少年・ラキと兄のザキが住む村で、妖魔による連続惨殺事件が発生。妖魔が人間に化けられることから、村人たちは恐れおののいた。村長は、唯一、人に化けた妖魔を判別して戦うことが出来るクレイモアに妖魔退治を依頼。村人たちが集まる中、クレアというクレイモアが村にやって来た。 クレイモアは、半分妖魔、半分人間の半人半妖で全てが女性。目が銀色だったことから、銀眼の魔女と呼ばれていた。村長から話を聞いたクレアは、さっそく村の中の巡回を開始。そのクレアから、いきなり大剣を突き付けられたラキは、さすがに震え上がった。 クレアと仲良くなったラキは、自分の身の上を明かした。実は、この村で最初に妖魔に殺されたのはラキの両親だった。ラキは、妖魔に襲われ気が付いたら自分とザキが生き残っていた、と言う。その後、ラキらは、叔父の家の世話になっていたのだ。まもなく、家に戻ったラキは、叔父の惨殺死体を見つけた。そばにいたザキの言動から、どうやらその身体に妖魔が乗り移っているらしい。 実は、妖魔はラキの両親を殺した後、姿を隠すため、ザキの脳と身体を喰らい、なりかわっていたのだ。怒りのラキは、ザキに突進するが簡単にかわされ、追い詰められた。 その時、現われたのは、ラキの身体から妖魔の臭いを感じ取っていたクレアだった。襲いかかるザキを大剣で叩き斬ったクレアは、すぐにその息の根を止める。だが、両親の敵を討てたと喜んだのも束の間、ラキは、ザキと同じように妖魔が乗り移っているかもしれないとの理由で村から追放された。そして、砂漠をさまよったラキは、熱い砂の上で気を失ってしまった。 ラキが目を覚ました場所は、エゴンの町の宿屋だった。主人の話によると、ひとりのクレイモアが死ぬ寸前だったラキを連れて現われ、宿賃まで払ってくれたらしい。ラキは、命の恩人がクレアだと確信して――。

ラキを料理番にして妖魔退治の旅を続けるクレアの前に、組織の連絡係のルヴルが現われ、同じクレイモア・エレナの紋章が記された『黒の書』を手渡した。これを見たクレアは、ラキを町の宿屋に残し、エレナがいるらしいシーレ山に向かった。首をかしげるラキに、ルヴルは、余りにも悲しいクレイモアの運命を明かした。 半分人間、半分妖魔――半人半妖のクレイモアは、元々、ある組織が妖魔に対抗するために作り出したものだったのだ。最初、クレイモアは、身体の中にある妖魔の力を人間の意志で抑え込むことが出来る。だが、妖魔の力を振るい妖魔の能力を使えば使うほど、クレイモアの身体は、妖魔に近くなってしまうらしいのだ。 さらに衝撃的なことに、自分の意志で妖魔の力をコントロール出来なくなったクレイモアは、人間のまま死のうとして、それぞれの剣の中に仕込まれた『黒の書』を一番殺されたい者に送るというのだ。クレアに『黒の書』を送ってきたエレナは、同じ頃組織に入り、一番辛い時に慰め合った唯一の親友だったのだ。 やがて、シーレ山中に入ったクレアは、エレナを見つけて向き合った。エレナは、妖魔の力を使う以上に、人間としての心が強くなければいけなかったと悔やむ。そして、人間の心が宿っているうちに殺してほしい、と涙ながらにクレアに訴えた。そのエレナの身体は、次第に妖魔の兆しが現われ始めていた。 クレアは、必死で止めさせようとするラキを振り払ってエレナに向かい、その身体に大剣を振り下ろした。

ルブルの指令でクレアが次に向かった街は、大聖堂を中心に発展した聖都・ラボナだった。この街に妖魔が出没し、多くの犠牲者が出ているという情報があったのだ。しかし、街には“妖し者”が入ることが許されなかったので、妖魔を見抜く力が失われるが、クレアは薬を飲んで妖力を抑えて入ることに。 ラキと宿屋に泊まったクレアは、さっそく街中の調査を行った。大聖堂では、ミイラが安置されている洗礼の間にまで入り込むが、妖魔の気配を感じることが出来ない。街に戒厳令が敷かれる夜間、妖魔退治の依頼者・ヴィンセント司祭に会ったクレアは、大聖堂内で司祭が次々と殺されている事を聞く。 宿屋に戻る途中、クレアは、街を巡回中の兵士、ナイフ投げのシドと剣が得意なガークに捕まりかけた。だが、その頃、大聖堂内では、見回りの兵士が妖魔の犠牲になっていた。 翌朝、兵士を連れたシドとガークが、宿屋に妖魔改めにやって来た。薬の効果が切れていると知ったクレアは、とっさに薬を飲んでシドらの追及をかわす。 クレアがシドらに正体を見破られて程なく、大聖堂内で悲鳴が響いた。クレアは、慌てて内部に入り込むが、薬の副作用で妖魔の居場所を特定出来ない。そんなクレアに、異常食欲者の妖魔が突然襲い掛かって来た。腕にかすり傷を受けたクレアは、慌てて、態勢を整える。後から駆けつけてきたシドとガークは、妖魔を見つけて攻撃するが――。

大聖堂内での妖魔の猛攻に、クレアは防ぐことしかできない。騒ぎを聞きつけて大勢の兵士が到着したため、妖魔は姿を消したが、深手を負ったクレアは床に倒れこんでしまった。 ヴィンセントの部屋で治療を受けて2日目。ようやく意識が戻り動けるようになったクレアは、まさに決死の決断をした。大聖堂内にいる何者かが妖魔だと確信したクレアは、兵士から大司教に至るまで、妖魔改めをしたいとヴィンセントに要請。妖魔が見つかった場合、相手にしがみついて動きを封じる間に、自分もろ共、槍で突くようガークとシドに命じたのだ。 まもなく行われた妖魔改めで、大司教らからは妖魔の気配は全く感じられなかった。ヴィンセントを含めた全員に、潰したはずの右目もあった。思わぬ結果に、首をかしげるガークたち。だが、考え抜いたクレアは、ようやく妖魔の正体を見破った。妖魔は、大聖堂内に安置されている聖人のミイラに違いなかった。 やがて、クレアとミイラになって潜んでいた妖魔との激烈な死闘が始まった。シドはナイフ投げで、ガークは剣でクレアに協力するが、妖魔の攻撃は激しさを増す。しかし、大剣を手にして覚醒状態に入ったクレアは、妖魔力全開で妖魔を攻撃し、みなぎるパワーでついにその頭を叩き斬った。 クレアの勝利を目の当たりにして、感嘆の声を洩らすラキ、シド、ガークの3人。だが、この直後、クレアの身体に思わぬ事態が発生した。 妙な音と共に、クレアの妖魔化が止まらなくなった。クレアは、ダメージを受けた状態で妖力を使い過ぎたため、自分の妖魔化を止めることが出来なくなったのだ。人として意識があるうちに自らの命を断とうと決意したクレアは、ラキに別れを告げて、ガークに殺して欲しい欲しいと頼んだ。これを見たラキは、涙を流しながらクレアに抱きつき、自分も一緒に死にたい、と訴えて――。

クレイモアのテレサは、どんな妖魔を相手にしようとも妖力の解放をすることなく、微かに笑っているような表情で相手を倒すため、“微笑のテレサ”と呼ばれていた。クレイモア最強の女と噂されるこのテレサが、組織の連絡係・オルセから告げられた次の目的地は、テオの街だった。 街に入ったテレサは、立て続けに町人に化けていた6匹の妖魔を倒した。そして、最後の7匹目を倒したテレサに、口が利けない1人の少女が付きまとい始めた。妖魔によって奴隷のようにこき使われていた少女は自分を助けてくれたテレサを救世主と勘違いしたのだ。森の中で盗賊の一味と遭遇したテレサは、ふとクレイモア最大の掟を思い出す。 クレイモアは、いかなる理由やどんな偶発的な事故であろうと人間を殺すことは出来ない――。もし、その掟を破れば、仲間によって首をはねられてしまうのだ。盗賊をやり過ごしたテレサは、付きまとう少女がジャマになり、いなくなるよう命じた。だが、行き場所がないらしい少女は、子供の足では厳しい岩場や断崖を歩くテレサを、死に物狂いで追いかける。少女が脱水症状を起こして倒れるのを見たテレサは、掟のことを思い出したこともあり、すぐに手当てし、食べ物を与え、一緒に寝るようになった。 だが、今後、少女に何もしてやれないと考え、次の町まで連れて行くことにして、少女に名前を付けた。その名は、美しく清らかで愛に満ち溢れた双子の女神と同じクレア。実はもう片方の女神の名前は、テレサなのだ。少女は、その名が偶然にも、自分の親が付けてくれたものと同じだと知り、嬉し涙を流した。

クレアにとって、クレイモアと行動を共にするより、人として人の中で生きる方が良いに違いない。と考えたテレサはロクトの町でクレアを人間に預けるつもりだった。町に入って妖魔を退治し、クレアのために新しい服と靴を買い与え、町長と交渉して引き取って欲しいと頼み込んだ。 話を聞いたクレアは、買ってもらった服や靴を脱ぎ捨てて、涙ながらに一緒に連れて行って欲しいとテレサに懇願した。だが、テレサは、心を鬼にして、クレアをロクトの町に残したのだった。 ところが、テレサが町を離れて程なく、ロクトで火の手が上がった。クレイモアが妖魔を退治したと知った馬賊の一団が町を襲ったのだ。慌てて町に戻ったテレサは、町人たちの死体が転がる中、クレアの姿を捜し回った。 まもなく、テレサの前に、男に引きずられたクレアがやって来た。その男は、テレサにやられた盗賊の1人で、ずっとテレサに付きまとっていたリグ。クレアがそのリグに乱暴されたと知ったテレサは、怒り心頭。冷静さをなくしクレイモアの掟を忘れたテレサは、ついにリグはもちろん馬賊の一団をことごとく殺してしまった。 これを知った組織の連絡係のオルセは、他のクレイモアにテレサの討伐を命令。クレアをオルセに奪われたテレサは、5人のクレイモアに囲まれた。だが、組織の中で最強といわれるテレサは、その5人を殺さずにことごとく撃破。これを見たオルセは、クレイモアのナンバー2からナンバー5までを招集し、クレアを取り戻して出発したテレサの討伐を命じた。

組織からテレサの討伐に選ばれたのは、ナンバー3のイレーネ、ナンバー4のノエル、ナンバー5のソフィア、一見ただの女の子にしか見えないナンバー2のプリシラの4人。テレサと同じように、どんな相手でも数が多くても妖力を解放せずに倒すことが出来るプリシラは、仲間からいずれはテレサを越えると噂されるクレイモアだった。 その頃、クレアを連れてとある町の宿屋にいたテレサは、町に入ってきた異質な3つの妖気を感じていた。そして、部屋に現われた3人を見たテレサは、彼女たちが組織の遣わした掟の執行者だと知った。 さっそく始まる戦闘。テレサは、3人に手こずりながらも次第に追い詰める。そんな中、テレサは、気配を全く感じさせずに近付いてきたクレイモア、プリシラの存在に気付いた。プリシラの参入で、戦いの流れが大きく変わった。 まもなく、テレサは、プリシラが自分にとって最も戦いにくい相手だと知った。テレサが最強である理由は、敵の妖気を感じる能力がずば抜けて高いこと。だが、プリシラは、その妖気を極限まで抑えて戦うことが出来るのだ。ノエルやイレーネは、プリシラがテレサと互角に戦っているのを見て、思わず目を見張った。 だが、地力に勝るテレサは、次第にプリシラを追い詰め始めた。これを見て一斉にテレサに反撃するイレーネたち。やがて、イレーネ、ノエル、ソフィアの3人は妖力を解放してパワーアップし、テレサに迫って――。

テレサは、イレーネ、ノエル、ソフィアに続いて妖力を解放したプリシラの4人のクレイモアの猛攻を受けながらも、妖力を解放せず有利に戦った。橋まで破壊する高速剣を操るイレーネを倒したテレサは、ノエルも吹き飛ばす。さらにソフィア、プリシラを倒し、プリシラの元に近付いた。 テレサは、プリシラにはやがて自分を超える素質があると感じ、その場で確実に芽を摘むつもりだった。だが、恐怖に支配され、涙を流して震えるプリシラを見たテレサは、そばで戦いを見守るクレアのことを思い出し、止めを刺すことが出来なかった。 ところが、怒りのボルテージが上がったプリシラは、我を忘れて妖力の解放を始めた。クレイモアは、10パーセントの妖力解放で目の色が変わり、30パーセントで顔付きが、50パーセントで身体つきまでが変化する。そして、80パーセント超えると妖魔から人間に戻れなくなるのだ。 テレサは、すでに妖力解放70パーセントを超えたプリシラに中止するよう忠告した。しかし、コントロール出来なくなったプリシラは、意識混濁を始めながら、テレサに猛攻を加えてきた。ようやく妖力を解放したテレサは、プリシラを叩きのめすが、プリシラの妖力解放は止まらない。これを見たイレーネは、プリシラが人間に戻る限界点を越えたと察した。 プリシラの状態を見たテレサは、妖力解放をやめ、わずかに残った人間の言葉で妖魔になりたくない、と訴えるプリシラの願いを聞き、止めを刺してやろうと近寄った。 その時、一瞬のスキを突いて、プリシラの手が剣を掴み、テレサに斬りかかった。その直後、宙を舞うテレサの両腕と首。そして、覚醒して完全に妖魔になったプリシラは、ノエル、イレーネ、ソフィアの命を次々に奪って――。

テレサの血と肉を受け継いで、半人半妖ならぬ、クオーターのクレイモアになったクレア――。ラキを連れてトリロの町に入り4匹の妖魔を倒したそのクレアは、異常食欲者がいると聞いてやって来たミリアと2人のクレイモアと出会った。4人で異常食欲者を倒すと聞いていたミリアは、クレアの命令無視を批判しながら、その無謀な行動を笑う。 ルヴルの話によると、クレアが大聖堂で倒したのは、異常食欲者ではなく単なる妖魔。異常食欲者というのは、実は、妖力を解放したまま元に戻れなくなったクレイモアのなれの果て、覚醒者だったのだ。相手が本物の覚醒者なら、数秒で八つ裂きにされると聞いたクレアは、思わず黙る。だが、クレアの思いを察したルヴルは、西の山中にいるらしい覚醒者の討伐に加わるよう命じたのだった。 組織が覚醒者の討伐に指名したのは、リーダーでクレイモアナンバー6のランクのミリア、ナンバー15のデネヴ、ナンバー22のヘレン。ミリアは、クレアのランクが最下位の47だと知り、ア然。討伐に向かう途中、ミリアと剣の練習をするクレアを見たデネヴとヘレンは、その余りにも酷い戦いぶりに、全く戦力にはならないとボヤいた。 まもなく、山中の岩場に到着したミリアらは、1人の男に声を掛けられた。だが、異常を感じたミリアは、その男に斬りつける。すると、男は急に覚醒し、ミリアに手傷を負わせて変形し始めた。 覚醒者が女だけだと思っていたミリアらは、目の前の討伐の相手が、予想外の異常に強力な男の覚醒者だと気付き、愕然となった。

ミリア、ヘレン、デネヴ、そして、クレアの4人は、崖で待っていた覚醒者が男だと知り、愕然となった。白い息を吐きながら舌と爪を使い、圧倒的なパワーで攻撃してくる覚醒者に、デネヴは腕を噛み砕かれて崖から転落。叩き斬った腕がすぐに再生するのを見たミリアらは、この覚醒者が首を落とさなければ倒せない相手だと気付いた。 ミリアの話によると、初期には女だけではなく男のクレイモアも作られていた。だが、男のクレイモアは、戦力的には問題はなかったのだが、ことごとく短時間で限界を越えて異常食欲者になってしまうため、作られなくなったらしいのだ。 やがて、切断された腕の再生を終えた覚醒者は、猛攻を開始した。デネヴとクレアはその爪で貫かれ、ヘレンも背中から血が噴き出す。デネヴは、やられた腹部の再生を始めるが、ダメージそのものが大きかったため、生き残れる可能性は五分五分。背中に深手を負ったヘレンも、すでに戦える状況ではなかった。 ひとり残ったミリアは、妖力を解放し、玉砕覚悟で反撃を始めた。“幻影のミリア”と言われるミリアの得意技は、残像を作って相手を惑わすスピード攻撃。だが、覚醒者に攻勢をかけるものの、次第にスピードが鈍り始めた。これを待っていた覚醒者は、ミリアの腹部に舌を刺し込んで深手を与え、その動きを止めてしまった。 絶体絶命の大ピンチ。そんな中、立ち上がったのは、それまで苦しんでいたクレアだった。覚醒者の妖気の流れを読んだクレアは、その攻撃を回避し、まず再生したばかりの腕を、そして、舌を叩き斬る。さらに、その体にも大きなダメージを与えた。これを見たミリアは、ナンバーひとケタの意地で、再び戦いに参加。まもなく、クレアとミリアの同時攻撃で、ついに覚醒者を倒したのだった。