少年・ラキと兄のザキが住む村で、妖魔による連続惨殺事件が発生。妖魔が人間に化けられることから、村人たちは恐れおののいた。村長は、唯一、人に化けた妖魔を判別して戦うことが出来るクレイモアに妖魔退治を依頼。村人たちが集まる中、クレアというクレイモアが村にやって来た。 クレイモアは、半分妖魔、半分人間の半人半妖で全てが女性。目が銀色だったことから、銀眼の魔女と呼ばれていた。村長から話を聞いたクレアは、さっそく村の中の巡回を開始。そのクレアから、いきなり大剣を突き付けられたラキは、さすがに震え上がった。 クレアと仲良くなったラキは、自分の身の上を明かした。実は、この村で最初に妖魔に殺されたのはラキの両親だった。ラキは、妖魔に襲われ気が付いたら自分とザキが生き残っていた、と言う。その後、ラキらは、叔父の家の世話になっていたのだ。まもなく、家に戻ったラキは、叔父の惨殺死体を見つけた。そばにいたザキの言動から、どうやらその身体に妖魔が乗り移っているらしい。 実は、妖魔はラキの両親を殺した後、姿を隠すため、ザキの脳と身体を喰らい、なりかわっていたのだ。怒りのラキは、ザキに突進するが簡単にかわされ、追い詰められた。 その時、現われたのは、ラキの身体から妖魔の臭いを感じ取っていたクレアだった。襲いかかるザキを大剣で叩き斬ったクレアは、すぐにその息の根を止める。だが、両親の敵を討てたと喜んだのも束の間、ラキは、ザキと同じように妖魔が乗り移っているかもしれないとの理由で村から追放された。そして、砂漠をさまよったラキは、熱い砂の上で気を失ってしまった。 ラキが目を覚ました場所は、エゴンの町の宿屋だった。主人の話によると、ひとりのクレイモアが死ぬ寸前だったラキを連れて現われ、宿賃まで払ってくれたらしい。ラキは、命の恩人がクレアだと確信して――。

ラキを料理番にして妖魔退治の旅を続けるクレアの前に、組織の連絡係のルヴルが現われ、同じクレイモア・エレナの紋章が記された『黒の書』を手渡した。これを見たクレアは、ラキを町の宿屋に残し、エレナがいるらしいシーレ山に向かった。首をかしげるラキに、ルヴルは、余りにも悲しいクレイモアの運命を明かした。 半分人間、半分妖魔――半人半妖のクレイモアは、元々、ある組織が妖魔に対抗するために作り出したものだったのだ。最初、クレイモアは、身体の中にある妖魔の力を人間の意志で抑え込むことが出来る。だが、妖魔の力を振るい妖魔の能力を使えば使うほど、クレイモアの身体は、妖魔に近くなってしまうらしいのだ。 さらに衝撃的なことに、自分の意志で妖魔の力をコントロール出来なくなったクレイモアは、人間のまま死のうとして、それぞれの剣の中に仕込まれた『黒の書』を一番殺されたい者に送るというのだ。クレアに『黒の書』を送ってきたエレナは、同じ頃組織に入り、一番辛い時に慰め合った唯一の親友だったのだ。 やがて、シーレ山中に入ったクレアは、エレナを見つけて向き合った。エレナは、妖魔の力を使う以上に、人間としての心が強くなければいけなかったと悔やむ。そして、人間の心が宿っているうちに殺してほしい、と涙ながらにクレアに訴えた。そのエレナの身体は、次第に妖魔の兆しが現われ始めていた。 クレアは、必死で止めさせようとするラキを振り払ってエレナに向かい、その身体に大剣を振り下ろした。

ルブルの指令でクレアが次に向かった街は、大聖堂を中心に発展した聖都・ラボナだった。この街に妖魔が出没し、多くの犠牲者が出ているという情報があったのだ。しかし、街には“妖し者”が入ることが許されなかったので、妖魔を見抜く力が失われるが、クレアは薬を飲んで妖力を抑えて入ることに。 ラキと宿屋に泊まったクレアは、さっそく街中の調査を行った。大聖堂では、ミイラが安置されている洗礼の間にまで入り込むが、妖魔の気配を感じることが出来ない。街に戒厳令が敷かれる夜間、妖魔退治の依頼者・ヴィンセント司祭に会ったクレアは、大聖堂内で司祭が次々と殺されている事を聞く。 宿屋に戻る途中、クレアは、街を巡回中の兵士、ナイフ投げのシドと剣が得意なガークに捕まりかけた。だが、その頃、大聖堂内では、見回りの兵士が妖魔の犠牲になっていた。 翌朝、兵士を連れたシドとガークが、宿屋に妖魔改めにやって来た。薬の効果が切れていると知ったクレアは、とっさに薬を飲んでシドらの追及をかわす。 クレアがシドらに正体を見破られて程なく、大聖堂内で悲鳴が響いた。クレアは、慌てて内部に入り込むが、薬の副作用で妖魔の居場所を特定出来ない。そんなクレアに、異常食欲者の妖魔が突然襲い掛かって来た。腕にかすり傷を受けたクレアは、慌てて、態勢を整える。後から駆けつけてきたシドとガークは、妖魔を見つけて攻撃するが――。

大聖堂内での妖魔の猛攻に、クレアは防ぐことしかできない。騒ぎを聞きつけて大勢の兵士が到着したため、妖魔は姿を消したが、深手を負ったクレアは床に倒れこんでしまった。 ヴィンセントの部屋で治療を受けて2日目。ようやく意識が戻り動けるようになったクレアは、まさに決死の決断をした。大聖堂内にいる何者かが妖魔だと確信したクレアは、兵士から大司教に至るまで、妖魔改めをしたいとヴィンセントに要請。妖魔が見つかった場合、相手にしがみついて動きを封じる間に、自分もろ共、槍で突くようガークとシドに命じたのだ。 まもなく行われた妖魔改めで、大司教らからは妖魔の気配は全く感じられなかった。ヴィンセントを含めた全員に、潰したはずの右目もあった。思わぬ結果に、首をかしげるガークたち。だが、考え抜いたクレアは、ようやく妖魔の正体を見破った。妖魔は、大聖堂内に安置されている聖人のミイラに違いなかった。 やがて、クレアとミイラになって潜んでいた妖魔との激烈な死闘が始まった。シドはナイフ投げで、ガークは剣でクレアに協力するが、妖魔の攻撃は激しさを増す。しかし、大剣を手にして覚醒状態に入ったクレアは、妖魔力全開で妖魔を攻撃し、みなぎるパワーでついにその頭を叩き斬った。 クレアの勝利を目の当たりにして、感嘆の声を洩らすラキ、シド、ガークの3人。だが、この直後、クレアの身体に思わぬ事態が発生した。 妙な音と共に、クレアの妖魔化が止まらなくなった。クレアは、ダメージを受けた状態で妖力を使い過ぎたため、自分の妖魔化を止めることが出来なくなったのだ。人として意識があるうちに自らの命を断とうと決意したクレアは、ラキに別れを告げて、ガークに殺して欲しい欲しいと頼んだ。これを見たラキは、涙を流しながらクレアに抱きつき、自分も一緒に死にたい、と訴えて――。

クレイモアのテレサは、どんな妖魔を相手にしようとも妖力の解放をすることなく、微かに笑っているような表情で相手を倒すため、“微笑のテレサ”と呼ばれていた。クレイモア最強の女と噂されるこのテレサが、組織の連絡係・オルセから告げられた次の目的地は、テオの街だった。 街に入ったテレサは、立て続けに町人に化けていた6匹の妖魔を倒した。そして、最後の7匹目を倒したテレサに、口が利けない1人の少女が付きまとい始めた。妖魔によって奴隷のようにこき使われていた少女は自分を助けてくれたテレサを救世主と勘違いしたのだ。森の中で盗賊の一味と遭遇したテレサは、ふとクレイモア最大の掟を思い出す。 クレイモアは、いかなる理由やどんな偶発的な事故であろうと人間を殺すことは出来ない――。もし、その掟を破れば、仲間によって首をはねられてしまうのだ。盗賊をやり過ごしたテレサは、付きまとう少女がジャマになり、いなくなるよう命じた。だが、行き場所がないらしい少女は、子供の足では厳しい岩場や断崖を歩くテレサを、死に物狂いで追いかける。少女が脱水症状を起こして倒れるのを見たテレサは、掟のことを思い出したこともあり、すぐに手当てし、食べ物を与え、一緒に寝るようになった。 だが、今後、少女に何もしてやれないと考え、次の町まで連れて行くことにして、少女に名前を付けた。その名は、美しく清らかで愛に満ち溢れた双子の女神と同じクレア。実はもう片方の女神の名前は、テレサなのだ。少女は、その名が偶然にも、自分の親が付けてくれたものと同じだと知り、嬉し涙を流した。

クレアにとって、クレイモアと行動を共にするより、人として人の中で生きる方が良いに違いない。と考えたテレサはロクトの町でクレアを人間に預けるつもりだった。町に入って妖魔を退治し、クレアのために新しい服と靴を買い与え、町長と交渉して引き取って欲しいと頼み込んだ。 話を聞いたクレアは、買ってもらった服や靴を脱ぎ捨てて、涙ながらに一緒に連れて行って欲しいとテレサに懇願した。だが、テレサは、心を鬼にして、クレアをロクトの町に残したのだった。 ところが、テレサが町を離れて程なく、ロクトで火の手が上がった。クレイモアが妖魔を退治したと知った馬賊の一団が町を襲ったのだ。慌てて町に戻ったテレサは、町人たちの死体が転がる中、クレアの姿を捜し回った。 まもなく、テレサの前に、男に引きずられたクレアがやって来た。その男は、テレサにやられた盗賊の1人で、ずっとテレサに付きまとっていたリグ。クレアがそのリグに乱暴されたと知ったテレサは、怒り心頭。冷静さをなくしクレイモアの掟を忘れたテレサは、ついにリグはもちろん馬賊の一団をことごとく殺してしまった。 これを知った組織の連絡係のオルセは、他のクレイモアにテレサの討伐を命令。クレアをオルセに奪われたテレサは、5人のクレイモアに囲まれた。だが、組織の中で最強といわれるテレサは、その5人を殺さずにことごとく撃破。これを見たオルセは、クレイモアのナンバー2からナンバー5までを招集し、クレアを取り戻して出発したテレサの討伐を命じた。

組織からテレサの討伐に選ばれたのは、ナンバー3のイレーネ、ナンバー4のノエル、ナンバー5のソフィア、一見ただの女の子にしか見えないナンバー2のプリシラの4人。テレサと同じように、どんな相手でも数が多くても妖力を解放せずに倒すことが出来るプリシラは、仲間からいずれはテレサを越えると噂されるクレイモアだった。 その頃、クレアを連れてとある町の宿屋にいたテレサは、町に入ってきた異質な3つの妖気を感じていた。そして、部屋に現われた3人を見たテレサは、彼女たちが組織の遣わした掟の執行者だと知った。 さっそく始まる戦闘。テレサは、3人に手こずりながらも次第に追い詰める。そんな中、テレサは、気配を全く感じさせずに近付いてきたクレイモア、プリシラの存在に気付いた。プリシラの参入で、戦いの流れが大きく変わった。 まもなく、テレサは、プリシラが自分にとって最も戦いにくい相手だと知った。テレサが最強である理由は、敵の妖気を感じる能力がずば抜けて高いこと。だが、プリシラは、その妖気を極限まで抑えて戦うことが出来るのだ。ノエルやイレーネは、プリシラがテレサと互角に戦っているのを見て、思わず目を見張った。 だが、地力に勝るテレサは、次第にプリシラを追い詰め始めた。これを見て一斉にテレサに反撃するイレーネたち。やがて、イレーネ、ノエル、ソフィアの3人は妖力を解放してパワーアップし、テレサに迫って――。

テレサは、イレーネ、ノエル、ソフィアに続いて妖力を解放したプリシラの4人のクレイモアの猛攻を受けながらも、妖力を解放せず有利に戦った。橋まで破壊する高速剣を操るイレーネを倒したテレサは、ノエルも吹き飛ばす。さらにソフィア、プリシラを倒し、プリシラの元に近付いた。 テレサは、プリシラにはやがて自分を超える素質があると感じ、その場で確実に芽を摘むつもりだった。だが、恐怖に支配され、涙を流して震えるプリシラを見たテレサは、そばで戦いを見守るクレアのことを思い出し、止めを刺すことが出来なかった。 ところが、怒りのボルテージが上がったプリシラは、我を忘れて妖力の解放を始めた。クレイモアは、10パーセントの妖力解放で目の色が変わり、30パーセントで顔付きが、50パーセントで身体つきまでが変化する。そして、80パーセント超えると妖魔から人間に戻れなくなるのだ。 テレサは、すでに妖力解放70パーセントを超えたプリシラに中止するよう忠告した。しかし、コントロール出来なくなったプリシラは、意識混濁を始めながら、テレサに猛攻を加えてきた。ようやく妖力を解放したテレサは、プリシラを叩きのめすが、プリシラの妖力解放は止まらない。これを見たイレーネは、プリシラが人間に戻る限界点を越えたと察した。 プリシラの状態を見たテレサは、妖力解放をやめ、わずかに残った人間の言葉で妖魔になりたくない、と訴えるプリシラの願いを聞き、止めを刺してやろうと近寄った。 その時、一瞬のスキを突いて、プリシラの手が剣を掴み、テレサに斬りかかった。その直後、宙を舞うテレサの両腕と首。そして、覚醒して完全に妖魔になったプリシラは、ノエル、イレーネ、ソフィアの命を次々に奪って――。

テレサの血と肉を受け継いで、半人半妖ならぬ、クオーターのクレイモアになったクレア――。ラキを連れてトリロの町に入り4匹の妖魔を倒したそのクレアは、異常食欲者がいると聞いてやって来たミリアと2人のクレイモアと出会った。4人で異常食欲者を倒すと聞いていたミリアは、クレアの命令無視を批判しながら、その無謀な行動を笑う。 ルヴルの話によると、クレアが大聖堂で倒したのは、異常食欲者ではなく単なる妖魔。異常食欲者というのは、実は、妖力を解放したまま元に戻れなくなったクレイモアのなれの果て、覚醒者だったのだ。相手が本物の覚醒者なら、数秒で八つ裂きにされると聞いたクレアは、思わず黙る。だが、クレアの思いを察したルヴルは、西の山中にいるらしい覚醒者の討伐に加わるよう命じたのだった。 組織が覚醒者の討伐に指名したのは、リーダーでクレイモアナンバー6のランクのミリア、ナンバー15のデネヴ、ナンバー22のヘレン。ミリアは、クレアのランクが最下位の47だと知り、ア然。討伐に向かう途中、ミリアと剣の練習をするクレアを見たデネヴとヘレンは、その余りにも酷い戦いぶりに、全く戦力にはならないとボヤいた。 まもなく、山中の岩場に到着したミリアらは、1人の男に声を掛けられた。だが、異常を感じたミリアは、その男に斬りつける。すると、男は急に覚醒し、ミリアに手傷を負わせて変形し始めた。 覚醒者が女だけだと思っていたミリアらは、目の前の討伐の相手が、予想外の異常に強力な男の覚醒者だと気付き、愕然となった。

ミリア、ヘレン、デネヴ、そして、クレアの4人は、崖で待っていた覚醒者が男だと知り、愕然となった。白い息を吐きながら舌と爪を使い、圧倒的なパワーで攻撃してくる覚醒者に、デネヴは腕を噛み砕かれて崖から転落。叩き斬った腕がすぐに再生するのを見たミリアらは、この覚醒者が首を落とさなければ倒せない相手だと気付いた。 ミリアの話によると、初期には女だけではなく男のクレイモアも作られていた。だが、男のクレイモアは、戦力的には問題はなかったのだが、ことごとく短時間で限界を越えて異常食欲者になってしまうため、作られなくなったらしいのだ。 やがて、切断された腕の再生を終えた覚醒者は、猛攻を開始した。デネヴとクレアはその爪で貫かれ、ヘレンも背中から血が噴き出す。デネヴは、やられた腹部の再生を始めるが、ダメージそのものが大きかったため、生き残れる可能性は五分五分。背中に深手を負ったヘレンも、すでに戦える状況ではなかった。 ひとり残ったミリアは、妖力を解放し、玉砕覚悟で反撃を始めた。“幻影のミリア”と言われるミリアの得意技は、残像を作って相手を惑わすスピード攻撃。だが、覚醒者に攻勢をかけるものの、次第にスピードが鈍り始めた。これを待っていた覚醒者は、ミリアの腹部に舌を刺し込んで深手を与え、その動きを止めてしまった。 絶体絶命の大ピンチ。そんな中、立ち上がったのは、それまで苦しんでいたクレアだった。覚醒者の妖気の流れを読んだクレアは、その攻撃を回避し、まず再生したばかりの腕を、そして、舌を叩き斬る。さらに、その体にも大きなダメージを与えた。これを見たミリアは、ナンバーひとケタの意地で、再び戦いに参加。まもなく、クレアとミリアの同時攻撃で、ついに覚醒者を倒したのだった。

覚醒者の討伐に成功した4人のクレイモアは、クレアを除いて満身創痍だった。特にデネヴは、腕の再生に妖気を使い果たしたため腹部の再生が進まず、後は本人の気力次第という状態。ヘレンは、一番多くやられたクレアの傷が全てすぐに回復可能な場所ばかりだったと知り、首をひねった。 そんな中、ある疑問を抱いたミリアは、ヘレンとクレアに覚醒しかけたことがあるかどうかを尋ね、デネヴを含めた全員がその経験のある問題児ばかりだと判明した。ミリアの話によると、今回の仕事では、その問題児ばかりのグループが、組織のミスで、偶然、通常なら倒せないような覚醒者と戦うことになった。つまり、今回の討伐は、偶然が重なり過ぎており、組織が4人を抹殺するために仕組んだ可能性がある、というのだ。 自分が戦いの中で覚醒しかけた時の様子を話し、その時以来、自分たちを使い捨てのように処分する組織に復讐を決意したと明かすミリア。自分たちが、普通なら一気に覚醒する所を途中で止まっている状態、もしくはゆっくりと覚醒し続けている半覚醒の状態ではないか、とのミリアの説明を聞いたヘレンとクレアは、互いに顔を曇らせた。 ミリアの話を倒れたまま聞いていたデネヴは、思わぬことを言い出した。このまま限界を守っていれば死ぬだけだと察したデネヴは、限界を越えて完全覚醒する寸前まで自分の身体を持って行き、腹部の再生を果たして人間に戻ってくる、人体実験を宣言したのだ。そして、もし、完全に覚醒した場合、直ちに自分の息の根を断つよう頼んだデネヴは、覚醒を開始した。 ミリア、クレアらが、剣を構える中、デネヴはその姿を変えて行き――。

男の覚醒者と対戦した後、ミリアの話で組織への考えを変えたクレアは、ルヴルから、北の町・ゴナールにいるらしい覚醒者の討伐を命じられた。この覚醒者は、かつてランクが上位だったメンバーで、その実力は男の覚醒者よりはるかに上。クレアは、一緒にいたラキを残し、ひとりゴナールの町へと向かった。 まもなく、クレアは身体中の細胞が警告するような感覚を味わった後、オフィーリアというナンバー4のクレイモアと出会った。どうやら、このオフィーリアは、クレアと一緒に覚醒者を討伐する仲間らしい。ところが、クレアに付いて来てしまったラキを見つけたオフィーリアは、とんでもない提案をした。 実は、オフィーリアは、人を殺してもその目撃者の口を封じさえすれば罪はないも同然、と考えるような殺人狂だった。いきなりクレアの両足を切断したオフィーリアは、自分がラキと戦っている間に、両足をくっつけて助けに入ってみろ、というのだ。オフィーリアは、実力に合わせて戦うとは言ったが、ラキの首を斬り落とそうとしているのは見え見え。オフィーリアの思う壺にはまったクレアは、妖力を解放し、懸命に足の修復を始めた。 そこへ可愛い少女の姿で現れた覚醒者が変身し、攻撃を開始してしまう。オフィーリアがラキを捕まえて覚醒者に投げつけたため、ラキはその触手に絡め取られる。これを見たクレアは、覚醒状態になって両足を修復し、ラキを救出。戦いの場からラキを避難させ、再び会うことを約束して別れた。 そこへ現われたオフィーリアは、クレアを覚醒者と見て、もう1匹も討伐しようと剣を抜いて――。

クレアが狂気の笑みで迫るオフィーリアに追い詰められた場所は、断崖絶壁の上だった。妖気を抑えて懸命に対抗するクレアに対し、オフィーリアは、奇妙な剣法を使い始めた。それは相手の妖気を感知して剣の軌道を予想して戦うクレアの上を行く剣法で、全く防ぎようがないのだ。オフィーリアが漣の剣と呼ぶその威力に、完全に受身になったクレアは、切り裂かれた結果、剣を握る右手をわざと切断させて断崖から転落した。 だが、オフィーリアは、クレアの作戦を読んでいて追いかけて来た。接合しようとした右手をみじん切りにされたクレアは、負けを覚悟する。さらに、左手首も切断されて絶体絶命となった。 そんな2人の前に、思わぬ人物が現われた。マントで全身を覆ったその女に、全く妖気は感じられない。思わぬ邪魔者の出現に、妖力を上昇させるオフィーリア。これに気付いたクレアは、女に早く逃げるよう告げた。 オフィーリアの攻撃はすぐに始まった。だが、女は、その攻撃をことごとくかわし、オフィーリア必殺の漣の剣ですら軽く弾き返した。そして、女は、目にも止まらない太刀さばきで、オフィーリアの防具や身体を切り裂き始めた。これを見たクレアは、女が死んだはずのテレサ討伐隊のひとりで、かつてのナンバー2、高速剣のイレーネだと知る。 気を失ったクレアが意識を取り戻したのは、イレーネが住む小屋のベッドの中だった。1週間程、看護されたクレアの左手は接合していたが、利き腕の右手はなかった。そして、イレーネはクレアがかつてテレサと一緒にいた少女だと聞く。一方、クレアは、イレーネがプリシラの討伐で左腕を切断されたと知る。その夜、2人は、それまでのことを色々と語り明かした。 まもなく、クレアの思いを知ったイレーネは、高速剣の奥義を伝授して――。

イレーネから高速剣を伝授されたクレアは、次第にその感覚が掴めるようになった。片腕のみの妖力完全解放が奥義の高速剣。イレーネは、クレアが高速剣を出し始めた途端、片腕の妖気に精神が影響を受けると指摘するが、一応合格点をつける。そして、その証として、イレーネは一本しか残っていない自分の右腕を自ら切り落とし、餞別としてクレアに贈ったのだった。 両腕のないイレーネが、離反者刈りにやって来たナンバー5のラファエラと遭遇していた頃、クレアは、すっかり覚醒者となったオフィーリアの攻撃を受けていた。だが、以前に比べて力もスピードも大幅にアップしたクレアは、オフィーリアの猛攻を楽々とかわした。 そんな中、オフィーリアは、池の水面に写った自分の姿を見て驚愕した。プリシラと戦って自分を助けてくれた兄の敵を討とうとしていたオフィーリアは、自分が覚醒者になってしまったと気付き、動揺する。クレアは、そのスキを突いてオフィーリアの右腕を切断。さらに高速剣で相手の攻撃をかわしながら、横腹に大きな穴を空けた。そして、自分もプリシラ討伐を狙っていることをオフィーリアに伝えた。 まもなく、イレーネの右腕がなじんでなかったことから、クレアは剣を握ることが出来なくなった。これに気付いたオフィーリアは、自分の尾の先に人の形をしたオフィーリアを現出させて、最後の賭けに出る。 だが、クレアは、残る全ての力を全て結集して、オフィーリアに猛攻。自分の負けを悟ったオフィーリアは、クレアがプリシラを倒すことを祈って、笑顔で死んでいった。

ラキの手掛かりを探すために男に変装してハメルの町に入ったクレアは、町の中にクレイモアが4人も滞在していると知った。宿屋の主人の話によると、4人は強力な妖魔が潜むザゴルの山を目指しているとか。クレアは、4人との接触を避けるため、妖気を出来るだけ抑えた。 翌日、クレアは、クレイモアが町を出たと知り、ラキに関する情報収集を急いだ。そして、町の広場の噴水の中に立つテレサとクレアの女神像の前で、ラキが10日程前、この町にいたとの証言を得た。 そんな中、ザコルの山に行った1人のクレイモアが瀕死の状態で戻ってきた。声を掛けたクレアが仲間だと気付いたそのクレイモアは、みんなを助けて欲しいと言い残して絶命。かなり強力な覚醒者が何かを企んでいるとにらんだクレアは、居ても立ってもいられず、町の人にクレイモアの亡骸を人として葬って欲しいと告げ、山へと向かった。 その頃、ザコルの山の城跡では、少女の姿をしたリフルと、岩のような堅固な装甲のダフという2人の覚醒者が、捕まえた2人のクレイモアに拷問を加えていた。苦しみに耐え切れずついに覚醒者になったカティアが弱いと知ったリフルらは、直ちに抹殺する。2人は、強いクレイモアだけを覚醒者にして、仲間にしようとしているらしい。討伐隊のリーダーだった残る1人で、ナンバー9のジーンは、2人の拷問に必死の思いで耐えていた。 山の入口で多数の妖魔を倒したクレアは、城跡に恐ろしい敵が待ち構えているとも知らず、山を登って行き――。

山の城跡に入ったクレアを待ち受けていたのは、強力な妖気を放つ巨大な岩のような覚醒者・ダフだった。攻撃の気配に気付いたクレアは、すぐさま渾身の力で斬りつけ、高速剣を見舞うが、固い装甲に阻まれてダメージを与えることが出来なかった。 ダフの攻撃は身体の各所からの鉄棒の発射だった。これをまともに食らったクレアは両足の骨を砕かれて絶体絶命。そんな場面で、クレアらの前に、組織がクレアを抹殺するために遣わした刺客、ナンバー3のガラテアが現れた。ダフにいたぶられていたクレアをとりあえず助けたガラテアは、足を治すよう指示して反撃を始めた。 相手の妖気をコントロール出来るガラテアは、戦いを有利に進めながらダフの右手を叩き斬る。地下に潜んでいたとてつもない力を持つ覚醒者・リフルが少女の格好で姿を見せたのは、そんな時であった。リフルのアドバイスで攻撃を始めたダフは、ガ然有利となり、ガラテアの腹に鉄棒を叩き込む。これを見て、何としても両足を早く治そうと妖力を解放するクレア。だが、妖力の解放が限界を超えてしまったため、ついにクレアの妖魔化が始まってしまった。 リフルがほくそ笑む中、クレアを人間の側に引き戻したのは、ガラテアの精神力だった。ガラテアは、試しにやった行為ながら、クレアが覚醒状態から戻ってきたと知り、ビックリ。そして、クレアの不思議な潜在能力に舌を巻いた。 ガラテアによると、リフルは、かつて3人いた“深淵の者”と呼ばれるナンバー1の覚醒者の1人。最近、北にいるらしい男の“深淵の者”と勢力争いを始めたリフルは、強い覚醒者の駒を集めているらしいのだ。クレアは、北の男がプリシラを仲間にしたと知り、顔色を変えた。 再び始まる激戦。クレアは、ガラテアから、地下に拘束されているらしいナンバー9のジーンを助けるよう指示されて――。

ダフとの戦いをガラテアに任せたクレアが地下の拷問所に入った時、ジーンの肉体は苦しみの余り限界を越え、すでに覚醒していた。しかし、これを見たクレアは、ジーンがまだ人間の心を留めていると気付き、一か八かの賭けに出た。 新たなクレイモアの存在を認めたジーンは、これで人間のまま殺してもらえる、と思わず感謝の言葉を口にした。だが、クレアが行ったことは、ジーンが思っていたこととは正反対だった。いきなりジーンの頭を抱きしめたクレアは、ガラテアが自分に施してくれたように、全精神をその肉体に注ぎ込み、心を人間の側に引き戻したのだ。これが効を奏し、元の姿に戻ることに成功。ジーンに事情を説明したクレアは、すぐさま一緒に元のフロアに帰った。 リフルがガレキの上に陣取る中、クレア、ガラテア、ジーン対ダフの、3対1の戦いが始まった。ガラテアは、自分とクレアが戦っているスキに、クレイモア随一の高速回転の突きをダフに叩き込むようジーンに指示。まもなく、ジーンの突きは、ダフの残っていた左手に命中し、その半分を粉砕した。 だが、そんな状況になっても、リフルは余裕の表情を浮かべ、全く動こうとはしなかった。クレアが次に狙ったのはジーンの突きをダフの喉元に叩き込むこと。ガラテアが動けなくなる中、クレアは、ダフの発射する無数の鉄棒を避けながら、完全に覚醒した右腕の高速剣で反撃する。そして、ジーンの突きがついにダフの喉元を貫いた。これを見たリフルは、ついに巨大な覚醒者に姿を変えてダフを救出。そして、クレアの一撃に顔色一つ変えないリフルは、そのまま姿を消してしまった。 クレアは、リフルが言い残した言葉から、宿敵・プリシラが、白銀の王と呼ばれるイースレイと一緒にいると知り、新たな闘志を燃やして――。

ジーンのお陰で高速剣の制御法を体得したクレアが、ルヴルから新しい指令を受けた。ナンバー7以下数名の女戦士の命を奪った北の地にいる複数の覚醒者を壊滅せよ、というのがその内容で、組織もそれなりの人数を用意するらしい。任務をこなせば恩赦を与えるとルヴルに告げられたクレアは、ラキがその北の地に向かったらしいと聞き、すぐさま出発した。 クレアとジーンが北の地・アルフォンスの入口の町・ピエタに到着した時、ヘレン、デネヴら22人のクレイモアが集まっていた。隊長を務めるのは、旧知のミリア。任務は、ルヴルが言った通り、この地で群れる複数の覚醒者の殲滅であった。ミリアが考えた作戦は、クレイモアを5つのチームに分け、各々覚醒者を攻撃するというもの。グループの隊長は、実力が上位のナンバー6・ミリア、ナンバー8・フローラ、ナンバー9・ジーン、ナンバー11・ウンディーネ、そして、ナンバー13のベロニアが担当。クレアは、フローラのチームに配属された。 その夜、クレア、ヘレン、ミリア、デネヴの4人は、近くの洞窟に密かに集合して、再会を喜び合った。そこに、やはり覚醒状態から帰還した経験のあるジーンが姿を見せ、仲間に加わる。ミリアの分析によると、今回の作戦の成功の確率はゼロ。その理由は、覚醒者たちの背後に控える深淵の者・イースレイの存在にあった。どうやら、組織は、24人のクレイモアを、次の作戦を練るための捨て駒にするつもりらしい。 そんな中、覚醒者3匹による奇襲が始まった。チームに戻ったミリアやクレアたちは、さっそく応戦する。クレアは、フローラの指揮の下、相手の妖気を支配する覚醒者と相対して――。

クレアが属するフローラの隊は、ウンディーネの隊と合同で、第1の覚醒者と戦うことになった。覚醒者の最初の攻撃で4名が負傷し残るは6名。この覚醒者は、相手の妖力を自由にコントロール出来るため、攻撃は思うように進まない。積極攻撃が裏目に出て触手に絡め取られたウンディーネを見たクレアは、デネヴと協力して救出に成功する。 一方、ジーンとベロニカの隊は、第2の覚醒者に対して善戦していた。ジーンの高速の突きを受けた覚醒者は、ヘレンによってその全ての手足をもがれる。ベロニカとシンシアは、その相手に対し止めを刺していた。 金色に光るクレアとデネヴの眼を見た第1の覚醒者は、2人が覚醒したと思った。だが、雪煙の中から現れたクレアらは、再び銀色の眼に戻っている。驚く覚醒者に対し、クレアとデネヴは次々と深手を与えた。そして、デネヴが覚醒者の首筋に下した一撃に、ウンディーネが協力し、ついにその首を落とした。だが、戦いはまだ終わらなかった。首だけになっても相手の妖力をコントロールできる覚醒者は、弱いクラウディアとウェンディを同士討ちにさせようとしたのだ。これに気付いたクレアとフローラは、すぐに宙に舞って覚醒者の首を切り刻んで倒した。 まもなく、自分の隊だけで第3の覚醒者を倒したミリアが戻り、初戦はクレイモア側の勝利に終わった。だが、ミリアやクレアは、今の戦力では、全滅が近いと予想していた。クレアらに残された僅かな生存の可能性は、戦いの中、死に物狂いで強くなることしかなかった。 その頃、北の廃墟に足を踏み入れたラキは、崩れてくる壁に潰されそうになった少女を助けていた。そんな少女を捜しに、一人の男が現れる。2人と仲良くなったラキは、その時、少女がクレアが敵として追い続けるプリシラ、男が白銀の王と呼ばれる北の深淵の者・イースレイだとは思いもしなかった。

プリシラに懐かれたラキは、イースレイから頼まれたこともあって、一緒にピエタの町を目指すことになった。ピエタには多くのクレイモアが集結しているらしい。ラキは、その中にクレアがいると考えたていた。「無力は罪」と言い切るイースレイに剣の太刀さばきを教えてもらったラキは、クレアに再会するまでに、少しでも強くなりたかった。 ピエタでは、やがて訪れる決戦の時に備えて、クレイモアたちがそれぞれ英気を養っていた。筋肉隆々のウンディーネが実は少女のようなか細い姿だと知ったデネヴは、常に妖力を解放して強く見せかけているその姿勢を批判しながらも、自分の苦い経験を明かして心を通じ合う。ヘレンは、装備を新しい物に換えて意気揚々だった。 そんな中、フローラに呼び出されたクレアは、右腕のことを聞かれて答えに窮していた。その右腕がかつてのナンバー2高速剣のイレーネのモノだと察したフローラは、どのように入手したのか確かめておきたかった。そして、クレアが何も答えないので、自分の剣に手を掛けた。 そこに現れたのは、クレアがどんな状況にあっても自分の命を掛けて戦う、と約束したジーンだった。2人の一触即発の態勢に気付いたクレアは、仕方なくイレーネとの間にあったことを明かす。そして、自分の身体の中でテレサの血と肉が生きていること、覚醒者・プリシラを倒すためにクレイモアになったことを告白した。クレアの話に胸を打たれたフローラとジーンは、吹雪の中、3人で剣を合わせ、それぞれの健闘を誓い合った。 その頃、イースレイは、自分の右腕ともいうべき、銀眼の獅子王と呼ばれるリガルドに、ピエタを殲滅するよう命じていた。

ピエタの町に、銀眼の獅子王・リガルド率いる多数の覚醒者の侵攻が始まり、いよいよ決戦の火蓋が切られた。ミリア、クレアたちは、前哨戦と同じように5つの隊に分かれて反撃し、死闘の末、3匹の覚醒者を倒す。だが、クレイモア側も、パメラ、クラウディア、リリーたち経験の浅い者たちが5人戦死してしまった。 その頃、イースレイたちと共に馬でピエタを目指していたラキは、途中、驚愕の光景を目の当たりにした。姿が見えなくなったプリシラを馬から下りて捜したラキは衝撃的な光景を目撃する。何と人間の死体を食べていたのだ。プリシラが妖魔だと察したラキは、自分の剣を握りしめて構える。だが、「パパ、ママ」とつぶやき、泣きながら人肉を食らうプリシラを見たラキは、剣を振り下ろすことをためらった。 そこにやって来たイースレイの話から、プリシラが妖魔ではなく、かつて人間だった覚醒者だと告げられたラキは、ア然。なおも食べ続けるプリシラをラキは、必死で制止する。 ピエタで戦況をながめていたリガルドは、クレイモアたち5人の強い隊長がそれぞれ個々に隊を率いていることを見抜いて、ある作戦を立てた。それは、その5人の隊長を先に倒すこと。そうすれば、クレイモアたちは統制が取れなくなり空中分解する、と見たのだ。リガルドの集中攻撃を受けたベロニカは、あえなく犠牲となった。次いで、ウンディーネも戦死。さらに、ジーンも瀕死の重傷を負って倒されてしまった。 リガルドの作戦に気付いたクレアは、怒りで妖力を解放し、他のクレイモアたちと共にリガルドに迫る。だが、リガルドは、今度はフローラの額に爪を突き立てて、その命を奪ってしまった。銀眼の獅子王の圧倒的な強さに、クレイモアたちは気圧されてしまうが――。

ラキが、覚醒者のプリシラが以前クレイモアだったという事実を知った頃、ピエタの町の広場では、クレイモアの4人、クレア、ヘレン、デネヴ、ミリアが、銀眼の獅子王・リガルドと死闘を繰り広げていた。リガルドの狙いが隊長のミリアだと気付いたヘレンら3人は、必死で反撃する。しかし、リガルドのスピードが余りにも速いため、ダメージすら与えることが出来ない。 まもなく、リガルドの爪攻撃を受けたデネヴがついに倒された。そして、さらにスピードを増したリガルドは、ミリアの幻影にも難なく付いていき、その爪で肩にダメージを与えた。攻撃の効果を確認してほくそ笑むリガルド。これを見たクレアとヘレンは、ミリアを死なせまいと必死。だが、スピードの落ちたミリアは、リガルドの爪で串刺しにされて絶体絶命となった。 ヘレンがリガルドに叩きつけられて動けなくなる中、クレアは、自分がもっと速く動けるようにと祈った。その直後。ミリアに止めを刺そうとした自分の右腕が落ちていると気付いたリガルドは、ア然となる。 一方、プリシラ、イースレイと共に、ピエタの町にたどり着いたラキは、避難して来た町人の話から、最下位のクレイモアまで戦っていると知り、クレアがいると確信した。何が何でもクレアに会いたいラキは、戦闘が続く町の広場目指して――。

クレアが銀眼の獅子王・リガルドの右腕を叩き斬ることが出来た原因は、そのスピード能力の上昇にあった。雪煙が晴れる中、クレアが脚だけを覚醒させていると知ったリガルドは、思わぬ変身振りに舌を巻く。だが、クレアは、覚醒した脚のスピードをコントロール出来なかったため、リガルドにかわされることが多くなった。さらに猛スピードで周囲に激突し、クレアの体力は次第に落ち始めた。 一方、ヘレンは、リガルドが斬り落とされた右腕を取り戻して再生させようとしていると気付き、いち早く奪って切り刻んだ。これを見て、リガルドは、突進してばかりのクレアを見切って攻撃する作戦に変更した。 ところが、スピードをさらに上げるクレアが、なんとそれをコントロールし始めた。相手を侮れなくなったリガルドは、妖力を解放し、クレアを一気に潰しにかかる。火花を散らすクレアの剣とリガルドの爪。避難所にいるクレイモア14名の生存者は、この戦いを固唾を飲んで見守った。ヘレンに避難所に連れて来られたラキは、クレアが覚醒者になってしまうのではないか、と気が気ではなかった。 まもなく、壊れた建物の奥にクレアを追い詰めたリガルドは、自分の勝利を確信し、そばにあった巨大な石柱を抱えて投げつけた。破片が舞う中、意気揚々と引き返そうとするリガルド。だが、上空から姿を見せたクレアは、身体を覚醒させながら、高速剣でリガルドを斬り刻んで――。

リガルドの死を知ったクレイモアたちはミリアのいる避難所で歓声をあげた。全身で喜びを表すヘレン、安堵するデネヴ。だが、その直後、クレイモアたちは、覚醒が止まらないクレアの身体を見て、思わず息を飲んだ。このままでは覚醒者になってしまうと悟ったクレアは、ヘレンに首をはねて欲しいと求める。その間にも、クレアの身体は、徐々に巨大化していった。 そんな中、ピエタの町にやって来たプリシラは、悲惨な状況を見るうち、昔の記憶を思い出して急速に覚醒化し始めた。そして、クレアの身体の中にテレサの匂いを感じ取ったプリシラは、翼を広げて舞い上がり、攻撃を開始した。夢にまで見た仇敵・プリシラの出現に、闘争心がピークに達するクレア。まもなく、2人は、最後の決戦の場を探すように、どこかに姿を消してしまった。 プリシラの出動という新たな展開に、戦況を見守っていたイースレイは、覚醒者たちに戦闘の停止と撤退を指示した。そして、自らは、プリシラの戦いぶりを見るため、2人の後を追った。 一方、負傷者の手当てを仲間たちに任せたミリアは、出来ることなら助太刀しようと、ヘレン、デネヴと3人でクレア捜しに出発した。途中、ガラテアと出会ったミリアたちは、クレアが戦おうとしている相手が、テレサを殺した覚醒者のプリシラだと初めて知り、言葉を失った。 だが、他にもクレアの後を追う2人がいた。クレアを助けられなかったと悔し涙を流すラキと、重傷のジーンだ。何としてもクレアを助けて借りを返したいジーンは、苦痛に耐えながら、必死で山道を登った。 その頃、イースレイが見物を決め込む中、クレアとプリシラは、火山の火口原で因縁の決戦を始めようとしていた。

溶岩が流れる火口原でのクレアとプリシラの決戦は、クレアの攻撃から始まった。意識だけが昔の状態に戻り、クレアを妖魔と勘違いして反撃するプリシラ。一方、イースレイは余裕の表情で戦況を見つめ、ミリア、ヘレン、デネヴの3人も別の場所からクレアを応援する。 そんな中、ミリアは、クレアがクレイモアとなった秘密と、プリシラとの因縁をヘレンとデネヴに説明していた。クレアがプリシラを狙う理由は、自分の身体の中にいるテレサの敵討ち――。だが、クレアは、たとえ覚醒したとしてもプリシラに勝てる可能性は低かった。 ジーンとラキが、ミリアたちの付けてくれた目印を頼りに火口原に向かう頃、クレアは、プリシラの羽根による猛攻を受けていた。動けなくなったクレアをテレサだと思い込み、止めを刺そうとするプリシラ。 これを見たミリアたち3人は、クレアがまだ人間としての心を持っていることを確認して、加勢を始めた。思わぬ横やりに、さらに身体を巨大化させて攻撃するプリシラ。ミリアたちは、ひとたまりもなく死の寸前にまで追い詰められた。 仲間たちの危機を見たクレアは、プリシラを倒すとの一念で、再び立ち上がった。クレアの回りから噴き上がる巨大な妖力。顔、そして、四肢を覚醒させたクレアは、剣を握りしめて、プリシラと対峙した。 意識を取り戻したミリア、火口原に到着したジーンとラキは、驚きの表情でクレアを見つめた。

ラキが心配そうに見守る中、火口原で始まったクレアとプリシラの決戦は、山場を迎えた。クレアは、両腕から次々と生える剣で、プリシラに高速剣の猛攻を加える。これに対し、衝撃波で、クレアにダメージを与えるプリシラ。ミリアたちは、自分たちの力ではどうしようもないと悟り、戦況を見守るばかりだった。 プリシラの巨大な腕で掴まれ投げつけられたクレアは、必殺の羽根ミサイル攻撃を受けた。高速剣ですら防御できないこの攻撃を受けたクレアは、血を吐きながら墜落。地上に激突する寸前で意識を取り戻し、プリシラに激しく反撃した。地上に叩きつけられたプリシラは、身体を元の大きさに戻し、錯乱状態になってしまった。 クレアが止めを刺そうと剣を構える中、2人の前に現われたのは、ずっと様子を見ていたラキだった。プリシラを殺さないように、戦いを止めるように、とクレアに訴えるラキ。懸命のラキの説得に、クレアは攻撃を中止するが、混濁したクレアの触手は、無意識のうちにラキに迫った。 そんなラキを突き飛ばし身を挺して救ったのは、重傷のジーンだった。鋭いクレアの触手で四方から突き貫かれたジーンは、今度は自分がクレアを覚醒から救う、と宣言する。これを聞き、ジーンの身体を心配して拒むクレア。 だが、分の傷が致命傷だと明かしたジーンは、残りの命をクレアのために使うと告げ、次第に妖力を上昇させて――。