洋上に浮かぶ巨大な２隻の空母。それは若干13歳にして天才の名をほしいままにする少年科学者・九十九科学とその助手兼美少女型技術試験衛星・キク８号が用意した、月への布石だった……。一方、空母の映像を映し出すテレビの前では、売れないアイドルグループ・みっくすジュースのマネージャー・マイケル花形がニヤリと笑っていた。九十九とキク、そしてみっくすジュースの「地球に優しい月世界旅行」への物語が今、幕を開ける！　残された時間はあと83日！

常夏の島、グアム。始めての海外旅行に浮かれるみっくすジュースとマイケル花形に課せられた使命は、大気圏に突入したキク８号の回収だった。休む間もなく、次の打ち上げのために、強制的にワンダバさせられるみっくすジュースたち。果たして、九十九が新たに考え出した打ち上げ方法とは？　そして、ロケットに運び込まれるラムネ菓子と梅干の意味とは一体!?　残り時間はあと76日！

度重なる失敗、宇宙空間で味わった恐怖、そして、生まれた不信感からすっかりやる気を無くしてしまったみっくすジュースの面々。しかし、彼女たちの歌への情熱が冷めてしまったわけではなかった……。九十九の提案した成層圏ライブのため、再びワンダバするみっくすジュース。ついに人類史上初となる成層圏でのライブが始まるはずだったのだが……。カウントダウンはあと69日！

成層圏ライブの失敗。念願だった初ライブに、またしても失敗してしまったみっくすジュース。その落ち込み具合を見た九十九は、月に行く新たな妄想科学を考え出す。九十九が作った「ワンダバ４号」を前にして、再び歌への情熱を燃やしたみっくすジュースの４人は、キク８号とともに再び宇宙へと向かう。今回こそは……と思われたその時、キク８号に異変が起こる。残り時間は62日……。

いつものように月打ち上げに失敗し、いつものようにやる気を無くしていたみっくすジュースたちの部屋にワンダバが流れ始める。新たな実験か？と思いきや、彼女たちが送り込まれたのは遊園地。そこでは、九十九が月に行くために開発した試作機を、乗り物にしていたのだ。促されるままジェットコースターに乗ったみっくすジュースたちの前に、57日を切ったというのに新たな敵が現れる……。

みっくすジュースに詰めの甘さを指摘され、落ち込む九十九。彼はスランプに陥っていたのだ。一方、打ち上げから遠ざかっていたみっくすジュースたちは怠惰な生活の末に、極度の肥満に陥っていた。ダイエットを決意した彼女たちは基地の中をジョギングするうちに、一台の巨大な車輪状のマシンを発見する。イチリンの言葉によると、そのマシンはワープエンジンだというのだ……。残り50日。

月へ発射されたみっくすJUICE達だったが、今回の実験も月をかすめるだけで地球へと帰ってきてしまう。その頃、豪華ホテルのラウンジで、花形とスーツ姿の女性が何やら怪しい契約を交わしていた。そしてみっくすJUICEの4人は、九十九が作ったイメージスキャニングマシーンで新しい衣装を作ってもらった新衣装を着て喜んでいた。そのとき突如、モニターを見ると月面に立つ花形の姿が！動揺する4人だったが、これは九十九の母・不緑の陰謀だったのだ。

母にだけは絶対に負けられないと心に誓う九十九。翌日の発射実験に向けて準備を行っているが、その白衣はかなり汚れている。それを見たみっくすJUICE達は九十九の白衣をキレイに洗濯して、縫い直すことを計画する。一方、不緑の研究所では完成したロケットを花形が見上げている。不緑は花形に、九十九より先に月面コンサートを実現する話を持ちかけ、花形は契約にサインをしてしまう。仕方なくみっくすJUICEの4人は九十九にはバレにないように、アイドルユニット、「ロケットガールズ」として不緑のロケットに乗りこみ、月に向かうことに…

衛星をはじき飛ばし進む不緑のロケットの内部で怯えてシートにしがみつくみっくすJUICE達と何故か一人ノリノリの花形。無事に月までたどり着き、巨大なクレーターの内側ではステージが組みたてられ、着々とコンサートの準備が進められている。九十九への罪悪感にさいなまれる4人と、実験はもうやめるという九十九。そしてコンサートが始まり、街中のモニターに映し出されたのは月面で歌うみっくすJUICE達の晴れ姿であった。月面コンサートに成功し、地球へ凱旋帰郷できると思いきや…。

月面でのコンサートを成功させたみっくすJUICE達だったが、地球に帰れないことを知って愕然とする。科学の進歩のためには犠牲も必要だという不緑に対し、何がなんでも帰ろうとする4人はデータ用の小型ロケットを醜くも奪い合うが、ロケットは単独地球目指して飛び立ってしまう。一方地球では歌うみっくすJUICEの姿がテレビや新聞を飾り、一躍時の人になっている。当初迎えにも行かないし、月を目指すのもやめると言っていた九十九だったが、キク8号とイチリンに説得されて月を目指すが…

無事月面から帰還したみっくすJUICEと花形達だったが、花形は月面で謎の氷塊を拾ってきており、そこから生まれた謎の生命体を自宅の茶碗でこっそり飼っていた。しかしサチコと名づけられたその生命体は水を得ると次第に巨大化していく習性を持っていたのだ。 一方アイドルとしてブレイクしたみっくすJUICEの4人は毎日忙しい日々を送っていたが、実験に明け暮れた毎日が懐かしく、九十九の研究所でパーティーを開くことを思いつく。久しぶりに研究所に集合した面々だったが、そこへ予想以上に巨大化したサチコが現れて…

物足りない日々を送っている花形、ブレイクしたせいで再度仲が悪くなった4人はグループ結成時のことを思い出していた。九十九はキク8号、イチリンと一緒に単独で新たに、さらに遠い宇宙を目指すことを決意しワンダバ０１号に乗りこむが、気付くと花形とみっくすJUICEが一緒に乗っていた。ところが予定以上の重量を搭載したためアクシデントが発生し、最後に誰かが残って操作を行わないと全員が助からないことが判明する。