今日はこころの初仕事の日。姉のいいなとあるとに囲まれ、やる気まんまんのこころだが、山奥にある｢ココロ図書館｣にはいっこうに利用者がやってこない。がっかりするこころだが、スクーターで山道を登ってきたかえでと仲良くなり、かえでが読みたがっていた本を貸し出しすることができて大満足。数日後、本の返却日にわくわくしながらかえでがやってくるのを待つこころだが…

ただでさえ来館者の少ない｢ココロ図書館｣。その来館者がさらに減ってきていることに気づいたこころたちは、みんなで利用者を増やす方法を考えることにする。手作りのチラシを作って町で配ることにした三姉妹だったが、あるとの何気ない言葉を聞いたこころはショックを受けてしまい…

こころのお気に入りは人気作家・ひめみやきりん先生の小説。長女のいいなと二人、きりん先生談義に盛り上がるこころを、なぜか一人冷静に見ている次女のあると。実は｢ひめみやきりん｣はあるとのペンネームだったのだ。ところが出版社の企画で、きりん先生と読者のこころが対談することに…

夏休みということで海に旅行することになった三姉妹。しかし、いいなが借りた宿というのは｢海の家図書館｣。図書館をきりもりすることを条件に宿を借りたことをいいなから聞いたあるとはガッカリ。いっぽう、こころは近くの別荘に来ている少女・みさとのところまで本を届けに行く。二人はすぐに友達になるが…。

ココロ図書館に怪盗ファニー・トータスの予告状が。いいなによれば、狙われているのは図書館の大切な蔵書｢ジョルディの日記｣だという。変装の名人・ファニー・トータスと怪盗逮捕に乗り出した梶原警部、そして警部率いる婦警軍団｢カージーズ・エンジェル｣の登場で、静かなココロ図書館は大騒動に…。

町で行われる｢新人社員司書研修｣に、ひとりで参加することになったこころ。心配でたまらない姉のいいなだが、こころ自身ははじめての一人旅でウキウキ気分。ルームメイトの珠音(じゅね)はアンドロイドの司書でちょっとビックリしたこころだったが、すぐに二人は打ちとけあって仲良しになる。都会の図書館で、初めての実地試験を受けることになるこころたちだが…。

こころが研修に出かけてしまったココロ図書館。館長代理のいいなは愛する妹がいないため、すっかり魂の抜け殻状態で、遊びに来た朱葉にこころのコスプレをさせだす始末。途方にくれるあるとだが…。

ココロ図書館に実地研修として、井上ひかりちゃんという司書の女の子がやってきた。新しい仲間が加わり、先輩として張りきるこころだが、ひかりちゃんはココロ図書館のメンバーにちっとも心を開いてくれない。実は、ひかりちゃんのお母さんが病気で入院しているということがわかって…。

仲良しになったひかりとこころ。とはいえ、どこか冷めているひかりの態度は変わらず、ひめみやきりんの小説にシビアな批評をしてあるとを落胆させたり、こころにべったりでいいなをやきもきさせたり、集配に来た上沢に｢あなたの恋は実らない｣などと言い出す始末。途方にくれるいいなたちだが、ひかりのお母さんが手術を受けることになり…

新しい女性市長さんは、美人でとても素敵な人。その市長さんが、ココロ図書館を訪問することになり、こころたちは歓迎の看板を作ったりお洒落をしたり大忙し。だが、現れた市長さんは、ココロ図書館への援助を打ちきると通告する…。

時はいまから二十数年前。この国は戦火に覆われており、悲惨な戦闘が各地でくりひろげられていた。橋のたもとにある山あいの小さな街でも、人々は瓦礫の中で希望を失って毎日を過ごしていた。ある日、街に配備された小部隊に、ジョルディというひとりの新兵が着任する。街の人々の様子に失望するジョルディだが、ひとりの看護婦と知り合い…

父ジョルディの日記を読んで、決心を固めたこころ。街に行って、市長と直談判しようというのだ。いいなの運転する車で、意気揚揚と出発する三姉妹だったが、肝心なときに車が故障してしまう。途方にくれる3人の前に颯爽と現れたのは上沢だったが…。

大雪に閉じ込められてしまったココロ図書館。三姉妹と遊びに来ていた朱葉は、助けを呼ぶこともできず時計部屋にありったけのストーブを集めて寒さをしのぐが…。