『昔々、お姫様が訪れた田舎町で、ある少年と出会いました。少年はお姫様に“いつか君の騎士になる”と約束を交わし、お姫様もその言葉を信じて宝物の銀時計を託しますが、２人は別れ別れになってしまいました。年月が経ち、再会を諦めかけていたお姫様と少年は出逢い、知らぬ間にまた恋に落ちました。少年は難関を越え、お姫様の騎士になったのです。そうして２人はずっと幸せに暮らしました』しかし、おとぎ話の先に待っていたのは戦争という未来だった。いつかどこかの戦場で手を取り合って戦う、少女プリーシアと少年ハヤウェイ。“僕は君の騎士になる！”あの、おとぎ話のように交わした約束を守るため２人の戦いが今、開幕！

“実は王女様”と噂される超天才美少女プリーシアは、ローゼンベルグ騎士養成学校の入学式に入学生代表として華々しく宣誓を行い、文武両道たる自分の存在を祖国ヴィントラント、同盟国ヴィエーラ、敵国サブルム帝国に、声高らかに知らしめる――はずだった。しかし、妙にのんびりした謎の少年ハヤウェイに手を握られるは、王族暗殺の命で侵入したサブルム帝国の暗殺者（ブリジット）がプリーシアと勘違いされステージ上にあげられているはで、いきなりうまくいかないことだらけ。そんな時、ステージ上で木人君が暴走し、入学式は大パニックに！

ハヤウェイとの決闘で完敗し、プライドに傷をつけられたプリーシア。しかし、勝った自覚のないハヤウェイはプリーシアに優しい言葉をかけてしまい、更にプリーシアの神経を逆なでしてしまう。翌日、登校してきたハヤウェイに様々な嫌がらせのトラップが襲いかかってきた！そしてハヤウェイは放課後、罠の仕掛け人らしい『プリーシア親衛隊』から体育館裏に呼び出される。まさか、あの嫌がらせトラップの数々はプリーシアが仕掛けさせたのだろうか……？プリーシアのことを気にして体育館裏に向かったハヤウェイに、更なる罠が襲いかかる！

突如転校してきた護衛の巫女・神楽に四六時中見張られて苛立ちを募らせるプリーシア。「誰もわらわの傍によるな！」プリーシアが拒絶しても護衛を続ける神楽にしびれを切らしたプリーシアは、神楽との決闘を宣言する。決闘の話を聞いて心配したハヤウェイやフィーリア、フェルたちは、神楽のために激励パーティーを開く。神楽もフィーリアの作った料理を食べ、周囲に打ち解けてゆく。しかし一方で、プリーシアが本当に王女様であるかを確かめるため、ブリジットが決闘にあわせて暗躍していた。

ローゼンベルグ騎士養成学校の生徒は、魔法石（プリズム）を使った最初の検定試験を控えて試験勉強の日々を過ごしていた。だが、文武両道のはずのプリーシアは心の迷いから剣が鈍り、剣術の教官・華鈴に「自分のプライドを守るために戦う者に、剣を振るう資格はない」と忠告されてしまう。また、ハヤウェイもプリズムを使った魔法に苦戦していた。そんなハヤウェイに、フェルが「プリズムってハートで使うの」とアドバイスする。その言葉で自分の『ハート』を思い出し、特訓に出たハヤウェイは、同じく特訓していたプリーシアに出会う。ハヤウェイはプリーシアに、自分が騎士を志すきっかけになった過去の話を語り始める。

試験が終わって開放的な気分の一同は、花の王都フリーデンに遊びに行くことに。全員で遊びながらも、お互いを気にしているプリーシアとハヤウェイは、ひょんなことから２人きりになり、デートの様な形になってしまう。今まで城外で遊んだことのないプリーシアは、初めてのデートにはしゃぎ大風車の回る丘の上で二人は無邪気に笑いあう。だが、その時謎の忍者集団とその頭領・血桜が現れ、プリーシアは忍者集団に誘拐されてしまう！

生徒たちが初めて実戦訓練に出る前日、プリーシアはハヤウェイに絶交宣言をする。二人は遠征当日もその気まずさを引きずって、特にハヤウェイは上の空になっていた。しかし、たどり着いた遠征先のグレンツェル砦は、サブルムから奇襲を受けて乱戦状態、実戦訓練どころの騒ぎではなくなっていた。圧倒的な数の敵に苦戦するプリーシアたちだが、そこに見たこともない天使が現れ、敵味方見境なく攻撃を始める！生徒や兵士たちが避難する中、突然プリーシアがハヤウェイの制止も聞かず一人で天使に突撃していく……。

グレンツェル砦の戦闘でハヤウェイに大きなケガを負わせたことに罪悪感があるプリーシアは、学校から逃げ出し、王都フリーデンをあてもなくさまよう。前の戦いで傷を負っているプリーシアは街のチンピラに絡まれ、されるがままになっていた。そんなプリーシアを救ったのは、テレサという謎の女性だった。言動は冷たいものの、どこか優しさを感じさせるテレサに興味を持ったプリーシアは、テレサの野菜作りを手伝い始める。そして、プリーシアはテレサが何か大きな罪を償うように野菜を作り続けていることに気づき始める。

キザーロフの前に現れたのは、前王妃のエコーだった。エコーはキザーロフに、ハヤウェイの出生の秘密、国王マイステルと王妃プリンセアの居場所、３年前に起きたある事件、テンペルリッターが隠蔽した真実……と、この戦争の裏で蠢いている邪悪な『何か』について語り始める。一方、プリーシアの居場所を突き止めたハヤウェイと華鈴は、廃教会に向かっていた。野菜畑の前で再会し、驚きと気まずさを隠せないハヤウェイとプリーシア。しかし、突如廃教会から響いた爆発音に二人の会話は中断させた。廃教会の中には、予期せぬ再会を果たした二人――華鈴とテレサが対峙していた。

学校に、平和な日常が帰って来た。生徒たちは学園祭「プリズム・ナイト・パーティー」、略してＰＮＰの準備に余念がない。ＰＮＰでは学校内で一番輝いている男子と女子に、プリズム・ナイトのプリンスとプリンセス、略してＰＰＰの称号を与えている。アクティたち男子やアイラたち女子は、その憧れの称号をゲットするため闘志を燃やす。プリーシアはというと、ハヤウェイにケガを負わせたことを謝罪しようとするが、素直に謝れず困っていた。しかしある日、プリーシアとハヤウェイはちょっとした会話のすれ違いから、またも決闘をすることに。それを止めたのはキザーロフ。彼は決闘ではなく、とんでもない方法で決着をつけるように提案してきた。

生徒たちの「プリズム・ナイト・パーティー」ＰＰＰの座争奪戦が始まった。プリーシアはハヤウェイとの間にわだかまる様々な問題に決着をつけるべくすさまじい執念を燃やし、また、最初は弱気だったハヤウェイもプリーシアに尻を叩かれ奮闘する。しかし、ハヤウェイのキスを夢見るフィーリアとオルツィ、ＰＰＰの称号を狙うアクティら三人組、学食ランチ食べ放題券目当ての神楽とブリジット他、本編は脇役なんだから今回はスポットライトを浴びたいフェル、リッテ、華鈴たちが暴れまくる！果たしてプリーシアとハヤウェイはＰＰＰを勝ち取ることが出来るのか！？そして二人の演劇勝負の行方は！？

血のように紅い夕日に照らされてプリー シアの周囲を取り囲む観客席から騎士学校の生徒らが歓声をあげている。ビュ！とレイピアを構えるプリーシアと、アーラグラディウスを青眼に構えるハヤウェイ「決着をつける時が来た」。果たして決着の行方は・・・そして、真の陰謀が明らかに・・・