ファーデン騎士団の本拠地エルミタージュに迫った今、“陸軍礼武隊”隊長の犬養強志朗は一人斥候として偵察にでていた。その隙を突くかのように襲い掛かってくる“ファーデン騎士団”の｢カシミア｣｢シフォン｣｢リネン｣の猛攻に対し、強志朗抜きで対抗する礼武隊。しかし、その攻撃には精彩を欠き、徐々に押されていく。遂に絶体絶命かという時、強志朗の声が響いた…。

時は明治38年。愛国の志に燃える｢犬養強志朗｣に陸軍礼武隊隊長の辞令が降りる。喜ぶ強志朗の前に突然強志朗を慕う｢島つむぎ｣が現れた。強志朗を追い戦地まで来たと言う。そんな二人を影から見つめる視線があった…。

陸軍礼武隊隊長として戦艦天乃原に乗り込んだ強志朗。そんな彼が突然、天乃原女学院の先生となって授業をして欲しいと依頼され…。

ファーデン騎士団のリネンによる奇襲で、襲われる戦艦天乃原。｢いつもと違う｣と感じながらも、撃退すべく、強志朗を筆頭に出陣する陸軍礼武隊。突然かすりの後ろから大きなハンマーを持った礼武が現れ、天乃原を襲う。その姿に怯えるかすり。彼女には｢カナヅチ｣に対するトラウマがあった。

陸軍礼武隊の隊長であり、天乃原女学院の先生でもある犬養強志朗は、あることを須美さんに相談する。それは｢“保健体育”の授業を代わりにやってもらえないか｣ということだった。にべなく断れた強志朗は、とりあえず応急手当からはじめようする。そこで女医を目指す綾のおかげでつむぎ、かすり、錦、シュロは振り回されることに…。失敗を責めるみんなに笑ってごまかす綾の姿に強志朗は身体をはって応えようとするが…。

｢僕は男ですから｣と、頑なに口にするシュロ。それには彼女の幼少時代に原因があるわけだが…。そんなシュロを見て強志朗は、特別授業と称して“我慢大会”を敢行する！！ 男でも女でもない真剣勝負が行われる。そんな中、｢ファーデン騎士団｣が来襲し、シュロは敵に｢自分が女である｣ことを気づかされ、落胆する。しかし、その時強志朗が彼女に言った言葉が彼女を変える！！

｢ファーデン騎士団｣の本拠地であるエルミタージュ城へと迫った陸軍礼武隊と戦艦・天乃原。隊長の犬養強志朗は襲いかかる敵に対し、陸軍礼武隊を指揮する。しかし、隊長である礼武の力を使えない彼は、彼女たちより役立てない自分に無力感を感じていた。その時、天乃原に敵の攻撃が命中し、強志朗の姿が煙の中に消えてしまい…。

真のエルミタージュを目指し、大陸を北へ進む強志朗ら陸軍礼部隊。やがてつむぎの中で大きくなる強志朗への独占欲と恋心…。誰にも邪魔されたくない、二人っきりのひと時を過ごすつむぎと強志朗。そしてつむぎの心のにはまたひとつ、大切な思い出が増えることに…。

旅を続ける陸軍礼部隊は荒れた謎の遺跡にたどり着く。綾とかすりの二人だけの探検の途中、かすりが｢強志朗のことが好きだ!｣と綾に打ち明ける。綾はその言葉に大きなショックを受ける…。嫉妬心を隠してかすりを応援しようとする綾。そして、最後は二人の友情が勝り、共に敵を打ち砕く！

突然、錦の中に芽生えたシュロへの想い…。愛する者の名誉のため、戦うシュロと強志朗。それを見ていた錦はその想いが勘違いだったと気づき、再び陸軍礼部隊に笑顔が戻ったのだった。

戦艦・天乃原と陸軍礼武隊は遂にエルミタージュ城の目前にまで迫った。その無気味に浮かぶ城に圧倒される陸軍礼武隊。ファーデン騎士団の尽きることない攻撃に強志朗は敵の大将であるファーデン公爵夫人を倒すため、つむぎらを残し、強志朗はたったひとりでエルミタージュ城へ向かっていく。エルミタージュ城に潜入した彼だったが、そこにはカシミアがいた…。

光を放ちながら浮かび上がるエルミタージュ城を天乃原から見ている陸軍礼武隊。カシミア、シフォンもその光景に驚きを隠せなかった…。そして｢理想の世界のため｣にファーデン公爵夫人がとった行動とはいったい…。そんな時、陸軍礼武隊の上空にはシフォンのドミトリーが現れる！

ファーデン公爵夫人は魔卵(ダークエッグ)で巨大な礼武を作り出した。それは究極礼武“ツァーリ”。彼女は強大な力を振るう究極礼武“ツァーリ”で強志朗ら陸軍礼部隊を攻撃する。つむぎたちは瓦礫に埋もれた強志朗を必死で捜すが…。戦場の兵士の魂を吸い取り、さらに強くなったツァーリに陸軍礼武隊は日本の未来のため立ち向かう！！