今バルトはスペイン行きの飛行機の中。スペインの名門ベイクラブ・ＢＣソルにスカウトされ、世界へ飛び出したのだ！スペインの地に降り立ったバルトは、そこで出会った少年キットに連れられて広場へと辿り着く。そこにはベイスタジアムがあり、謎のブレーダー・シスコとのベイバトルとなる。ブレーダー魂に火が付いたバルトを待ち受けるのは思いもよらぬ世界の洗礼だった！？

バルトはやっと目的地のＢＣソルに到着した。しかし大遅刻の罰として入団テストを受けさせられる。世界中から集った入団希望者。その中には、何とクミチョーが！再会を喜びながらも合格を争うライバルとして２人は闘志を燃やす。進化したラグナルクで勝ち進むクミチョー。入団できるのはたった１人！勝ち残るのは誰だ！！

バルト達のもとに、強豪レアルサンバットとの親善試合の知らせが届いた。対戦メンバーの選考はエースであるフリーとのバトルで決めると知って、盛り上がるバルト。だが、フリーはベイを手で回すと宣言。馬鹿にされたと怒るバルトは気合のシュートを放つが、その直後フリーが手で回すと言った意味を思い知る事に！？

ワキヤＶＳクミチョーの対戦で始まった親善試合。進化したワイバーンとの攻防に、ラグナルクは苦戦。第２ゲームもワキヤは続けて試合に出ると、バルトとの対戦に。相性の悪いワイバーンを前にヴァルキリーは攻めきれない。その様子を見ていたフリーは意外なアドバイスをする。バルトは進化したヴァルキリーの新たな一面を見ることに…！？

バルトＶＳシスコ。シスコはランチャーを持ち変えると、まだ本気を出していなかったと不敵にほほ笑む。バルトを追い込み、強豪ブレーダーの実力を見せつけるシスコ。一方のバルトは、ヴァルキリーをコントロールできずに苦戦する。勝利をつかむのはどちらか！？そして、ＢＣソルは遂にフリーが登場。会場はフリーのバトルに驚く事となる……。

レアルサンバットとの親善試合、最終ゲームはクミチョーＶＳワキヤ。勝利をつかむのはどちらのチームか？そして、ヨーロッパリーグに向けて特訓を開始するＢＣソル。トップチームを選考するテストバトルが行われる。バルトはジャンゴと対戦、激しいバトルがくり広げられる！そんな中、ＢＣソルの入団テストを受けに意外な強豪ブレーダーが現れた！！

ジャンゴがＢＣソルを抜けたのはバルトのせいだと冷たくあたるスタン。その態度に困惑するバルトだが、自分は自分らしくとベイの特訓に打ち込む。その姿はイワンやシャーサたちＢＣソルのブレーダー達を刺激する。そしてヨーロッパリーグの出場メンバーを決める日がやってきた。トップチームの意地にかけて負けられないスタンは、バルトとのバトルにのぞむ！果たして勝負の行方は！？

ドイツの強豪ベイクラブ・トップヴァントのクーザは、偵察でＢＣソルに潜入！しかし、思わぬハプニングでバルトに追われることになる！？一方、アメリカの強豪ベイクラブ・ニューヨークブルズのオーナー、ギルテンはフリーに接近する。彼はＢＣソルからフリーを引き抜くため、着々と準備を進めていた……。そして、ヨーロッパリーグ初戦、ＢＣソルＶＳトップヴァントの試合が始まる！

ＢＣソルＶＳトップヴァント。追い詰められたＢＣソルからはフリーが登場。対するクーザは世界ランクＮＯ．１のフリーを倒すべく一気に勝負を掛ける。ドレインファブニルとアルタークロノス、勝利はどちらのベイに！？そして、ＢＣソルはヨーロッパリーグ初戦で勝利を飾る事が出来るのか？

ヨーロッパリーグ初戦を終え、世界ランキング入りしたバルトとクミチョー。２人に刺激されＢＣソルのブレーダー達も気合が入る。一方、シスコは活躍できぬまま不満を溜め込んでいた。そんな中、エースのフリーに関する驚くべきニュースがＢＣソルを駆け抜ける！動揺を隠せないバルトは、導かれるようにフリーがよく行く森の中へと…。

フリーのいないＢＣソル。フリーの分まで活躍を期待されるバルトとクミチョー。しかし２人に反感を持つスタン、チームに不満を持つシスコ。ヨーロッパリーグでは苦戦が続き、フリーがいなければ勝ち抜けないという気持ちがチームに広がっていく。さらに、シスコまでもチームを抜けると言いだす。ＢＣソルはどうなってしまうのか…？

ヨーロッパリーグで敗戦が続き、ＢＣソルは追い詰められていた。次の試合でフランスのパリブレーダーズに負けるとワールドリーグ出場の機会を失ってしまう。しかし、対戦相手のエースがダイナと知って思わず盛り上がってしまうバルトとクミチョー。久し振りの再会を果たした３人だが、ダイナと進化したデスサイザーの驚くべき強さを目の当たりに…！？

ＢＣソルｖｓパリブレーダーズ。バルトとダイナの対戦から始まった。名門ＢＣソルに対し、パリブレーダーズはかつて弱小と言われたチームだが、ダイナと共に努力を重ねて勝ち上がってきた意地がある。一方、ＢＣソルも負ければあとが無い。ダイナは心理戦を仕掛けてバルトを追い詰める！互いに譲れぬ勝負を賭け、バルトとダイナが激しいバトルをくり広げる！！

パリブレーダーズ戦の間、シスコを射抜くように睨みつけていた視線。その正体は、イギリスの強豪ベイクラブ・ロイヤルズに所属するガゼムであった。ムエタイ選手でもあり秘密兵器と呼ばれるガゼム。因縁の相手であるシスコに復讐を誓い襲いかかる。場外乱闘は避けたが、勝負はヨーロッパリーグに持ち越された！シスコｖｓガゼム、勝負の行方は！？

ＢＣソルｖｓロイヤルズ。第２ゲームはバルトｖｓアーサー。直感的にガゼムを真似て裸足になったバルトは、見たことない強烈なシュートを決めて見せる。それはヴァルキリーの秘めた力をさらに引き出すことに。ワールドリーグ出場を目指してＢＣソルは決死の猛攻に出るが、強豪ガゼムが立ちはだかる。ＢＣソルはガゼムを攻略する事ができるのか！？

シュウが行方不明になった！？知らせを受けたバルトたちはワキヤのジェット機でメキシコを目指す。そこには強さを求めるブレーダ－たちの秘密特訓場『スネークピット』があるという。ジャングルの道なき道を進むバルトたちの前に、謎の仮面ブレーダー・レッドアイが立ちはだかる！果たしてシュウはここに来ているのか！？

ピラミッドの中に姿を消したレッドアイ。そこは噂のスネークピット。凄まじい訓練を行う場所であり、強さのみを追求するブレーダーたちが集まっていた。その奥で待っていたのは仮面の男アシュラム。レッドアイとの再戦を求めるバルトに、アシュラムは新たな仮面ブレーダー５人とのバトルを提示する。バルトたちは仮面ブレーダーたちが持つベイに驚くこととなる！

仮面ブレーダー・ブラックアイと対決するのはダイナ。キラーデスサイザーｖｓブラックデスサイザー！未来を見る力を持つというブラックアイにダイナは苦戦。ダイナは未来を変えることができるのか…！？一方、針の山のステージで待ち受けるシルバーアイと対決するのはクーザ。アルタークロノスｖｓブラッククロノス！足場の不安定なフィールドでのバトルを制するのはどちらのブレーダーか！！

バルトｖｓアズールアイ。ブラックヴァルキリーを使いこなすアズールアイに苦戦するバルトだが、ゴッドヴァルキリーに新たな進化のきざしがあらわれて…！？そして、ヴァイオレットアイと対峙するワキヤ。苦手な高所で力が出し切れず、バトル前から追い詰められていく。その時、レッドアイが姿を現し思わぬバトルを仕掛けてくる！スネークピット、最後の戦いが始まる！！

バルトと一緒にベイがやりたいとクーザがＢＣソルに入団を希望してくる。新たな戦力が増えるとバルトたちは喜んで迎え入れようとするが、チームの方針でトラッドとぶつかってしまうクリス。スタンともすれ違ってしまい悩みがつきない。今、ＢＣソルに大きな変化が起きようとしている…！？

ハリウッドスターで世界ランク３位のジュシュア・ブーンからＢＣソルに映画出演の依頼がくる！クリスも撮影に巻き込まれ、ジョシュアのファンたちも大騒ぎ。そんな中、キットはエキストラとして撮影現場に入り込んでいたゾロを発見する。そして、バルトたちはビッグ５とベイバトルができると意気込む。映画撮影とはいえ真剣勝負！ジョシュア・ブーン、その実力はいかに！？

ハリウッドスターのジョシュアはヒーローだ。そしてヒーローは一度ピンチに陥るが、最後は逆転勝利するものなのだ。バトルに指名されたクミチョーもドラマチックなヒーローバトルに翻弄される。世界のトップ５に入る実力者だけあって、ジョシュアとのバトルへ期待に胸を膨らませるバルト。一方、ワキヤもバトルに乱入！ジョシュアに自分のチームへの加入を賭けた挑戦状を突き付ける！！

映画撮影も終わり、ワールドリーグに向けて練習をするＢＣソル。しかしシャーサのベイが不調で調整が必要となり、ベイトレーナーがいないという問題の大きさに改めて気付くバルトたち。ならばと、キットはヴァルキリーを進化させたゾロをトレーナーに迎えようと提案する。しかしクリスはゾロ加入に難色を示す…！？

ワールドリーグに向けて世界中の参加チームが準備を進める中、ニューヨークブルズのキャプテン、ジョシュア・ブーンは悩んでいた。実は、ジョシュアはフリーの大ファンなのにまだクラブで出会えていないのだ！そこで、姉のカリーナや映画スタッフの協力を得て、フリーと運命的な出会いをする作戦を開始！！果たしてジョシュアの想いはフリーに伝わるのか？

灼炎寺カイザことシャカは、新たなエクスカリバーを手にブラジルの強豪チーム・ブラジルリオスの門を叩く。リオス師範のバーナ・クレイは格闘技でも頂点を極めた、伝説のブレーダー。更なる強さを求め、バーナに弟子入りを申し込んだシャカは入門試験として百人バトルに挑戦。次々とリオス門下のブレーダーたちを撃破し、快進撃を見せるが、想像以上に百人バトルの壁は厚く……。

ゴッドリブートを使いこなせないバルト。ゾロはバルトに足りないものを教えるため、ハンデキャップバトルをしかける。徐々に闘志が高まるバルトとヴァルキリーに変化のきざしが…！？そしてワールドリーグ２回戦。ＢＣソルの相手、ロイヤルズにはかつてのチームメイト、イワンの姿が。トレーナーとしてガゼムに秘策を授けるイワン。ガゼムは因縁の相手であるシスコを、弱点を突く戦法で追い詰めていく！！

ワールドリーグ２回戦、レアルサンバットｖｓブラジルリオスの試合は東京で行うことになった。バルトたちＢＣソルのメンバーも東京を訪れる。レアルを率いるワキヤは、エキシビションで場を盛り上げるとともに、シャカを倒すために着々と新必殺技の準備を進めていた。そして試合当日。第１ゲームはジャンゴｖｓスタン、元ＢＣソル同士の対決で幕を開ける。勝利を掴み取るのはどちらのチームか！？

フランス・パリに到着したバルトたち。ここでは、ダイナのパリブレーダーズがＢＣガレオンとワールドリーグ２回戦を戦う。そんな中、パリブレーダーズの新メンバー、クリオ・ドロンを見たクーザは、真っ青な顔で逃げ出す。実は、２人は幼馴染みで、クーザはクリオを恐れていたのだ……。試合が開始されると、クリオは吸血鬼のごときバトルでＢＣガレオンを恐怖におとしいれていく！！

ワールドリーグ準決勝、ＢＣソルの相手はリオスだ。その本拠地ブラジルはベイカーニバルで賑わっていた。しかしクーザが不注意でトラブルを起こし、観客を怒らせてしまう。そんな中、リオスのルーウェイが、バルトたち３人を相手にした３対１のベイバトルを挑んでくる。バルトたちが有利なバトルだが、自信満々のルーウェイ。その未知の実力は？準決勝の前哨戦に観客の熱狂は最高潮に！！

シスコｖｓシャカ！ゾロ直伝の戦法でシャカの必殺技を封じるシスコ。しかし、シャカは意外な戦法で必殺技封じに対抗してくる！！一方、ヒクソンとスタンが対峙していた頃、ニューヨークでもブルズとパリブレーダーズの準決勝が始まっていた。ビッグ５が２人も所属するブルズに苦戦するパリブレーダーズは、クリオを送り出した。クリオの闇の力はパリに勝利をもたらすのだろうか！？

準決勝第３ゲーム。クーザｖｓルーウェイ、そしてダイナｖｓフリーのバトルが始まった！ベイの動きを予測する能力を持つルーウェイに対し、クーザは前哨戦の雪辱を誓って勝負に出る！！一方、フリーを相手に善戦するダイナだが、ドレインファブニルが回転吸収攻撃で立ちはだかってくる！ダイナはフリーの常勝戦法を破る事が出来るのか？そして、ＢＣソルからは、キャプテンのバルトがついに登場！リオスから出てくる対戦ブレーダーは…！？

ジョシュアの必勝パターンを崩すべく闘志を燃やすダイナ。その様子にプレッシャーを受けるジョシュア。接戦となったバトルは、一瞬のスキも見逃せない緊迫した展開に！ダイナはパリブレーダーズを決勝に導けるのか！？一方、ブラジルではバルトとシャカのバトルが始まる。闘志全開で叫びあう二人。ブラジルの熱気を上回る白熱バトルの火ぶたが切られる！！

ワールドリーグ決勝前、レッドアイがシャカとルーウェイを襲う。一方、BCソルの森の練習場では、バルトがフリーと再会する。試合前にも関わらず、勝負を挑むバルト。笑みを浮かべるフリーの胸の内は……。そして迎えた決勝戦。ブルズの１番手として現れ、まるでクミチョーを知っているかのように挑発するリチャード・イエロ。その様子を不審に思うバルトたち。その時、バルトたちは驚く。イエロの手にあるのは、黒いラグナルク…！？

ワールドリーグ決勝戦、第３試合はシスコｖｓフリー。ゾロに授けられた戦法でドレイン攻撃を封じるシスコは、フリーを追い込んでいく！そして、突如姿を現した白鷺城ルイ。笑みを浮かべるルイは何をおもうのか…。一方、ＢＣソルからはバルトが、対するブルズからはジョシュアが登場。バルトはゆっくりと目を閉じ、ゾーンに入る。決勝戦の熱気は最高潮に！！

最高潮の盛り上がりを見せるワールドリーグ決勝戦。試合は終盤を迎えていた。シスコの前に立ちはだかるジョシュア。バルトたちの想いを背負ってスタジアムに立つシスコの手には、ヴァルキリーのフレーム。決勝を制するのはＢＣソルか、それともニューヨークブルズか！？一方、ベイチューブに衝撃的な動画がアップされて……。

ルイの挑発を受けて、カナダの原野に現れたレッドアイ。その場に到着したバルトたちが見守る中、バトルが始まった。敵意をむきだしにするレッドアイに対し、悪夢を見させてやると言い放つルイ。一進一退の攻防が繰り広げられる中、スプリガンとロンギヌスの必殺技がぶつかり合う！強烈な波動と爆風、そして弾き飛ぶ２つのベイ。スネークピット最強のレッドアイと、白き暴君ルイとの決戦は、予想もつかない結末を迎えることに……！？

ワールドリーグで優勝したＢＣソルだが、勝利の喜びの直後におとずれたシュウとの再会、そしてルイ戦の敗北から、バルトはさらなる強さを求めて特訓に打ち込み始める。そこへ世界最強ブレーダーを決める、ゴッドブレーダーズカップ開催の知らせが飛び込んでくる！世界中から１２人のブレーダーが選ばれるのだ！！そんな中、練習中のルイのところに、フリーがやってくる。頂点を競う２人のバトルが人知れず始まる…！？

ＢＣソルに突然現れたフリー。復帰するのかと盛り上がる一同。しかしチームが一番厳しい時に移籍をしてしまったフリーをシャーサは許せない。フリーが移籍した経緯を知るバルトは森の練習場でフリーを待ち受ける……。一方、スネークピットではアシュラムがシュウに更なる力を授けようとしていた。過去を捨て、最強となるため、シュウは新たなベイ、スプリガンレクイエムを手に入れる最終試練をむかえていた！！

ゴッドブレーダーズカップのため、アメリカへやってきたＢＣソル。会場に向かう途中、バルトは地下から聞こえるベイバトルの音をたどると、地下空間へと転がり落ちてしまう。そこは皇帝と呼ばれるブレーダー、クルツが君臨するアンダーワールドだった。一度に５人を相手に圧倒するクルツの強さに刺激され、バトルがしたくて我慢できなくなったバルトは……！？

全世界注目の中、いよいよゴッドブレーダーズカップの幕が開いた。ＡグループはＢＣソルからバルトとクーザ、スネークピットからシュウ、ボア、ノーマン、最後に皇帝クルツの６名。しかしクルツと対戦が決まったバルトは闘志が空回りしてクミチョーたちに心配される。一方、ボアとノーマンは、シュウを倒すために競い合う。スネークピットのブレーダー同士で争わせるアシュラムの目的とは……！？

ゴッドブレーダーズカップ１回戦、レッドアイｖｓボア。レッドアイに追いつき追い越すためにスネークピットで勝ち残ってきたボアは、バハムートの新必殺技でスプリガンを追い詰めていく。そして、レッドアイも鬼気迫る気迫で反撃する。一方、クーザはノーマンとの試合にのぞむ。開始と同時に先制攻撃を仕掛けるクロノスと、強烈な一撃で攻めてくるネメシス！！果たして勝負の行方は！？

ゴッドブレーダーズカップ１回戦、Ｂグループの試合が幕を開ける。フリーｖｓルーウェイ、ルイｖｓジョシュア。そして、シスコｖｓシャカのバトルが始まる！ワールドリーグ準決勝ではシャカに敗北したシスコだったが、エクスカリバー対策の作戦を編み出していた。一方、Ａグループ２回戦、バルトｖｓクーザのバトルが始まり、ＢＣソルの仲間同士がライバルとして競い合う！！その時、ヴァルキリーに新たな変化が…！？

ゴッドブレーダーズカップ２回戦、レッドアイｖｓクルツの因縁対決が始まる。不敗神話を持つ皇帝クルツと、全てを破壊する鬼神レッドアイ！ファーストバトルから一進一退の攻防が繰り広げられる。スプリガンレクイエムはタイプ変更で有利にバトルを進めようとするが、クルツはスカイスクレイパーショットによる強烈な攻撃をしかける。そして、スタジアム内では誰もが見たことが無い驚きのバトルが始まる！このベイの動きは……！？

ゴッドブレーダーズカップ３回戦。クーザの対戦相手は鬼神レッドアイだ。バルトとの特訓で意気込むクーザだが、スタジアムに向かうレッドアイから込み上げる気迫は、クーザの足を止めてしまう。その時、クーザに語りかける声が……！？そして、バルトｖｓノーマンのバトルも始まる。戦略家ノーマンは撃ゴッドヴァルキリーの弱点を見抜いて攻めてくる！それでもバルトと撃ゴッドヴァルキリーは必殺の一撃を決めにいく！！

ゴッドブレーダーズカップ４回戦が始まる。決勝トーナメントに進める上位２人のブレーダーが誰になるのか、勝ち星が多いブレーダー達に注目が集まる。バルト達の声援を受けるＢグループのフリーとシスコは、決勝トーナメントに勝ち残れるのか？また、Ａグループではバルトｖｓシュウの対戦カードが決まる。変わってしまったシュウとのバトルに、バルトは迷いを隠しきれない……。後半戦に突入したバトルの行方は！？

シュウにヴァルキリーのリブートドライバーを破壊されたバルトは、再戦を誓いゾロにドライバーの修理をたくす。しかしシュウと再戦するには決勝進出が条件だと告げたクリスは、バルトにフリーの秘密特訓を見せる。勝利のために自分の限界を超えるフリーに、バルトは何を思うのか……。そしてＢグループ第５回戦、世界最強のライバル対決、限界を超えたフリーｖｓルイの頂上決戦が今始まる！！

フリーｖｓルイ、頂点を極めたブレーダー対決！無数のブレーダーに悪夢を見せてきたルイとロンギヌスに対し、フリーはオーバーリミッターによる超回転ファブニルで攻める！！勝利を掴み取るのはどちらか！？一方、バルトｖｓボアの試合の時間が迫っていた。しかし、アルティメットリブートドライバーを使いこなせないバルトは、時間ギリギリまでＢＣソルのブレーダー達と特訓を続ける。試合までに準備が間に合うのか！？

皇帝クルツを前に緊張して固くなるクーザ。しかしバルトたちの声援を受けたクーザは観客も驚く曲芸シュートでクルツに挑みかかる。それは、自由で冒険心に満ちたクーザらしいプレー。ククルカンの強烈な一撃にも負けない攻撃をクロノスは繰り出す。だが、クルツの壁は厚く、バトルは一進一退の接戦になる！Ａグループの残り１枠を手にして決勝トーナメントに進出するのはどのブレーダーか！！

ゴッドブレーダーズカップ、決勝トーナメントが始まる。ここからは３ポイント先取制による、４人の最強ブレーダー達の頂上対決！そして第１試合、レッドアイｖｓルイのバトルが始まる。圧倒的な力で悪夢を見させてきたルイと、リベンジを誓って蘇ったレッドアイこと紅シュウ。スプリガンレクイエムを手に、鬼神のごとき気迫でスタジアムに立つレッドアイに、場内は緊張に包まれる。鬼神vs暴君の激闘が始まった！！

オーバーリミッターのフリー。王者の限界をも超えた強さを前に、バルトとヴァルキリーの攻撃は通じず、追い詰められていた。フリーを目の前に、バルトは自分自身を研ぎ澄ましていき、極限まで集中力を高める。どちらも最高のシュートを打つため、全力を振り絞る。スタジアムを挟んで対峙する２人のうち、勝者は１人のみ！選ばれしブレーダー達の死闘はクライマックスに突入する！！

ゴッドブレーダーズカップ決勝戦、バルトｖｓシュウ！かつて２人が交わした、決勝でバトルをする約束は、海を越えて今この舞台で果たされる。スプリガンと化したシュウと、ヴァルキリーと共鳴するバルト。全てをかけて戦いにのぞむ彼らの中にあるのは、親友に勝ちたいという想い。運命のラストバトル！！世界の頂点に立つのはどちらか！？