異世界ビーダワールド。そこはさまざまな人々が住み、神聖なる競技として「ビーダマン」によるファイトが行われている世界だ。そして物語は、荒野の田舎町カウトゥーンから始まる。そこでは元気いっぱいの少年ヤマトが今日も母親のおつかいで町中を走り回っていた。そしてヤマトの誕生日、グレイという名の少年が彼の前にあらわれる。グレイの目的は、伝説のビーダマン「コバルトブレード」を手に入れることだった。グレイにおいつめられるヤマト。だがそのとき、ヤマトの体に光が走り…。

強いビーダマンをあつめている男、ブル。彼はヤマトのコバルトブレードを手に入れようとするが、グレイにジャマされる。そしてつぎの日の朝、ヤマトはビーダマンでもっと強くなろうととっくんをはじめるが、強いあいてがいないとちょうしが出ないため、グレイをさがしに行くことに。そこへブルがふたたびあらわれるが、今回はなぜかおとなしい。けっきょく、ヤマトはブルとグレイさがしに出かけることに。だがそのとちゅう、ヤマトはガケから落ちたブルをたすけてケガをしてしまう。

風がふきあれる荒野で、蛮族ビーダーとむかいあう少年カイン。彼の一撃は青いオーラをはなち、蛮族ビーダーを打ち負かす。この世界にはまだ見ぬ強豪（きょうごう）がいるのだ…。いっぽうヤマトは、グレイにそんな強豪の話を聞き、戦いたいといきごんでいた。そして、グレイ、ブルといっしょに、となり町にあるＢコロシアムへと出かけることに。そこでヤマトは、はじめてビーダマンの競技ルールを教わることになる。しかし、そこへカラスのような男、バトルクロウが道場やぶりにあられ…。

グレイから、強豪（きょうごう）のウェンとリーのビーダー兄弟の話を聞き、さっそくデビル・ザ・ロックの頂上をめざすヤマトたち。しかし、ワナをのりこえて決められた時間内に頂上につかないと、デビル・ザ・ロックはくずれてしまうという。ウェンとリーとも力を合わせてワナをクリアするヤマトたちだが、頂上でとつぜんふたりに攻撃されてしまう。なんとふたりは、シャドウの一員だったのだ。さらにクロムゼファーをひとじちにとられ、ヤマトは大ピンチに…。

連射（れんしゃ）をしながらもねらいがせいかくな爆烈龍のこうげきを、動物的なカンでかわすヤマト。しかしウェンとリーはさらなるワザをくり出してきた。つよい回転をかけて地面にビーダマを打ちこむと、そこから生み出す空気のながれでヤマトのこうげきをはねかえし、さらに自分たちのこうげき力をアップさせたのだ。しかし、１発のビーダマが氷のはしらに当たったことで、ヤマトは勝利へのヒントを思いつき…。

グレイにだまされ、落ちこむヤマト。ミエは、そんなヤマトに１冊の本を見せ、ビーダーの心意気を思い出させる。ビーダーは勝負してこそビーダー。そう考えたヤマトは、もう一度グレイと戦うため、賢者アルマーダの下で修行するべく旅に出た。 そのとちゅう、東の国から来たツバメというビーダーともめるヤマトだったが、ふたりともアルマーダのところにたどりつき、入門テストを受けることに。しかし、そのテストは、ひたすら○と△を書いていくというもので…。

アルマーダへの弟子入りをはたし、修行にはげむヤマトとツバメ。そんなある日、ヤマトは最強のビーダーを決めるビーダマン・バトルリーグ「ウィナーズ」のことをニュースで知る。アルマーダは参加をみとめてくれないが、戦って強くなりたいヤマトは食い下がった。しかたなく、条件つきで参加をみとめるアルマーダ。その条件とは、巨大なアルマーダ石像をビーダマンでたおすことだった。しかも、石像の一番弱い部分であるシッポをこわすにも、10万発は必要で…。

ウィナーズ予選会場では多くのビーダーたちがひしめき合っていた。そんな中、ヤマトは母親ミエと再会する。感動の再会と思いきや…なんと弁当売りを手伝わされ、ツバメたちも大いそがしに。そのようすを、つめたい目で見ているウェン＆リー兄弟。彼らにとってこのウィナーズは、ヤマトをたおしてコバルトブレードをうばうためのものなのだ。 ウィナーズの予選を勝ちぬけるのは16人。ツバメはよゆうで満点クリアするが、ヤマトはいきなり予選敗退のピンチに…。

予選通過の16人が決まり、明日は早くも決勝大会がはじまる。その第一試合に、ヤマトとブルがえらばれた。ヤマトはよろこびのあまり、ブルをさがして宿舎の中をかけまわる。しかし、ブルとあまりに親しげなヤマトを見て、ツバメはすこし置いていかれたような感じをおぼえていた。 修行よりビーダマン集めが好きなブルに反感をいだいていたツバメ。それを見通したミエは、「だったら勝負してみれば」とツバメに告げるが…。

第一試合は、三角形のパックをうち合い、相手の陣地（じんち）へとおしこむバトルホッケー。しかも足場は不安定なハンモックだ。あぶなっかしいヤマトとは反対に、ブルはすこしも動かずにいる。だが、アババの念をうけて邪悪（じゃあく）なオーラを立ち上らせたブルは、なんとヤマトの足場をねらいうってきた。ルールでは反則ではないが、なっとくできないヤマト。そのとき、アルマーダはアババのすがたを発見、シャドウが裏でブルをあやつっていると見ぬいた。それを知ったヤマトは、いかりに燃えるが…。

炎呪のもつブラッディカイザーは、なんとコバルトブレードの兄弟機だった。しかし、その手口のひどさにヤマトはいかり、ビーバトルでかならず勝つと燃えるのだった。その後、気分を変えるために町へ出たヤマトは、バークハートというビーダーに出会う。キズだらけの彼のマシンを見て、つい口をすべらせたヤマトは、彼の弟たちとケンカになってしまう。そして、バークハートと勝負をすることに。ふたりは予想以上の好勝負を見せるが、その時バークハートのマシンが…。

ウイナーズ大会２日目、グレイやウェンたちシャドウのビーダーは順当に勝ち進む。その結果を前にして、ツバメは、技術とパーツ選びがいかに重要かとアルマーダに教えられるのだった。そしていよいよバークハートの試合。対戦相手はなんと炎呪だった。一撃で勝負を決めると宣言する炎呪は、試合開始直後はバークハートに攻めさせる。だが、弟たちとヤマトがプレゼントしたパーツが元で、バークハートの攻撃はうまくいかなくなってしまい…。

順調に勝ち進むヤマトを見て、おもしろくないアババ。そこへリーが、コバルトブレードをうばうという作戦を提案する。それは、試合前の油断をつくというものだった。さっそく、すきをねらおうとするリー。だが、キャットカフェのバイトをさがすミエにつかまり、店の手伝いをするはめになってしまう。「ならばミエを人質に」と、リーは作戦を変更するが、失敗してしまい、ぎゃくに仕事におわれることになってしまうのだった。そこへ帰ってきたヤマトは、リーをうたがうが、その時ギャング風の男たちがあらわれ…。

シャドウのワナによりキズついた翼影丸。いそいでなおすが、試合にたえられるじょうたいではなかった。だが、ツバメは試合をあきらめない。そこでヤマトは、予備パーツを宿舎にとりにいくともうし出る。１Ｒをたえれば、インターバルでしゅうりができるはずだ。そして試合がはじまった！ 走るヤマト。だが、見つけたパーツをシャドウの101人ドッグ部隊にうばわれてしまい…。

ベスト８がきまり、選手に休みをとらせるため大会は一時中止。ヤマトはここぞとばかりに、食べて・ねて・練習してという生活をくりかえす。そのため、ミエやツバメの弁当売りもむなしく、お金はまったくなくなってしまった。せめて食料をさがそうと海に山に走るヤマトたちだが、どうにもうまく見つけることができない。そんなとき、ヤマトたちは西の方向にかがやくネオンに気づく。そこはネオンシティ。昼間でもかがやく荒野のオアシスともいえる大都市だったが…。

第一のフィールドをとっぱしながらも、あとふたつ勝たないと賞金がもらえないヤマトたち。あまりにもおなかがすいたので、バイトすることにする。しかし、ヤマトやアルマーダのおかげで、バイトはことごとくしっぱい。そんな中、のんびりバイトをせいこうさせたブルは、みんなのところへもどるとちゅうで、キャラットというおじょうさまに出会う。暗がりがにがてで動けない彼女に、明かりをつけるための電池を買ってやるブル。そのためバイト代はなくなり、けっきょくヤマトたちはハラペコのまま第二のフィールドへ…。

第二のフィールドを落としたヤマトたちだったが、おなかがすいてしかたがないじょうたい。そんな中、食事係としてがんばっていたツバメだが、ヤマトの心ない言葉をきっかけに、みんなの前から飛び出してしまう。 街中でぐうぜんスライという人物に出会ったツバメ。スライは、タマネギの皮だけで作れるおいしいスープをツバメに作ってくれる。かんげきしたツバメは、それを作れるようになるべく、スライのもとで修行するのだった。そして第三のフィールド・シールドステージでの試合日がやって来た！

賞金を手に入れるためにはあとのないヤマトたち。おなかがすいてしかたがない彼らを横目に、なぜかブルはひとり元気だった。それもそのはず、以前たすけたおじょうさまのキャラットが、ことあるごとに食事のさし入れに来ていたからだ。しかし、なにも考えていないブルはともかく、別の人格であるＢブルとＦブルは、このじょうきょうで対立していた。友情をとるか恋心をとるか…。そしてそのまま、第四のフィールド・ドラゴンステージでの試合がはじまり…。

恋よりも友情をとったブルのおかげで、賞金まであと一歩とせまるヤマトたち。しかし、ハラペコぐあいもげんかいになっていて、最後の試合を前にして、ヤマトは全力を出せそうにない。そこへやってくる馬車。ネオンシティの大金持ちで、キャラットの父・ワット卿が彼らをむかえにきたのだ。ワット卿にまねかれた先で、これまで戦ったビーダーとともにごうかな食事にありつくヤマトたち。しかしワット卿は、ブルをキャラットの婿（むこ）にしようとねらっていて…。

本調子が出ず、カインの猛攻をうけて気をうしなってしまうヤマト。カインは、みずからヤマトを手当てする。 いっぽうワット卿は、さらったブルの性格を電気ショックでなおそうとするが、まったくききめがないようすだった。 目をさましたヤマトは、ふたたび試合にのぞむが、やはり苦戦してしまう。しかしおうえんにあらわれたアッサードたちのおかげで、第３セットは引き分けるのだった。この勝負が五分五分だと見たカインは、そこでサドンデスにしようと言いはじめ…。

賞金を手に、ウィナーズ後半戦にむけてハネをのばすヤマトたち。だが、ヤマトのいつもいじょうのむじゃきなふるまいは、グレイとの対決を前にした緊張感（きんちょうかん）のウラがえしだった。試合前日、ぐうぜん街中ですれちがうヤマトとグレイ。そしてふたりは、最高の勝負をしようとやくそくしあう。だが、それを見ていた炎呪は、「生ぬるい」とばかりにワナをしかける。シャドウはグレイの妹を人じちにとっていたのだったが…。

ヤマトとグレイはたがいにゆずらず、最初のラウンドは引き分けに終わった。インターバルにクロムゼファーを調整するグレイ。対するヤマトはというと、空腹を満たして準備完了。そして、つづく第２ラウンドも五分と五分で終わった。だが、このすばらしいバトルに、またしても炎呪が妨害（ぼうがい）に入る。第３ラウンドがはじまると、ふたりの足もとのベルトコンベアがとんでもないスピードで動きはじめたのだ。だが、妨害が入ったと知っても、ふたりは戦うことをやめなくて…。

わずかな差で勝利をおさめたヤマトにつづき、ツバメの出番がやって来た。対戦相手はシグマのはずだったが、なんとアババの手によりほかの選手と入れかえられていた。その選手は試合がはじまると、自分のビーダマン「ガーネットウインド」をとり出した。 試合開始と同時に、とくいワザでせめるツバメだが、相手はおなじワザをくり出してきた。そのはげしいぶつかり合いにより、シグマの仮面がふきとばされた時、そこにいたのは、なんとグレイの妹・リエナだった！

リエナをたすけるため、シャドウのアジトへのりこむヤマトたち。だが、そこはシャドウの地獄の特訓場でもあった。訓練にたえられない訓練生は、アババの魔力源として水晶に封じられていく。それを見たヤマトは、怒りに燃えるのだった。 そこへあらわれるシャドウ教官ゴルドー。ツバメとブルがゴルドーに対することになり、ヤマトたちはさらに奥へと進んでいく。やがて仮面すがたのリエナを発見するが、あやつられている彼女は、炎呪の命令で、グレイにビーダマンをむける。それをゆるさないヤマトは…。

リエナをたすけることに成功し、よろこび合うヤマトたち。そんなところへ、すがたを消していた５大フィールドがあらわた。そして、やって来たカインは、ウィナーズでの健闘をたたえて、ヤマトたちにごちそうをふるまうのだった。その時、シャドウによってウィナーズを棄権（きけん）させられ、ビーダマンまでうしなった本物のシグマがあらわれた。カインは、自分のビーダマンを差し出してシグマの怒りを静めようとする。そのすがたを見て感動したヤマトは、カインと楽しいバトルをすることになるが…。

カインとの戦いでくだけちったコバルトブレード。落ちこむヤマトに、アルマーダは、かつて自分がコバルトブレードにこめた願いと、ヤマトが真のビーダーとしてえらばれた人間であるということを話す。それを聞いたヤマトは立ちなおり、ふたたび真のビーダーを目ざすことにする。そしてヤマトは、アルマーダや仲間の協力を受けて、新たなビーダマンを制作しはじめるのだった。

ぼうがいをくぐりぬけ、コバルトセイバーを手にしたヤマトは、ウィナーズ会場へとまいもどってきた。だが、準決勝の相手であるリエナは、一大決心とともに権利を放棄（ほうき）してしまった。そしてヤマトの対戦相手にグレイを指名。シグマがそれを後押しし、会場も一気にもり上がる。 ヤマトもグレイも待ちに待った勝負の時がやって来た。舞台はなんと100階建てのタワー。パワーのヤマトと、正確さとスピードのグレイ。まったく正反対のふたりの戦いが火ぶたを切った!!

準決勝第２試合は、シャドウどうしである炎呪とウェンの対決。「勝利をゆずれ」という炎呪に対し、ウェンはなんと勝利宣言をぶち上げた。ヤマトとグレイの熱い戦いは、ウェンの心も動かしていたのだ。だが、アババはきょうみぶかくそれを見ているだけだった。 そして試合がはじまった。正確なショットでポイントをかせいでいくウェンに対し、炎呪はたった一撃で20ポイントをたたき出し、逆転してしまうが…。

ウィナーズ決勝を前に、ビーダマンゼロ２システムの設計図を燃やすアルマーダ。それはブラッディカイザーのように悪用されないためだった。だがシャドウの親玉マーダビィは、その力をうばうようアババに命ずる。 いっぽう、決勝前のおまつりさわぎの中、買い物に出たリエナは、ぐうぜん炎呪と出会った。どこかさびしげなようすの彼に声をかけるリエナだが、「人がきらいだ」と炎呪はつっぱねる。正義をしんじられない炎呪は、さらなる力をほっしていたが…。

マーダビィの力でゼロ２システムへと生まれ変わったブレイジングカイザー。それは炎呪とともにヤマトを上回るパワーを見せた。だがそれ以上にすさまじいのは、炎呪のビーダーやビーバトルをにくしむ心だった。ヤマトは、なぜそんなににくむのかと炎呪にたずねる。だがリエナは、炎呪の瞳に憎悪以外の感情を感じていた。 かつて炎呪にも純粋に勝負を求めた時期があった。しかし、強すぎたために裏切られつづけ、彼はみにくい裏の事情を見せつけられてきたのだ。

すさまじいパワーでヤマトにおそいかかる炎呪とブレイジングカイザー。だがヤマトも仲間のおうえんをうけて対抗。グレイのワザ、超速十連打をくり出した。炎呪はパワーでこれをふせぎきるが、バーニングマグナムでおいうちされ、勝負はふり出しに。 すでにヤマトは勝負を楽しんでいた。いっぽうの炎呪は、真正面からの必殺ワザのげきとつを通じて、いつしか純粋に勝負にのぞんでいた過去を思い出しはじめていた…。

長かった戦いも終わり、選手たちはそれぞれ旅立っていった。ヤマトたちは、賞品の車で帰ることに。まずはグレイたちの故郷・ウィントゥーンが目的地だ。しかし、なんとウィントゥーンは荒れはてていた。ビーバトルのあとが見られるが、いったいだれが、なんのために…？　だが、ヤマトたちにはそれをしらべることもできず、とりあえずカウトゥーンへもどることに。そしてカウトゥーンでは、ヤマト優勝のしらせをうけて、祝福と挑戦者の山が待っていた！

挑戦者の群れも一段落して、ヒマになったヤマト。そこでアルマーダは、みんなのビーダマンをメンテナンスすることに。そのようすをきょうみぶかく見まもるブル。もともとパーツあつめをしていたブルは、ビーダマンのことにかなりくわしいらしい。そこでアルマーダは、ためしにブルにコバルトセイバーをメンテさせることに。しかし短気なブルは、さっそくコバルトセイバーをバラバラにしてしまった。それでもヤマトは、ブルをしんじてしゅうりをまかせるのだが、その時、となり町からＳＯＳが!!

シャドウの残党（ざんとう）だったサウスとノウズの力により、ヘリオブレイカーをこわされてしまったブル。またグレイは、彼らが故郷ウイントゥーンをつぶした犯人だと知り、闘志を燃やす。だが、特訓のさいちゅうにクロムゼファーに異常が。これまではげしい戦いをつづけてきたクロムゼファーには、限界が来ていたのだ。それを見ぬき、忠告する黒ブルだったが、グレイは聞き入れない。そしてアルマーダは、自分の技術を黒ブルにうけつがせることを決心するのだった。

黒ブルの手で生まれた新型ビーダマン。それはクロムレヴァンと名づけられた。コバルトセイバーも復活し、ヤマトとグレイは反げきに出る。ノウズの兄のサウスが助けに入るが、ふたりのいきおいは止まらない。そこで兄弟は、ふたたびひきょうな手口でふたりをおさえこみにかかる。だが、キズをおして立ち上がったツバメの喝（かつ）が、さらにふたりの闘志に火をつけた。そしてヤマトとグレイは、これまでの戦いで得た経験を生かし、サウスとノウズを圧倒！　だがその時、暗雲が空をつつみ…。

マーダビィはネオシャドウを結成し、悪のたくらみを実行すべく動き出した。いっぽうのヤマトたちはというと、くんれんに精を出す毎日。そこへボロボロのすがたであらわれたウェン＆リー兄弟は、マーダビィが動き出したことをヤマトたちにつげる。すぐに、マーダビィをたおしに行こうとするヤマト。アルマーダは、正体がよくわからないあいてにむりをしてはいけないと止めるが、けっきょくヤマト、グレイ、ツバメ、ブルの４人は夜中に旅に出てしまうのだった。

マーダビィの手がかりをおうヤマトたちは、荒野をいどうしているところ、武者修行中のアッサードと出会う。５大バトルフィールドで、カインの本性を知らずに手だすけしていたことを気に病むアッサード。だがヤマトは、それを笑ってゆるす。そんなヤマトを、アッサードは家にまねくという。そこはなんと、ごうかなホテルだった。実はアッサードは、ビーダー学園に通うためにそこに泊まっているのだという。きょうみをひかれたヤマトたちは、アッサードとともに学園を見学に行くが…。

つぎの目的地・ライケーンへむかうヤマトたちは、早くも方向をまちがえてしまう。たおれかけていたヤマトたちの前に、ぐうぜんあらわれたのはウェンとリー。じつは、ライケーンはふたりの故郷だったのだ。 やって来たライケーンは、なんと食の都でもあった。ごうかな料理を前に、本来の目的をわすれてるヤマト。マーダビィの秘密を知るというビー僧侶に会わなければならなかったが…。

ヤマトたちを追って旅するミエたちキャットカフェ一行が、車の燃料切れで立ちよったワイギースの町。そこはすでにネオシャドウのジゴックに支配され、ビーダー特訓所と化していた。そこでスライと再会するミエたちは、ワナにはまってピンチになってしまうが、ウェンとリーにたすけられることに。そしてふたりは、ネオシャドウと戦うためにスライの元できびしく訓練されていた子供たちに、ビーバトルの楽しさを伝えていく。

西をめざすヤマトたちは、海につきあたってしまった。そこで、やむをえず荷物にかくれて密航（みっこう）することに。だが、乗りこんだのは、なんと海賊船（かいぞくせん）のような船だった。密航がバレて、あやうくサメのエサにされそうになるヤマトたちだったが、グレイの風読みが船のピンチをすくったことにより、なんとかたすけてもらえることに。やがてグレイはジャーク船長となかよくなり、ヤマトたちも船員たちとなじんでいく。しかしそこへ、マーダビィにあやつられて海賊となったジャークジュニアの巨大戦艦（きょだいせんかん）が、お宝をねらっておそいかかってきて…。

ニャトランティス島にやって来たヤマトたちは、道にまよってしまい、ニャトラ神殿の近くでたおれそうになっていた。そこへ通りがかる観光バス。なんとこの島は、ヤマトたちのいた西側がジャングルで、反対側は一大リゾート地だったのだ！ バカンスをとることにしたヤマトは、高級ホテルのオーナーにたのまれ、グレイとのエキシビションマッチをすることに。バトルに手ぬきなどしないふたりは、大熱戦をえんじる。そしてそのとちゅう、なんとヤマトの新必殺技が飛び出し…。

マーダビィの手がかりを追ってツバメの故郷・ツバクラの里へやって来たヤマトたち。ここには、伝説のパーツが眠っているという言い伝えがあるらしい。そしてツバメは、両親のもとでマーダビィの伝承（でんしょう）を教えてもらうがが、マーダビィはビーバトルの基礎（きそ）をきずいた生涯（しょうがい）無敗の大聖者だったと聞かされ、そのナゾは深まるばかり。 その夜、何者かががヤマトたちにおそいかかってきた。その正体はなんと炎呪。立ち向かうツバメだが、戦いのとちゅう、翼影丸をこわされてしまい…。

ツバクラの里へのこうげきにしっぱいしたことをばんかいするため、炎呪はふたたび部下に里をおそわせた。鉄之介は里の者をひきいて、これをむかえうつ。いっぽうツバメは、翼刃丸とともに瞑想（めいそう）中。そしてヤマトたちも、今回は手出しできない観客となっていた。 はげしい戦いの中、あらわれた三つ目のビーダー・サイゾーに苦しめられる鉄之介。しかしそこへ、ついに瞑想を終えたツバメが、新たなパートナー・翼刃丸を手にしてあらわれた！

ついに世界侵略を開始したネオシャドウ。その先頭に立つビアスは、邪悪なビーダマン「メガディアブロス」を使って、たおしたビーダーの魂をうばって石にしてしまっていた。 ツバクラの里から伝令を受けたヤマトたちは、急いでウィナーズ会場へと向かう。そこにはネオシャドウと戦うため、多くのビーダーが集まり、出撃しようとしていた。だがその時、小さな村がおそわれているという知らせが。そこでヤマトたちは、助けに向かうことにするが…。

ビアスに敗れながらも石化せずにすんだヤマトは、キズをいやすためにグレイたちと温泉に来ていた。そんな弱ったヤマトをねらってしゅつげきしようとするカインだったが、バトラーはあえてそれを止め、みずから動くのだった。 ヤマトたちの前にあらわれたバトラーは、戦おうとはせず、「カインをすくってほしい」とねがいでてきた。はじめはワナかとうたがうウェンたちも、しだいに本気だとみとめはじめる。しかし、そこへカインがあらわれ…。

バトラーの想いをふみにじったカインに、グレイは怒りの猛攻をくわえていく。しかし、ピンチのはずのカインは、残忍な笑みをうかべながら新たなビーダマン「ロード・キャバリー」を取り出した。さらに、自分の手でブラックナイトをこわしてしまう。マシンに対する愛情がないカインを責めるヤマトたち。だが、まったく気にしていないカインは、すさまじい力でグレイに反撃をはじめ、圧倒するのだった。

ネオシャドウの魔の手はあっという間に広がり、今やヤマトたちはおたずね者となっていた。しかし、世界のほとんどを支配しながらも、ネオンシティだけはまだ無事なまま。カインはその意図を問うが、ビアスは答えない。炎呪はそのようすを見ながらも、マーダビィをたおす手段をさぐろうとしていた。 いっぽうヤマトたちは、ぐうぜんキャラットと再会。そしてなんと、避難したネオンシティでマーダビィをたおす「ビーエナジー」の手がかりを得た。そのころ、炎呪もそれを知り、動きはじめていたが…。

ついに動き出した巨大要塞マーダビィ城は、ネオンシティへ向け侵攻をはじめた。いっぽうヤマト、グレイ、ツバメ、ウェンの４人は、ビーエナジーをもとめ、ネオンシティの地下神殿の奥へ向かっていた。ブルや集まったビーダーたちは、ヤマトたちがもどってくるまで、がんばってマーダビィを食い止める。 不思議な空間へと飛びこんだ４人は、やがて巨大なネコ神像の前へたどりつく。そこであたえられた試練は、４人の力をもってしてもむずかしいもので…。

地上で戦っていた人たちはみんな石化され、今やのこったのはヤマトたちのみ。だが、４人は立ち止まることなく、マーダビィ城へとのりこんだ。 敵のすがたもなく、静まりかえった城の中で、ウェンだけは気配を感じ、ヤマトたちを先に行かせる。そして、そこにすがたをあらわしたのは、洗脳されたリーだった。再会したことをよろこぶウェンだったが、リーはつめたくつきはなし、戦いをいどんできて…。

マーダビィをめざして進むヤマトたちの前に、カインが立ちはだかった。自分の目的のためマーダビィを利用し、それで世界がほろぶのならそれでもかまわないと言いはなつカイン。グレイは、そんな彼にひとりで戦いをいどみ、ヤマトたちを先に進ませる。 グレイを見下して攻め立てて行くカイン。しかし、どれほどキズだらけになっても、グレイは戦いをあきらめない。それは、シャドウの一員だった昔とはちがう、しんらいできる仲間を得て、すべてをかけて戦えるかくごがあるからだった。

先へ進むヤマトとツバメの前にあらわれたのは炎呪だった。マーダビィに洗脳されたことにより完全な戦闘マシンとなった彼に、今やヤマトたちの声はとどかない。城壁をも打ちくだく邪悪なシュートにおいこまれる２人。そこでツバメは、意を決してヤマトを先に進ませ、ひとりで炎呪に戦いをいどむ。 力はあっても以前のような気迫も魂もない炎呪に立ち向かっていくツバメだったが……。

マーダビィとビアスがひとつとなったネオシャドウ最強のビーダー、マーダビアス。その攻撃はあまりに強烈なため、ヤマトは大ピンチに！　だが、不思議な力を持ったタメゴローが割って入り、なんとか危機から脱出できた。そして、グレイたちと再会したヤマトは、大首領マーダビィ誕生の理由が、ビー魂を失いただ勝利することのみにこだわる怨念（おんねん）だったことを知る。それをたおすにはビーエナジーをぶつけるしかない。ふたたびマーダビアスと向かい合ったヤマトたちは、勝負に出る！