木々が赤く色付く季節。ごく普通の高校生、春日珠紀は両親の海外転勤に伴い、祖母である宇賀谷静紀の家で暮らすため、自然に囲まれた季封村を訪れる。幼い頃の記憶をたどり、祖母の家へ向かう珠紀だが、その直後化け物に襲われる。その危機を救ったのは無愛想な少年、鬼崎拓磨だった…。

祖母の静紀から、玉依姫となり「鬼斬丸」の封印を守れと告げられた珠紀。珠紀は戸惑いながらも、玉依姫を守る守護者の鬼崎拓磨、鴉取真弘、狐邑祐一、大蛇卓たちに囲まれて、新しい生活を始める。玉依姫とは、鬼斬丸とは何なのか。珠紀は独自に調べようと思い立つが…。

転びそうになった珠紀を抱き留めたのは守護五家の五人目、犬戒慎司だった。慎司との再会を喜ぶも、どこか歓迎しない様子の拓磨たちを、珠紀は不思議に思う。そんな中、鬼斬丸を封印している五つの宝具の見回りに向かう五人の守護者。突然の頭痛に襲われた珠紀は、不安を感じて…。

宝具が封印されてる地で、その結界を解こうとする謎の集団「ロゴス」と遭遇した珠紀たち。退けはしたものの、迫る再戦を予感して落ち着かない珠紀は、卓に封印の宝具について尋ねに向かう…。

謎の少女、アリア率いる「ロゴス」により、第一の封印を解かれてしまった珠紀と守護五家。しかし、静紀はこともなげに、珠紀に玉依姫としての覚醒を促がす。覚醒しないことに思い悩む珠紀だが…。

封印をめぐり、アリアたちとの決戦を約束した珠紀と拓磨、真弘、祐一、卓、慎司の守護五家たち。美鶴の手料理に励まされ、決意を新たにする。そしてついに、ロゴスと守護五家の全面対決が今始まろうとしていた…！

ロゴスとの対決以降、落ち込む守護五家たちを励まそうとする珠紀だが、俺たちの何がわかると拒絶されてしまう。人ならざる者の宿命を背負う守護五家との間に、溝を感じた珠紀は…。

芦屋正隆が宇賀谷家を訪れた。芦屋は国の機関、典薬寮の人間だと名乗り、緊急事態だからと協力を申し出る。芦屋の意図を読めず卓たちはいぶかしむが、静紀は珠紀に判断を一任する。珠紀は申し出を受け入れたことで、俺たちは役立たずなのかと真弘たちを怒らせてしまう…。

突如として、封印の森に住まうカミたちが暴れ出した。「鬼斬丸」の封印が弱まった影響で、続々と妖に身を落としたのだった。千年ぶりの異変に山ノカミも目覚め、怒りのままに暴風を起こす。鎮めようとする拓磨たちだが…。

「鬼斬丸」封印の宝具が次々とロゴスに奪われてしまった珠紀たち。鬼斬丸の封印を司る玉依姫、珠紀の警護により力を入れるため、守護五家は宇賀谷家で寝食をともにすることになる…。

状況は悪いままだが、共同生活の中で皆と仲良くなっていく珠紀。玉依姫の力による幻視を自覚して、僅かでも覚醒に近づいたことを感じる珠紀は、皆の前で、覚醒して自分が守ると宣言する。そんな時、珠紀は蔵の中で玉依姫の力に導かれる…。

宇賀谷家での共同生活の真意を知り驚く珠紀たち。そして珠紀たちは残る封印が、同時に襲撃される気配を察知する。迫るロゴスを二手に分かれて迎え撃つ守護五家。鬼斬丸を巡る戦いも、最終局面に突入する…！

全ての封印を解かれ、ついに姿を現した鬼斬丸。鬼斬丸の発する力にあてられて、自分の中の鬼に目覚めた拓磨は、怒りのままにアインと激突する。真弘、祐一、卓、慎司も各々ロゴスに立ち向かっていく…。