壊すると、「ダーク・ティラノザウラー」のラッシュ発揮で、残りライフ１個も奪取。敗北したリローヴはストークから立ち去るのだった。 マルスは地上への帰還ルートとしてレムリオン経由と提案。そこにソードブレイヴが眠っているらしい。 一方、ハクアとソラの脱出作戦は、ガルドスに阻まれてしまう。 二人の脱出失敗を離宮に幽閉されているグレナダに報告するアマレロ。グレナダは、時期はずれに出現したオーロラを見て、真の敵『影法師』の動きを感じるのだった。
赤の軍のマルス達と一緒に地上に戻り、レムリオンの緑神の霊木に来たツルギは、左目を押さえてブリンガーを感じ取る。サモハンの工房にいたブリンガーもツルギの気配を感じる。緑神の霊木を介して、互いのメッセージを受け取り合うスオウとツルギ。そのおかげでゴーディの村で仲間と再会したツルギは、復活したブリンガーに会い喜ぶ。その瞬間、互いの瞳のソードアイズが発光、ツルギの左目の闇のソードアイズに驚くキザクラ達。ブリンガーの右目も光の赤きソードアイズが発光。その赤い光に包まれたツルギは、光が収束すると右目に光のソードアイが戻るのだった。 ツルギがストークに飛んだのは、ヤイバから守るためにグレナダが施した策だった。母の愛に改めて世界のために役立つ決意をしたツルギは、ハクアとソラの救出に出発しようとする。 そこへ現れたジャスティス立花は、ツルギの光の赤デッキとソードブレイヴを写し取ると、バトルを挑む。その様子を故郷に来たゴーディが目撃、ヤイバに報告しようとして躊躇する中、マルス達に捕まってしまう。 ジャスティスは、光の赤のキースピリット「光輝龍皇シャイニング・ドラゴン・アーク」を召喚して「 輝きの聖剣シャイニング・ソード」にブレイヴ。ソードブレイヴ・スピリットでアタック。チャージの効果もあり、ツルギのスピリット２体を破壊する。 「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」を召喚したツルギは、「闇龍ダーク・ティラノザウラー」にブレイヴ。ネクサス「黄昏の暗黒銀河」の効果でBPを追加すると、ジャスティス立花の光のソードブレイヴ・スピリットを指定アタックで破壊。「ダーク・ティラノザウラー」のラッシュ発揮により、ジャスティス立花の最後のライフコアをリザーブに置いて勝利する。 ジャスティス立花は、ツルギの実力を認める。そして彼を勇気づけてジャスティスは去っていった。 一方、アトランティアの王宮に囚われていたハクアとソラの身に異変が起きる。
レムリオンで仲間と再会したツルギは、グレナダがブリンガーに移した光の赤のソードアイズを取り戻す。そこにマルス達が捕まえたゴーディを連れて来る。砂時計の期限まで猶予があると確認したツルギは、ゴーディにバトルをもちかける。 ネクサス「魔皇蟲の根城」を配置したゴーディは、「ダーク・ディオマンティス」を召喚してアタック。序盤からツルギのライフを削ってきた。対してツルギもゴーディのライフを削り返し、ネクサス「黄昏の暗黒銀河」の効果で自分のスピリットを回復して、ターンを終える。ゴーディに「故郷に戻ってきたのも、好きだから、ふるさとが気になるから」ではとツルギは問いかける。不機嫌になったゴーディは、「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」を召喚して、アタック。ラッシュも発動させて、形勢を立て直す。 ツルギは「闇龍ダーク・ティラノザウラー」を召喚して、アタック。アタック時効果でゴーディのスピリットを破壊。ライフ残り１個に追いつめ「ダーク・ディノニクソー」でアタックする。しかし、「ダーク・マッハジー」を神速召喚したゴーディはもう一体の「ダーク・ディノニクソー」をラッシュで破壊、「ダーク・ディノニクソー」のアタックをブロックして、ツルギの攻撃をしのぎきる。 「黄昏の暗黒銀河」でスピリットを回復させたツルギ。そしてゴーディに仲間になって欲しいと誘いをかける。いぶかるゴーディは「黒蟲の妖刀ウスバカゲロウ」を召喚して「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」にブレイヴしてターンを終える。ツルギは返しのターンで「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」を召喚、召喚時効果でゴーディの「魔皇蟲の根城」を破壊する。そして「闇龍ダーク・ティラノザウラー」にブレイヴ。「闇龍ダーク・ティラノザウラー」と「黄昏の暗黒銀河」の効果でBPをプラスしたソードブレイヴスピリットでアタックする。アタック時効果で「ダーク・ディオマンティス」を破壊するとソードブレイヴした「黒蟲魔王ディアボリカ・マンティス」を指定アタックで破壊。ラッシュ発揮で最後のライフをリザーブに送り、ツルギは勝利した。 ゴーディは、ツルギの仲間になる事を承諾する。 その頃、味方だと明かしたアマレロは、ソラとハクアの救出と『影法師』の正体の探索をグレナダに約束するのだった。
アトランティアの王宮に一人で乗り込んだツルギだが、操られたソラとハクアはヤイバの配下になっていた。自分がヤイバの仲間になるから、母グレナダを解放して二人を元に戻せと訴えるツルギだが、ヤイバは応じない。そのヤイバの命令でハガクレ達の元に現れたハクアは、スオウの引き渡しを要求。そこへ現れたアマレロは、スオウの身柄を賭けてハクアにバトルを挑んだ。 序盤からライフを削り合うハクアとアマレロ。ハクアは、ライフコアを砕かれた瞬間に衝撃を感じて動揺する。グレナダが密かにアマレロに与えた力のためだ。アマレロは「ガトーブレパス」の『聖命』を発揮し、ライフを回復する。 ハクアはソードブレイヴ「天空の光剣クラウン・ソーラー」を召喚して「槍光機神クーゲル・ホルン」にブレイヴ。アマレロのスピリットを破壊し、ライフも削る。 アマレロは「夢幻の天剣トワイライト・ファンタジア」を召喚、召喚時効果でリザーブのコアをライフに移動、回復する。さらに「凶神獣カオス・ペガサロス」にブレイヴしてアタック。このアタックはブロックされるが、「夢幻の天剣トワイライト・ファンタジア」のアタック時効果で回復し、相手スピリットを撃破する。アマレロは再度アタック。ハクアはマジック「リゲイン」を使用、ソードブレイヴスピリットを回復させてブロックを宣言。その宣言がアマレロの「トワイライト・ファンタジア」のアタック時効果を再び発揮させ「カオス・ペガサロス」は回復する。２枚の「ディバインフィールド」を使用してBPをプラスしたアマレロは、ハクアのソードブレイヴスピリットを破壊。続けて三度目のアタックを宣言する。ライフで受けるハクアだが、ブロックされなかったので、「夢幻の天剣トワイライト・ファンタジア」のもう一つのアタック時効果が発動。アマレロはライフを１個回復、６個に増やす。ダブルシンボルでハクアのライフ２個を削り、残り１個に追い込んだアマレロは、「カオス・ペガサロス」のアタック時効果で最後のライフをトラッシュに送り、勝利する。 ハクアの呪縛を解いたアマレロは、ゴーディを見逃して立ち去るのだった。 同じ頃、王宮のツルギとヤイバの前にジャスティス立花が現れる。
アトランティアの王宮に現れたジャスティス立花は、ヤイバに「黒皇機獣ダークネス・グリフォン」を授けるとバトルを希望した。 その頃、キザクラ達は、各地の怪現象情報を集めていた。オーロラのせいかもと言うスオウ。 ハクアを操った黒幕がガルドスだと聞いたゴーディは、探索のため王宮に戻る。 そして、アマレロは父の部下だったマルス達と再会していた。 敗れれば命を差し出すと約束してジャスティス立花とのバトルに臨むヤイバ。ジャスティ立花は序盤でバーストカードをセットしてライフを削っていく。 ライフ減少にも臆さないヤイバは「裁きの神剣を持つにもっともふさわしい人間は余をおいて他にない」と豪語。「ダークネス・グリフォン」を召喚すると、アタックしてジャスティス立花のライフを削る。 だが、ライフ減少でバースト「絶甲氷盾」が発動する。バースト効果でライフを回復したジャスティス立花は、続けてフラッシュ効果を発動、アタックステップを強制終了させる。むかえた自身のターン、ジャスティス立花は再びバーストカードをセットする。 ヤイバはソードブレイヴ「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」を召喚して、「ダークネス・グリフォン」にブレイヴしてアタック。ラッシュを発揮して相手スピリットのコアをリザーブに送って0個にして破壊、ライフを削る。 が、ライフ減少で再びバースト発動、ジャスティス立花は「龍の覇王ジーク・ヤマト・フリード」を召喚する。ヤイバのターンエンドを受けたジャスティス立花は「龍の覇王ジーク・ヤマト・フリード」でアタック。アタック時効果で「ダーク・ドーベル」を指定、破壊する。しかし、ヤイバもすかさず反撃。ジャスティス立花のスピリットを破壊し、ライフ残り２個まで追い込む。返しのターンでジャスティス立花はバーストセットし、ヤイバのライフを逆に残り１個へと追い込む。 追いこまれたかに見えたヤイバだったが、ソードブレイヴスピリットでアタック。フラッシュタイミングでマジック「バーストブレイク」を使用し、ジャスティス立花のバースト「五輪転生炎」を破壊する。さらにブロックした「ジーク・ヤマト・フリード」も破壊。ブレイヴ時効果で回復していたソードブレイヴスピリットのアタックでジャスティス立花を完敗させた。 「神はもう何もするな。人の世は余が作る」と神に伝えよ、とジャスティス立花に申し渡すヤイバ。その頃、ガルドスに操られたルベルがマルス達のアジトを訪れていた。
離宮から脱出したグレナダは王家の墓に向かう。そこにはキザクラと同じ宝玉の杖があった。神の使者から託された物でグレナダの力の源だ。同じ杖を持っていないかと問われたアマレロは、神を信じられなくなった日に破壊したと答える。 神殿前で待ち伏せていたブラウは、グレナダとアマレロを捕らえようとする。その場にはツルギもいた。裏切り者のアマレロにバトルを挑むブラウ。一方、ハクアの工場に戻ったハガクレは、故郷のコルガ村がアトランティア軍に襲撃されたという手紙を受け取る。コルガ村に旅立つハガクレとキザクラとスオウ。 バトル序盤でブラウのライフを削ったアマレロは、反撃されてライフ２個を失うも、不屈の闘志を見せる。１４年前、謀反の罪で父が処刑された日に神の宝玉を砕いて棄てた。だが、闇のソードアイズを宿した意味を問い続けた末にグレナダを守ると決めた。その選択を、宝玉を渡したギャラクシー渡辺に問いたいともいう。 ソードブレイヴスピリットでアタックしたアマレロに対し、BPで上回るソードブレイヴスピリットでブロックするブラウ。だが、アマレロはマジック「ライトニングアタック」を使用して相手のBPをマイナスする。続けてマジック「ディバインフィールド」も使用して自分のBPをプラス、ブラウのソードブレイヴスピリットを破壊する。さらに「ダーク・アイベリックス」でアタックして相手のライフを削ると、先のブロックで回復したブレイヴソード・スピリットで再アタック。ブロックしたスピリットを破壊して、回復したソードブレイヴスピリットで三度目のアタック。ブラウはライフで受ける。相手のライフを削ったので「天剣のトワイライト・ファンタジア」のアタック時効果が発動、ライフを１個増やす。さらにアマレロは、「カオス・ペガサロス」のアタック時効果を発動、ブラウの最後のライフをトラッシュに送って勝利する。 グレナダの脱出を見逃すブラウ。ツルギは何故かヤイバの元に残る事を決断した。 そして、失態を命で償おうとするブラウをヤイバは止める。 一方、グレナダを連れたアマレロをルベルとマルス達が迎えるのだった。
レムリオンにハガクレ達が到着。コルガ村から迎えに来たコノハと出会う。村ではアトランティア軍のカードバトラーと、１００対１のバトルが続けられているという。だが、そこへリローヴが現れ、スオウを壊そうとする。スオウをかばったハガクレは、緑神の霊木の幹内の異世界にリローヴ、スオウと一緒に飲み込まれてしまう。 異世界で念願のソードブレイヴを手に入れたハガクレは、リローヴにバトルを挑む。 序盤で「黒き骸王バルトアンデルス」を召喚したリローヴはアタックしながら、ハガクレのスピリットを破壊していく。だが、ハガクレもキースピリット「光牙鳳凰レックウマル」を召喚、召喚時効果で分身スピリットを２体登場させる。 「咎人の骨剣エクゼキューショナーズ」を召喚して「バルトアンデルス」にブレイヴするリローヴ。 一方、ハガクレはソードブレイヴ「疾風の双刃カムイ・ハヤテ」を召喚。「レックウマル」にブレイヴ、アタックをしかける。アタック時効果に2チャージを加え、相手スピリットが３体疲労した事によって、ハガクレのソードブレイヴスピリットは回復。リローヴはブロックし、ソードブレイヴスピリットを破壊する。しかし破 壊された「黒き骸王バルトアンデルス」の破壊時効果が発動し、ハガクレの手札１枚が破棄される。しかし破壊された「黒き骸王バルトアンデルス」の破壊時効果発動し、ハガクレの手札１枚が破棄される。破棄されたカードがスピリットカードだった為、リローヴのソードブレイヴスピリットは回復状態でフィールドに残った。 ハガクレは再度、ソードブレイヴスピリットでアタック。相手スピリットを疲労させ、ライフを削る。続けて分身「レックウマル」２体でアタック。リローヴのライフを全て削り、勝利する。異世界から元の世界に戻ろうとするハガクレ。だが、スオウは異世界の太陽の光で弱ったリローヴを心配して異世界に残ってしまう。 一方、ヤイバは、両目にソードアイズを宿したツルギを、オーロラの異変で動揺するアトランティアの民の掌握に利用しようとする。
アトランティアの使者が、コルガ村を賭けて１００人抜きバトスピ勝負を挑んできた。その頃、ツルギは国の事を知りたいとヤイバに求め、亡き父王の部屋に案内されていた。 アトランティア王宮内に潜入したハクアとゴーディは、影法師に関連したガルドスの情報を探す。そこに現れたブラウは、咎めもせず、アトライオス二世とガルドスの出会いの場所を探せ、と助言して去る。 コルガ村では９９人目が敗北。そこへハガクレが現れ１００人目の対戦相手を買って出た。その相手の使者はガルドスに操られたソラだった。光の緑のソードブレイヴを手に入れたハガクレに対し、ソラはデッキ破壊で山札を0枚にする作戦にでる。しかし、手の内を読んだハガクレは多めの５０枚デッキで対応していた。 その頃、マルスのアジトに逃げてきたグレナダとアマレロは、ガルドスに操られたマルス達に包囲される。そこにブリンガーが助けに現れた。ハガクレはソードブレイヴ「疾風の双刃カムイ・ハヤト」を召喚して、「光牙鳳凰レックウマル」にブレイヴ。落ちこぼれだった自分だがツルギ達に出会って自信をつけ、人の道を説くソラにも厳しさの中に愛があったと感謝を伝える。だが、ソラには届かない。 ソラは「光灯る三叉灯台」の効果で最高レベルとなったソードブレイヴ・スピリットでアタック。ハガクレを追い詰める。 だが、ハガクレはマジック「エメラルドフィールド」を使用。ソードブレイヴ・スピリットのＢＰを上げてブロック、ピンチを切り抜ける。返すターン、ハガクレはソードブレイヴ・スピリットでアタック。ソードブレイヴ・スピリットはアタック時効果で相手スピリットを3体疲労させて、回復。ハガクレは再度、ソードブレイヴ・スピリットでアタックを敢行。ソラのライフを全て砕き、勝利した。バトルに負けたソラは正気に戻りかける。しかし、スティンガー達がさらって行ってしまう。 一方、ブリンガーの働きでガルドスに操られていたマルス達が解放されるのだった。
ガルドスの正体を探るゴーディとハクアは、アトランティアの前王アトライオス２世とガルドスの出会いの場所、神剣の岩山を訪れていた。 その頃、スオウはリローヴと共に、緑神の霊木の中の異世界から、根の国ストークの中心・死者の森に移動していた。霊木に封じられた大いなる光を浴びたリローヴの命は今にも尽きようとしていた。しかし、スオウはリローヴを救う為に自分の魂を使って欲しいとストークの人魂達に頼むのだった。 一方、火山近くのマルスのアジトに戻ったハガクレとキザクラ達は、王宮から脱出してきたグレナダと会う。キザクラはスイーツメイツいち押しのオレポンパイをグレナダにごちそうする。微笑むグレナダは、キザクラの杖の宝玉を見て、キザクラのこれまでを察し、「あなたも大変だったわね…」とねぎらう。神の使者から力を与えられた者同士のキザクラとグレナダを、同じ運命を辿ってきたアマレロが見守る。 一方、王宮に戻ったソラは、ガルドスに再び術をかけられてしまう。 国民に慕われた父アトライオス２世の部屋へ案内されたツルギは、父の生き方を否定するヤイバに、「勝ったら言う事を聞け」とバトスピで挑戦する。仲間の必要性を訴えるツルギ。だが、「孤独こそ王の証」と答えるヤイバは冷徹な態度を崩さない。 二人はおのおののソードブレイヴ・スピリットを駆使し、互いのライフを削り合う。だが、ヤイバに最後のライフを削られたツルギは敗れてしまう。 その頃、神剣の岩山の頂上に登ったゴーディとハクアは、不思議な老人に出会う。かつてアトライオス２世もこの世の終わりの伝説に導かれて、来た事があると教える老人。その老人は、実はジャスティス立花だったようだが、二人は気づかなかった。 同じ伝説を知っているらしいヤイバは、ツルギを地下のドックに連れて行く。そこでは巨大な船が造られようとしていた。
アトランティアの王宮地下ドックでは巨大な方舟が建造されていた。方舟をツルギに見せたヤイバは２歳の頃、父アトライオス王とガルドスと神剣の岩山に登った際の事を話す。父はその後、病で亡くなり、自分が王座についたという。「岩山で何かあったのか？」と問いかけるツルギ。 そんな時、アマレロがブリンガーを連れて王宮に戻ってきた。久しぶりのブリンガーと再会を喜ぶツルギ。アマレロは「白夜の宝剣ミッドナイト・サンをグレナダ様に預けてください」とヤイバに告げる。ソードブレイヴが全て揃う日が近い事を、グレナダは怖れているというのだ。ヤイバはアマレロに「余とバトルをせよ、勝てば宝剣を渡す」と答える。アマレロは負ければ裏切り者として断罪されるのを承知でバトルに臨む。「ガトーブレパス」を召喚したアマレロにヤイバは「赤の軍を率いる将軍の娘にふさわしいスピリットだ」と言う。ヤイバはアマレロの素性に気づいていたのだ。 その頃、裁きの神剣の岩山に来たゴーディとハクアは、石柱の根元に開いた穴の中に機能停止した旧いドロイドを発見する。 赤の軍のアジトにいたキザクラは、ルベルから影法師の正体はガルドスではという話を聞く。１５年前のクーデターはガルドスによる自作自演と疑う一同。グレナダはアマレロからの報告を待つように忠告する。一方、ガルドスは配下のソラにリローヴ探しを命じる。 キースピリット「凶神獣カオス・ペガサロス」を召喚したアマレロは、ヤイバとツルギが手を携える事をグレナダが望んでいると伝える。ヤイバは、夢で見たストークでの出来事も語るが、肝心な事は教えない。ソードブレイヴ・スピリットを駆使し、ヤイバのライフを残り１個にまで追いつめるアマレロだが、ヤイバもソードブレイヴ・スピリットで反撃。一気に６個ライフを削り、アマレロに勝利する。追放処分となったアマレロは、グレナダがツルギの未熟さを学ぶよう言っていたとヤイバに伝えるのだった。
アトランティアの王宮に残ったツルギは、ブリンガーと共に新デッキを完成させる。ツルギは再びヤイバに勝負を挑むが、ヤイバはそれに応えない。かわりにヤイバは世界の真実をツルギに明かす。それはバトルスピリッツのエクストリームゾーンでのみ出会えるスピリット達が、実は太古、大地に存在していたという驚きの事実だった。さらに遠からぬ未来、神の怒りにふれてレジェンディアは滅亡すると告げる。 だが、ヤイバ方舟で全世界の人々を一人残らず救い出してみせるつもりだった。 太古、レジェンディアで世界の中心だった大陸は現在のストーク。そこで戦いに明け暮れるスピリット達を哀れみ、神は知恵を与えた。だが、知恵を得たスピリット達は神を倒して天を手に入れようとした。怒った神は断罪の為に『裁きの神剣』を振り下ろして世界を光と闇の二つに裂き、スピリット達をカードに変え、代わりに創造した人間にカードになったスピリット達を使って日常的にバトルするようにした。そしてカードの世界でスピリット同士の戦いが永遠に続く事になったという。ソードアイズとソードブレイヴと裁きの神剣は、神から人間に対して、逆らわず神に従え、という戒めだった。 だが、光と闇の戦いそのものが不毛だとツルギが気づいたように、ヤイバもその事に気付いていた。ヤイバは神に立ち向かう為、裁きの神剣を手に入れて、神を斬り、ヒトの時代を始めることを考えていた。真実を知れば人々が暴徒化して自滅しかねないから、密かに事を進めていたのだ。 ツルギは、一人で抱え込むなとヤイバに忠告する。そんなツルギを待っていたとヤイバはいう。そしてツルギにソードアイズは民草を導く存在であれという。 一方、ロンは、ゴーディとハクアが神剣の岩山で見つけたドロイドから抜いたメモリーカードの映像を再生して驚愕する。ハクアは、映像をみなに見せるべきだとアトランティアの王宮に仲間達を招集する。 ロン達ほか、グレナダとキザクラ達も王宮に入り、リローヴとソラ以外の光と闇のソードアイズとアトランティアの王族がついに一堂に集まった。
ツルギとヤイバがいるアトランティアの王宮にグレナダ、光と闇のソードアイズ達が集まった。ハクアは２歳のヤイバを抱くアトライオス王と今と変わらない姿のガルドスが映った映像を見せる。 ガルドスは、ヤイバとツルギが神の怒りを買い、世界は滅亡すると預言した預言者だった。そして事態の回避法を問いかけたアトライオス王を病に見せかけて殺した影法師でもあったのだ。ヤイバはガルドスの正体に気づき、その狙いを探る為に傍に置いていた。そして遂に証拠を得たヤイバはガルドスを断罪する。だが、ガルドスはバトルを申し出て、勝利した際には自身を無罪とする事を 要求する。ヤイバは、ガルドスのライフ１個を削る毎に質問に答える事を条件にバトルを認める。 対戦相手を買って出たツルギは、対ヤイバ用に組み上げた光の闇の混合デッキで戦い、ガルドスのライフを次々削る。１４年前「赤の軍を唆し、謀反をしむけた」と告白したガルドスは、さらに「我を満たすものは、神」のみと豪語。ガルドスの反撃でライフ残り１個にまで追いつめられるツルギだが、闇のソードブレイヴ・スピリットのアタックで反撃していく。 ガルドスはザムーラ出身で、かつての光の白きソードアイズ、ヴァルガスの弟だと告白する。そして運命に 疲弊した兄を襲い、そのソードアイズを奪ったという。しかし、その力はすでに失われ、光の白きソードアイズはハクアのものとなっていた。 ガルドスは「光輝龍皇シャイニング・ドラゴン・アーク」を破壊する。対して、ツルギは、「輝きの聖剣シャイニング・ソード」を「輝龍シャイニング・ドラゴン」にブレイヴしてアタック。さらにネクサス「黄昏の暗黒銀河 」と「闇龍ダーク・ティラノザウラー」の効果でブロッカーのスピリットを破壊すると、最後のライフを削ってガルドスに勝利。 父の仇を討ったツルギは、ガルドスに「人間とは何か、幸せとは」と質問する。ガルドスはそれに答えず、いきなりツルギに襲いかかる。しかし、ヤイバに斬られ、消え去ってしまうのだった。
バトルに敗れたガルドスは消えた。しかし、ガルドスが簡単に死んだとは思えないツルギ。ヤイバは王家に伝わる 「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」をツルギに託す。 そしてツルギは双眼のソードアイズの力でスオウの危機を察知した。ストークへスオウを探しに向かうツルギ達。だが、スオウの気配は消えてしまう。スオウは瀕死のリローヴを助けるため自らの命を犠牲にしたのだ。目覚めたリローヴはスオウの想いを知って自分のしてしまった事に深く反省し、涙を流す。その涙が奇跡を起こした。スオウは右目に光のソードアイズを宿し、人間としてよみがえった。その手には光の紫のソードブレイヴが握られていた。よみがえったスオウに喜び駆け寄るリローヴだったが、すかさず顔面を殴られてしまう。スオウは本来の傍若無人な性格も取り戻したようだ。 そこへ操られた状態のソラが現れ、全員を連行しようとする。しかしスオウはそれに反抗、バトルを挑む。チャージを持つスピリットをフィールドに召喚していくスオウに対し、ソラは「戦輝神ゼルドナーグ」を召喚してデッキ破壊を目論む。 ソラはネクサス「光灯る三叉灯台」を配置する。配置時効果で「蒼海の大剣メイルシュトロム」をノーコスト召喚、「ゼルドナーグ」にブレイヴしてアタック。デッキを破壊しながら、スオウのライフを３個削る。それでもスオウはスピリットを召喚するだけで、動かない。ソラは更にスオウのデッキを破壊していく。 デッキ破壊に耐えていたスオウは「白蛇帝アルデウス・ヴァイパー」を召喚して反撃にでる。召喚時効果で相手スピリットのコアを外し「ゼルドナーグ」とスピリット１体を破壊する。続けて「紫電の霊剣ライトニング・シオン」を召喚。召喚時効果でまたもコアを外し、「メイルシュトロム」を破壊。「ライトニング・シオン」を「アルデウス・ヴァイパー」にブレイヴすると、ブロッカーのないソラの全ライフを削り勝利した。だが、その後スオウはツルギの呼び止めに応じず何処かへ去ってしまう。 一方、キザクラの激辛クッキーを食べたソラはその激辛ショックで元に戻るのだった。
ブラウからアトランティアの泥棒市場にスオウがいると聞いたツルギは、スオウを探しに行く。 スオウを見つけ、一緒に来てくれと頼むツルギ。しかし、スオウはそれを拒む。ツルギがバトルスピリッツで決めようと申し出ると、スオウは自分が勝ったらツルギを手下にするという条件でバトルに応じる。スオウは序盤で「白蛇帝アルデウス・ヴァイパー」を召喚。召喚時効果でツルギのスピリットのコアを外して破壊すると、アタックでツルギのライフ２個を削ってニヤリと笑う。そのスオウに「お前、今、幸せか？」と問いかけるツルギ。バトルを見守るリローヴは「スオウを不幸にしたのは、私だ」と告白する。 ツルギはスオウに「リローヴが好きなんだろ？」と重ねて聞く。それに反発するスオウは「紫電の霊剣ライトニング・シオン」を召喚する。そして「アルデウス・ヴァイパー」にブレイヴしてアタック。ツルギはアタック時効果でコアを外され「輝龍シャイニング・ドラゴン」を破壊されるが、「輝きの聖剣シャイニング・ソード」にコアを置いてスピリット状態でフィールドに残す。 リローヴを見捨てたというスオウ。それでもちゃんと話せとツルギは説得を続ける。 「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」を召喚して「シャイニング・ソード」と「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」をダブルブレイヴしてアタックしたツルギは、スオウの「アルデウス・ヴァイパー」を指定アタックで破壊。 スオウは「ライトニング・シオン」にコアを置きスピリット状態でフィールドに残す。だが、ツルギは次の自分のターンでもダブルブレイヴアタックを敢行して「ライトニング・シオン」と「ホワイト・ペンドラゴン」を破壊すると、頑ななスオウのライフを最後まで削り抜き、勝利する。スオウは遂にリローヴが好きだと認めるのだった。 同じ頃、サモハンの工場ではソラがキザクラのスイーツを食べ、幸せに浸る。ハクアは、キザクラがソラに気があるのではと気を揉む。 スオウが合流した事で、遂にソードブレイヴが１２本揃う。それを知ったヤイバは、神を斬る決意を固める。
裁きの神剣は、神聖なる岩山での招来の儀式で出現するという。その儀式の前に、ツルギ達は気がかりな事がありザムーラの白き騎士の城塞に来た。そこはヴァルガスと弟のガルドスが暮らしていた場所だ。その時、大地を揺るがす地響きが始まる。ヤイバが準備してきた、各国の地下で建造された超巨大方舟群が浮上し始めたためだ。 ヤイバは、神によるレジェンディアの滅びが間近に迫っている事、全人類救済の為に各国の指揮で人々を速やかに方舟に搭乗させて欲しいという事、各国に配備したスティンガーはその誘導用である事を、全世界の国々の元首に打ち明けて協力を求める。 一方、リローヴとスオウは、ストークに戻って闇の赤きソードブレイヴが発見された沼地に来る。そこを探ったリローヴは、ガルドスの意識がザムーラにある事を突き止める。 同じ頃、アトランティアの王宮にはジャスティス立花が現れ、ヤイバに警告する。だが、ヤイバは、自分の行為は神へのクーデターだと宣言。ジャスティス立花の説得は失敗する。 各国で方舟への搭乗が開始される。しかし、民には混乱が広がっていた。 そして、神聖なる岩山に１２人のソードアイズが揃い、裁きの神剣の招来の儀式が開始される。闇の赤きソードアイズの役目は、ブリンガーが務めている。ツルギがグレナダから授かった力で闇の赤きソードアイズをブリンガーに宿したのだ。 「来たれ、裁きの神剣！」ヤイバの叫びで、落雷が発生。錆びた状態の裁きの神剣が出現する。 ツルギＶＳブリンガー、ブラウＶＳソラ、キザクラＶＳアマレロ、ゴーディＶＳハガクレ、リローヴＶＳスオウ、ハクアＶＳヤイバ、でバトルをしてライフを削り合うソードアイズ達。ライフが破壊されるたびに神剣の錆衣が剥がれ、抜き身が現れる。人間が神剣を使う為に光と闇の力を蓄積する儀式とは、バトルで砕けたライフを神剣に捧げる事なのだ。 一方、ザムーラで白き騎士の城塞にあった鎧が立ち上がる。その鎧の奥には謎の光る眼があった。
裁きの神剣を人間が使う為、バトルで砕けるライフを捧げる１２人のソードアイズ。 ツルギはブリンガーとのバトルで、バトルに賭けられているものが、人間の明日だと気づく。未来に夢を持って生きていける世界を創る事がバトルの先に有るべきものだと思うツルギ。他のソードアイズ達もソードアイズ同士のバトルで、色々な事に気づいていく。 一方、アトランティア火山の鳴動が激しさを増す。方舟の周辺にいる人々が混乱するのを気遣ったグレナダは、不安を和らげようと現地へ赴く。 バトルは進み、スオウがリローヴに完勝。ブリンガーにライフ残り１個まで追いつめられたツルギも逆転して勝利した。遂に全ての刀身の錆が消滅し、真の姿を現す裁きの神剣。 その神剣に手を伸ばそうとするヤイバだが、突如飛来したガルドスがツルギを攻撃。その危機を救うヤイバ。ガルドスはその隙を突き、裁きの神剣へと迫る。ガルドスを阻もうとするヤイバだが、一歩及ばず、裁きの神剣を奪われてしまう。 ガルドスは神剣にオーロラを集約して神の力を手に入れる。さらに空に巨大隕石が現れる。ガルドスはそれを「神の鉄槌」と呼んだ。ツルギ達は隕石の落下を防ごうとする。しかしガルドスは神聖なる岩山を崩壊させ、ツルギ達を退けてしまう。そして、ガルドスは各国に配備されてたスティンガーに指示を下す。 その指示は、各国の方舟に配備されたスティンガー達をウェポンドロイドに変身させるものだった。ウェポンドロイドは方舟への人々の搭乗を中止させると、既に乗り込んだ人々を積んだままの方舟を上昇させた。 ガルドスは、方舟計画とスティンガーの武装化とアトランティア火山の鳴動を、全てヤイバが世界の破壊の為に引き起こした事だと全世界に告げると、火山の鳴動を止めてみせる。そして、アトランティア王宮の玉座についたガルドスの下に最強のスティンガー、カラドボルガーがやってくる。
裁きの神剣を手に入れ世界支配を目論むガルドス。そのガルドスの前に兄ヴァルガスの魂が現れ、力による破滅を説き自重を呼びかける。しかし、ガルドスはカラドボルガーに命じ、ヴァルガスの魂を喰わせてしまう。 ヤイバはツルギ、グレナダ、ブリンガーと共にアトランティアの王宮に乗り込む。ヤイバはガルドスに裁きの神剣を賭けたバトルを挑む。 バトルの様子は中継され、勝敗の行方を全世界の人々が見る。 序盤でガルドスのライフ１個を削るも、反撃され、残りライフ１個まで追い込まれるヤイバ。「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」を召喚して「黒皇機獣ダークネス・グリフォン」にブレイヴ、マジック「ドリームホライゾン」で「滅龍帝ジエンド・ドラゴニス」を手札に戻すと、ブレイヴアタックを仕掛けた。だが、マジック「ウィンドウォール」を使用したガルドスは、ライフ１個の損失でターンを強制終了。「断罪の滅龍ジャッジメント・ドラゴニス」を召喚してアタックする。 ヤイバはマジック「ウィンドウォール」でターンを強制終了させる。しかし「ジャッジメンド・ドラゴニス」の効果が発動、ガルドスは再び自分のターンを行うことを宣言する。 ガルドスは召喚した「ジエンド・ドラゴニス」のアタックで、ヤイバの「ダーク・ウラノス」を破壊する。さらにガルドスは「ジャジメント・ドラゴニス」でアタックする。 ヤイバは「黒皇機獣ダークネス・グリフォン」でブロックし、ラッシュで「ジャッジメント・ドラゴニス」のコアをトラッシュに送りレベルダウンさせる。しかしガルドスはマジック「パワーブースト」を使用した。「ジャッジメント・ドラゴニス」のＢＰを上げ、「ダークネス・グリフォン」を破壊する。追いつめられたヤイバは、最後のライフを砕かれ、敗北してしまう。 バトルに勝利したガルドスはカラドボルガーにツルギとヤイバの魂を食らえ、と命じる。ブリンガーはカラドボルガーからツルギ達を守ろうとするが、破壊されてしまう。絶体絶命のその時、ジャスティス立花とボンバーが現れ、ツルギ達を脱出させるのだった。
ヤイバがガルドスに敗れ、ブリンガーも破壊された。絶体絶命のツルギ達をジャスティス立花とボンバーが救う。神の罰を怖れず自らの正義に従って動くというジャスティスとボンバー。しかし、ギャラクシー渡辺は神を裏切るという決断が出来ないでいた。 マルス達と合流したツルギ達は、サモハン工房に身を寄せる。ソラは破壊されたブリンガーの大修理を買って出る。ツルギはリローヴの錬金術で世界の様子を探る。各国はガルドス配下の武装スティンガーに制圧されていた。それだけでなく、裁きの神剣を手に入れたガルドスにすりよるチュンのような権力者たちも現れていた。 キザクラは避難してきたラガーとサラーと再会。ふたりの母が上空に浮上した箱船の中にいる事を知る。キザクラは皆を勇気づけようとハガクレを相手にバトスピを披露する。その様子をスオウが錬金術で皆に見せ、ゴーディやリローヴも子供達にバトルの解説をする。 キザクラは早々に「大天使ララファエル」を召喚。「大天使ダリエル」のアタック時効果でハガクレのスピリットのBPを一気に下げて、ライフを回復する。ハガクレは「疾風の双刃カムイ・ハヤテ」を召喚するものの、なにもできない。さらにキザクラは「光翼の神剣エンジェリックフェザー」を「ララファエル」にブレイヴしてアタック。ハガクレのスピリットのＢＰをゼロにして、デッキへと戻してしまう。 だが、ハガクレはマジック「シャイニングシャドウ」を使用。そこに「疾風の双剣カムイ・ハヤテ」のチャージが加わり、キザクラのスピリット２体を疲労させる。ライフ１個の犠牲でピンチを切り抜けると、ハガクレは「光牙鳳凰レックウマル」を召喚して、反撃にでる。ハガクレは「レックウマル」に「カムイ・ハヤテ」をブレイヴして、フルアタック。キザクラに勝利する。 そのバトルを見た子供達は楽しさから笑顔を取り戻す。 その様子を見たツルギは、神の罰でスピリット達が永遠に戦う事になったという伝説に疑問を抱く。 一方、負傷していたヤイバが目覚める。
スオウとリローヴに短冊とそれを飾るボードを作ってもらったツルギは、子供達に未来の夢を書いてもらう。ソードアイズ達も自分の願いを書き込む。そんな中、ブリンガーがソラの大修理で飛行能力を得て完全復活。ガルドスを倒す決意を新たにするがツルギだが、お前の実力では無理だとヤイバはいう。皆が夢を持ち生きていける世界を創るのがツルギの夢。夢を叶えるためには、ガルドスとの勝負を賭けてヤイバに勝たねばならない。 ツルギは王家に伝わる「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」を召喚して「輝きの聖剣シャイニング・ソード」にブレイヴさせる。対するヤイバはマジック「ウィンドウォール」でターンを強制終了させ、主導権を渡さない。 ソードブレイヴ・スピリットで反撃したヤイバは、ラッシュでツルギの「ダーク・ディノニクソー」のコア２個を外しレベルダウンさせる。だが、ツルギはマジック「ファイヤーウォ−ル」を使用して、ヤイバのターンを強制終了させる。ヤイバはコア１個余計に置いて「ダーク・ディノニクソー」を残したツルギの戦法を認め、初めて褒める。 「暗黒の魔剣ダーク・ブレード」を召喚したツルギは、「シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」にブレイヴして光と闇の二刀流とした上で、ネクサス「聖剣連山」を配置する。「シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」のBPをプラスし、アタック時効果でヤイバのスピリット２体を破壊して、さらに「ダークネス・グリフォン」に指定アタックをしかける。ヤイバは「ダークネス・グリフォン」のラッシュで対抗しようとする。しかしツルギは「聖剣連山」の効果で手札１枚を破棄して、ヤイバの反撃を無効化する。「ダークネス・グリフォン」を破壊したツルギは「シャイニング・ドラゴン」でラストアタック。最後のライフを砕いて、遂にヤイバに勝利する。 そのバトルは兄弟の絆を深め、ヤイバから心からの笑顔を引き出す。ヤイバはツルギに自分の「ミッドナイト・サン」を託し、ガルドスとの勝負を任せるのだった。 一方、ガルドスを止めようとしたギャラクシー達は、裁きの神剣の一撃で消されてしまう。
ガルドスの一撃で消えた筈のギャラクシーとボンバーとジャスティスだが、その姿はサモハン工房にあった。無事だが、彼らは神から授かった力を失っていた。しかし、人の味方になった事をギャラクシー達は後悔していなかった。ガルドスは、自分だけ助かりたいという人のエゴに呆れ、神に対し、この世界も失敗だったと宣言。ガルドスは神との同化を果たす。 その頃、ストークの神殿に来たヤイバとリローヴはライフを捧げ、カードに封じられたスピリット達を目覚めさせようとしていた。 一方、ツルギはアトランティア王宮に乗り込むとクーデターを宣言。だが神と同化したガルドスは全世界に配備した武装スティンガーに指令を出す。すると天に魔方陣が展開し、神の鉄槌が地表へと降下をはじめる。破滅を怖れ、命乞いする権力者達をガルドスは神剣で斬ろうとする。そこへ飛び込んだツルギは、ソードブレイヴで防ごうとする。しかし、神剣の衝撃波で吹き飛ばされてしまう。そのツルギを守ったのは父の形見「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」だった。 その頃、ストークの神殿ではヤイバの命をかけた呼びかけがスピリットたちに届こうとしていた。ヤイバの力に耐えきれず神殿は崩壊してしまうが、呼びかけはスピリット達に届いていた。呼応したスピリットたちはカードのまま空に舞い上がっていって、ガルドスの魔方陣を裂いて消滅させる。さらにカードは、ソードアイズ達のキースピリットの幻となって出現し、鉄槌の降下を食い止める。 各地で自分のキースピリットを褒め称えるソードアイズ達は、人々を方舟に乗せるため、スティンガーを蹴散らし、方舟の奪取に走る。連絡はリローヴ達が作った貝殻で可能だ。 一方、ツルギは、世界の救済を賭けてガルドスにバトルを挑む。 エクストリームゾーンに立ったツルギはガルドスに「お前は誰だ」と問いかける。「お前達が『神』と呼ぶもの」と答えたガルドスは、序盤でツルギのライフを砕く。すると、神の鉄槌が一段落下する。ツルギのライフが減るたび、神の鉄槌は降下していくのだ。だが、ツルギは怯まない。仲間のカードを混合した、究極のソードアイズデッキで反撃を開始するのだった。
ツルギは神と融合したガルドスに、全人類の命運を賭けたバトスピを挑む。スオウ達、ソードアイズは各地の方舟に乗り込み、ガルドス配下の武装スティンガーを退治して、地上に残った人々を救助しようとする。 バトルを優勢に運ぶガルドスは、ツルギのライフを削り、神の鉄槌を一段、落下させる。生きる事に執着する理由を問われたツルギは「やりたい事があるからだ」と答える。そして「望みがある方が強い」事を証明すると宣言する。 一方、ブリンガーは、全スティンガーを制御するカラドボルガーに立ち向かっていた。だが、逆に鉄槌の岩盤に叩き込まれてしまう。ソードアイズに圧されていた武装スティンガー達は勢いをとりもどし、キザクラ達は包囲されてしまう。 ガルドスはネクサス「永遠なる神都」を配置する。効果によってトラッシュにあるコスト８以上の赤のスピリットカード全てがガルドスの手札に戻る。更にアタックステップ時、コスト８以上の全スピリットが『激突』を得てしまう。 ガルドスの攻勢にツルギは「ウィンドウォール」の使用でターンを強制終了させて耐える。返しのターン、「輝龍シャイニング・ドラゴン」に「輝きの聖剣シャイニング・ソード」をブレイヴしてアタック。ガルドスのスピリットを破壊するが、ガルドスが使用したマジック「フューズチェンジ」の効果でライフ０にできず、ソードブレイヴ・アタックは空振りに終わる。 ガルドスは「滅龍帝ジエンド・ドラゴニス」でツルギに迫る。ツルギはそれに「ダーク・ティラノザウラー」で対抗する。マジック「ファイヤーウォール」を使用して、「ダーク・ティラノザウラー」を破壊。ツルギはターンを強制終了させる。追い込まれたツルギは、「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」を召喚。「シャイニング・ソード」をブレイヴさせてアタックする。だが、ガルドスはマジック「アイスエイジシールド」の使用でツルギにライフをけずらせない。返しのターン、ガルドスはついに「断罪の滅龍ジャッジメント・ドラゴニス」を召喚、激突させる。
ガルドスとツルギのバトルが一進一退の攻防を繰り広げる中、ブリンガーが遂にカラドボルガーを破壊 、スティンガー達の機能を停止させた。ジャスティス立花らはキザクラ達に協力して各国住民の方舟収容を急がせる。最大出力のブリンガーは神の鉄槌を押し上げようとする。 ガルドスは「裁きの神剣リ・ジェネシス」と「断罪の滅龍ジャッジメント・ドラゴニス」を駆使してツルギを追いつめるが、マジック「ソードディスティニー」を使用したツルギは「白夜の宝剣ミッドナイト・サン」をノーコストで召喚すると「龍輝神シャイニング・ドラゴン・オーバーレイ」にダイレクトブレイヴ。トリプルブレイヴのアタックと、マジック「リゲイン」「エメラルドフィールド」の使用で、ツルギは相討ちへと勝負を持ち込む。そして、ツルギは作っては壊す神が持っていないものに気づく。それは「夢」だ。 夢の力を信じたツルギは「シャイニング・ソード」でガルドスを斬り、遂にガルドスを消滅させる。すかさず、ヤイバがガルドスの放った黒いオーラを裁きの神剣で斬る。神の消滅とともに、神の鉄槌が爆砕する。爆発は円陣を組んでいたカードたちに抑え込まれ、太陽に変化していく。 一方、全世界の人々を乗せた方舟艦隊が崩壊する大地を見下ろす中、１１人のソードアイズ達は、神の作った大地を断ち人間の大地を作るためソードブレイヴを礎とする儀式を行う。大地に投げ込まれた裁きの神剣と１２本のソードブレイヴが発光するとその瞬間、全ソードアイズの瞳の紋章が弾けて消滅。光が収束した海上には新たな大陸が出現した。 やがて新たな大地に、人間達は都市を作り自らの時代を切り開いていく。 時を経て、マサムネとキクのもとに戻っていたツルギは、ブリンガーと共にサイドカーで再び旅立つ。途中、元ソードアイズの仲間達とすれちがう。 アトランティアの方舟王宮に着いたツルギはヤイバと仲良くバトスピをする。それはブリンガーが太陽から帰還後に初めて願った夢だったのだ。
(C)BNP／BANDAI・メ～テレ
