緑地化計画の進む惑星サファロン．ここで発生した巨大プラント群の崩落という大事故に対処するため，ダイスF-99のメンバーが派遣された．依頼主であるサファロンの代表は，F-99が子供ばかりのチームであることに驚き怒りをあらわにするが，リーダーのタックはプラント内に残された人々のため，救助作戦を冷静に遂行する．モトラプターに搭乗するジェットは崩壊する施設の中へと突入，この星の行く末を案じる技術者バスと出会うのだが……

宇宙船を襲撃し金品を奪う宇宙海賊団・スペースパイレーツの横行に手を焼いた保険会社がダイスに組織の壊滅を依頼してきた．海賊団のアジトは中立地帯の小惑星帯にあり，周辺の惑星政府が介入できない事情があったのだ．タックは大胆な作戦で巨大なアジトの攻略を狙う．作戦通りアジトに潜入するジェットたち．だがそこでジェットはディノブレイカー・ナイトレックスに乗る謎の男ダークファントムと遭遇する．

プラズマブリザードの吹き荒れる惑星バリオス．激しい吹雪と強力な電磁嵐で一切の交通・通信手段が絶たれてしまうという厳しい環境下の星だ．その星の病院から，病気に罹った子供の元へワクチンを運んで欲しいという依頼を受けたF-99．だがバリオスの天候の凄まじさは想像を超えるものだった．タックは嵐がおさまるまでは任務遂行は無理だと判断する．ジェットはそんなタックの考えに反発し，周囲の静止も聞かず吹雪の中へと飛び出していく．

平和な惑星，テラスKにとんでもない災難がふりかかる．この星に彗星が急接近していることが判明したのだ．このままでは彗星はテラスKに衝突，惑星は死の星となってしまう．ダイスはF-99をはじめとした各チームを派遣し，彗星爆破計画を実行する．マルコのモノクローラーの活躍で彗星の内部に爆弾が仕掛けられ，作戦は順調に進んでいると思われたが，商売敵のバイスが落盤にまきこまれ，マルコに救助を求めてきた．救出にあたるマルコ，ジェットだが，彗星の爆破時間は刻一刻と近づいていた．

F-99に緊急通信が入る．惑星シエト・ノース連邦で軍事用に開発され試験航行中の飛行艇・クリオメイラが暴走，機密発覚を恐れた軍の上層部が乗組員ごと飛行艇を爆破しようとしているというのだ．現場に駆けつけたF-99は，乗組員の一人息子イワンの「お父さんを助けて！」という悲痛な言葉を受け，乗組員救出をめざして作戦を開始する．だがクリオメイラはフォートレスを敵と認識し，濃い霧の中からミサイル攻撃を仕掛けてきた．ロベールはホバープテラでクリオメイラを追跡し，なんとか暴走を止めようと奮闘する．

セクタ・カタロナの惑星モナサ．そこで開催される大ビークルレース・チキラ・グランプリにエントリーしているマイナーチーム・ホンマのマシンが事故をおこした．レース前の事故の多発を不審に思ったホンマ社長は，ダイスに依頼．ジェットたちはチーム・ホンマの代理としてレースに出場しつつ，事故の調査を進めることになった．憧れのグランプリに出られると大喜びのジェット．レース開始後，トップを独走するジェットのモトラプターだが，コース上には怪しげなトラップが無数にしかけられていた．

ディノブレイカーの定期メンテナンスのため，ダイスの本部・ダイスゼロへやってきたF-99のメンバー．休暇気分のマーシャたちは，ダイスEで艦長を務めるパイクと出会う．一方，ジェットとタックの2人は，辺境の星ヤスタケで観測機のデータ回収という地味な仕事を引き請けることに．だが任務の最中に発見したペレットを口にしたモトラプターの様子が急変，凶暴化してしまう．タックがディメトローダーで押さえようとするが暴走したモトラプターには敵わない．必死の思いでモトラプターに言葉をかけるジェットだが……

長い間戦争状態にあった2つの惑星，ロブ2とロブ3．最近になって和平が実現したのだが，ロブ2の軍事施設が爆発するという事件が起きた．ロブ3の攻撃に違いないという説が広がり戦争への気運が高まってゆく．平和を願うロブ2の首相イザベラは，ロブ3のペドロ首相を問い詰めるがペドロは自国の関与を強く否定．イザベラは爆破事件の真相究明をダイスに依頼する．ジェットとロベールは傭兵として，タックたちは保険会社の調査員を装って，それぞれ軍事施設へと潜入．そこでアンドレという名の青年が不審な動きをみせているのに気づく．

お互いに張り合い，ケンカの絶えないジェットとロベール．タックはこの二人にある任務を担当させる．タクト星のテンドー遺跡にある秘宝を回収せよ，というものだ．遺跡の内部には様々なワナが仕掛けられていたが，ジェットとロベールは対立しながら我先へと突破していく．そして，情報を聞きつけたバイスもまた宝を狙ってやって来ていた．ジェットたちが争っている隙に宝を奪おうとするバイス．ジェットとロベールはようやく協力するかに思えたのだが……

惑星ガウロンの海に無人の貨物機が墜落，深度一万メートルの海底に沈没した．F-99への依頼は，この沈んだ貨物，亜空間エンジンの回収作業だ．深海での任務に耐えられるのはモノクローラーのみだということで，海底へと向かうマルコ．だが深海に生息する巨大生物に襲われ，通信が途絶えてしまう．一方，沈んだ貨物をモニターしていたサムは，貨物の中から異常なエネルギー波が放出されていることに気づき不審に思う．依頼主のガウロン軍人たちは回収が困難だとわかった途端，態度を豹変させその場から脱出しようとする．

巨大重力を持つ惑星ゴルバン．この星に眠るという魔石を回収せよという任務を引き受けたジェットは，ダイスＣ-01所属のマキアートと共に目的地の洞窟へ向かう．サムの開発した耐重力シールドで重力による障害をクリアし，進んでいくジェット．その道すがら，ジェットはマキアートから今は亡きジェットの兄ザップの話を聞き動揺する．ザップと親しかったというマキアートの言葉は，ジェットにとってつらい記憶を思い出させるものだったのだ．そんなジェットの前にダークファントムが現れ，立ちはだかる．

ダークファントムに敗れたことにショックを受けたジェットは休暇を取り，ダイスの訓練施設でパイクを相手にディノブレイカーの搭乗訓練に励んでいた．その後，パフィの協力でダークファントムの居所を突き止めたジェットは，惑星マクラボンで運行する船に雇われ船員として潜り込む．そこでダークファントムと遭遇したジェットは再度の勝負を挑むのだが……

謎のディノブレイカー，モトスティンガーの攻撃を受け，傷を負ったジェットとモトラプター．以来モトラプターの意識は戻らず，ジェットはF-99でチャオのアシスタントとして働いていた．チャオは可愛がっているペット，モークがどうやって自分に心を許してくれたかをジェットに語る．これまでのラプターとの関係を思い出し反省するジェット．そのころ，惑星ルバルの遺跡でナイトレックスとモトスティンガーが激しい戦いを繰り広げていた．戦闘を止めるために急行するF-99だが……

惑星ゾッシュのとある研究施設．かつてそこでは生物化学兵器が造られていた．だが実験は失敗，人造生物が暴走し研究者たちを襲ったため現在は施設は封鎖されていた．そしてその内部を偵察すべく派遣された調査団が行方不明になった．F-99のメンバーは依頼を受けて施設へ向かい，調査団の捜索と実験生物の処理にあたることになる．捜索のさなか，サムのミスがもとでロベールが実験生物に襲われ行方がわからなくなってしまった．責任を感じたサムは生物の弱点を探ろうと必死に分析する．

F-99の今回の任務は，惑星アルファ333に生息する巨大な珍鳥，クック鳥のヒナの面倒を見る，というものだった．クック鳥に興味津々のパフィはジェットたちと共に森の中にあるというクック鳥の巣を探しに向かうが，密猟者と勘違いされ，動物好きの少年ロビーに追い払われてしまう．密猟者ローズマリーは珍しい生き物が数多く生息するこの星に目をつけ，動物たちを乱獲していた．クック鳥のヒナの親もローズマリーの罠にかかって連れ去られてしまっていたのだ．パフィたちは親鳥を救い出そうとするのだが……

ジェットとロベールに指名で仕事の依頼が舞い込む．依頼主はお金持ちの老婦人リリィ．リゾート惑星・セシルへの観光旅行のお供をしてくれというのだ．楽な任務だと気安く引き受けるジェットとロベールだが，セシルに到着した途端，怪しげな連中に追われる羽目になる．今は引退しているというものの，リリィは実はギャングのボスだったのだ．そして惑星セシルを牛耳っているのはリリィと敵対するギャング組織だという．なぜわざわざそんな星を訪ねるのか，疑問に思うジェットだが……

惑星ミリットのとある企業ビルに女性型のアンドロイドが侵入，機密情報を盗み出して行方をくらますという事件が発生した．F-99の今回の任務は，そのアンドロイド・リアンを捜し出す，というものだ．リアンは本来は園芸の仕事に従事するために作られたアンドロイドであり，なぜ盗みを働くような行動を取ったのかは謎である．調べを進めるジェットたちの前にパイクが現れる．リアンを追っているのはF-99だけではなかったのだ．さらにはダークファントムが一連の出来事に関わっていることが判明する．

惑星デュラスの宙域で，任務遂行中のパイクが消息を絶った．ダイス本部はデュラス政府に捜索の許可を求めたが，戦時下にあるデュラス政府は拒否．タックたちは情報を得るため，デュラスと敵対する星ガウロンで捕虜となっている女兵士シーラのもとを訪ねる．以前，ガウロンでの事件でデュラスのスパイであることを自ら明かした彼女は，ガウロン軍に捕えられ拷問を受けていた．それを知ったジェットはシーラを脱獄させ，デュラスへの案内を要請する．

惑星レムXB-1で任務を終えたジェットは弾丸特急に乗りこむ．サービリオン銀河一のスピードを誇る列車はかねてからジェットの憧れだったのだ．だが，ブレーキが利かなくなり列車が暴走するという異常事態が発生．鉄道管理局はダイスに解決を依頼し，マキアートが任務につく．ジェットはマキアートとの連携で機関車の切り離しに成功，事件は解決かと思いきや，乗客の1人が暴走する機関車に飛び移るという暴挙に出た．ジェットは乗客を救うため，モトラプターで弾丸特急を追跡するが……

惑星ドナンでの輸送の任務を追えたジェット，パフィ，マルコの3人は進入禁止区域へ迷い込んでしまった．ジェットとマルコを捜すパフィの前にダークファントムが現れる．これまでも多くの行方不明者を出しているというその一帯は，迷いこんだものを過去の記憶の中に閉じ込めエネルギーを吸い取ってしまうという怖ろしい場所だった．ジェットとマルコは，かつて2人が暮らした孤児院での思い出の中にとらわれ，動けなくなっていた．

聖なる星ヘロンを祝って300年に一度の祭りが行われるという惑星トール．F-99への今回の任務は，ダイスの最高執行機関・長老会からの依頼でこの祭りに参加するというものだった．ディノブレイカーを見世物として扱うことにしっくりこないタックたち．一方ジェットは，手の甲のクリスタルに導かれ，洞窟の中に広がる地底世界を発見する．そこでは，外の祭りの喧騒とは裏腹に，年老いた人々が集まってある儀式を行っていた．ジェットを見た老人たちは，ジェットを「救世主」と呼び儀式へ加わることを要請する．

惑星ゲールにて．F-99への今回の依頼主は何と銀行に立てこもった強盗犯だった．今いる人質を解放するかわりに身代わりの人質をよこせというのだ．あまりにも妙な依頼に不審がり警戒するタックやマーシャ．だがジェットは犯人側に何か事情があるに違いない，と単身銀行内へと乗りこんでいき，強盗犯シドラと対面する．ジェットはシドラを自首させるため説得しようとするが，逆にシドラの悲惨な身の上話を聞かされる羽目になる．

考古学者ファルコの依頼を受け，はるか昔に滅びたと伝えられる古代シタン文明の秘宝を捜索するジェットたち．遺跡の中で，ジェットはバイスと遭遇する．ファルコの元同僚の研究者レジェの依頼で，バイスもまたシタンの宝を狙っていたのだ．宝の地図をバイスに奪われ悔しがるジェットだが，ファルコは地図のカラクリを見抜いていた．ジェットに遺跡内の水を持ち帰るよう指示したファルコは，水中に生息する微生物に謎を解くカギがあると推理する．

ダークファントムがダイスの本部・ダイスゼロを襲撃したとの連絡を受け，驚くジェットたち．時を同じくしてダイスFの支店長シードに呼び出されたタックは，シードからこれから起きるであろう試練の話を聞かされる．一方ジェットは，ダークファントムの目的を理解したいと思うあまり，フォートレスのブリッジを占拠，ダイスゼロへと向かって出発した． ジェットの行動をなんとか止めようとするマーシャたちだが……

ダークファントムの元へと向かったジェットは，無数のモトスティンガーに襲われているダークファントムに出会う．ジェットたちはダークファントムに加勢するが，大量のモトスティンガーに苦戦．そしてパフィとサムは，ダークファントムが絡んだ事件のデータを解析するうち，何者かがダイスの全ディノブレイカーにセンサーを埋め込み，不老不死の星ヘロンに関わる情報を集めていたことを知る．そのころ，ダイスFのシード支店長はFエリア内のダイスメンバーにダイスゼロを鎮圧せよとの通達を下す．

ダイスの最高幹部・長老会は不老不死の秘密を求めてヘロンへと出立しようとしていた．ダイスF支店のメンバーはそれを阻止しようとするが，ほかのダイスの抵抗にあい，ダイス同士で激しい戦闘が繰り広げられる．F-99のフォートレスもダイスFステーションへと戻り，タックを救出しようとするがパイクたちに行く手を阻まれる．その間にも長老会の面々はヘロンへと繋がっているヘロンゲートを目指し，ワームドライブを強行しようとしていた．

ヘロンゲートを越え，新たなる宇宙へと踏み出したジェットたち．多くの人々がそこに伝わる不老不死の秘密を得たいと考え，危険を冒してヘロン宇宙への侵入を試みていた．ジェットたちの仕事はそうした人たちを保護することだった．あるときF-99に救難信号が入り，救援に向かったジェットたちは壊れた宇宙船を発見する．その近くを調べるうち，モトラプター，ホバープテラなどディノブレイカーの様子に異変が見られるようになる．ジェットたちはいつの間にか野生のディノブレイカーの大群に囲まれていたのだ．

野生のディノブレイカーに襲われたジェットたちを救ったのは，ヘロンナイツと名乗る5人の騎士だった．さらにその土地に埋まっていた巨大な竜の形をした宇宙船を発見したジェットたちは，それを基地へと持ち帰り調査するが，宇宙船の正体は不明のままだ．機能停止していると思われた宇宙船が突如動き出す．船内から出てきたのは幼い少年だった．その少年，クロ＝ザンは自分の年齢を3250歳だと言い，周囲を驚かせる．不老不死の伝説は実現していたのだ．クロ＝ザンは，自分を故郷の星に送り届けてほしいとF-99に依頼する．

巨大な竜の宇宙船・ドラゴンフォートレスで惑星セ・プラウにクロ＝ザンを送り届けたジェットたち．そこに暮らす人々は皆不老不死の体を持ち，ゆったりとした時の中を静かに過ごしていた．だがクロ＝ザンはダイスの仕事に興味を持ち，自分もダイスに入れて欲しいと懇願してきた．タックは拒否するが，難破した宇宙船を発見し急遽クロ＝ザンの案内で惑星サル・ワンへと降り立つことに．そこでジェットたちはヘロンナイツの一人，ザバ＝ガンと再会する．野生ディノブレイカー退治に来たのだと言うザバ＝ガン．そしてジェットはその星で思いもかけない人物と遭遇する．

ヘロン宇宙に暮らす人々の存在が明らかになり，彼らとの交易を望む者も現れはじめた．F-99の今回の任務は，ヘロン宇宙のガイド役として，商工会の代表者ファジーたちを様々な星へと案内するというものだ．クロ＝ザンの知識が大いに役立ち，星々をめぐって友好条約を結ぶのに忙しい代表者たち．そしてガスに覆われた星，惑星ラキアーに辿り着いたジェットたちは，都市の中心部が崩壊するという事故に遭遇する．住民たちの救助に向かおうとするジェットたちだが……

惑星エルムートに生命王と名乗る人物が現れ住民を困らせている，という情報を得たF-99はその星へと向かう．クロ＝ザンによると，生命王とはヘロン宇宙を支配している偉大な王だという．現地で調査を進めるジェットたちだが，エルムートの人々はいたって平穏に暮らしており，生命王へは感謝の意さえあらわしていた．ジェットたちは生命王の宮殿を訪ねてみるが，そこにいたのはなんとバイスの連中だった．怪しげな手妻を見せて生命王を装い，住民から貢物をせしめていたのだ．呆れるジェットたち．そこにヘロンナイツの1人，エイン・ラトが噂を聞きつけエルムートへやって来る．

惑星パトラにて．悪質なトレジャーハンターを拘束する任務についていたジェットたちはトレジャーハンターの反撃に遭い，ピンチに陥っていた．が，ドラゴンフォートレスが不思議な力を発動させ，その場は収まる．その後ドラゴンフォートレス内部の隠し部屋におさめられていた大きな剣を発見するタックたち．クロ＝ザンは，これこそがダークファントムが捜している「もう1つのダークソード」ではないか，と推理する．一方，ダークソードの解放を感知した生命王はヘロンナイツに剣を守れと命じる．

ダークソードを手にしたジェットの身に異変が起きた．ダークソードのエネルギーがジェットとシンクロし，ジェットの体を支配しようとしているのだ．ジェットとモトラプターは合体してヒト型に変身し，暴走する．それを抑えようとするタックたち，さらにはヘロンナイツの面々だが，変身したジェットとモトラプターは圧倒的な強さでヘロンナイツたちを倒してしまう．ダークファントムはダークソードを手放すよう，ジェットに呼びかけるが……

ジェットを暴走させたダークソードはいずこかへと消え去り，ジェットとモトラプターの姿もそれと同時に元に戻る．だが，ジェットはダークファントムに関する重大な真実を知りショックを受けていた．ダークファントムの行方を捜すため，ドラゴンフォートレスに問いかけるジェット．ドラゴンフォートレスはジェットに応えるかのように宇宙へと発進する．取り残されたタックたちはヘロンナイツに通信，ジェット捜索に手を貸して欲しいと頼む．冷たく断るザバ＝ガンだったが，仲間を助けたいというマーシャの必死の言葉に心を動かされる．

シード支店長から正式にダークソード探索の任務を受けたF-99はヘロン宇宙の中心部へと向かっていた．途中，パフィがヘロンナイツのイベル＝デムとチャットを始め，呆れるタックたち．だがイベル＝デムからの通信が突如途絶えてしまう．危険な状況に陥ったのでは，と心配するジェットたちは惑星ゾバへと降り立ち，イベル＝デム捜索に来たザバ＝ガンたちと合流する．イベル＝デムが消息を絶ったと思われる洞穴へと入っていったジェットたちはその奥でものすごい数のディノブレイカーの化石を発見する．

惑星ロンカミンで，ダークソードの片割れを発見したジェットたち．だが，ダークファントム，そしてヘロンナイツもダークソードを求めてその星へ来ていた．F-99の面々はダークファントムを止めるためナイトレックスと戦うが，まるで歯が立たない．その間にヘロンナイツのザバ＝ガンがダークソードを手に入れてしまう．奪い返そうとするダークファントムとザバ＝ガンは，それぞれのダークソードで一騎討ちとなる．だが，ふたつの剣が交わった瞬間，莫大な量のエネルギーが発生し，大爆発が起きる．

ダークソードを持って消えたダークファントムを追って，惑星アレクへと向かうF-99．ジェットたちはその途中に立ち寄った惑星ラ・ベラで，ダイスの創設者キャプテン・ダイスの墓を発見する．消息不明だったキャプテン･ダイスはこの星で生涯を終えていたのだ．ラ・ベラの人々から，キャプテン・ダイスの思い出話を聞いたジェットたちはダイス魂を奮起させ，人々のために働く．そして，キャプテン・ダイスが残した宇宙船から当時のデータを引き出したサムは，この星，そしてヘロン宇宙全体が抱えるある問題に気づく．

ヘロン宇宙の中心部・惑星アレクへと到着したジェットたち．ダークソードを手にしたダークファントムは，何千もの野生ディノブレイカーと共に生命王を倒さんと生命王の宮殿を目指していた．ヘロンナイツはダークファントムに戦いを挑み，ジェットたちもまたその戦いを止めようとディノブレイカーで参戦する．「死をもたらす剣」ダークソードを使って，ダークファントムはなにをしようとしているのか．ジェットは必死の思いでダークファントムに追いつき呼びかけるが……

ダークファントムは惑星アレクの宮殿へ辿り着く．理想郷を作り維持するため数多くの命を犠牲にしてきたという生命王をこの手で倒すためだ．ダークソードを手にしたダークファントム，ブレイジングソードを手にした生命王が相まみえるときが来たのだ．2人の戦いを見つめるジェット．そこにアマ＝ラルが飛び込んでくる．「生命王を倒す前に私を倒せ」とダークファントムに言い放つアマ＝ラルだが……

ダークファントムから受け取ったダークソードで生命王に立ち向かうジェット．生命王は惑星アレクから宇宙へ飛び出し，恒星ヘロンに突入する．迷わず後を追うジェット．タックやザバ＝ガンたちも戦いの決着をつけるため，ドラゴンフォートレスでジェットを援護する．ヘロンの中で対峙するジェットと生命王．そこでダークファントムの真意を悟ったジェットは渾身の一撃を生命王に振り下ろした！　ブレイジングソードは破壊されたかに見えたのだが……