時は1935年。国の未来を担うシュトラールたちを多数輩出している、全寮制の名門校『ローゼンシュトルツ学園』では、長期休暇が終わり、新学期が始まろうとしていた。休暇を終え学園に戻ってきたオルフェたちを向かえ、壇上に立ったのは『新校長ヴェルナー』であった。突然の校長の交代劇、そして、ヴェルナーが告げる学園の改革とは……。

突然の新校長の交代に混乱をみせる学園内。休暇中に前校長に会い、言葉を交わしたオルフェとエドはこの事態に納得がいかない。オルフェは新校長のヴェルナーであれば真実を知っているのではないかと校長室に向かうが、そこで衝撃の理由を聞くことになる……。更に、現在のシュトラール候補生クラスを解散させ、家柄に関係なく才能のある者をシュトラール候補生クラスに入れるという。あまりに急な改革に学園内は緊張の空気が漂い始める。

新校長ヴェルナーの改革がついに始まり、ローゼンシュトルツ学園内は緊張とあわただしさを見せている。そして、ニコラス、ダニエル、エルムントの3人は実力がありながらも、低い家柄の出身の為周りの生徒達と衝突し、学園内に険悪で重苦しい空気が流れ始める。そんな中、前校長が失踪した事の真実を知るため、試験中に抜け出し国王に謁見を求めていたオルフェレウスとエドたちはアイロスから思わぬ妨害を受けることに……。

ヴェルナーの学園改革は進み、学園再編試験の終了祝いとして夜会が行われることになった。ヴェルナーの計らいに戸惑うオルフェたちだが。その頃、アイザックとベルーゼの元にエドの継母・ヘンリエッテがやってくる。日々、力を付けていくエドを疎ましく思うヘンリエッテはある計画を画策する。そして、学園内のエドの元に急報がもたらされる。エドの父・ブラウンュヴァイク子爵が事故で重体なのだというが……。

エドは事故で重体と知らされた父・ブラウンシュヴァイク子爵の元へ馬を走らせるが、その途中何者かの妨害により落馬し崖下に転落してしまう。そんな時、学園にいるオルフェの元に重体のはずのブラウンシュヴァイク子爵が現れる。子爵は公務の為、宮殿にいたとの事だがその際｢ご子息の安全が脅かされている｣と書かれた手紙を受け取ったという。オルフェと子爵はエドの身を案じ、急ぎブラウンシュヴァイク子爵の屋敷に向かう。

ある日、突然カミユがオルフェたちに置手紙を残し学園からいなくなっていた。オルフェはヴェルナー校長に経緯を確認するが、思いつめたカミユが退学届けを出しにきたという。オルフェとエドはカミユを連れ戻すため、カミユの家に向かう。そして、カミユの家に到着したオルフェとエドの前に現れたのは、カミユの兄・レオハルトであった。レオハルトは学園内で傷つき帰ってきたカミユをそっとしておいてくれという。

カミユが兄・レオハルトに何も告げずに屋敷から抜け出した。カミユはエルムントに連れられ、エルムントの家へと招待されていたのだった。そして、着いた先にはとても貴族の家には見えない庶民的な家だった。カミユはエルムントの家族に暖かな出迎えを受ける。だが、エルムントからシュトラールへの強い意志を聞き、エルムントの妹・ニーナの｢カミユお兄ちゃんも、使長様になるの?｣という問いかけに言葉が詰まってしまう。

新シュトラール候補生が決まった後も、ニコラス・ダニエル・エルムントたちと、他の生徒との小さないざこざは絶えない。ナオジはいつものように弓を使い精神統一をしていると、ダニエルが弓での勝負を仕掛けてくる。勝負はできないとその場から去ろうとするナオジにダニエルは｢そうして、いつも逃げるのですね｣と言葉を投げかける。そんな時、ルーイがオルフェたち4人をリヒテンシュタイン家の茶会に招待するという。

シュトラール候補生の再編による混乱もおさまり、学園内には静かな時間が流れていた。だが、学園の外では不穏な空気が満ち始める。ベルーゼのたくらみと国王のもとに届けられた書類は・・・。そして、ローゼンシュトルツ学園に突如、国王軍の兵士達が押し寄せる。それは、ルーイをクーヘン王国に対する謀反の容疑で逮捕するという驚くべき理由だった。

ルードヴィッヒの謀反の噂に色めき立つローゼンシュトルツ学園。アイロスたち教師はルーイの行方を捜すが全く見つかる様子も無い。ルーイはニコラスたちの提案でダニエルの家に潜んでいるという。そして、落ち着かない様子のエドにオルフェは疑問を感じるが、エドは平静を装う。だが、エドが隠していたのはアイザックが自分達を攻撃したという事だった・・・。

自分ひとりでなんとかするというルードヴィッヒの身勝手さに憤りを覚えるオルフェレウス。だが、ルーイの頑なな態度に言葉を失う。そして、アイザックと接触したエドはオルフェ達に、この件から身を引いたほうが良いのではないかと思いもしない発言をする。だが、その言葉はオルフェを思っての事だったのだが・・・。

ベルーゼとアイザックが国王と対峙する。その頃、エドからアイザックの事を聞いたオルフェは、ルーイの一件の事実を知っているであろうアイザックと直接話しをしたいと言う。そこに、カミユとナオジが駆け寄ってくる。｢嫌な予感がする｣というカミユ。ルーイの元に向かおうとするその時、オルフェ達の前にアイロスが立ちはだかる・・・。

緊張感漂う国王の謁見の間にバルトローメーウス前校長が現れる。バルトローメーウスは国王の命を受け、各国にいるローゼンシュトルツ学園の卒業生達に協力を呷り、各国の首脳と秘密裏に交渉する使者として動いていたのだった。そして、ベルーゼとヴェルナーの関係が明らかにされる・・・。