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TVアニメの第3シリーズ。ダンは『熱い戦いをしたい! もっと強い奴と戦いたい!!』という拭えない渇望感に苦しんでいた。そこに現れたまゐからのバトルが出来る時代に一緒に来て欲しいとの願いにダンは二つ返事で自ら飛び込んでいく。ダンの新たな戦いの舞台は、異界魔族に侵食された未来の地球。そこで再会したカザン長官から危機に瀕している人類を救って欲しいと未来を託される。新しいバトルフィールド、バトルフォーム、キースピリット。そして新たな力、ブレイヴ! 伝説の男、激突王ダンの新たな戦いが始まった…。
時ははるか未来。異界グラン・ロロと融合し、切り離された地球に残った異界人の一部、異界魔族は人類との長い戦いの果てにその勢力を拡大、太平洋上に八番目の大陸を生み出した。バトルスピリッツでの勝利が時代を制する未来の地球で、抵抗軍を組織して異界魔族に対抗する人類は、過去から救世主となる人物を呼び出す。その人物こそ、かつて異界王との戦いで勝利したコアの光主のひとり、馬神弾 。ヴィオレ・魔ゐ改め、紫乃宮まゐに誘われ未来へ到着したダンはグラン・ロロでの戦いのような熱いバトルを渇望していた。 そこは西暦2650年の地球。カザンに召喚されたクラッキーも既にこの時代に来ていた。人類を勝利に導くための戦いを任されたダンは、この時代の六色全部のデッキを希望。その中にはダンが初めて見る「ブレイヴ」のカードも含まれていた。クラッキーの船「麗しのソフィア号」に乗り込んだダンはパイロットのユースとメカニックのプリムを紹介される。そして、東京上空に異界魔族の艦隊が出現した。「ゲートオープン! 界放!」とダンのコールで現れるバトルフィールド。ダンを載せたコアブリットはバトルフィールドに向けて射出される。対し、異界魔族の暴将デュックもコアブリットで出撃。バトルフィールドで対決する両者を異界魔族の月光のバローネが観戦する。アジアを支配するというデュックに「俺が勝ったら東京は諦めろ」と宣言するダン。二人のバトルが始まった。先手を取り次々にスピリットを召喚したダンは、デュックが繰り出した「重装蟲キャタバルガ」のアタックをライフで受け、久しぶりの痛みを伴うバトルに昂揚する。互いにライフを削り合う激戦の末、ブレイヴカード、「砲竜バル・ガンナー」を召喚したダンは、先に召喚していた「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」とブレイヴさせ、ブレイヴスピリットでアタック。「ディオ・マンティス」でブロックしたデュックのライフを一気に破壊して勝利する。
27世紀の地球。太平洋上に出現した異界魔族の大陸・オクトの首都、女王ギルファムの宮殿「魔光殿」に、暴将デュックが人間に敗北したとの報せが届く。その人間こそ伝説の激突王・馬神弾。その名を聞いたギルファムは、ダンは人類の敵、連れて参れと命じる。異界魔族社会は、ギルファムを中心に、世界中に勢力を拡大した魔族領主達の小国で成り立っていた。その頃、人類軍本部では、初勝利をもたらしたダンが歓迎されるが、ひとりユースは過去から来たヤツに助けて貰って恥ずかしくないかと、懐疑的に思う。そんな中、クラッキーは、地球規模で人類の危機が迫っていることをダンに明かす。説明役に現れたのは、ダンより一足早く未来の地球に来ていた兵堂剣蔵だった。剣蔵と、この時代の女性科学者だというステラ、二人の計算では、異界魔族が誕生させたオクトによって、地球に過大な負荷がかかり、それを矯正しようとして、地球がリセットする、つまり人類も魔族も自然も滅亡させようとしているという。その滅亡までの時間は、わずか1年。 そんな中、異界魔族がバトルフィールドを開き、ダンの前に現れる。月光のバローネと名乗りダンと対峙したバローネは、侵略ではなくバトルをしたくなった、と告げる。強さの深みにはまった者同士、熱い戦いへの渇望を持つ二人は、即座にバトルを開始。ダンは、地球の異変と滅亡の危機を訴えるが、バローネは亡ぶのは人類だけで魔族は進化して生き延びると一顧だにせずバトルに集中する。ダンは、赤のスピリットで挑み、バローネは白のスピリットで応戦。互いにライフを削り合い、互角の戦いを展開する。キースピリットの「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚したダンは、「ノーザンベアード」を指定アタックして破壊する。その「ノーザンベアード」のブロック時効果でコアを増やしたバローネは、ついに白のキースピリット、「月光龍ストライク・ジークヴルム」を召喚した!
強い者と戦いたい!ダンとバローネは種族の違いこそあれ、強さの渇きにあえぐ者同士。純粋にバトルをする二人は、ついに互いのキースピリットを召喚した。バローネが繰り出した「月光龍ストライク・ジークヴルム」のアタックをダンはライフで受けて堪える。それはコアを貯めるためだ。この時代の人類の危機を救うため、ダンは異界魔族のボスに会うと宣言。カザンは、女王と直接交渉するというダンに感心する。ダンは「砲竜バル・ガンナー」を召喚し、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」とブレイヴさせる。バル・ガンナーはブレイヴ時のみ発揮できる効果があり、アタック時、自分のデッキからカード一枚をドローし、さらにBP4000以下の相手スピリット1体を破壊する。「ガドファント」1体を破壊、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」のアタック時効果でもう一体の「ガドファント」も指定アタックし、破壊するダン。しかし、バローネの「月光龍ストライク・ジークヴルム」は、ダンのアタック時に回復してしまうのだった。さらにバローネは「砲凰竜フェニック・キャノン」を召喚して、召喚時効果でダンのスピリット2体を破壊、「月光龍ストライク・ジークヴルム」にブレイヴさせてアタックするバローネ。ライフを1つ失ったダンは、ブレイヴスピリットで敵ブレイヴスピリットを指定アタックして破壊。ブレイヴスピリット対決を制するダン。しかし、バローネはフラッシュタイミングで「ブリザードウォール」を使用する。その効果でライフを守り抜き、反撃に転じたバローネは、ダンの残ったスピリットを破壊しライフも砕く。ダンはバトルに敗北した。そして、勝利したバローネはブレイヴスピリット対決に屈辱感を持ちつつも渇きを癒したダンを称え何もせずに帰還。女王の命令を拒絶するのだった。敗北を糧にデッキを洗い直すダンだが、ユースはダンの実力に不満を抱く。
カザンに促され、ダンに直接文句を言うユースだったが、デッキを検討中のダンは相手にしなかった。クラッキーはそんなユースを呼び出して、腕前を見ようとレプリカのバトルフィールドでバトルをさせてみる。すると、ユースはスピリットの召喚順でコアの節約をミスする初心者。強気だが、スピリットを並べて満足し、アタックしないことを指摘される始末。慌ててアタックして、返り討ちに遭ったユースは、連続アタックを仕掛けるクラッキーに対し、ライフで受け、クラッキーのスピリット全て疲労状態に追い込もうとする。少し見直すクラッキー。大型スピリット、「雷皇龍ジークヴルム」を召喚してアタックさせ、クラッキーのライフを1つ破壊したユースは、続けてフルアタックでライフを削ろうとする。クラッキーはフラッシュタイミングで、マジック「ローヤルポーション」を使用、回復した「フロッガー」でブロックしてユースのスピリットを破壊する。だが、クラッキーを圧していると思いこんだユースは「ダンの力を借りなくても」と呟く。その発言を聞いたクラッキーは、静かな怒りで本気のバトルを開始。「天使ヘルヴィム」をレベル2で召喚したクラッキーは、召喚時効果でマジックカード1枚を手札に加え、アタックする。その攻撃でライフを1つ失ったユースは、「ロック・ゴレム」をレベル2で召喚、アタックしてクラッキーのライフを破壊した。だが、痛みに無表情で「続けるんだ」と促すクラッキー。その凄みに恐怖したユースはジークヴルムでアタックするが、フラッシュタイミングでマジック「エンジェルボイス」を使用したクラッキーにBP勝負ではなくレベル勝負に持ち込まれ、ジークヴルムを破壊されてしまう。さらにマジック「ノーエントリー」を使用したクラッキーは、最後のユースのライフを破壊し、勝利した。初めてバトルスピリッツの難しさと怖さを知ったユースは、ダンを見直す。「生意気言ってすみません」と素直に謝るのだった。
ダン達を載せたソフィア号は、異界魔族の大陸・オクトを目指し飛行していた。 その頃、大小の領主がひしめく魔族の宮廷、魔光殿では、月光のバローネの審問が行われていた。人間に勝利しながら領土も奪わず、伝説の激突王を連行しなかったことで反逆罪に問われたのだ。バローネの非を責める幹部達だが、反省の色のないバローネを女王ギルファムは寛大にも不問に付した。バローネの部下イオラスは、暗闇のザジに人間の神話のイカロスの例えを出され「翼のイオラス」とおだてられる。そそのかされたイオラスは、ダンにバトルを挑む。ザジはイオラスを利用してダンの実力を見極めるつもりらしい。勝負に互いの身を賭けたイオラスの挑戦を受けて立つダン。赤のスピリットを召喚したダンに、イオラスはバローネのマネをして白のスピリットを召喚。その後も、バローネの戦い方をなぞるようにバトルをし、ノーガードで互いのライフを削りあう戦いを続ける。すると、ダンは「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚し、「砲竜バル・ガンナー」をブレイヴ。バル・ガンナーのアタック時効果でカードを1枚ドローし、「ノーザンベアード」を破壊、イオラスの「ガドファント」も指定アタックで破壊する。対するイオラスは2体目の「ガドファント」と「翼神機グラン・ウォーデン」を召喚し、アタック。ブレイドラでブロックしたダンのライフを1つ破壊する。互いのキースピリットをレベルアップさせ、勝負に出るダンとイオラス。ダンはバル・ガンナーを分離し、新たに召喚した「刃狼ベオ・ウルフ」をジーク・アポロドラゴンにブレイヴ、畳みかけてアタックする。イオラスは、バローネ同様「ブリザードウォール」で防ごうとするが、ベオ・ウルフのアタック時効果でライフを2つ破壊され、その防御の隙を突かれる事になる。残るライフもバル・ガンナーで破壊され敗北。バローネから二度と姿を見せるなと言われてしまうのだった。
フェルナンドの町に魔族、暗闇のザジの船が現れた。クラッキーはダンに町の奪還を依頼、ユースとまゐを同行させる。町の支配を宣言するザジに、町の男ルチャがバトルを挑もうとするが、町の人に止められる。町長と娘のサルマも従い、支配の印の旗を立てるザジ。そこへダン達が到着した。子供達が人質に取られたと知りザジを非難するまゐ。ダンは町の命運を背負ってザジにカードバトルを挑む。バトルに対して不真面目に見えるザジ。クラッキーは油断は禁物と警戒。バトル序盤で、ライフを2つ削られたザジは早くもXレア「巨人大帝アレクサンダー」を召喚、ダンのライフを1つ削る。すかさずダンは「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚、指定アタックでザジの「豹人ベルセルカス」を破壊する。さらにXレア「神造巨兵オリハルコン・ゴレム」を召喚したザジは、【粉砕】とアタック時効果で、ダンのデッキから4枚破棄、さらにライフも削り、残り3つとする。次のターンで、豹人ベルセルカスを指定アタックで破壊されたザジは、「機動要塞キャッスル・ゴレム」を召喚。さらにオリハルコン・ゴレムで攻撃。デッキを破壊しつつ、ダンのライフを削り、残り2つに追い込む。「天角獣バイコーン」を召喚して「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」とブレイヴさせたダンは、ブレイヴアタックを仕掛けザジのキャッスル・ゴレムに指定アタックする。ザジはブロック宣言をするが、ブレイヴしている天角獣バイコーンのアタック時効果でブロックを無効にされる。ダンはザジを残りライフ1まで追い詰めるが、ザジの手札を警戒しターンエンドする。だが、次のターンで、待っていたネクサスがドロー出来なかったザジは、ダンのマジックコンボのカウンターで、キャッスル・ゴレムとオリハルコン・ゴレムを破壊され、アレクサンダーもブロックされてしまう。負けが見えた途端、ザジはバトルの場から逃げ出してしまうのだった。
町長と娘のサルマは、切り札を隠していた。それは魔族の子、アンとファン。人質にして交渉材料にするつもりだ。まゐはザジ達と同じ事をしていると町長達を非難し、ダンはアンとファンを連れ帰ろうとする。そこへ町の男ルチャが現れ文句を言うが、ダンは“文句があるならバトルするか”と凄み、ソフィア号に連れ帰ってしまう。切り札を失い不安がるサルマ達を見ていたルチャは、三年ぶりに決意、グレート・イーグルの覆面をつけ、ダンにカードバトルを挑む。イーグルとして戦っていた三年前、圧倒的な敗北をしてしまったルチャは、それ以来カードを握ることさえも恐ろしくなっていた。しかし、ダンが救世主として戦う価値がある人間なのか確かめる為、再び立ち上がったのだ。バトルで応えたダンは、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」でアタック。続けて「ブレイドラ」で畳みかける。ライフで受けコアを増やすルチャ。それはかつての激突王のバトルスタイルだった。ルチャは、異界王を倒した激突王に惚れ、師と仰いでいたのだ。「幻羅星龍ガイ・アスラ」をドローし、召喚したルチャは、続けざまにアタック、【超覚醒】を発動させ、ガイ・アスラで波状攻撃をダンに加える。ライフを削られるダン。さらにレベル4にアップしたガイ・アスラでアタック、ライフを2つ削るルチャ。だが、ダンは異界王は過信で身を滅ぼしたと言い放つ。コアを使用できるスピリットがいなくなったガイ・アスラがアタックできずターンエンドすると、ダンが反撃開始。「刃狼ベオウルフ」を召喚し、ジーク・アポロドラゴンにブレイヴさせる。ガイ・アスラにコアを食わせすぎたルチャは、マジックを使用できずにブレイヴアタックで倒される。その瞬間、ダンが激突王本人だと気づくのだった。引退を考えるルチャにダンは自分なら次のバトルに向けてデッキを組み直すと言い残す。マスクを捨て正体を明かしたルチャは、町の人々から町の守りを託されるのだった。
魔族の子、アンとファンにダンがソフィア号の食料をすべて与えてしまった。食料の補充を依頼したクラッキーに、カザンはステラと剣蔵を派遣。旧チベット地区のテランでの合流を命じる。一方、バローネ支配下のローマで冷遇されていた人々は、「月光龍ストライク・ジークヴルム」を破壊した、救世主ダンに一縷の望みをかけ始める。そんな時代の変化を危惧するジェレイドはバローネに、領土からの外出禁止を言い渡すが、バローネは聞く耳を持たず、デュックからの呼び出しを受け、ヤルタへ向かう。 ダン達と合流した剣蔵は、テランに地球滅亡回避のヒントがあると知らせる。古びた五重の塔に入るダン達。塔は人類以前の神話時代のもので、マザーコアを囲んだ12星座の壁画があった。異界見聞録には、12星座は神々を意味し、神々の戦いが世界の誕生と関わっていると記されている。地球は闇の勢力に勝利した光の神々が、勝利を記念して作り上げたものらしい。その時、天井の穴から差し込んだ光が青のシンボルに変化、1枚のXレアカードに変わった。カードを手にするダン。青い光の中に12宮Xレア「天蠍神騎スコル・スピア」が現れた。剣蔵はそのXレアをダンに持っていて欲しいと頼む。極点の神殿を発見し、12宮Xレアを集め、星々の力を地球の中心核に打ち込めば、滅亡が回避されるらしい。カザンは残り11枚の探索をクラッキーに命じる。ダンは星の力で内部のコアを破壊した場合、魔族が無事か気になる。だが、魔族を心配するダンにユースが反発し、ソフィア号を飛び出してしまう。同じ頃、ヤルタでバローネとデュック、ザジが密会を行っていた。呼び出したのはザジだ。3人で三国同盟を作ろうと誘うザジ。ジェレイドが異界魔族女王の失脚を狙っているという。バローネとデュックはそれぞれの理由で同盟に加わる。一方、強くなりたいと願うユースは、まゐの説得でソフィア号に戻るのだった。
バローネの部下、フローラがコアブリッドでソフィア号に飛び込んできた。ダンにバトルを申し込んだフローラは、バトルフィールドでそれまでの淑やかな清純派から一転、真逆の不良キャラになる。コアブーストを狙い、ネクサス「賢者の樹の実」を配置するフローラ。ダンはエルギニアスでアタック。ブロッカーのいないフローラのライフを削る。動じないフローラは2枚目の「賢者の樹の実」を配置。ダンのアタックをライフで受け、コアを確実に増やす。一方、ダンは場を作り上げた所で12宮Xレア「天蠍神騎スコル・スピア」をレベル2で召喚、その効果で「牙皇ケルベロード」をBP7000のスピリットとして扱い、アタック時効果でフローラのドロイデンを破壊。メインアタックとアタック時効果で、フローラのライフをさらに削り、残り1つまで追い込む。対してXレア「天帝ホウオウガ」をレベル3で召喚するだけのフローラ。だれもがダンの勝利を疑わない中、ダンは決着をつけず、キースピリットとの戦いを望みターンエンドする。嬉しさ半分、怒り半分のフローラは「ワルキューレ・ヒルド」を転召させ、「終焉の騎神ラグナ・ロック」をレベル2で召喚。連続アタックでダンのライフを3つ削る。フローラの戦いに華実を思い出すダン。フローラは「賢者の樹の実」のレベル2効果で、アタック後の疲労状態のスピリットも回復させ抜かりない。ダンはスコル・スピアをレベル1にダウン、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」をレベル2で召喚。ケルベロードをブレイヴさせ、ブレイヴアタックを仕掛ける。そのアタック時効果で自らのデッキのカード5枚を破棄するダン。ジーク・アポロドラゴンのレベル3のブレイヴ時効果でホウオウガを破壊、指定アタックでラグナ・ロックも破壊。牙皇ケルベロードのブレイヴ時効果で疲労状態から回復したダンはブレイヴアタックも決める。フローラは完敗するが、ダンとの戦いを特別だとするバローネの心情を理解するのだった。
ダンとの戦いに魅了され、バローネにダンとの再戦を強く希望するフローラだが、ダンと無断でバトルしたため追放されてしまう。バローネとの再会を望んでいたダンは、フローラの頼みもあり超古代遺跡にバローネを呼び出す。そこで、地球滅亡回避のため必用な12宮Xレアの話をし、「天蠍神騎スコル・スピア」以外の残り11枚を一緒に探してくれとバローネに頼むダン。だが、地球滅亡もバローネには興味がない。仕方なくダンは勝ったら手を貸せとバローネにバトルを申し込む。ダンの猛攻で残り1つまで追い詰められても余裕のバローネは、「月光龍ストライク・ジークヴルム」をレベル2で召喚。「騎士王蛇ペンドラゴン」を召喚して月光龍にブレイヴさせる。ブロッカーのスピリット達を破壊され、アタックされたダンはライフ1つまで追い込まれる。「獣装甲メガバイソン」を召喚して「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」にブレイヴしたダンは、メガバイソンのブレイヴ時効果で紫、緑、白の【装甲】を持ち、さらに太陽龍をレベル3にアップさせる。だが、月光龍のブレイヴ時効果でアタックを強制されたスピリットが返り討ちにされてしまう。次のターンでも畳みかけるバローネ。対するダンは、マジック「マジックブースト」を使用し、太陽龍を回復させつつBPを加算。だが、バローネはマジック「ホワイトホール」を使用し、こちらもBPをアップさせ逆転するのだった。キースピリット同士の対決で、ついに前回の雪辱を果たすバローネ。だが、冷静なダンは分離したメガバイソンをスピリットとして配置。さらにマジック「ミラージュコート」使用して月光龍の迎撃をかわし、バローネにアタック。最後のライフを砕き、勝利する。戦いを見届けたフローラは再会を期して去る。一方、バローネはダンに組みしないが、オクトへのルートを記したチップを渡すのだった。その一部始終をザジが盗み聞きしていた。
オクトへ進行中のソフィア号は、SOS信号を受信。調査に向かったクラッキー達は、魔族に追われた花嫁衣装の少女ジゼルを救出する。彼女はセバンを支配する魔族の領主バルガダとの結婚が嫌で逃げてきたのだ。バルガダに“ジゼル”と“セバン”の自由を賭けてバトルを申し込むクラッキー。バルガダは最強の使い手、冥府魔道のラーゼを指名。クラッキーはダンを指名し、バトルが始まる。その頃、オクトの魔光殿にバローネ、デュック、ザジが三国同盟を結んだ事をギルファム女王に報告、砦となり女王を守るという。一方、戦いを見守るクラッキーに、ジゼルはセバンの現状を話す。魔族に虐げられ、諦めていたセバンの人々だったが、人間のカードバトラーが魔族の領主達を打ち負かしたと知って反乱軍を組織。バルガダは、ジゼルとの結婚で人間達との融和を理由に、反乱の目を潰す気だったのだ。ダンとラーゼのバトルは、互いにキースピリットを召喚し、正念場に入る。Xレア「魔界七将アスモディオス」を召喚したラーゼは、召喚時効果でダンの「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」をレベル1にダウンさせ、ダブルシンボルでアタック、残りライフ1つと追い詰められたダンだが、ブレイヴカード「黒翼竜バーン・クロウ」を太陽龍にブレイヴする。対して、連続アタックをしかけるラーゼ。ブロックした太陽龍は破壊される。だが、黒翼竜のブレイヴ時効果で、BPを比べ、相手のスピリットに破壊された時、相手のライフ1をリザーブに置き、ブレイヴしているスピリットを手札に戻す事が出来るのだった。続くターンで、ダンは、再び太陽龍を召喚、黒翼竜とブレイヴし、ブレイヴアタックで勝利する。敗北したバルガダは約束通り撤退、「エドによろしく」とジゼルに伝える。エドとは、SOSを発進した本人で人間の反乱軍のリーダー、ジゼルの恋人だった。その事を知ったクラッキーは失恋する。
「翼神機グラン・ウォーデン」の模型を作ったプリムは、本当に戦う姿をみたくなる。緑デッキを使う剣蔵がバトルの相手をすることに。だが、初心者のプリムは、【転召】を持つスピリットをいきなり召喚しようとしたり、コスト不足でスピリットを召喚、コアをリザーブに残したままターンエンド、余ったコアでスピリットをレベルアップするのを忘れる等のミスを連発。BP勝負の機会も逸してしまう。素人のプリムを見て、剣蔵は正しいコアブーストの仕方をネクサス「賢者の樹の実」を使って実演してみせる。しかし、プリムは「鉄騎皇イグドラシル」を召喚、その召喚時効果でBP3000以下のスピリット全てが手札に戻り、自分のスピリットも巻き添えになるミスをする。一方、着実にコアを増やした剣蔵は、Xレア「剣王獣ビャク・ガロウ」を召喚。マジックを立て続けに使用してスピリットをレベルアップ、コアブーストの威力も見せつける。対するプリムは「鎧神機ヴァルハランス」を召喚するも、召喚する順番を間違えコア不足でレベルアップできぬままアタック、しかし剣蔵は敢えてライフで受け、残り2個になる。剣蔵のターンを経て、プリムはついに「翼神機グラン・ウォーデン」を召喚。剣蔵に連続アタックを仕掛け、マジック「キャバルリー」で総てのスピリットを回復させるが、さらにアタック可能だったことに気づかず、ターンエンドしてしまう。剣蔵は潤沢なコアでビャク・ガロウを2体召喚すると、その後もミスするプリムに、容赦なくアタック。マジック「ソーンプリズン」と「ウィンドシアー」で優位にバトルを運び、勝利した。一転して剣蔵を「剣様」と呼んで尊敬するプリム。一方、失恋で落ち込んでいたクラッキーだが、ソフィア号を見て突然立ち直るのだった。その姿に、ぽかんとするダンとステラであった。
オクトを目指すソフィア号が中立地帯に入った。クラッキーは、ダン達に買い出しを命じる。カードスタンドに着いたユースとプリムは、魔族のルガインと出会う。警戒するユースだったが、ルガインの人柄の良さとバトスピの話をする事で徐々に打ち解けていく。お互いが意図せずダンの話をすると彼が迎えに来た。魔族の敵であるダンを睨むルガイン、その感情を知らず無邪気に別れるユース達。一つの出会いであった。密かにダンに闘志を燃やすルガインは、父デュックの計らいでバローネと面会。ダンに勝ちながら拘束しなかったバローネにやる気の無さを感じたルガインは、三国同盟への本腰を約束させるため、自身を賭けてバローネにバトルを挑む。ゲーム序盤、ルガインはバローネにライフ2つを削られつつも、マジックで敵スピリットを一掃、低コストのスピリットを召喚して、ブロッカー不在のバローネのライフを削る。続くターンで「天使長ソフィア」とマジック「ウィングブーツ」のマジックコンボで、ブロックを無効化しライフを削る。あえてライフを削らせていたバローネは「月光龍ストライク・ジークヴルム」を召喚しアタックする。ライフを削られたルガインは、マジック「キャッツアイ」で月光龍をレベルダウンさせ、再びマジックコンボで勝負に出る。だが、バローネはマジック「サイレントロック」を使用、ルガインのターンを強制終了。「砲凰竜フェニック・キャノン」を召喚し、月光龍にブレイヴさせブレイヴアタックする。ライフで受けようとするルガインだが、砲凰竜のブレイヴ時の効果【激突】でソフィアを破壊される。そしてルガインは「セイバーシャーク」と月光龍とのブレイヴスピリットによってライフを全て失い敗北した。だが、バローネはルガインの身柄を自由にする。デュックに息子を鍛えてくれと頼まれ、気まぐれに応じた事もあるが、「強い奴には責任が…」と言った、ダンの言葉が妙に引っかかっていたのだ。
オクトに近づいたソフィア号は、ダンの来訪を告げて、ついに魔光殿に招かれる。地球滅亡回避の協力を請うため、魔族の女王・ギルファムに会見するダン、クラッキー、ユース。その映像をザジが密かに全世界の人間達にも見られるように細工していた。一方、ルガインは、バローネとダンが内通し、三国同盟を結んだデュックとザジも裏切っているとギルファム女王に訴える。ダンとバトルの末、敗れたと聞き、怒るギルファムは、バローネの頬をえぐって領地を没収してしまう。ジェレイドはバローネの領地をザジに与えるよう進言、ギルファムは許可する。退出を命じられたバローネは、「ザジに気をつけろ」とデュックに密かに警告して去る。一方、ギルファムはダンに「異界王に反旗を翻したことで歴史が変わった。馬神ダンは人類の敵」と断じ、ダンが同行していたユースにもその事を確認する。女王の言葉に同意してしまうユースだが、事態に臆さないダンは、ギルファムに対し「手を組まなきゃ出来ないことがある。魔族のためでもある」と協力を求める。バトルでの勝負を所望したギルファムは、ダンが負ければ過去に戻る事を約束させる。 新たなXレアをギルファムから与えられたデュックが、ダンとバトルを開始。序盤で十二宮Xレア「天蠍神騎スコル・スピア」を投入したダンは、アタックをしかける。ライフで受けたデュックは、次のターンで反撃、ダンのライフを削り残り2にする。ダンは「砲竜バル・ガンナー」を召喚、レベルアップさせたスコル・スピアの効果で、バル・ガンナーをBP7000のスピリット状態でアタックする。デュックの「重装蟲キャタパルガ」を破壊、さらにライフ1つ削る。だが、次のターンで流れが変わる。デュックが、ギルファムから与えられた緑の十二宮Xレア「巨蟹武神キャンサード」をドローしたのだ。2枚目の十二宮Xレアの出現に驚く剣蔵達。デュックは、切り札のキャンサードでダンにアタックをしかけた!
デュックが召喚した新たな十二宮Xレア「巨蟹武神キャンサード」。2体のスピリットでブロックしなければいけないキャンサードの攻撃をライフで受けたダンは、「牙皇ケルベロード」を召喚。そして地球が地上にある全てを破壊してリセットする事を明かす。それは魔族がオクトを作るために地球の中心にコアを打ち込んだせいだ。動揺する魔族達。人間達にも情報は行き渡る。人間も魔族も亡ぶリセットまでの期限は10ヶ月。その回避の力を秘めた十二宮Xレアを全て集めると宣言するダン。十二宮Xレアの力で、地中に打ち込んだコアを破壊すればオクトは沈む可能性があるが滅亡は回避できるはずだ。異界王が倒れ、力を取り戻したマギサが数世紀前に言っていた事「二つの世界。元の空間。元の時代。あるべき場所に帰るときだ」という事も伝えるダン。だが、ギルファムは核心には触れず、ダンの言葉をあざ笑うかのようにマギサを否定し、滅ぶのは人類だけと言い放つ。ダンはバトルの勝利で協力を勝ち取るため、「天蠍神騎スコル・スピア」の効果を得たケルベロードでアタックする。対し、「アメンボーグ」を神速召喚、ブロックするデュック。畳みかけてバル・ガンナーでアタックするダン。再度、「マッハジー」を神速召喚したデュックは、アタックはライフで受け、十二宮Xレア対決に持ち込む。レベルを上げたキャンサードは、ダンのスコル・スピアを破壊。アタックするデュックに、ダンはマジック「サザンクロスフレイム」を使用。敵味方のスピリットを一掃して危機を凌ぐ。その頃、まゐはバローネと会い、自国の民のことも考えろと諭すのだった。一方、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚したダンは、ケルベロードとブレイヴしブレイヴアタック。デュックを敗北させた。全魔族に十二宮Xレア捜索を命じ、敗者デュックの幽閉、息子ルガインにキャンサードを与えるギルファム。目的を達しはしたが、バローネとデュックの不運を案じるダンだった。
魔族の女王ギルファムに、残り10枚の十二宮Xレア捜索の協力を取り付けたダンとクラッキー達は、カザンの要請で人類軍本部への帰還を命じられる。一方、反逆罪に問われ、ローマ領を追われることになったバローネを慕い、追放されていたフローラとイオラスが戻ってきた。諦めないで下さいと訴える二人。そこへ来訪したローマの住人のザックは、ダンのバトルを見てバローネが彼にこだわる理由が判ったという。ダンもバローネも強さの深みに魅入られた者だと。だが、バローネはダンが自分とは違うと答える。そのローマに新領主ザジが意気揚々と乗り込んできた。ザックは領主として認めるか否かを賭けて、ザジにバトルを挑む。ザジはまずネクサス「俊星流れるコロッセオ」を配置。厄介なネクサスを警戒したザックは立て続けにアタックし、ザジのライフを3つ削る。ザジは「巨人大帝アレクサンダー」を召喚。ザックは「雷皇龍ジークヴルム」を召喚し、アタックする。だが、ザジは紫のマジック「グリーディコア」を使い、ザックのスピリット2体のライフを奪って消滅させる。ザックは「龍皇ジークフリード」を召喚、警戒しつつもアタックする。だが、ザジはその攻撃でザックの手札にカウンターマジック「グレートリンク」がある事を見破る。さらに2枚目の「グリーディコア」を使い、フィールドのスピリットを一掃したザジは、マジック「オリオンパワー」を2枚使用し、レベル2にアップしたアレクサンダーでアタック。ザックのコアを1つ削り、「オリオンパワー」2枚の効果でザックのデッキを完全に破壊する。デッキアウトで敗北したザックだが、バローネは窮地でも怯まなかった彼の闘志を讃える。旅立つバローネを見送るフローラ達。一方、人類軍本部に戻ったダンを、カザンのかつての上司、ゾルダーが手荒く迎えるのだった。
ダンは自分とのバトルによって窮地に陥ってしまったバローネとデュックの二人を案じる。その迷いを見透かしたゾルダーは、「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を与え、バトルを命じる。ゾルダーは人類軍の前長官であり、カードバトラー養成所の教官だったのだ。ライジング・アポロドラゴンをデッキに修めたダンだが、そのバトルは冴えない。ゾルダーは「お前をこの時代に呼んだ俺の顔に、泥を塗る気か!」と一喝する。驚く剣蔵達。ダンを呼んだのはカザンだと思っていたからだ。訝しみつつアタックをしかけ、ゾルダーのライフを2つ削るダン。対し、「賢者の樹の実」の効果でコアを集め、人類最強のカードバトラーを名乗るゾルダーは、スピリットを次々に召喚してフィールドの守りを固め、さらにコアブーストもかける。かつて、人類軍の長官として魔族相手のバトルに明け暮れたゾルダーだったが、一人で戦況は覆せなかった。百人の最強カードバトラーを育てるため、長官を辞め、教官になったのだ。ダンはその間のツナギとして過去から呼んだという。それは、ゾルダーの夢に何度も出てきたダンが理想のバトルをしていたからだ。だが人類の未来を託し、呼んだダンのバトルの手ぬるさに怒るゾルダー。ダンは「運命を凄まじく変えるバトル」に、本来の優しさ故、迷いを抱いてしまっていた。「そんな同情されてると知ったら、ハラワタ煮えくりかえるだろうな」「覚悟もなくバトルするような奴は、とっとと元の世界に帰りやがれ!」と叱咤するゾルダー。だが、ダンは「何があっても、勝つ。それが俺の覚悟だ」と、「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚し、ゾルダーのラグナ・ロックを倒す。ゾルダーの荒療治で調子を取り戻したダンに、ゾルダーは新たな青のブレイヴカードを手渡すのだった。
デュックの息子ルガインに呼び出されたダン達は、デュック城に到着するが、ルガインは不在だった。町はずれに来たダン達は、オクトの影響による地殻変動で倒壊した石橋で復旧作業中のルガインを見つける。ルガインと再会したユースは、父デュックが人間も魔族も種族は関係ないという考えだったというルガインに、自分も過去のダンの行いが今の地球の戦乱の元になり憎しみしか持てなかったが、今は気持ちが変わってきたと打ち明ける。ダンにバトルを挑んだルガインは、幽閉される身となったデュックに面会した日を思い出す。ダンを恨まず晴れ晴れとした父の心情がルガインには判らなかったが、デュックはダンに触れてみろ、とルガインに助言したのだ。ルガインは序盤でダンにライフを2つ削られたものの、デュックがギルファムからもらったデュック一族には因縁のカード、十二宮Xレア「巨蟹武神キャンサード」をドロー。ダンは、「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚。容赦ないダンの2撃、3撃が続く。ライフを削られ、残り1つに追い詰められるルガインだが、最後まで諦めずマジック「ネイチャーフォース」を使用、キャンサードにコアを集めると、さらにマジック「ヴィクトリーファイア」も使用。ダンのライフを残り1つとして逆転する。ダンは、デュックにすまないと悩んだことを打ち明けるが、「戦いに勝つことでしか地球は救えない」と宣言。レベル2にアップしたライジング・アポロドラゴンに「雷神砲カノン・アームズ」をブレイヴ。ブレイヴアタックで、ルガインの最後のライフを削って勝利する。ルガインは、ダンにキャンサードのカードを託すと共に、新たな十二宮Xレアの情報を伝えるのだった。
ルガインの情報で移動したソフィア号だが、荒野にあったのは一軒のゴミ屋敷。練習用バトルフィールドを貸しているようだ。調べに来たダン達を客と勘違いした屋敷のおばさん(オルガ)に十二宮Xレアの情報を聞こうとするダンだが、プロと見抜かれて閉め出されてしまう。しかし、ガラクタの価値に興奮したプリムは気にいられ、ユースと共に中に入ることを許される。だが、オルガは十二宮Xレアについて全く知らない様子。情報に間違いが? と思うプリムだが、ユースは諦めず探し続ける。そんな中、ユースが投げた水瓶からカードの束が出てくる。ついに水瓶座の十二宮Xレアを見つけるプリムとユース。しかし、カードが見つかる前は好きに持って行っていけと言ったオルガが、急に態度を変えて渡さないと言い出す。バトルでの勝負を申し込んだプリムは対戦相手にユースを指名。ダンなら怖じ気づいたりしないはず、とオルガにバトルを挑むユースは、初心者と見破られつつも相手のライフを着実に削り、一気に押し切ろうとする。しかし、一枚上手のオルガは、【神速】で「マッハジー」を召喚しブロック。返しのターンで「冥剣士ベリト」を召喚した上で、マジック「シェアリングペイン」を使用しアタックを仕掛ける。ユースはマジック「サザンクロスフレイム」を使用し、敵味方のBP4000以下のスピリットを全て破壊。「龍星皇メテオヴルム」を召喚してアタックし、ついにオルガを破る。水瓶座のXレア「宝瓶神機アクア・エリシオン」を勝ち取ったユースは、プリムと共にダンの元へ帰る。その頃、地下牢に幽閉されたデュックの前にジェレイドが現れ、デュックを利用しようとしていた。
オクトの影響で相次ぐ地殻変動が各地で起こる中、ソフィア号が帰還。3枚目の十二宮Xレアの確保を報告する。残る9枚も捜索中という剣蔵は自信ありげだが、クラッキーはもし揃わなかったら、という不安を隠せない。そんなクラッキーをダンはバトルに誘う。ダンのデッキと戦い方でバトルを進めるクラッキーは「何もかも破壊したい気分」だと言う。「じゃあ、俺たちの時代に帰れ」と突き放すダンだが、「過去に帰ると、コアの光主と呼ばれることが嫌になる」というクラッキー。世界の矛盾と戦おうにも、グラン・ロロでの経験が活かせない現代に行き詰まっていたとき、カザン長官から未来への誘いがあったという。ダンは、十二宮Xレア「宝瓶神機アクア・エリシオン」に続き、十二宮Xレア「天蠍神騎スコル・スピア」を召喚。クラッキーの「十二宮Xレアを全て揃えられなかったら?」 という迷いにも「一度も考えたことがない」と答える。さらに「望む未来をイメージするんだ。俺たちがやってることは一つも無駄になんかならない!」というダン。だからこそ、「僕は決めたんだ。きみのバックアップをしようと」というクラッキーは、「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚して「天角獣バイコーン」とブレイヴ、ダンの手札を探るため、ブレイヴスピリットでアタックするが、ダンは「グローイングソード」でBPを上げたアクア・エリシオンでブロック。「巨蟹武神キャンサード」を召喚し、十二宮Xレアの効果でクラッキーに勝利。バトルを経て、クラッキーは自らの迷いを断つのだった。
地球リセットに繋がる異変によって、朝日が南から昇る事態が発生する。一方、フローラとイオラスはシカゴでバローネを探し出す。ダンとの戦いに敗れ覇気を失っていたバローネに憤ったフローラは、バトルを挑む。静かな戦いを展開するバローネに対し、フローラはマジック「ライフチャージ」を使ったコアブーストでコアを集める。バローネは三王星の一つ「天王星獣スレイ・ウラノス」を召喚、淡々とフローラのライフを削る。フローラは「天帝ホウオウガ」を召喚。ホウオウガの【暴風】を封じるため、ライフで受けるしかないバローネ。フローラは、ホウオウガの連続攻撃でバローネのライフを次々に奪っていく。ついにライフ1にまで追い込み、4度目のアタックを仕掛けるフローラ。バローネの「ノーザンベアード」にブロックされるも、【暴風】の効果によって、相手のスピリット2体を疲労させる。対するバローネは、スレイ・ウラノスの【装甲】で防ぎきるが、惨憺たる有り様。「次はないよ」と容赦せず宣言するフローラ。そのフローラの真剣な思いを感じ取ったバローネは、本気のバトルで応える。スレイ・ウラノスをレベルダウンさせ、ブレイヴを召喚したバローネは、続けて「月光龍ストライク・ジークヴルム」をレベル3で召喚して、「セイバーシャーク」をブレイヴ。ブレイヴアタックを仕掛け、フローラのライフを削る。さらにスレイ・ウラノスをアタックさせるバローネ。ついに復活したバローネのアタックの前に敗北するフローラ。だが、その復活を心底喜ぶ。フローラとイオラスを改めて配下にしたバローネは、イオラスに十二宮Xレア探索の手伝いを命じ、フローラにはジェレイドの下で動向を探るスパイをしてくれと頼むのだった。
獰猛な性格に変貌した獄将デュックが魔光殿から出撃する。その様子を密かにスパイするフローラ。一方、情報部がもたらした新たな十二宮Xレアを求めてケニアに向かったソフィア号の前に、魔族艦隊が出現、攻撃を開始する。女王との協力関係が反故になってしまうため反撃できないダン達。魔族達は十二宮Xレアが地球リセットを免れる神の力だという噂を信じ、奪おうとしていたのだ。クラッキーはコアブリットでダンとアンとファンを脱出させるが、その船体がその場に現れたデュックの獄龍号に突き刺さってしまう。 十二宮Xレアを勝手に手に入れようとする反逆者に容赦ない攻撃を加えたデュックの獄龍号は魔族艦隊を壊滅すると、ソフィア号には目もくれず飛び去る。その獄龍号に捕らえたダンはデュックと対面。アンとファンを人質にされ、十二宮Xレアの収集を強制される。そこへフローラの情報でやって来たバローネは、ダンの解放を賭けてデュックにバトルを挑む。デュックの激しい連続アタックで、残りライフ2まで追い詰められるバローネだが「天王神獣スレイ・ウラノス」を召喚し、デュックにアタック。「友よ、思い出せ!」と友情を訴えるバローネ。「冥闘士バラム」の【呪撃】でバローネのスピリットを次々に破壊したデュックは、マジック「ベリアルドロー」の効果で望みのカードをドローする。その様子に危機感を抱くダン。バローネは「月光龍ストライク・ジークヴルム」と「砲凰竜フェニック・キャノン」を召喚してブレイヴさせ、ブレイヴアタックを仕掛ける。だが、ライフを削りながらも、次のターンで「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」をレベル3で召喚したデュックは、バローネのブレイヴスピリット2体を同時に破壊。恐るべきブレイヴキラーを前にバローネはついに敗北してしまう。
ソフィア号に通信が入る。イオラスに救助されたバローネからだ。その通信でダンがデュックに囚われたことを知るまゐ達。デュックの狙いがダンの持つ十二宮Xレアだというバローネは、十二宮Xレア争奪戦を唆しているのがジェレイドとザジだと伝えた。そして重傷のバローネの治療のため、ステラと剣蔵がソフィア号に派遣されてくる事になる。 一方、獄龍号に父デュックを尋ねるルガインだが、デュックは息子すら覚えていない。ダンはアンとファンを解放するため、デュックにバトルを挑む。序盤でデュックの強力なアタックでライフを削られるダン。その冷酷さにルガインは戦慄する。ダンはバローネを倒した「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を召喚されないうちに勝負を決めようと、立て続けにアタック、デュックのライフを残り2まで削る。そして、マジック「ブレイヴドロー」で望みのブレイヴカードをドローするダン。デュックはネクサス「闇の聖剣」でブレイヴした相手スピリットを疲労させる。ブレイヴ使いのダンに対する牽制だ。さらにマジック「ハンドリバース」で手札を換え、ダークヴルム・ノヴァを手中にしたデュックは、ダンにアタック。ライフ1を削る。ダンは「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚、デュックのスピリット2体を指定して破壊、次のターンでデュックの【呪撃】を不発に終わらせ、ライフで受け、残りライフ2で堪えると「極星剣機ポーラ・キャリバー」をライジング・アポロドラゴンにブレイヴさせる。しかし、「闇の聖剣」の効果でアタックを封じられてしまう。デュックはダークヴルム・ノヴァをレベル3で召喚すると、ダンのブレイヴスピリットを2体同時に破壊。ライフを全て失って敗北したダンから、3枚の十二宮Xレアを奪い取り、現れたジェレイドに渡してしまうデュック。ルガインはダン達の移送を申し出る。ジェレイドは腹に一物で、ルガインとフローラの動きを見逃すのだった。
ルガインが連れ出したダン達がソフィア号に保護された。食べ物にありつくアンとファン。負傷したダンを優しく気遣うまゐは「休むことも勇気」だと教える。ステラ達が治療したバローネの容体も安定。一方、変わってしまった父デュックを倒すと決意するルガイン。皆の様子にユースも自分に出来ることを模索する。そんな中、獄将デュックがルガイン領に出現。その地の支配を宣言し、無条件降伏を要求する。ルガイン領が反ギルファム勢力の本拠地だという嘘をザジが流したせいだ。デュックの前に立ち塞がるルガイン。その時、コアブリットに乗り込んだユースが勝手に出撃。ダン達が見守る中、デュックにバトルを挑む。バトル序盤で場を固めたユースは「龍星皇メテオヴルム」を召喚、デュックのスピリットを【激突】で破壊する。デュックはネクサス「闇の聖剣」を配置して「デモ・ボーン」でアタック。初陣で初めてライフを削られたユースは、想像以上の壮絶な痛みに苦悶する。だが、負けじと「雷皇龍ジークヴルム」を召喚して、続けてメテオヴルムでアタック。「魔界七将ベルドゴール」を破壊する。はしゃぐユースをいなしたデュックは、次のターンでフルアタックをユースにしかけた。1ターンでライフを残り1まで減らされてしまうユース。マジック「サジッタフレイム」でスピリット2体を破壊して反撃するユースだが、ダンとまゐはそれが拙攻であると見抜く。ユースが見逃したネクサス「闇の聖剣」の効果で、【不死】が発動したベルドゴールを再召喚させたデュックは、「仲間が戦っている時、俺だって戦うんだ!」というユースを認めるが、情け容赦なく、ダークヴルム・ノヴァを召喚してアタックし、メテオヴルムを破壊。ベルドゴールで最後のライフも削り、ユースを敗北させる。その代償はルガイン領の譲渡になってしまう。勝手な行動にでたユースに対しクラッキーが激怒するが、ダンはユースの勇気に感謝するのだった。
デュックに奪われた領地を出ていくルガイン一族。母のシーマは息子を手荒く激励する。 東京に帰還したソフィア号。ダンはバローネを見舞う。ゾルダーは負傷したダンの腕を診て「当分ドローも出来ねぇ、諦めて養生しな」と忠告。そこへ、カザンからまゐとダンに会わせたい男がいるとの通信が来る。クラッキーも交えた3人の前に現れたのは、人類軍が誇る凄腕の情報部員だと紹介された硯だった。再会を喜ぶダン達。硯は十二宮Xレアの情報を得てアフリカでダン達を待っていたのだが、待ちきれずにやって来たのだ。 ダンのケガを診た硯は、針治療を施す。すると痛みがなくなり驚くダン。以前、魔族に襲われた時にも針治療で切り抜けた硯は、その礼に十二宮Xレアの情報を貰ったという。新たな十二宮Xレアは双子座の「魔導双神ジェミナイズ」。改めて奪われた3枚の十二宮Xレアを取り戻さなければと焦るダン。そんなダンに硯は肩慣らしのバトルを挑む。 ダンとバトルをしながら、異界王を倒した後の状況を回顧する硯。人類を救った光主として祭り上げられたものの、次第に怪物のように扱われ、有名になった自分達をスケープゴートにしようとした人間達。ダンと勇貴はその事態を何とかしようとしたが…。一方、硯はその喧噪から逃れ世界中を旅することを選んだ。そんな時、剣蔵に未来を救ってくれと呼び出されたという。バトルスタイルを変えた硯は、ジェミナイズを召喚。マジックを操る十二宮Xレアでダンを追い詰めるが、あと一歩及ばない。「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚したダンは「武槍鳥スピニード・ハヤト」を召喚してブレイヴ。そのアタックとブレイヴ時効果でダンは硯に勝つ。そんな硯の腕を見込みカードバトラー隊にスカウトするゾルダー。硯は断るが、ゾルダーが百瀬勇貴の生まれ変わりと教えられ驚く。一方、バローネのゲノム解読結果で、魔族と人間は同じ生物という新事実が判明する…。
人間と魔族のゲノムが一致。同じ種族との事実を、目覚めたバローネにも伝えるダン。剣蔵は遠い古代に異界グラン・ロロに入り込んだ人類が環境に適応した結果だと推測する。ゾルダーはその情報を公開しろと言うが、カザンは徹底した秘匿を全員に命じる。 そんな時、北極点が消失(ポールロスト)した。神殿にある神々の砲台が探せないため、十二宮Xレアが揃っても次の手が打てなくなる。しかしゾルダーは、魔族も人間も条件は同じだと悠然と構える。一方、デュックは女王ギルファムへの絶対的忠誠を求め、十二宮Xレアを見つけねば制裁すると魔族の領土に示威行動を続ける。沸き起こるギルファムへの不満を握りつぶすジェレイド。魔族と人間達は、互いの種族を恐れる不穏な悪循環に陥っていく。 一方、魔族と人間が同じ種族だと言う事実に、誇りを傷つけられ憤るバローネ。ダンは、「月光龍ストライク・ジークヴルム」を見せ、「魔族にも人間にもカードは平等だろ」という。まゐも、ダンの力になれる魔族はあなたしかいない、と訴える。「お前じゃなきゃいけないんだ」と重ねるダン。そんな3人の元へ、イオラスが帰還する。 魔族が人間と同じ種族だと知り、混乱したユースは、硯に正直な気持ちを話す。硯は迷いの中で目に見える世界が全てじゃないと気づいた時、自分からコンタクトしたと答える。ユースにも、君自身が聞いてご覧、と促すのだった。 魔族側でも動きがある。ジェレイドに泳がされているとは気づかぬフローラは、スパイを続ける中で、ギルファムから呼び出される。また、謎の男イザーズは、ザックにバローネに渡して欲しいとカードを一枚託す。それをバローネのためにと、引き受けるザック。 一方、まゐはダンを気遣いながらも、対ブレイヴキラーデッキの組み具合をたずねる。難しいと答えるダン。そんなダンの傍で、フローラからギルファムが孤立させられているという連絡を受けたバローネは、ギルファムに会う決意をする。
ユースが対ブレイヴキラーデッキの組み直し中のダンにテストプレイを申し入れた頃、フローラは全てを見通していた女王ギルファムから力を貸して欲しいと頼まれる。 一方、ユースとバトルを始めたダンは、問われるまま、異界王を倒した後、世界をコントロールしている見えざる力との戦いに敗れて、百瀬勇貴を失い、ダン自身も異界王の二の舞を恐れて息を潜めていたことを教える。驚きつつも「龍星皇メテオヴルム」を手札に加えたユースは、着実にダンにアタック。ライフを削っていく。平然と痛みを堪えるダンの強さを実感するユース。クラッキーと話すまゐは、ブレイヴキラーとの戦いに敗れてからのダンが白の戦士を失った頃のダンに似ていると心配する。 「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」とメテオヴルム。互いにキィスピリットを召喚するダンとユース。ダンはさらに十二宮Xレア「魔導双神ジェミナイズ」を召喚してユースのライフを削るが、ユースは硯から密かに貰った三王星のひとつ「海王神獣トライ・ポセイドス」を召喚。その効果で最高レベルなったメテオヴルムで太陽神龍を指定アタックし、ブレイヴ封じで太陽神龍を破壊する。さらにダンをライフ1にまで追い詰めるユース。だが、ダンはマジック「リバイヴドロー」でトラッシュから太陽神龍を呼び戻すと、マジック「サジッタフレイム」も使用して、ユースのBP5000以下のスピリットを破壊。太陽神龍を再召喚してジェミナイズの効果で「極星剣機ポーラ・キャリバー」を召喚。太陽神龍にポーラ・キャリバーをブレイヴさせたダンはジェミナイズでのアタックに続き、ブレイヴアタックも仕掛け、ユースを完敗させるのだった。一方、ギルファムの元に向かうバローネを送っていくと言い出したゾルダーは、魔族の注意を引きつける囮としてソフィア号を先行させる。
先行したソフィア号と合流するため、バローネとゾルダーのセンチュリオン号がサモア諸島に向かう。サモアはゾルダーが育てた者達が、魔族の支配からバトスピで取り戻した場所だ。 だが、ソフィア号は獄龍隊艦隊の待ち伏せに遭遇。かつてセバン国にいて人間が魔族の支配を穏やかに受け入れて暮らす理想の世界を謳うバルガダに従っていたラーゼは、今やデュックに心酔して獄龍隊の一員になっていた。 バトルを挑み、猛攻でダンのライフを次々に削るラーゼは、デュックを正義だと言い切る。だが、ダンも家族も領民も思わぬ今のデュックは許せないと反撃。「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚して「武槍鳥スピニード・ハヤト」をブレイヴさせる。 既にネクサス「闇の聖剣」を配置していたラーゼは「冥王神獣インフェルド・ハデス」を召喚してアタック。ダンのブレイヴスピリットを強制分離してしまう。 ダンは「モルゲザウルス」のコアでスピニード・ハヤトを残し、残りライフ2に追い込まれつつも、次のターンで太陽神龍で指定アタックし、インフェルド・ハデスを破壊するが、「闇の聖剣」とのコンボで【不死】が発動したインフェルド・ハデスに復活されてしまう。 追い込まれたが、冷静なダンは「ブレイドラ」を召喚して太陽神龍でアタックすると、マジック「ブレイヴフラッシュ」を使用した。その効果でスピニード・ハヤトを太陽神龍にブレイヴさせるダン。既にアタックで疲労状態だった太陽神龍に、ラーゼの「闇の聖剣」の効果は不発となる。BP勝負でインフェルド・ハデスを破壊すると同時に太陽神龍のブレイヴアタック時効果で「闇の聖剣」も破壊したダンは、さらに容赦ないアタックでラーゼを完敗させるのだった。 だが、敗者必滅の獄龍隊の掟により、ラーゼは消滅する。 ダンは、デュックの恐るべきやり方に激しい怒りを覚えるのだった。
ダンと獄龍隊のバトルを報告したクラッキーは、オクトへ向かう前に合流するとゾルダーに告げる。そのゾルダーの船でデッキ構築に悩んでいたバローネは、オアシスの村への立ち寄りを頼む。村にはバローネと80年前にバトルし、敗れた長老がバローネを待っていた。村に伝わるカード「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」を長老から受け取るバローネ。そこへ獄龍隊が現れた。十二宮Xレアはないというバローネの答えに了解した獄龍隊のケイトは、任務とは別にバトルを挑む。 対ブレイヴデッキを使い、「闇の聖剣」を配置したケイトは、バローネの「月光龍ストライク・ジークヴルム」にライフを削られつつも「冥王神獣インフェルド・ハデス」を召喚。観戦するゾルダーはケイトの戦略に感心する。バローネは、ブレイヴ「セイバーシャーク」を召喚するが、「闇の聖剣」の効果でブレイヴスピリットが疲労するのを防ぐためブレイヴせず、相手のインフェルド・ハデスを破壊して「ノーザンベアード」でアタック。「セイバーシャーク」の召喚時効果でコアブーストしコアを集める。ケイトは「ニジノコ」でアタック。マジック「サンダーブランチ」も使い、ブレイヴしていないバローネの月光龍のBPを下げて破壊してしまう。バローネを見下し、容赦ないアタックで残りライフ1まで追い込むケイト。だが、ダンの名前を持ち出され、怒りの感情を爆発させたバローネは「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」と「デス・ヘイズ」を召喚してブレイヴさせる。【重装甲:可変】が発動した月光神龍は「デス・ヘイズ」の紫属性で【重装甲:紫白】となり、ケイトの「闇の聖剣」を完全に封じる。「マジックブースト」でBPもUPしたバローネのブレイヴスピリットにアタックされ、敗北と同時に消滅するケイト。そのバローネの動向をデュックは完全に把握していた。
ソフィア号に合流したゾルダーは、自らが組み、カードバトラー部隊に支給する予定のデッキをダンに渡し、同一デッキバトルを試したいという。攻撃と防御のバランスを取り、赤と白をメインに組まれたそのデッキで先攻するダン。「獄龍隊とのバトルはキツかったか?」と問うゾルダーに、「あれはバトルじゃない!」と言い放つダン。互いにライフを削る作戦を進めつつ、二人は敗北を理由にカードバトラーを消す獄龍隊への怒りをバトルにぶつける。一方、まゐはバローネと話し、獄龍隊相手のバトルへの迷いを打ち明ける。魔族のバローネは、相手を消滅させるバトルにも躊躇はない。人間と魔族の違いなのかと悩むまゐは、自分に出来ることを考える。 ダンとゾルダーは、互いに「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚して相手のスピリットを破壊。「砲竜バル・ガンナー」を召喚して太陽龍にブレイヴさせ、相手スピリット2体を破壊するダン。ゾルダーのライフも削り、残り1に追い込む。どんな状況でも地球を救うことに繋がるなら「戦うしかない」と覚悟を語るダン。 ゾルダーは、怒りを溜め込むなとダンを諭し、「獣装甲メガバイソン」を召喚すると太陽龍にブレイヴさせる。対し、バル・ガンナーをもう一体召喚したダンは、ブレイヴアタックを仕掛けた。 ブレイヴスピリットでブロックするゾルダーだったが、マジック「ブレイヴドロー」を使ってアタックしたブレイヴスピリットのBPを上げたダンに、ブレイヴスピリットを破壊されてしまう。さらにバル・ガンナーもアタックさせるダン。ゾルダーはついに敗北したが、新デッキの評価は良好だった。 一方、クラッキーは、ダンもバローネも地球を救うためにバトルで勝ち続けることしか考えていないとユースに教える。二人には敵わないと思うユースだったが、プリムは、ダンにとってのバローネのような存在「ルガインがいる」とユースを勇気づけるのだった。
ザジはイザーズを名乗ってザックを騙し、ローマ領から脱出させ、ネクサス「光の聖剣」をバローネに届けさせようと計る。その上で、十二宮Xレアを持った人間がいるという情報も周到に巷に流す。 一方、ソフィア号とセンチュリオン号はユースの故郷の魔族領オーストラリアに立ち寄る。その魔族領の鍾乳洞には、ユースの亡き両親と共に反乱軍を組織して魔族に抵抗していたカレン達のアジトがあった。魔族のバローネを見て怒るカレンだが、ユースから「魔族はグラン・ロロで変化した人間だ」と明かされ、「戦うだけではダメだ」と訴えられる。反発しつつも、地殻変動で出てきた神殿にあった牡牛座の十二宮Xレアをユースに渡すカレン。そのXレアをユースはダンに託すのだった。そんな中、獄龍隊のギルギスが襲来した。バトルで応戦するダンに、ギルギスはネクサス「闇の聖剣」「颶風高原」を配置して対抗。一方、ユースは、バローネやまゐ達に、両親を人間狩りで捕え処刑したジェレイドを討とうとした事を打ち明ける。バトルでは、ダンが「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚。ギルギスはアタックを仕掛け、ダンのライフを削るが、十二宮Xレア「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」をレベル2で召喚したダンの反撃で、ライフを削られる。しかし、「剣王獣ビャク・ガロウ」の【暴風】の効果でダンのスピリット2体を疲労させるギルギス。マジック「サイレントロック」を使用したダンは、相手のアタックステップを強制終了させると「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚して「ドラゴニック・タウラス」でアタック。アタック時効果を駆使した「ドラゴニック・タウラス」は、ギルギスを圧倒、そのライフを全て砕く。敗者必滅の獄龍隊の掟により消滅するギルギス。一方、今まで通りの戦い方を変える気のないカレンだが、ユースを人類軍の戦いに送り出すのだった。
魔族に追われていたザックは硯に拾われ、バローネと再会した。ネクサス「光の聖剣」をザックから受け取ったバローネは、このカードを託したというイザーズに心当たりがなく警戒する。そのイザーズことザジは、人間と結託した女王ギルファムに謀反を企てたという筋書きでバローネを罠にはめる、とジェレイドに報告する。 同じ頃、デュックの手元に、新たに見つかった山羊座の十二宮Xレアが届く。 一方、バローネのもとには、獄龍隊に加わった、かつての部下ワタリが襲来。ブレイヴキラーデッキの軸であるネクサス「闇の聖剣」とデッキ破壊の青属性特有の戦法を駆使し、「光の聖剣」を配置したバローネと互角以上のバトルを展開。デッキ破壊を続行して、バローネのキースピリット「月光龍ストライク・ジークヴルム」を破壊してしまう。だが、バローネはXレア「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」を召喚して「ジェット・レイ」をブレイヴし反撃。そのブレイヴスピリットを「闇の聖剣」の効果で疲労させたワタリは「神造巨兵オリハルコン・ゴレム」を召喚して、バローネのデッキを更に破壊。【強襲】の効果で「闇の聖剣」を疲労させて「オリハルコン・ゴレム」を回復させると、デッキアウトでバローネを敗北に追い込もうとする。 だが、「ルナテック・ストライクヴルム」の効果で、敵スピリットのアタックにより疲労から回復した上、「ジェット・レイ」の【合体時】効果で、敵スピリット2体を破壊したブレイヴスピリットは、「オリハルコン・ゴレム」と相打ちとなるが、「光の聖剣」の効果に救われた「月光神龍」が手札に戻る。「ルナテック・ストライクヴルム」を再召喚、ブレイヴスピリットで反撃に転じたバローネは、敵スピリットを次々に手札に戻し、遂にワタリを倒す。命を投げ打つ覚悟でバトルしたバローネを見たザックは、そのバローネが認めるダンの正義にも改めて興味を抱く。
バローネと再会後、センチュリオン号に身を寄せたザックは、ゾルダーに促されダンとバトルをすることになる。ザックはダンをなじる。人間の希望、救世主だと信じたのに魔族の女王と手を結んだのは裏切りだと。立て続けにダンのライフを削り、残り1つに追い込むザック。そこへ、父デュックに国を追われたルガイン一行の船が通りかかる。 一方、反撃したダンは、バローネから託された「月光龍ストライク・ジークヴルム」を召喚する。まさかの展開に絶句するザック。魔族のバローネが『我が友』と呼ぶキースピリットを託すほどダンを信頼しているのか…。ダンの正義を考えざるを得ないザック。さらにダンは、バローネのブレイヴ「セイバーシャーク」を召喚して、「俺はみんなの希望になるつもりはない、ただ、この地球を救いたいだけだ」と正直に話す。「ストライク・ジークヴルム」に「セイバーシャーク」をブレイヴさせるダン。「ディノニクソー」をストライクの【合体時】効果で指定されたザックは、マジックカードを立て続けに使用してBPを上げ、辛くも相打ちに持ち込む。だが、続くターンでダンは「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚してアタック、ザックのライフを削る。人間のダンと人間の自分が戦っている不毛さを肌身で感じるザック。「魔族の女王と話し合うことで救える者は魔族も人間も全て救う」と断言するダンに完敗したザックは、「魔族と協力して地球を救う道を探す」ことを選び、バローネに報告する。ルガインはそんなザックに協力を要請。魔族と人間が協調した国作りを考えていたのだ。そんなルガインの着想に感嘆するユース。 そこへ、魔光殿に潜入していたフローラから、魔族同士の仲間割れを報せる連絡が来る。まゐは、ダンの噂と魔光殿の混乱に、何者かの陰謀を感じ取る。
女王ギルファムに不審を抱く魔族達が魔光殿に押し寄せる。守備隊隊長メムノンの防御は堅く、バリアが魔族達を押しとどめるが、ザジは危険回避のためと一時的な退位とまつりごとの委譲をギルファムに促す。反発する女王派のルクレチア。そこへジェレイドが現れ、バローネ接近の報を伝えると共にザジの提案を支持し、落ち延びるよう促すが、ギルファムは断固として女王の座を動かなかった。 遂にバローネと共に魔光殿上空に到達するセンチュリオン号。対応したメムノンは面会を求めるバローネを、女王に追放された者だと拒絶する。バローネは事態打開を賭けてメムノンにバトルを挑む。その白の使い手同士のバトルをギルファムも観戦する。 バトルが進み、先に仕掛けたバローネだが、ライフを削らせて布石を打ったメムノンが召喚したXレア「凍獣マン・モール」で防御を固め、武人らしい手堅い攻撃でバローネを圧倒する。バローネは、キースピリット「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」を召喚、マジック「アイスバーグ」を駆使、メムノンの「盾機兵バルドル」を破壊するが、メムノンは3体目の「マン・モール」を召喚して鉄壁の凍獣の陣で対抗。「突機竜アーケランサー」を召喚してブレイヴさせ、ネクサス「光の聖剣」も配置してアタックで勝機をうかがうバローネだが、メムノンの防御は堅い。だが、怯まぬバローネは、防御を固めても城中に敵がいたのでは何にもならないと警告する。その警告は観戦していたルクレチアとギルファムにも届く。一方、再び「ルナテック・ストライクヴルム」を召喚、「アーケランサー」にブレイヴさせアタックさせたバローネは、マジック「リブートコード」2枚を使用、凍獣の陣を突破して遂にメムノンに勝つ。バリアが消失し、魔光殿へと向かうセンチュリオン号。そこへソフィア号も追いついた。 一方、ザジ達に一時退避を迫られていたギルファムの前に、突如デュックが帰還する。
地球の危機で魔族達を混乱させ、言葉巧みに女王に退陣を求めるザジとジェレイド。その策謀をかわそうとするルクレチアとギルファムだが、眼前に突如デュックが帰還した。 一方、バローネの勝利で魔光殿のバリアが消え、突入するダンとバローネ達だが、魔光殿内にギルファムの姿はない。その時、衝撃が一同を襲う。魔光殿の電磁障壁が破壊され、大挙して魔族船団が傾れ込んだのだ。内部に入ったバローネの仕業と疑う部下に対しメムノンはそうではないと諭し、クラッキーとゾルダーの協力を受け入れる。 同じ頃、デュックは魔光殿から連行しようとして従わぬギルファムを手に掛ける。驚くフローラにも迫ろうとした時、ダンとバローネが駆けつける。だが、ギルファムは既に息絶えていた。その場に現れたジェレイドは、ダン達を犯人に仕立てようとする。フローラの真実を告げる主張に対し、ジェレイドは対抗策を用意しており、まんまとダン達を犯人に仕立て上げてしまった。ジェレイドの汚い行為に怒ったユースは、両親の仇と斬りかかるが、阻まれた上、覚えていないと言われてしまう。悔しがるユース。ユースを庇ったダンは、「魔族は人間がグラン・ロロで進化した姿だ」「事実を女王に告げに来た。地球に生きる人間どうし、憎しみ合ってる場合じゃない。十二宮Xレアを全部見つけて、リセットを回避しなくちゃいけない」と訴える。ザジは、魔光殿からの脱出を賭けたゲームに勝てば、ダン達の言うことを信じてもいい、バトルスピリッツでタイムリミットを設ける、と言い出す。バトルを買って出たダンは、バローネに皆の脱出を任せる。デュックとダンのバトルが行われる中、救出に向かうソフィア号。妨害に動く魔族船団を見たメムノンは、クラッキー達に手助けを申し出る。 一方、ブレイヴキラー「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を召喚したデュックに対し、「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」を召喚してアタックするダン。その勝敗の行方がバローネ達の命運を握っていた…。
ダン達に魔族の女王ギルファム殺害の罪を被せたザジは、魔光殿からの脱出を賭けたゲームを仕掛ける。バローネ達の運命を担い、デュックとバトルを繰り広げるダン。デュックの十二宮Xレア「巨蟹武神キャンサード」と、ダンの「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」のアタック合戦は、互いにライフを削り合う死闘となる。 その頃、魔族兵を退けて脱出を急ぐバローネ達のもとにゾルダー部隊が駆けつける。 デュックは山羊座の十二宮Xレア「魔羯邪神シュタイン・ボルグ」を召喚、召喚時効果でトラッシュにある紫のカード「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を再召喚してしまう。 一方、両親の仇を討とうとするユースは、爆発で傷ついたジェレイドに情けをかけ見逃す。そんなユースの気持ちを察するまゐ。しかし、ザジが裏切りジェレイドは殺されてしまう。 バトル後半戦、デュックのフルアタックを警戒したダンは、マジック「トライアングルトラップ」を使用、相手スピリット2体を疲労させて辛くも凌ぐ。 その間に増援を伴ったルガインが間に合い、ついにバローネ達は脱出に成功する。 「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」召喚による「ジェミナイズ」のレベル1効果が発揮されノーコストで「武槍鳥スピニード・ハヤト」を召喚しブレイヴする。さらに、ブレイヴスピリットで「シュタイン・ボルグ」を指定アタックして破壊。紫のスピリットの破壊で回復したブレイヴスピリットに「ダークヴルム・ノヴァ」を指定アタックさせる。さらにマジック「ブレイヴオーラ」を使用したダンは、ついにデュックを敗北させた。しかし、デュックは青い炎に包まれカードと共に行方不明となる。武装解除された魔族達は、バローネが動揺を沈める。一方、ソフィア号に収容されたギルファムの亡骸は身代わりとなったルクレチアだった。彼女の死を悼むギルファムは変装を解く。対し、クラッキーは偽りの女王崩御を流す事で、全ての黒幕のザジを罠にかけると持ちかける。
女王の死で混乱する魔族の首都オクト。バローネは同胞のため魔光殿に残る。ギルファムを匿ったクラッキー達は環境変化で誕生した島にいた。そこはルガインとザックが人間と魔族の融和のために作った国。ギルファムは人間に対する偏見を捨て、ダン達に協力を約束する。 一方、ステラはポールロスト対策を考案。宇宙用ブースターを装着したソフィア号で衛星軌道上の宇宙ステーションへ行き、停止しているコアシステムを復旧すれば極点探査が可能だという。そんな時、上空に突如バトルフィールドが出現する。野卑なゾルダーにバローネが辛い思いをしたと思いこんだフローラが彼を懲らしめるため、バトルを挑んだのだ。 互いにネクサス「賢者の樹の実」を配置した二人は、同戦法でコアを稼ぎあう。ゾルダーはダン達の時代で百瀬勇貴の生まれ変わりだが、実はフローラも百瀬華実の生まれ変わり。さらにグラン・ロロの過去では相思相愛の白の世界の王と緑の世界の姫の生まれ変わりで、再び時を越えて再会したのだ。 ゾルダーは「翼神機グラン・ウォーデン」を召喚してアタック、フローラの「ホウオウガ」を破壊。さらなるアタックに対して「アメンボーグ」を【神速】召喚して防いだフローラは「ラグナ・ロック」で反撃に転ずるが、ゾルダーはマジック「バキュームシンボル」で窮地を脱する。次のターンで図らずも勇貴のキィスピリット「鉄騎皇イグドラシル」を召喚したゾルダーは「ラグナ・ロック」を召喚。「ラグナ・ロック」は、前世の二人が離ればなれになった時、再会の目印にした絆のカードだった。不思議な因縁を感じつつも、そんな訳はないと意見が一致する。歯がゆい思いのクラッキー達がバトルを見守るなか、一枚上手のゾルダーが勝利する。言い掛かりをつけていたフローラは、ゾルダーを「兄様」と呼び慕う事になる。それを温かく見届けるダン達だった。
女王の訃報と魔族が本当は人間と同種族だという事実は、迫り来る地球の危機に恐怖を増幅させ、魔族達を混乱させる。バローネはイオラスを連れてルガインとザックの島にいるダンに会いに来ると、「魔族は人間と行動を共にすることが出来ぬ。俺が勝ったら、俺はお前と袂を分かつ」と、決別を宣言しダンにバトルを挑んだ。 序盤でネクサス「光の聖剣」を配置したバローネに対し、「ヴェロキ・ハルパー」でアタックしてライフを削ったダンは、十二宮Xレア探しを優先すべきだというが、魔族をまとめるというバローネの決意は変わらない。互いにライフを削り合うバトルの応酬の末、ダンもバローネもキィスピリットを召喚。ダンは「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」に「極星剣機ポーラ・キャリバー」をブレイヴさせた上で、レベル3にアップした「モルゲザウルス」でアタック、バローネのライフを残り1に追い込む。なおも地球の未来の為に戦おうと訴えるダンだが、バローネはこのままでは魔族が混乱の末に自滅しかねない、その混乱が十二宮Xレア探しの妨げになる、と冷静に分析していたのだ。驚くダンに、畳みかけるようにノーコストで「ジェット・レイ」を召喚したバローネは「月光神龍ルナテック・ストライクヴルム」にブレイヴさせ、ブレイヴアタック。マジック「アイシクルアサルト」も使用し、BPでダンを逆転。すかさず、ダンも白マジックの「マジックブースト」を使用して逆転しようとするが、地球の危機回避後に魔族が混乱していると人間に攻撃する可能性を危惧するバローネは、「光の聖剣」レベル2の効果で【氷壁:白】を発動。「ザニーガン」を疲労させて白マジックを無効とし、ダンのブレイヴスピリットを返り討ちにして勝利する。十二宮Xレア探索を信頼するダンに託したバローネは、オクトへ帰還していく。そんな中、まゐは突然バローネに同行してしまうのだった。
地球の危機回避の切り札がある極点を探すため、衛星軌道上へソフィア号を運ぶブースターの準備が完了。ダン達はニューメキシコのロケット基地で宇宙飛行のための訓練を受ける。乗り物酔いに弱いクラッキーはその訓練でダウン寸前になってしまう。 一方、ゾルダーを兄様と呼んで慕うフローラ。そこへ帰還した硯は、バローネについていったまゐがヴィオレ魔ゐと名乗り敵にまわる可能性を説く。そしてダンの様子を探るが、ダンはまゐを信じると断言する。そんなダンに安心した硯は、万里の長城近くの遺跡で見つけたという魚座の十二宮Xレア「双魚賊神ピスケガレオン」を託す。 その頃、ザックは、ルガインの母のシーマから、ルガインと兄弟になるよう持ちかけられる。困惑するルガインだが、ザックはその申し出を受ける。 オクトに帰還したバローネは、結集した魔族達に右腕としてヴィオレ魔ゐを紹介。バローネの部下、ガスパールのコア船に乗船した魔ゐは、乱世で混乱する魔族達のフォローに腕を振るう。その様子を監視するザジの島には、放心したデュックの姿があった。 一方、反乱した傭兵セレウコスは領主バルガダにカードバトルを挑み、負けたら僕(しもべ)になれと脅す。そ こへ現れた魔ゐは、バトルを買って出る。バローネが人間の魔ゐと手を組み女王を裏切ったと疑い続けるセレウコスだが、魔ゐは「どんな時代にも正義はある!」との信念で、魔族を導く道をみつけるためにバトルする。 先攻したセレウコスにライフ1まで追い詰められつつも反撃に転じた魔ゐは、光と闇の星龍「超神星龍ジークヴルム・ノヴァ」と「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を召喚、ライフを完全に回復させると、連続アタックでセレウコスを圧倒。マジック「メテオストーム」を使用し、セレウコスに完勝した。そして、敗れたセレウコスとバルガダに、魔ゐは改めて協力を求めるのだった。
消失した極点を探すため、ニューメキシコのロケット基地からブースター装着のソフィア号で旅立つダン達。一方、バローネは、行方を眩ませたザジの痕跡を魔光殿で捜索するが、消息は掴めない。そこへ、コソボ伯のベネルドが現れる。 宇宙ステーション・ホープに到着したダン達は、コールドスリープカプセルで眠っていた美女を発見。目覚めた美女アンジュは24世紀のアストロノーツで、魔族が宇宙ステーションに侵入するというトラブルでやむなく冷凍睡眠したという。ダンを全く知らないというアンジュだが、守り神のカードを一枚出してくる。それは射手座の十二宮Xレア「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」。アンジュはそのXレアをクラッキーに渡すが、クラッキーはダンに託すのだった。 一方、人間嫌いのベネルドは魔光殿の主の座を賭けてバローネにバトルを挑む。そのバトルを買って出る魔ゐだが、ベネルドのネクサス「俊星流れるコロッセオ」で機先を制される。「英雄巨人タイタス」も召喚し、魔ゐのデッキ10枚を破棄させるベネルド。容赦ないアタックに曝された魔ゐは、ライフ1まで追い込まれるが、戦意は衰えない。ガスパールとの旅の途中で立ち寄ったロンドンのバトルスピリッツ博物館で見つけた、ダンが異界王と最後に戦った時のデッキレシピ。そして、バローネから預かったブレイヴキラー「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」の組み合わせで、反撃に出た魔ゐは、光と闇の星龍「超神星龍ジークヴルム・ノヴァ」と「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を駆使して、ライフを回復。アタックステップで、ベネルドのライフを着実に削る。だが、ベネルドもデッキ破壊を仕掛け、魔ゐを追い込む。再度反撃に転じた魔ゐは、マジック「メテオストーム」と「ダークヴルム・ノヴァ」によって、ベネルドを完敗させる。敗者として魔ゐに従うというベネルド。魔ゐは、その領地に余裕があるかを聞くのだった。
クラッキー達が復旧した宇宙ステーション、ホープに接続していた古いシャトルが異常を示す。アンジュが冷凍睡眠で封じた魔族の囚人、アルコルが目覚めたのだ。アンジュに復讐すべく宇宙ステーション内に爆弾をセットしたというアルコルにバトルを挑むダン。その間にクラッキー達は極点探しを開始し、プリム達は爆弾処理を進める。ダンが伝説の男だと知っていたアルコルは、ダンのアタックでライフを減らされ、その痛みを懐かしがる。互いにライフを削るダンとアルコル。ダンは「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」を召喚する。初めて見るスピリットに感慨深いアルコル。万が一の爆破に備えてステラをソフィア号に非難させたクラッキーは、残ったアンジュと極点探査を続行する。 一方、「魔帝龍騎ダーク・クリムゾン」を召喚したアルコルは、召喚時効果でXレア「魔龍帝ジークフリード」をノーコスト転召なしで召喚。ダンの「ジーク・アポロドラゴン」を破壊する。対するダンは「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」を召喚して指定アタックで「魔龍帝ジークフリード」を破壊。そんな中、爆発のタイムリミットが5分を切る。フルアタックを仕掛けるアルコル。スピリットとライフを失うダンだが、フラッシュタイミングでマジック「サジッタフレイム」を使用、「リザドエッジ」を破壊して危機を脱する。勝てば、ソフィア号を自分のものにするというアルコル。諦めないダンは「輝竜シャイン・ブレイザー」を召喚。「サジット・アポロドラゴン」にブレイヴし、ブレイヴアタックを仕掛けアルコルに勝利。そして爆弾全解除にも成功する。さらにアンジュも極点位置を探知。その場所は南極だった。 敗者のアルコルはルールに従い旧シャトルで何処ともなく去るのだった。 ソフィア号が地球へ帰還しようとする頃、魔光殿の魔ゐは、オクト消失時の魔族達の引受先を確保すべく、カードバトルでの交渉を決意する。
消失した極点が南極にあることを探知したソフィア号が、ニューメキシコの人類軍ロケット基地に帰還した。バローネの片腕として、ヴィオレ魔ゐを名乗るまゐが、バトルの勝利で魔族達を次々と味方にしていると聞かされたダン達は、硯が新たな十二宮Xレアを手に入れたとの報告を受ける。さらなる十二宮Xレア情報もあり、硯の応援で派遣されたゾルダーだが、バローネが入手した新たな十二宮Xレアと、硯が見つけたてんびん座の十二宮Xレアの2枚を賭けて、バトルを開始することに。 その頃、カザン達は現状を確認。ザジの手に渡った十二宮Xレアが4枚。ダンの手元に4枚。そして、バローネとゾルダーが所有権を争う2枚。残る2枚は、未発見のおひつじ座とおとめ座の十二宮Xレア。その全てを極点にある神殿に集め、地球の中心核にその力を撃ち込めば、現在の地球の危機は回避されるはず。その極点がある南極へ、剣蔵とステラの調査隊が向かう。 一方、互いにキィスピリットを召喚するゾルダーとバローネ。「太陽龍ジーク・アポロドラゴン」に「砲竜バル・ガンナー」をブレイヴさせたゾルダーに対し、バローネは新たに手に入れた獅子座の十二宮Xレア「獅機龍神ストライクヴルム・レオ」に「ホーク・ブレイカー」を召喚してブレイヴさせ、攻撃に転ずる。そのブレイヴ時効果でダブルシンボルとなり、ゾルダーのライフを一気に削ろうとするバローネ。ゾルダーはマジック「サジッタフレイム」を使用、ブレイヴスピリットを破壊されつつも持ちこたえ反撃する。だが、マジックで返り討ちに遭い、バローネの連続アタックでゾルダーはついに敗北してしまう。だが、ダンをこの世界に呼んだのがゾルダーだったと知ったバローネは彼に感謝を告げるのだった。新たな十二宮Xレア2枚を手に入れたバローネ。 一方、十二宮Xレアを手に入れる事ができなかった硯はブレイヴカード「トレス・ベルーガ」も手に入れていた。それをダンに届けると報告するのだった。
バローネと因縁深いオアシスの村。十二宮Xレア「戦神乙女ヴィエルジェ」を見つけたエリスは、砂漠に倒れていたデュックを匿っていた。記憶がないままザジに囚われたのちコアブリットでザジの島から脱出したのだった。彼の素性に気づいたエリスの祖父、長老はデュックを村に迎え、バローネに連絡する。 極点を確認した剣蔵から人類軍本部に連絡が入った頃、ダン達はデュックの消息をバローネから聞く。デュックの居場所を聞いた魔ゐも、独自にオアシスの村へ向かった。 「戦神乙女ヴィエルジェ」を見せられ、十二宮Xレアを集めなければならないという命令に従い、エリスを盾に動こうとするデュック。しかし、ダンは穏やかな顔でバトルを申し込む。 序盤でダンにライフを削られたデュックは、その痛みでかつてのバトルの記憶の断片を思い出す。さらに「宝瓶神機アクア・エリシオン」をドローして召喚したデュックは、アタックを仕掛ける。そしてダメージを受けるダンを見て、獄龍隊の敗者必滅の掟で消えていったラーゼ達を思い出す。暴将と獄将の記憶の狭間で頭痛に襲われるデュック。 十二宮Xレア「魔羯邪神シュタイン・ボルグ」を召喚したデュックは、ふたつの十二宮Xレアのアタック時効果のコンボでダンのライフを削り追い詰める。マジック「サジッタフレイム」によってBP5000以下のスピリットを破壊してアタックを逃れるダンは、「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」を召喚して「シュタイン・ボルグ」を破壊。デュックが反撃のために召喚した十二宮Xレア「天蠍神騎スコル・スピア」も打ち砕く。とどめに「サジット・アポロドラゴン」をレベル3にアップしたダンは「輝竜シャイン・ブレイザー」を召喚してブレイヴさせてアタック。「アクア・エリシオン」を破壊してデュックに完勝する。 しかし、そこへ現れた魔ゐが、デュックの持つ十二宮Xレア5枚を持ち去ってしまう。
元の父に戻ったデュックと会話するルガイン。人間と魔族の共存のため調印式を提案した事を報告するも不安な表情。それを叱咤激励する父デュック。そして見守る母シーマ。ようやく元の家族に戻ったのだ。 調印式の話をクラッキーから聞き、賛成する硯。その硯の頭上に魔ゐのコア船が出現する。魔ゐは、カードバトルに負けた魔族の村が引き受けたオクトの住人を連れてきたのだ。魔ゐの強引な手法を心配する硯だが、魔ゐは悪人と思われることも厭わぬ覚悟でことを進めていた。極点探査をするステラと剣蔵は、その地下に神々の砲台が存在しないことに驚く。改めて異界見聞録を紐解いてみるふたり。 一方、オクトの魔光殿では、ルガイン達魔族とクラッキー達人類軍の調印式が始まろうとしていた。そこへ現れたイザーズは、異議を挟んで妨害を目論む。邪魔をするなとイザーズにバトルを挑むバローネ。 コアブーストでコアを稼ぎスピリットを次々に召喚するイザーズ。バローネは獅子座の十二宮Xレア「獅機龍神ストライクヴルム・レオ」を召喚、アタックを仕掛け、イザーズを劣勢に追い込むが、「ハンドタイフーン」を使用したイザーズはバローネの手札にあったブレイヴカードを破棄させ、連続アタックでバローネのライフを削る。その闘いぶりに、イザーズの正体に気づき始めるバローネ。最後の十二宮Xレア「蛇皇神帝アスクレピオーズ」を召喚したイザーズは、バローネを窮地に追い込んでいく。フルアタックをしかけるイザーズは、ついにバローネに勝利する。しかし、バローネの目的は、敵の手の内すべてを明らかにすることだった。 バローネに勝ったイザーズだが、要求は一切無し。イザーズの勝利に惑わされた魔族達は人間との共存以外の道という可能性を見てしまう。 その頃、剣蔵とステラは、異界見聞録によって開かれた神々の砲台をついに発見するのだった。
南極の剣蔵達は異界見聞録のアナグラムの解読により判明した情報をダン達に伝える。地球リセットを阻止する神々の砲台を起動させるには、十二宮Xレアの所有者がバトルでバトルフィールドにエネルギーを溜める必要があり、それと共に引き金を引く人間も不可欠だという。 一方、魔ゐの助言でオクト全魔族の移住を決断するバローネ。だが、魔族の単独地球支配を宣言するイザーズに影響された魔族達が造反し始める。 そんな中、硯が最後の十二宮Xレア、牡羊座のカードを入手した。だが、最後の十二宮Xレアを名乗るカードはもう一枚、イザーズの持つ蛇遣い座のカードが存在している。イザーズとのバトルに備え、ダンはユースと模擬バトルに挑む。 序盤で互いのライフを削りあったダンは、十二宮Xレア「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」でアタック。レベル3効果でユースのライフを削ると同時にスピリットも破壊。だが、負けじとユースも「太陽神龍ライジング・アポロドラゴン」を召喚して「ドラゴニック・タウラス」に指定アタック。マジック「ブレイヴドロー」も使い、BP勝負で勝ち越し、ダンの「ドラゴニック・タウラス」を破壊する。ユースの善戦を認めるダンだが、間髪入れず「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」を召喚。「ライジング・アポロドラゴン」を指定アタックで破壊して戦況を取り戻す。マジックを駆使し「ライジング・アポロドラゴン」を再召喚したユースは「極星剣機ポーラ・キャリバー」とブレイヴし、ブレイヴアタックをしかける。ダンはマジック「バーニングサン」を使用してノーコストで「輝竜シャイン・ブレイザー」を召喚し「サジット・アポロドラゴン」に直接ブレイヴさせ、ユースのブレイヴスピリットを迎撃して破壊。未来を託すというダンの思いを受け止めたユースは、潔くライフを削られて敗北するのだった。
バローネと魔ゐの魔族オクト脱出計画が始動するが、魔族絶対主義アスクレピオーズが反乱して避難船を次々にジャック。オクトへ強制帰還した彼らは避難船の魔族達を人質に、バローネ達と人類軍が保管する十二宮Xレア全ての譲渡を要求する。3時間の猶予を与えられるバローネ側と人類軍。強硬策を提案するクラッキーに対し、カザンは避難船には民間人もいるので刺激せずに解決する手段を模索する。 そんな時、硯が最後の十二宮Xレアを手土産にクラッキー達に合流。ソフィア号は硯を載せて剣蔵達が待つ南極へ進路を取る。 一方、ダンとルガイン達はスロバキアに到着。ダンはザジにバトルを申し込み、女王ギルファムも生きていたことをザジに明かす。 南極に到着したクラッキー達は、剣蔵から空のバトルフィールドが神々の砲台と同じく超古代文明のものだと聞かされる。砲台の引き金の正体は、全十二宮Xレアをセットすることで現れるようだ。 ギルファムとルガインを人質にとるザジ相手に、ダンは自分が所有する十二宮Xレアを賭けてバトルを開始。ザジはコアブーストでコアを集めると「海王神獣トライ・ポセイドス」を召喚。「マジックハンマー」を使用してダンのデッキを破壊する。反撃するダンは、「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」でアタック。そのレベル3効果で、ザジのライフを1つ削り、同時に「トライ・ポセイドス」も破壊する。ダンの狙いの一つが仮面の下のザジの素顔を暴くこと。それに気づくザジの部下達。 一方、魔ゐは避難船をジャックした魔族絶対主義アスクレピオーズに対峙していた。話もバトルも出来ない状況だが、ガスパールは魔ゐが今まで行ってきたカードバトルこそ対話だと評価して希望をつなぐ。 バトルを通じて仮面をとった素顔のザジと向き合い「助けたい」と訴えるダン。お節介だと憤ったザジは「魔導女皇アンブロシウス」を召喚するが、ダンの「ドラゴニック・タウラス」のレベル3効果でライフを削られ、ザジは素顔を晒される。その正体はイザーズだった。ザジことイザーズはマジック「サンダーブランチ」を使用してダンの「ドラゴニック・タウラス」を返り討ちにすると、ついに背徳のXレア「蛇皇神帝アスクレピオーズ」を召喚する。
ブレイヴスピリットで「魔導女皇アンブロシウス」を指定アタックして破壊するダン。イザーズは「冥王神獣インフェルド・ハデス」と「天王神獣スレイ・ウラノス」を召喚。ダンの「サジット・アポロドラゴン」を手札に戻すと「蛇皇神帝アスクレピオーズ」でアタック。ダンのライフを一気に削る。「アスクレピオーズ」は滅びた獄龍隊の迷える魂から生み出された背徳のカードだった。「サジット・アポロドラゴン」を再召喚してブレイヴさせ、「スレイ・ウラノス」「インフェルド・ハデス」を破壊するダンだが、イザーズはダンのデッキ破壊を敢行。そして怒涛の連続アタックにより、ダンのライフを残り1まで追い込むが、返り討ちでスピリットを破壊され、手札もなく万策尽きる。「逃げるか?」と問うダンに「暗闇のザジは逃げる。だが、イザーズは逃げない」と踏みとどまるイザーズ。その身の上は、心を殺して豊かさを得ては仕えた魔族や人間を裏切り破滅させてきた凄惨なものだった。全ては部下でもある三日月達と三人で生き延びるためだったが、ダンは同じように心の闇を抱えた異界王には及ばないと断じる。「トレス・ベルーガ」を召喚してダブルブレイヴさせたダンは、ブレイヴスピリットのトリプルシンボルのアタックでイザーズを敗北させる。だが、そのバトルがイザーズと三日月達の心を救うのだった。 女王ギルファムは生存を明かし、魔力の駆使で全人質を解放。避難船は各地へ魔族の移送を再開し、イザーズも領民の避難を決断する。 南極では、ステラが指揮して神々の砲台を始動させるためのバトルフィールド牽引作戦を開始する。 その頃、ダンは研究室で異界見聞録を開き、幻の異界王の城の中で異界王と語り合う。異界王の理解者、後継者として、未来のための決断をダンに確認して異界王の幻は消える。そして、現実に戻ったダンの元に魔ゐがバトルフィールドで待っているという連絡が入る。
南極上空のバトルフィールドで魔ゐとダンがバトルで激突。キースピリット「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」を召喚、「輝竜シャイン・ブレイザー」とブレイヴさせてアタック。魔ゐに勝ち、さらにバローネと戦って、その所有する十二宮Xレアを手に入れて地球を救う引き金を引くつもりのダン。魔ゐはダンを止める為に立ちはだかったのだ。ダンのアタックで更にライフを削られ、残り1に追い詰められる魔ゐだが、ダンの「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」をマジック「グリーディコア」で破壊。「超神星龍ジークヴルム・ノヴァ」の召喚時効果でライフ全て回復させる。その魔ゐのデッキは、以前に訪れたロンドンのバトルスピリッツ博物館で手に入れた『馬神弾デッキ』とブレイヴキラーデッキを組み合わせた混合デッキだった。魔ゐが見たダンのデッキの解説には『馬神弾は、西暦2010年8月30日を最後に消息を絶っている』と記されていた。その日は未来の時代に魔ゐがダンを連れてきた日。記録によればダンは元の時代に戻らなかった。もしも、ダンが引き金を引いたらこの先消えてしまうかもしれない。ダンの運命を案じた魔ゐの真意を知って驚くクラッキー達。そこへ剣蔵から連絡が入る。引き金を引いた後のダン救出の為、ステラ達が対策を講じているという。ゾルダーはバローネに要請して魔族のコアシップにも協力を取り付ける。ダンを止めたい魔ゐは全力でアタックするが、ダブルブレイヴで応じたダンの返り討ちに遭い「滅神星龍ダークヴルム・ノヴァ」を破壊されてしまい「ジークヴルム・ノヴァ」のアタックでダンのライフ1を削るのみでターンを終える。ダンは、ブレイヴスピリットでアタック、魔ゐのライフをトリプルシンボルで削る。「あなたが好きなの! あなたを失うために未来に連れて来たんじゃない!」と告白して訴える魔ゐ。しかし、ダンの決意は変わらない。責任を果たす為、ダンは魔ゐに勝つのだった。
南極に人類軍と魔族のコアシップが集結。各艦は引き金を引いたあとで引き手を救出する為にトラクタービームの搭載作業を完了する。紫乃宮まゐに戻ったまゐは、ソフィア号に帰還。シーマは恋するまゐを労る。一方、バローネはダンとのバトルに勝って引き金を引き、消えた時に備え、ローマに墓を建ててくれとイオラスに頼む。同じ頃、デュックが引退を決意。後事を託されたユースとルガインはイザーズに協力を頼む。決戦直前、別れを交わすダンとまゐ。帰ってきたらカレーが食べたいというダンにまゐは作る約束をする。 停止していた地球内部のコアが再始動をついに開始。ダンとバローネもバトルを開始する。どちらが引き金を引くかの決着の為と、十二宮Xレアを存分に使いこなしバトルフィールドのリングに力を最大限蓄積する為に。まゐは自分達が未来に来たのは元の時代でもう一度戦う勇気を持つ為だったと悟る。バローネは「光の聖剣」と「闇の聖剣」を二つ並べて配置。ダンは「魔導双神ジェミナイズ」を召喚してアタック。ライフを削られたバローネは「巨蟹武神キャンサード」さらに「蛇皇神帝アスクレピオーズ」を召喚する。ダンは「金牛龍神ドラゴニック・タウラス」を召喚して、「ジェミナイズ」の効果でデッキをオープン。キースピリット「光龍騎神サジット・アポロドラゴン」を即座に召喚する。バローネはキースピリット「獅機龍神ストライクヴルム・レオ」を召喚してアタックすると「キャンサード」でのアタックも加え、ダンのライフを着実に削る。続けて回復した「ストライクヴルム・レオ」でアタックするバローネ。ダンは「ジェミナイズ」を盾に用いつつ、マジック「サイレントロック」も駆使し、アタックステップを強制終了させて凌ぐ。「サジット・アポロドラゴン」をレベル3にアップし反撃したダンは、バローネの「キャンサード」を指定アタックで破壊。互いの十二宮Xレアを一体ずつ失う白熱した序盤戦となる。
十二宮Xレアとブレイヴスピリットを駆使して猛攻を繰り広げるダンとバローネ。 アタックを辛くも凌いだダンは「デルタバリア」でライフを守り、「光り輝く大銀河」を配置。ブレイヴスピリットのアタック時効果でバローネの「シュタイン・ボルグ」を破壊すると、「サジッタフレイム」で「闇の聖剣」も破壊。2枚目の「バーニングサン」で召喚した「トレス・ベルーガ」をブレイヴスピリットにダブルブレイヴさせる。 その間に、バトルによるエネルギーの充填は100%に迫り、魔族と人類軍のコア船が総力で降下させたバトルフィールドは遂に神々の砲台台座にドッキングする。 ダンは、ダブルブレイヴスピリットのアタックで「アスクレピオーズ」を破壊し、バローネのライフ1を奪うと、「トレス・ベルーガ」の合体時効果で回復したダブルブレイヴスピリットを、バローネのブレイヴスピリットにアタックさせる。対し、「ホーク・ブレイカー」のブロック時効果で相打ちを狙うバローネ。ダンは「光り輝く大銀河」のレベル2効果の発動でダブルブレイヴスピリットのBPを上げて敵ブレイヴスピリットを破壊。さらに「シャイン・ブレイザー」の合体時効果でライフ1を奪うと、ブレイヴアタックで遂にバローネに勝利する。と同時に、十二宮Xレアのエネルギーチャージも完了した。 ダンとバローネの手元から舞い上がった十二宮Xレアカードが台座に納まると、神々の巨大な砲身が出現する。しかし、救出すべきダンのコアブリットが引き戻せない事態が起こる。自らが引き金となることを悟るダン。そのダンを包んだ光は、砲身にドッキングされ、神々の力を地球内部のコアに向けて発射するのだった。 コア破壊によって地球リセットが回避された西暦2651年9月30日、魔族と人類の戦いは終結する。まゐと硯と剣蔵は、未来にアンジュと残るクラッキーと別れ、現代へと帰還する。 そして、それぞれの未来を歩きだすのだった。
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