平穏な日々が戻って、これまでを振り返る珠紀。だが、不穏の前兆は迫っていた……。

珠紀が登校すると、学院中が神隠しの噂で持ちきりだった。 自身の抱える秘密の重さに苦しむ慎司は、一人でアリアに会いに行く。 そして思い悩む卓は……。

卓の裏切りに動揺を隠せない珠紀たち。 慎司は雨の中、ロゴスに会うために森を走る。 珠紀と祐一は霧深い森の奥で、ロゴスの潜伏先である洋館を見つけて、潜入を試みるが……。

慎司がロゴスと通じていたことが発覚して、気持ちがバラバラになってしまった守護五家。 カミたちのざわめく森の奥で、珠紀たちは消滅したはずの山ノカミと再会し、封印したはずの鬼斬丸が目覚めたことを告げられる……。

鬼斬丸を狙い、神社近くに現れた卓とツヴァイ、ドライ。 対峙する真弘たちは、攻撃してくる卓に反撃を躊躇ってしまう。 自分の中の鬼の目覚めに苦しむ拓磨に、ババ様は守護者の使命を解く。 思い届かず落胆する慎司に、美鶴は……。

ロゴス内で密かな企みを巡らせる卓。 慎司と真弘は互いの思いをぶつけ合う。 ババ様と美鶴によって部屋に軟禁された珠紀は……。

ババ様に『贄の儀』を問い質す珠紀は、ついに神隠しの真実を知ってしまう。 もはや鬼斬丸の封印は、珠紀の力でしか成されないところまで来ていた。 蔵に監禁され、会えない拓磨を想う珠紀は、いつかの緋色の夢を見て……。

拓磨との遥かな縁を知った珠紀。 呼び掛ける拓磨に珠紀は応え、二人は儀式からの逃避行に出る。 村は封鎖され、追っ手の迫る中、二人の前に現れたのは……。

清乃たちの助けを得て、珠紀と拓磨は鬼の力に振り回されながらも逃走を続ける。 狗谷遼の正体を知った真弘たちは、宝具を取り戻すため、共にロゴスの館に向かう……。

ドライの策略に陥り、拓磨とアインは激突する。 ロゴスの館で卓と合流した真弘たちは、宝具の回収に向かう。 激しい戦いの中で、拓磨に反応した鬼斬丸は、ついに……！

お互いを想うが故に、自身の犠牲を厭わないと決める珠紀と拓磨。 秘密の森で、二人は最後の逢瀬を交わす……。

鬼斬丸の力に操られたアインの凶刃に、ババ様が倒れる。 そしてついに玉依姫として目覚めた珠紀。 その眼前に集うは六人の守護者たち……！

玉依姫の加護を得て、守護五家として真に覚醒した拓磨たち。 鬼斬丸の力を我が物としたドライとの、最終決戦の行方は……！