太刀花リクは、アパート管理人祖父ソウタロウとふたりで暮らす、どこにでもいる大人しくて目立たない少年。彼はヤマセという少年に出会い、ソウタロウが管理する社に案内する。しかしヤマセは地流の闘神士だった。神操機で印を切ったヤマセは、式神青錫のツクモを降神させ、社に襲いかかる。闘神符で迎え撃つソウタロウだったが、力尽きてしまう。そこでリクは、封印された神操機を手にし、無意識に印を切るが…。

ソウタロウが入院してしまったため、リクはコゲンタとふたり暮しを始めることに。「印を探せ」とせっつくコゲンタだったが、リクがあくまでもマイペースなため、イラ立つのだった。 リクの同級生・リナは、霊体コゲンタが見えるらしく、リクに関心を示してきた。そのリナの様子に、気が気ではないモモ。その時、地流闘神士ウジヤマが、ヤマセの消息をたどって天神町にやって来た。そして、リナとモモの前で式神同士の戦いが始まり…。

休日に印を探しに出かけたリクとコゲンタに、モモとリナが同行する。山中の枯れ谷で天流が残した印を見つける。しかしそこには地流ミササが待ち構えていた。凄まじいスピードでコゲンタを翻弄する「甘露のコマキ」。一方そんな彼らを、「白虎のランゲツ」を従えた闘神士ユーマが狙う。

闘神士マサオミから「西海道虎鉄」の印が隠された場所を教えられるリクとコゲンタ。そこへ向かう途中で、一行は「赤銅のイソロク」を使う天流闘神士テルと出会う。同時にテルを追ってきた地流闘神士カザンとドウゲンも現われた。「榎のオトチカ」「椿のゴロウザ」が闘いを挑む。

地流を裏切ったソーマを、リクは自分の部屋に住まわせることにした。そのソーマを追って兄ユーマと、地流の二人組みジモンとカドデラが送り込まれる。「秋水のナマズボウ」「繁茂のマスラオ」に攻め立てられるソーマと「雷火のフサノシン」に、リクとコゲンタが加勢する。そのころユーマとランゲツに、マサオミと「青龍のキバチヨ」が激しくぶつかり合っていた。

ソウタロウの残した古文書を頼りに、リクたちは伏魔殿の外縁部に設けられた天流の修行場へ向かう。妖怪の巣食うその場所で闘神符の修行をする。彼らを追ってやって来たのは地流闘神士ゴンパチと式神「霜花のライデン」。ライデンの圧倒的な破壊力を前にコゲンタは苦戦する。

何故かボート部員とされてしまったリクは、部活でやって来たダム湖の底に新たな印を見つける。しかし遭遇した地流ダンジョウと「赤銅のミソヒト」相手に、コゲンタの攻撃は硬い甲羅に阻まれ効き目がない。見つけたばかりの印を切るが、技に比べて闘神士としての技量に劣るリクではせっかくの技が発動しない！

リクの元に身を寄せたソーマだったが、あまりに切迫感のないリクの日常生活についに切れて飛び出してしまう。折り悪くそのソーマの前に、地流の追っ手キリヒトと「埋火のミンゴベエ」が立ちふさがる。裏切り者の始末に燃える追っ手に、ソーマとフサノシンは追い詰められていく。

新たなコゲンタの技は、式神の気力を使い果たしてしまうという危険なもの。使わずに済むように、リクは初めて闘神士としての勉強を始める。そんな彼らの元にやって来たのは今までの相手よりも格段に強い地流のイゾウと「黒鉄のフジ」。覚えたての闘神符で挑むが歯が立たない。追い込まれたリクとコゲンタは…。

意識を取り戻したソウタロウの言葉に従い京都、新太白神社を訪れるリクとコゲンタ。そこで彼らは天流の少女ナズナと出会う。だがここにも地流の刺客、チハヤと「楓のクレナイ」が襲来する。圧倒的なスピードと遠距離攻撃を得意とするクレナイに、コゲンタは苦戦を強いられる。

天流闘神士テルとの再会を喜ぶリク。だが地流は更なる刺客を送り込んできた。イゾウと「黒鉄のフジ」、シノノメと「繁茂のニンクロウ」、カスミと「芽吹のフウライ」。リクとコゲンタ、ナズナとホリン、テルとイソロクが迎え撃つ。三対三の壮絶な式神の戦いが始まった。

単身伏魔殿を探索するマサオミは「ヤクモ」と名乗る闘神士と出会う。そのころリクたちの元には、修行を終えて新たな力を得たユーマとランゲツが現われた。ホリンとイソロクはフジたちとの戦闘で傷つき、降神することができない。だが、コゲンタだけでは今のランゲツには到底勝ち目がない。

戦いを終えた新太白神社はようやく静けさを取り戻す。だが、力を使い果たしたコゲンタは動けなくなってしまう。仕方なくリクはモモたちと京都散策へ出かけるが、久方ぶりのコゲンタ抜きの行動に寂しさを覚えるのだった。一方のコゲンタは夢うつつに、リクと出合ってからの戦いを思い起こす。

ナズナが持ってきたのは天流宗家跡地から見つかった「月の勾玉」という鬼門を開く道具。地流が伏魔殿を探索している理由を求めて、リクたちも伏魔殿に侵入する。そこで出会ったのは地流モズと「柊のトウベエ」、カンナと「秋水のエレキテル」。いったい、地流は伏魔殿で何をしているのか？

地流が探していたのは「闘神石」。伏魔殿のフィールドを維持している不思議な石だ。地流はこれを集めて、新たな鬼門を構築するのだという。ソーマと共に伏魔殿に入ったリクたちの前に立ちふさがったのは地流のミズキと「甘露のクラダユウ」、カンナと「秋水のエレキテル」。ソーマと親しかったらしいミヅキの正体とは果たして…。

修行の旅を続けるテルがリクの元にやって来た。リク・ソーマと共に伏魔殿に入る。一方地流が送り込んできたのはモズ＝「柊のトウベエ」、キクサキ＝「豊穣のルリ」、イゾウ＝「黒鉄のフジ」。それぞれの理由から雪辱に燃える地流は強敵だ。激しい闘神石争奪戦が始まった。

リクが伏魔殿探索をしていることを知ったモモたちは、ナズナの制止も振り切ってついて行く。たどり着いたそこは水辺のフィールド。合宿と張り切るボート部たちの前に、地流ダイカン＝「秋水のリュウコン」、ムツキ＝「凝寂のエビヒコ」が現われた。コゲンタとホリンは、水中戦に長けた敵に大苦戦する。

マサオミに案内されてやって来たのは、伏魔殿内の城塞が立ち並ぶフィールド。そこで待ち受けていたのは地流の刺客ハヤテと「青錫のジュウゾウ」。迎え撃つマサオミ＝キバチヨの戦いぶりにリクは圧倒される。そしてついに、マサオミの隠された目的が明らかに…。

北国の温泉宿からテルの手紙が届く。この町に妖怪が出没しており、手を貸してほしいという。早速向かうリクたちだったが、既に妖怪ドバエは子を産み、巨大な群れを作り上げていた。のどかな温泉宿に押し寄せる脅威。果たしてリクたちは町の人々を守り切る事が出来るのか!?

伏魔殿に侵入したリクたちの前に立ちふさがったのはイゾウ＝「黒鉄のフジ」。雪辱の執念に燃えたイゾウは、なんと闘神石をフジに埋めこみ、擬似大降神を引き起こした。正体を失くし暴れまわるフジに、コゲンタが真の大降神で対抗する。大降神同士の激突が伏魔殿を揺るがす！

伏魔殿内をさまようリクは、謎の闘神士タイシン＝「消雪のマガホシ」に遭遇する。コゲンタを降神させることができないリクは追い詰められていく。そこに現われた新たな闘神士。「俺は天流のヤクモ。見つけたぞ神流！」。神操機ならぬ闘神機を駆使して戦うヤクモ。いったい彼は何者なのか。

ヤクモのように強くなりたいと、ひとり伏魔殿での修行を始めたリク。そこで桃源郷のような美しいフィールドに出合う。僕はここに来たことがある！リクの中で失われた記憶がよみがえっていく。そこへ現われたのは地流ガイタツ＝「青錫のナナヤ」。フィールドを破壊しながら闘神石を探す地流にリクの怒りが爆発する！

地流が構築していた大鬼門から強力な妖怪たちがあふれ出した。ミカヅチは大鬼門の完成に闘神士を結集させることに。しかしユーマは承服（しょうふく）しない。リクとコゲンタへの雪辱戦を挑む。コゲンタとランゲツ――相いれぬ白虎、ついに雌雄を決する時が！

闘神士としての記憶を失ってしまったリク。嘆くモモたちの前にヤクモが現われる。事情を聞いたヤクモは、コゲンタが式神界に帰ることもできず、名落宮（ナラク）と呼ばれる場所で眠っているだろうことを告げる。失ってしまった大切な「なにか」を取り戻すために、リクはヤクモと共にナラクへ向かう。

コゲンタと共に、ついにすべての記憶を取り戻したリク。ヤクモは、彼が千年前に消えた天流宗家の生き残りであることを知る。そして、天流と地流の諍いの原因、すべての戦いの始まりとなったウツホという邪悪な存在の伝承を教える。そこへ現われたのは神流タイシン＝「消雪のマガホシ」。ヤクモは手に入れた零神操機（ゼロドライブ）で迎え撃つ！

リクたちは地流本部ビルに踏みこむ。そこで出会ったミカヅチは、力を得るために伏魔殿を開く、そのために妖怪が外へ出たからといって何が悪いかと言い放つ。大鬼門完成は直前だ。止めなければ！だが、その彼らの前にはユーマ=「白虎のランゲツ」が立ちはだかった。激しい技の応酬は両者の大降神を招き、そして…。

今のミカヅチには到底かなわないと、リクとソーマは一旦戻ることに。しかし季節外れの雪が大渋滞を引き起こし、リクたちはトンネルで妖怪「土蜘蛛」と遭遇する。一方、マサオミは神流の仲間にリクのこれまでの戦いを紹介し、状況を説明する。そして、何故かモモとリナが神操機をもって、リクを待ち構え…。

地流大鬼門に続き、地流は「四鬼門」の完成を目指す。一方、伏魔殿深部にまで飛ばされたユーマとミヅキは目を覚ますが、ミヅキは記憶を失っていてユーマを恐れるのだった。 リクたちは、頻発する妖怪の被害を前に戦いを決意する。そこへヤクモが現われ状況を知らせるのだが、そのヤクモに神流ショウカク＝「大火のヤタロウ」が襲いかかる！

妖怪退治にやって来たリクたちの前に立ちふさがるのは、地流下請け闘神士スバルと凶暴なまでにかわいい「椿のホウシュン」。必殺技で絶品の料理を繰り出しては闘神士の士気をそぎ、その愛らしさでコゲンタたちの攻撃を封じていくホウシュン。ある意味、無敵の式神だ！

リクとコゲンタは異常に生い茂った山間をさまよっていた。そこは地流「四鬼門」のひとつ。守るのは地流四部長のひとりで大鬼門建造に命を賭けた闘神士ナンカイと「秋水のナマズボウ」。三十年来というベテランコンビの前に、リクとコゲンタは大苦戦を強いられる！

ソーマはリクに飛鳥家を襲った悲劇を語る。そのころ伏魔殿深部をさすらいながらミヅキをかばうユーマと、そのユーマを恐れるミヅキの前に、神流ゼンジョウ＝「椿のカンタロウ」、ショウカク＝「大火のヤタロウ」が襲いかかる。ミヅキを守りながらの二対一の戦いは圧倒的に不利だ！

秋だというのに夏の浜辺でバイトにいそしむテルだったが、その浜では砂が砂金に変わるという事件が発生。妖怪「邪宝船」の仕業だ。助力に訪れたリクたちの前に、砂金に群がる人々が大挙して押し寄せる。そこに姿を現わした邪宝船。宝物で我を忘れた人々を次々と捕らえていく。ついに、テルの怒りが爆発する！

授業参観が迫り落ち着かない教室で沈みがちのリク。そんなリクの前に地流ムラサメが現われ、リクの両親を伏魔殿で保護したという。罠だと止めるソーマたちの声を振り切って、伏魔殿を訪れるリク。そこで再会したのは紛れもなく思い出の母の姿。その時、ムラサメは「白銀のチヨロズ」を降神させ･･･。

大会が迫るボート部は練習に余念がない。一方、もうじき伏魔殿から帰還しようというユーマたちの前にマサオミが立ちふさがる。ミヅキだけは送り届けるから倒されろというマサオミにユーマは激昂（げきこう）。激しくぶつかり合う両者だが、次第にランゲツはキバチヨに追いつめられていき･･･。

ついにボート部の大会が始まる。だがそこに現われたのは地流ムツキ＝「凝寂のエビヒコ」とマドカ＝「埋火のコウフク」。ムツキに憧れるマドカだが、即席コンビでは今のリクとコゲンタには勝てない。せっぱ詰まったマドカは闘神石を用いて疑似大降神を引き起こしてしまった！

虎鉄が折れてしまった。リクたちは虎鉄を直すために幽海山を目指す。そこで彼らを迎えたのははぐれ式神の「玄武のコロク」。しかしこの地こそ、オオスミが守る四鬼門の一つだった。降りしきる酸性雨の中「甘露のミユキ」を降神させ、リクたちに挑みかかるオオスミ。虎鉄のないコゲンタは大苦戦！

リクはマサオミと共に恐山の四鬼門にやって来た。迎え撃つのはクレヤマと「榎のコンゴウ」。大降神化したコンゴウはリクたちを翻弄する。そのころ、タイザンがミカヅチは禁忌(きんき)の「逆式」を起こしているのだと明かす。なぜ、貴様がそんなことを知っている!?

神流としての正体を明かしたマサオミは、千年前に天流総本社を襲撃したのはコゲンタであったことを暴露する。衝撃を受けるリクとコゲンタ。そして、ユーマは裏切ったタイザン＝「霜花のオニシバ」相手に戦いを挑む。彼らこそ、ユーマたちの両親を罠にはめた張本人だったのだ！

伏魔殿の奥でマサオミがウツホ復活に取りかかる。そこへ止めに入った天流ヤクモ。そして、神流の思惑どおり四鬼門が閉ざされ、四大天の力が流れ込んだミカヅチは強大な力を手にする。そのミカヅチと「赤銅のイツム」にユーマとランゲツが挑む。しかし、圧倒的な力の前に窮地に陥った彼らの元に、リクとコゲンタが！

新しく生まれ変わった神操機を手にしたリクとコゲンタ、ユーマとランゲツが、ミカヅチ＝イツムに立ち向かう。しかし、逆式が進むミカヅチはイツムと融合し、大降神化。暴走するミカヅチ＝イツム。だが、コゲンタとランゲツはもはや力に飲み込まれることはない！　その頃、伏魔殿奥ではマサオミとキバチヨがヤクモと激しい戦いを繰り広げて･･･。

節季(せっき)は元に戻り、平和を満喫する一同。リクの元に集まっていた仲間たちも去り、ユーマは父親と大げんか。そしてなぜかリクに挑戦してきた。闘神士としてかつてない高みまで究めたふたりの闘神士と式神が激しくぶつかり合う！　しかしそのころ、伏魔殿では･･･。

街に妖怪があふれ、人びとが石化していく。すべては復活したウツホの業だった。伏魔殿に入ったリクたちの前に立ちふさがる神流タイシン＝「楓のダイカク」、ゼンジョウ＝「玄武のガンゾウ」。しかし、もはや彼らはコゲンタの敵ではなかった。追いつめられた仲間の危機にマサオミがついに･･･。

コゲンタ＆ランゲツ対キバチヨの戦いがつづく。未だかつてだれも見たことがない超降神三体による激しい戦闘。タイザン＝「霜花のオニシバ」、ショウカク＝「大火のヤタロウ」がリクに襲いかかり、１２００年前のすべての事の起こりを明かすのだった。

ユーマと離れてしまったリクの前にはショウカクが現われ、天流総本社襲撃の真相を暴露する。そして伏魔殿に入ったヤクモ・ソーマ・ナズナを待ち構えていたのは、極神操機を手にしたマサオミ。キバチヨを降神させると、圧倒的な力で襲いかかった！

捕らわれたナズナを助け出すために、ソーマが走る。しかし、これこそが神流の罠だった。迫り来る妖怪たちに絶体絶命の危機に陥るソーマ。そのころ、ヤクモはウスベニと対峙していた。そこに現われたマサオミは･･･。

四大天の力を得た、ウスベニと「朱雀のバラワカ」がヤクモに襲いかかる。圧倒的な力を見せつける彼らに、ヤクモと五体の式神たちは苦戦を強いられる。そのとき、マサオミがついに･･･。そして、ウツホはその超常的な力をあらわにする。

すべての夢を失ったマサオミがリクと再会する。しかし、リクはマサオミに対し…。一方、崩壊する世界を救うべく自らを犠牲にしたヤクモと五体の式神たち。だが、そこにも神流のショウカク＝「大火のヤタロウ」が迫る。迎え撃つソーマたちだが…。

ヤクモを守るソーマたちは、四大天の力を得たショウカクにかなわない。追いつめられた彼らの前に現われたのは、ユーマとランゲツ！　リクの前に、四大天の力をもって立ちふさがったのはライホウ＝「霜花のクロイチ」。このライホウこそがリクにとっては因縁の相手だった。

ライホウの見せる夢の中で両親と再会するリク。甘やかな幻想に浸るリクだが、すべてはウツホの罠だった！　そのころマサオミとキバチヨは、兄とも慕っていたタイザンと四大天の力を得た「霜花のオニシバ」相手に激しい戦いをくり広げていた。

ついに対峙したウツホはあらゆるものの消滅を宣言し、次々と式神を降神させてリクたちを圧倒する。あまつさえフサノシンやホリン、イソロクさえ意のままに従わせ、ソーマたちを襲わせる。空を支えるヤクモたちの崩壊は進み、世界の終わりが始まった。

リクとユーマの危機を救ったのはマサオミとキバチヨだった！　三組の闘神士と式神は共闘し、ウツホに最後の戦いを挑む。式神を道具のように使い捨てるウツホだが、三人の闘神士と三体の式神はことごとく退けていく。それに対し、ウツホはコゲンタ・ランゲツ・キバチヨとそっくりな式神を降神させ…。

マサオミとキバチヨが倒され、コゲンタとランゲツも消滅する。地上のすべての自然と式神も消え去ってしまい、もはやウツホに立ち向かうのはリクとユーマだけになってしまった。だが、それでもあきらめない彼らを前にしてウツホは…。